Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A14 F56 I20 R2
|
1958 |
92.1 |
3575798 |
91.1% |
3257551 |
126.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP006881 |
2,196,942 |
G→A |
T8T (ACC→ACT) |
U712_11005 ← |
3‑dehydroquinate synthase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP006881 | 2,196,942 | 0 | G | A | 98.8%
| 268.0
/ NA
| 86 | T8T (ACC→ACT) | U712_11005 | 3‑dehydroquinate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (55/30); minor base T (0/1); total (55/31) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.60e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CATCACCATACAGGCGGTCAACCTCTTCATCCGTGACAAGCATAATCCGTGTTAAAGGCCTGTTTAGAGAGTTTAATAGTTCGCAAACCTCTTTTCTGATGCCTTGTCCGATAAAAACAGGATACGACGAGGAAGCGGTTTGAACATGCAGTGTTTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGTCGATTTGATCTAAGCCGAATTGTTCAACGACTGCGTTCGCAATCTCCCATGCGA > CP006881/2196806‑2197071
|
catcaCCATACAGGCGGTCCACTTCTTCATCCGTGACAAACATAATCCTTGTTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGt > 5:5800/1‑139 (MQ=255)
aCCATACAGGCGGTCCACTTCTTCATCCGTGACAAACATAATCCTTGTTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGa < 4:394352/139‑1 (MQ=255)
tACAGGCGGTCCACTTCTTCATCCGTGACAAACATAATCCTTGTTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACAt > 4:180980/1‑139 (MQ=255)
aGGCGGTCCACTTCTTCATCCGTGACAAACATAATCCTTGTTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCa < 4:79396/139‑1 (MQ=255)
gCGGTCCACTTCTTCATCCGTGACAAACATAATCCTTGTTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAgt > 2:435076/1‑139 (MQ=255)
gTCCACTTCTTCATCCGTGACAAACATAATCCTTGTTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAgtgtc > 3:110896/1‑138 (MQ=255)
gTCCACTTCTTCATCCGTGACAAACATAATCCTTGTTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAgtgtc > 3:372414/1‑138 (MQ=255)
gTCCACTTCTTCATCCGTGACAAACATAATCCTTGTTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAgtgtc > 3:173230/1‑138 (MQ=255)
gTCCACTTCTTCATCCGTGACAAACATAATCCTTGTTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAAAAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAgtgtc > 7:337331/1‑138 (MQ=255)
gTCCACTTCTTCATCCGTGACAAACATAATCATTGTTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTAGCAAGCCTGATTTCTGATACCTTGTCCTATAAAAAAATGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAgtgct > 7:334605/1‑137 (MQ=255)
ccacatctTCATCCGTGACAAACATAATCCTTGTTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATCCAGTGtctt > 4:16210/6‑139 (MQ=255)
cATCCGTGACAAACATAATCCTTGTTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAAt > 7:424264/1‑139 (MQ=255)
cATCCGTGACAAACATAATCCTTGTTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGCATATTACGAGGAAGCAGTTTGCACATGCAGTGTCTTCATTAAAAt > 1:1517/1‑139 (MQ=255)
gACAAACATAATCCTTGTTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTc > 7:18319/1‑138 (MQ=255)
aCAAACATAATCCTTGTTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAAc > 7:370406/1‑110 (MQ=255)
aCAAACATAATCCTTGTTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAAc < 8:370406/110‑1 (MQ=255)
aCAAACATAATCCTTGTTAAAGGCCTCTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGAAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGAAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGa > 7:119463/1‑139 (MQ=255)
cAAACATAATCCTTGTTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGGCTTCATTAAAATTCCCTCGa < 6:56828/138‑1 (MQ=255)
aacATAATCCTTGTTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAg < 2:401595/137‑1 (MQ=255)
aacATAATCCTTGTTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAg > 8:32791/3‑139 (MQ=255)
cATAATCCTTGTTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGtt < 1:435076/139‑1 (MQ=255)
cATAATCCTTGTTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGtt < 2:377173/139‑1 (MQ=255)
tCCTTGTTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTtctc < 3:176787/139‑1 (MQ=255)
tgtTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGa > 8:66748/1‑125 (MQ=255)
tgtTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGa < 7:66748/125‑1 (MQ=255)
tgtTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCatat > 4:375975/1‑139 (MQ=255)
gtTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCatat > 4:118271/1‑138 (MQ=255)
gtTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCatat > 3:85840/1‑138 (MQ=255)
gtTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCatat > 3:256387/1‑138 (MQ=255)
gtTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATAtt > 4:130671/1‑139 (MQ=255)
gtTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATAtt > 1:386925/1‑139 (MQ=255)
gtTAAAGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGAAACCTTGTCCGAAAACAACAGGATATGACGAGGAAGCAGATTGAACATGCAGTGTCTTCATAAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATAtt > 2:340057/1‑139 (MQ=255)
aacgCCTGTTTAAAGAGGATAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAACACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATtctc < 5:97688/135‑1 (MQ=255)
aaGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATtctc < 8:18319/138‑1 (MQ=255)
aGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCca > 1:39212/1‑139 (MQ=255)
aGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCca > 4:224727/1‑139 (MQ=255)
aGGCCTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCca > 2:373438/1‑139 (MQ=255)
ccTGTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACAt < 4:85840/139‑1 (MQ=255)
gTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAgtgtc > 5:437461/1‑93 (MQ=255)
gTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAgtgtc < 6:437461/94‑2 (MQ=255)
gTTTAAAGAGGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACAttt > 7:395324/1‑138 (MQ=255)
agagGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGtt < 6:169836/112‑1 (MQ=255)
agagGTTAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGtt > 5:169836/1‑112 (MQ=255)
gttAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCg > 4:339548/2‑139 (MQ=255)
ttAATAGTTCGCAAGCGTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAGGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCTTTAAAATTCCATCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCgg > 1:116297/1‑139 (MQ=255)
ttAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACAt < 4:223469/125‑1 (MQ=255)
ttAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACAt > 3:223469/1‑125 (MQ=255)
ttAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCgg > 6:416263/1‑139 (MQ=255)
ttAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCgg > 5:150290/1‑139 (MQ=255)
ttAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCgg > 1:247110/1‑139 (MQ=255)
ttAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCgg > 5:292195/1‑139 (MQ=255)
ttAATAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCgg > 3:315015/1‑139 (MQ=255)
aaTAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGt < 3:16210/138‑1 (MQ=255)
aaTAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGt < 2:36509/138‑1 (MQ=255)
aaTAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGt > 1:36509/1‑138 (MQ=255)
aaTAGTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGt > 5:33885/1‑138 (MQ=255)
gTTCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGTCAAt < 7:32791/138‑1 (MQ=255)
ttCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACAtt < 2:206149/119‑1 (MQ=255)
ttCGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACAtt > 1:206149/1‑119 (MQ=255)
cGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGTCAAt > 3:56607/1‑135 (MQ=255)
cGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGTCAAt < 4:56607/135‑1 (MQ=255)
cGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGTCAATTTGa > 7:404363/1‑139 (MQ=255)
cGCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGTCAATTTGa > 3:213793/1‑139 (MQ=255)
gCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGTCAATTTGAt < 1:259210/139‑1 (MQ=255)
gCAAGCCTTTTTTCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGTCAATTTGAt < 7:310970/139‑1 (MQ=255)
ttttCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGTCAATTTGATCTAATCCg < 4:256387/138‑1 (MQ=255)
ttCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGTCAATTTGATCTAATCCGaa < 3:118271/138‑1 (MQ=255)
ttCTGATACCTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGTCAATTTGATCTAATCCGaa < 5:416263/138‑1 (MQ=255)
ataccTTGTCCGATAAAAACAGGATATGAGGAGGAAGCAGTTTGAACATGCTGTGTCTTCATAAAAATTCCCTCGACATTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGTCAATTTGTTCTATTCCGAATTg < 2:329722/133‑1 (MQ=255)
ataccTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGTCAATTTGATCTAATCCGAATTGtt > 4:155135/4‑138 (MQ=255)
ataccTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGTCAATTTGATCTAATCCGAATTGtt > 4:150614/4‑138 (MQ=255)
ataccTTGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGTCAATTTGATCTAATCCGAATTGtt > 7:429613/4‑138 (MQ=255)
tGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGTCAATTTGATCTAATCCGAATTg > 5:40671/1‑130 (MQ=255)
tGTCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGTCAATTTGATCTAATCCGAATTg < 6:40671/130‑1 (MQ=255)
gTCCTATAAAAACAGTATATGACGAGGAAGCTGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCACTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGTCAATTTGATCTATTCCGATTTGTTCAACGAc < 1:142642/138‑1 (MQ=255)
tCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGTCAATTTGAt < 5:446897/115‑1 (MQ=255)
tCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGTCAATTTGAt > 6:446897/1‑115 (MQ=255)
tCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGTCAATTTGATCTAATCCGAATTGTTCAACGACTg > 2:233827/1‑139 (MQ=255)
tCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGTCAATTTGATCTAATCCGAATTGTTCAACGACTg > 2:160536/1‑139 (MQ=255)
tCCGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGTCAATTTGATCTAATCCGAATTGTTCAACGACTg > 1:88981/1‑139 (MQ=255)
cGATAAAAACAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGTCAATTTGATCTAATCCGAATTGTTCAACGACTGCg > 8:273677/1‑139 (MQ=255)
aaaaCAGGATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGTCAATTTGATCTAATCCGAATTGTTCAACGACTGCGTTCGc < 8:429613/139‑1 (MQ=255)
gATATGACGAGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGTCAATTTGATCTAATCCGAATTGTTCAACGACTGCGTTCGCAATTTcc > 2:35253/1‑139 (MQ=255)
gacgaGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACAt > 6:341207/1‑72 (MQ=255)
gacgaGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACAt < 5:341207/72‑1 (MQ=255)
gaGGAAGCAGTTTGAACATGCAGTGTCTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGTCAATTTGATCTAATCCGAATTGTTCAACGACTGCGTTCGCAATTTCCCAAGCGa > 5:224281/1‑138 (MQ=255)
|
CATCACCATACAGGCGGTCAACCTCTTCATCCGTGACAAGCATAATCCGTGTTAAAGGCCTGTTTAGAGAGTTTAATAGTTCGCAAACCTCTTTTCTGATGCCTTGTCCGATAAAAACAGGATACGACGAGGAAGCGGTTTGAACATGCAGTGTTTTCATTAAAATTCCCTCGACAGTTTTCTCATATTCTCCACATTTTCTCTAATGCGGTCGATTTGATCTAAGCCGAATTGTTCAACGACTGCGTTCGCAATCTCCCATGCGA > CP006881/2196806‑2197071
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
