Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A14 F56 I20 R2
|
1958 |
92.1 |
3575798 |
91.1% |
3257551 |
126.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP006881 |
2,196,355 |
C→T |
R204H (CGC→CAC) |
U712_11005 ← |
3‑dehydroquinate synthase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP006881 | 2,196,355 | 0 | C | T | 98.9%
| 282.0
/ ‑6.3
| 90 | R204H (CGC→CAC) | U712_11005 | 3‑dehydroquinate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (40/49); total (40/50) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AGCGTATGTCCGAAGTTTAAGTAAGCTCTGATCCCCTCTTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGATGCTTTTATTGAAATCCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCACTGGTGATATCACGCAGTGAGCGGATATTCAGCAGCTCTTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGATCGAAGCTCTTTTTCAGGCAAAGAACGCAGGAAGTCTGTATCGTAGAGCACGGCCTTCGGC > CP006881/2196223‑2196489
|
aGCGTATGCCCAAAGTTTAAGTAAGCTCTTATCCCCTCTTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACCGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCCGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGatat > 8:260560/1‑139 (MQ=255)
aGCGTATGCCCAAAGTTTAAGTAAGCTCTTATCCCCTCTTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGatat > 1:359369/1‑139 (MQ=255)
aGCGTATGCCCAAAGTTTAAGTAAGCTCTTATCCCCTCTTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTGTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATAACGCAGTGAGTGGatat > 6:161377/1‑139 (MQ=255)
tgcccaaaGTTTAAGTAAGCTCTTATCCCCTCTTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGATATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCCCGCAGTGAGTGGATATTcag > 7:8561/7‑137 (MQ=255)
tgcccaaaGTTTAAGTAAGCTCTTATCCCCTCTTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTcag > 6:43134/7‑137 (MQ=255)
cccaaaGTTTAAGTAAGCTCTTATCCCCTCTTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTcagcag < 4:8185/134‑1 (MQ=255)
aaaGTTTAAGTAAGCTCTTATCCCCTCTTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGctcc > 3:45036/2‑138 (MQ=255)
aaaGTTTAAGTAAGCTCTTATCCCCTCTTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGctcc < 4:222563/138‑2 (MQ=255)
aaaGTTTAAGTAAGCTCTTATCCCCTCTTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGctcc > 2:403960/2‑138 (MQ=255)
aaaGTTTAAGTAAGCTCTTATCCCCTCTTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGctcc < 4:71540/138‑2 (MQ=255)
aaaGTTTAAGTAAGCTCTTATCCCCTCTTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGctcc < 5:165591/138‑2 (MQ=255)
aaGTTTAAGTAAGCTCTTATCCCCTCTTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGctcct > 6:381863/1‑137 (MQ=255)
agtaagCTCTTATCCCCTCTTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGaaa < 6:364601/139‑1 (MQ=255)
agtaagCTCTTATCCCCTCTTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGaaa < 6:167524/139‑1 (MQ=255)
agtaagCTCTTATCCCCTCTTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGaa < 1:63634/138‑1 (MQ=255)
atctctTATTCCCTCTTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGct < 5:255989/137‑1 (MQ=255)
agatctTATCCCCTCTTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGATTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGct < 8:373918/136‑1 (MQ=255)
agCTCTTATCCCCTCTTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGct < 8:376562/139‑1 (MQ=255)
agCTCTTATCCCCTCTTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGct < 8:102934/139‑1 (MQ=255)
agCTCTTATCCCCTCTTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGct < 2:282568/139‑1 (MQ=255)
agCTCTTATCCCCTCTTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGct < 8:398478/139‑1 (MQ=255)
agCTCTTATCCCCTCTTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGct < 1:418706/139‑1 (MQ=255)
agCTCTTATCCCCTCTTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGct < 1:314302/139‑1 (MQ=255)
agCTCTTATCCCCTCTTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGATCCTCCAGAAACGct < 8:7070/139‑1 (MQ=255)
ctctTATCCCCTCTTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATTTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGctct > 5:534/1‑139 (MQ=255)
aTCCCCTCTTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTc < 8:169803/137‑1 (MQ=255)
ctctTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGct > 2:252197/1‑127 (MQ=255)
ctctTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGct < 1:252197/127‑1 (MQ=255)
ctctTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGAt > 3:393557/1‑138 (MQ=255)
ctctTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGAt > 6:342059/1‑138 (MQ=255)
ctctTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGAt > 1:288696/1‑138 (MQ=255)
tcttctTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCagcagc > 2:88574/1‑111 (MQ=255)
tcttctTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCagcagc < 1:88574/111‑1 (MQ=255)
tcttctTTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATa > 2:336023/1‑138 (MQ=255)
ttcttTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCCGCTCCTCCAGAATCGCTCTGTCATatagaa > 4:240224/1‑132 (MQ=255)
ttcttTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATaa > 3:415324/1‑137 (MQ=255)
tgcttTTTCATCCTGCTGAACGACAGCAGCATTAAAGGAAATGCCTTTAAAAATCATGTAATTCATATGATCATTAGTGATATCACGCAGTTAGTGGAGATTACGCAGCTCCTCCAGAAACACACTGTCATAGATaaat > 6:341583/3‑138 (MQ=255)
cttTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAg < 8:420745/138‑1 (MQ=255)
cttTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAg < 2:288696/138‑1 (MQ=255)
cttTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAg < 8:280091/138‑1 (MQ=255)
cttTTTCATCCTGCTGAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGc > 4:214255/1‑139 (MQ=255)
ctgctgAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAAt < 6:93915/138‑1 (MQ=255)
ctgctgAACGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAAt < 6:150431/138‑1 (MQ=255)
aaCGACAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCt > 6:224052/1‑139 (MQ=255)
cAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGccct > 7:113747/1‑137 (MQ=255)
cAGACGCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCAt > 4:19987/1‑139 (MQ=255)
gacgCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGct < 3:214001/96‑1 (MQ=255)
gacgCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGct > 4:214001/4‑99 (MQ=255)
gatttaATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCgg > 1:302177/3‑139 (MQ=255)
gCTTTAATTGAAATGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCg > 3:385308/1‑138 (MQ=255)
aaaTGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTGGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCg < 2:323360/128‑1 (MQ=255)
aaaTGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTGGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCg > 1:323360/1‑128 (MQ=255)
aaaTGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGct < 7:97583/86‑1 (MQ=255)
aaaTGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGct > 8:97583/1‑86 (MQ=255)
aaaTGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTACTCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGctc > 1:235481/1‑139 (MQ=255)
aaaTGCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGctc > 7:54104/1‑139 (MQ=255)
atgccTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGaa > 5:310326/4‑79 (MQ=255)
atgccTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGaa < 6:310326/76‑1 (MQ=255)
atgccTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCtt > 3:359839/4‑139 (MQ=255)
atgccTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCtt > 6:306433/4‑139 (MQ=255)
atgccTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTAtt > 2:164147/4‑139 (MQ=255)
aTGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCTTTTTCAGGCAGAGaa < 7:159267/138‑1 (MQ=255)
tGTCATTCAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCTTTTTCAGGCAGAGAACg < 5:224052/139‑1 (MQ=255)
cAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCTTTTTCAGGCAGAGAACGCAGGaa < 7:405359/138‑1 (MQ=255)
cAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCTTTTTCAGGCAGAGAACGCAGGaa < 4:45036/138‑1 (MQ=255)
cAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCTTTTTCAGGCAGAGAACGCAGGaa < 4:385308/138‑1 (MQ=255)
cAGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTACTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCTTTTTCAGGCAGAGAACGCAGGaa < 5:30939/138‑1 (MQ=255)
aGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCTTTTTCAGGCAGAGAACGCAGGaaat < 5:381863/139‑3 (MQ=255)
aGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCTTTTTCAGGCAGAGAACGCAGGaaat < 2:302177/139‑3 (MQ=255)
aGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCTTTTTCAGGCAGAGAACGCAGGaaat < 3:170242/139‑3 (MQ=255)
aGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCTTTTTCAGGCAGAGAACGCAGGaaat < 3:19987/139‑3 (MQ=255)
aGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCTTTTTCAGGCAGAGAACGCAGGaaat < 3:277398/139‑3 (MQ=255)
aGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCTTTTTCAGGCAGAGAACGCAGGaaat < 5:342059/139‑3 (MQ=255)
aGCTGATCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCTTTTTCAGGCAGAGAACGCAGGaaat < 6:534/139‑3 (MQ=255)
aTCATTAGTGATATCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCTTTTTCAGGCAGAGAACGCAGGAAATCTg < 5:43134/137‑1 (MQ=255)
attagTGATATCACGCAGGGAGCGGATATGCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGCTAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCTTTTTCAGGCAGAGAACGCAGGAAATCTGTATca < 2:184168/135‑2 (MQ=255)
atatGACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCTTTTTCAGGCAGAGAACGCAGGAAATCTGTATCATAGAGCa < 3:240224/139‑1 (MQ=255)
atatCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCTTTTTCAGGCAGAGAACGCAGGaaat < 7:255896/124‑3 (MQ=255)
atatCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCTTTTTCAGGCAGAGAACGCAGGaaat > 8:255896/1‑122 (MQ=255)
atatCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCTTTTTCAGGCAGAGAACGCAGGAAATCTGTATCATAGAGCa < 4:415324/139‑1 (MQ=255)
atatCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCTTTTTCAGGCAGAGAACGCAGGAAATCTGTATCATAGAGCa > 2:42930/1‑139 (MQ=255)
tatCACGCATTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCTTTTTCAGGCAGAGAACGCAGGAAATCTGTATCATAGAGCa < 1:136297/138‑1 (MQ=255)
atCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCTTTTTCAGGCAGAGAACGCAGGAAATCTGTATCATAGAGCACg > 3:417972/1‑139 (MQ=255)
atCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCTTTTTCAGGCAGAGAACGCAGGAAATCTGTATCATAGAGCACg > 2:289843/1‑139 (MQ=255)
atCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCTTTTTCAGGCAGAGAACGCAGGAAATCTGTATCATAGAGCACg > 8:443131/1‑139 (MQ=255)
tCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCTTTTTCAGGCAGAGAACGCAGGAAATCTGTa > 1:131177/1‑126 (MQ=255)
tCACGCAGTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCTTTTTCAGGCAGAGAACGCAGGAAATCTGTa < 2:131177/126‑1 (MQ=255)
gTGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCTTTTTCAGGCAGAGAACGCAGGAAATCTGTATCATAGAGCACGGCTTTCgg < 7:443131/139‑1 (MQ=255)
tGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCTTTTTCAGGCAGAGAACGCAGGAAATCTGTATCATAGAGCACGGCTTTCGGc < 4:417972/139‑1 (MQ=255)
tGAGTGGATATTCAGCAGCTCCTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGACCTAAGCTCTTTTTCAGGCAGAGAACGCAGGAAATCTGTATCATAGAGCACGGCTTTCGGc > 1:342685/1‑139 (MQ=255)
|
AGCGTATGTCCGAAGTTTAAGTAAGCTCTGATCCCCTCTTCTTTTTCATCCTGCTGAACGACAGATGCTTTTATTGAAATCCCTTTAAAAATCATGTCATTCAGCTGATCACTGGTGATATCACGCAGTGAGCGGATATTCAGCAGCTCTTCCAGAAACGCTCTGTCATAGATAAAAGCGTGTTTAATCACTTCTGCCATTCCGGATCGAAGCTCTTTTTCAGGCAAAGAACGCAGGAAGTCTGTATCGTAGAGCACGGCCTTCGGC > CP006881/2196223‑2196489
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
