Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A14 F56 I20 R2
|
1958 |
92.1 |
3575798 |
91.1% |
3257551 |
126.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP006881 |
2,197,412 |
G→A |
D242D (GAC→GAT) |
U712_11010 ← |
Chorismate synthase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP006881 | 2,197,412 | 0 | G | A | 100.0%
| 258.3
/ NA
| 82 | D242D (GAC→GAT) | U712_11010 | Chorismate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (36/46); total (36/46) |
TCCCTTTTCCTCGTCCCAAATGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCTTCCGGCTGCTTCAAAGCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCAGCAGCAAGCTTGCTGTCCAGTTTGCGGTCATAATGGACGTAGCTGCCAACGCCTACTGGCATTCCCTCGACAATGACTTCTACAATTCCGCCGATGGAATCTCCGTTGGCCTTCGCTTCATCAATGGCAGCCATCATTTTTTTGCCCGC > CP006881/2197283‑2197546
|
tCCTTTTTCCTCGTCCCAAATGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTg < 4:163237/139‑1 (MQ=255)
tCCTTTTTCCTCGTCCCAAATGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTg < 6:186762/139‑1 (MQ=255)
tCCTTTTTCCTCGTCCCAAATGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTg < 7:103443/139‑1 (MQ=255)
tCCTTTTTCCTCGTCCCAAATGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTg < 8:302402/139‑1 (MQ=255)
ttttCCTCGTCCCAAATGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGt > 7:188210/1‑139 (MQ=255)
tttCCTCGTCCCAAATGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTg > 8:360060/1‑134 (MQ=255)
tttCCTCGTCCCAAATGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTg < 7:360060/134‑1 (MQ=255)
tttCCTCGTCCCAAATGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCgg < 6:214659/137‑1 (MQ=255)
tttCCTCGTCCCAAATGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGt > 1:256022/1‑138 (MQ=255)
tttCCTCGTCCCAAATGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGt > 6:395109/1‑138 (MQ=255)
tttCCTCGTCCCAAATGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGt > 3:202173/1‑138 (MQ=255)
tttCCTCGTCCCAAAAGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCgg < 1:89131/137‑1 (MQ=255)
attCCTCGTCCCAAATGATCTCGTCATGTACTTCCCTTCCATTTAGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTACACAACTATAAAAGCGTTAATTGACAGAACAGAGCCAGAAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGt > 4:378828/2‑138 (MQ=255)
cTCGTCCCAAATGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATa < 8:188210/138‑1 (MQ=255)
cTCGTCCCAAATGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATa < 7:72275/138‑1 (MQ=255)
cTCGTCCCAAATGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATa < 7:21503/138‑1 (MQ=255)
cTCGTCCCAAATGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATa < 3:343039/138‑1 (MQ=255)
cTCGTCCCAAATGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACAACTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCCGCTTGCGGTCATa < 5:402008/138‑1 (MQ=255)
cGTCCCAAATGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATg > 1:200164/1‑139 (MQ=255)
cGTCCCAAATGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATg > 3:234252/1‑139 (MQ=255)
cGTCCCAAATGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATg > 7:147048/1‑139 (MQ=255)
cGTCCCAAATGATCTCGTCATGGACTTAGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAAAACGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGAGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCAAGCTTGCGGTCATAATg > 4:41984/1‑139 (MQ=255)
gTCCCAAATGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATg > 3:73724/1‑138 (MQ=255)
gTCCCAAATGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATACCACACCTATAAATGCGTTAAATGACAGAACAGCCCCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATg > 6:402008/1‑138 (MQ=255)
tCCCTAATGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAACTCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGa < 5:445186/139‑1 (MQ=255)
tCCCAAATGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATa < 6:1501/134‑1 (MQ=255)
tCCCAAATGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATa > 5:1501/1‑134 (MQ=255)
tCCCAAATGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGa < 1:301238/139‑1 (MQ=255)
aaTGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAg < 3:399272/139‑1 (MQ=255)
aaTGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAg < 2:216402/139‑1 (MQ=255)
aaTGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAg < 8:351700/139‑1 (MQ=255)
ctcGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGccc > 3:131313/1‑138 (MQ=255)
gTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAg < 4:24079/130‑1 (MQ=255)
gTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAg > 3:24079/1‑130 (MQ=255)
gTCATGGACTTCGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGcc < 3:429308/135‑1 (MQ=255)
cGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGcc < 8:92444/124‑1 (MQ=255)
cGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGcc > 7:92444/1‑124 (MQ=255)
cGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGc < 4:73724/137‑1 (MQ=255)
cGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCAt > 1:106197/1‑139 (MQ=255)
cGCTTCCATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCAt > 4:438631/1‑139 (MQ=255)
ccATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTccc < 2:256022/138‑1 (MQ=255)
cATTTCGCCCTGCTGCCTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCt < 4:32975/138‑1 (MQ=255)
cATTTCGCCCTGCTGACTCAAATCCGCTGCAGAATTCCACTCCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCATCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCt < 7:267165/138‑1 (MQ=255)
cgccctgctgccTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACa < 4:183935/132‑1 (MQ=255)
cgccctgctgccTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACa < 6:117504/132‑1 (MQ=255)
gccctgctgccTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACAAt < 8:276400/134‑1 (MQ=255)
gccctgctgccTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACAAt < 8:337300/134‑1 (MQ=255)
gccctgctgccTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACAAt < 2:364205/134‑1 (MQ=255)
ctgctgccTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACAATGAc < 2:106197/137‑1 (MQ=255)
ctgctgccTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACAATGAc < 3:151282/137‑1 (MQ=255)
ctgctgccTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACAATGAc < 5:401933/137‑1 (MQ=255)
ctgctgccTCAAATCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACAATGAc < 5:271768/137‑1 (MQ=255)
aaaTCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACAATGACTTCTActa < 4:131313/137‑3 (MQ=255)
tccGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGCCAATGACTTCTACTATTccg > 1:345883/2‑139 (MQ=255)
aTGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAg < 7:89465/87‑1 (MQ=255)
aTGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAg > 8:89465/1‑87 (MQ=255)
aTGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACAATGACTTCTACTATTCCGCCGa > 8:149283/1‑139 (MQ=255)
aTGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACAATGACTTCTACTATTCCGCCGa < 4:14687/139‑1 (MQ=255)
aaTTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACAATGACTTCTACTATTCCGCCGATGGAAt < 1:59021/139‑1 (MQ=255)
cacaCCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACAATGACTTCTACTATTCCGCCGATGGAATCTCCg > 6:170836/1‑139 (MQ=255)
cacCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACAATGACTTCTACTATTCCGCCGATGGAATCTCCGtt > 1:383465/1‑139 (MQ=255)
ttAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCt > 4:373659/1‑81 (MQ=255)
ttAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCt < 3:373659/81‑1 (MQ=255)
tAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACAATGACTTCTACTATTCCGCCGATGGAATCTCCGTTTGcc < 3:74556/137‑1 (MQ=255)
tAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACAATGACTTCTACTATTCCGCCGATGGAATCTCCGTTTGcc < 3:41984/137‑1 (MQ=255)
gTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGAca > 7:231515/1‑57 (MQ=255)
gTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGAca < 8:231515/58‑2 (MQ=255)
gTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACAATGAc < 3:183427/96‑1 (MQ=255)
gTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACAATGACTTCTACTATTCCGCCGATGGAATCTCCGTTTGCCTTTGCTtca > 7:222200/1‑139 (MQ=255)
gTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACAATGACTTCTACTATTCCGCCGATGGAATCTCCGTTTGCCTTTGCTtca > 5:164864/1‑139 (MQ=255)
gTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACAATGACTTCTACTATTCCGCCGATGGAATCTCCGTTTGCCTTTGCTtca > 6:326869/1‑139 (MQ=255)
gTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACAATGACTTCTACTATTCCGCCGATGGAATCTCCGTTTGCCTTTGCTtca > 8:21415/1‑139 (MQ=255)
gTTAATTGACAGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCCACAATGAc > 4:183427/1‑96 (MQ=255)
aGAACAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACAATGACTTCTACTATTCCGCCGATGGAATCTCCGTTTGCCTTTGCTTCATCAATGGCAg > 1:423868/1‑139 (MQ=255)
aaCAGCGGCAGCAAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACAATGACTTCTACTATTCCGCCGATGGAATCTCCGTTTGCCTTTGCTTCATCAATGGCAGc > 5:255520/1‑138 (MQ=255)
cggcagcaAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACAATGACTTCTACTATTCCGCCGATGGAATCTCCGTTTGCCTTTGCTTCATCAATGGCAGCcatcat > 5:172034/3‑139 (MQ=255)
cggcagcaAGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACAATGACTTCTACTATTCCGCCGATGGAATCTCCGTTTGCCTTTGCTTCATCAATGGCAGCcatcat > 5:164418/3‑139 (MQ=255)
aGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACAATGACTTCTACTATTCCGCCGATGGAATCTCCGTTTGCCTTTGCTTCATCAATGGCAGCCATCATTTTTTTGc > 4:169575/1‑139 (MQ=255)
aGCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACAATGACTTCTACTATTCCGCCGATGGAATCTCCGTTTGCCTTTGCTTCATCAATGGCAGCCATCATTTTTTTGc > 3:84073/1‑139 (MQ=255)
gCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACAATGACTTCTACTATTCCGCCGATGGAATCTCCGTTTGCCTTTGCTTCATCAATGGCAGCCATCATTTTTTTGcc < 4:84073/139‑1 (MQ=255)
gCTTGCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGCACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACAATGACTTCTACTAATCCGCCGATGGAATCTCCGTTTGCCTTTGCTTCATCAATGGCAGCCATCATTTTTTTGcc < 6:385499/139‑1 (MQ=255)
gCTATCCAGCTTGCGGTCATAATGGACATAGCTGCCCACGCCTACCGGCATTCCCTCGACAATGACTTCTACTATTCCGCCGATGGAATCTCCGTTTGCCTTTGCTTCATCAATGGCAGCCATCATTTTTTTGCCTGc < 7:233716/138‑1 (MQ=255)
|
TCCCTTTTCCTCGTCCCAAATGATCTCGTCATGGACTTCGCTTCCATTTCTTCCGGCTGCTTCAAAGCCGATGCCGAATTCCACACCTTTAAATGCGTTAATTGACAGAACAGCAGCAGCAAGCTTGCTGTCCAGTTTGCGGTCATAATGGACGTAGCTGCCAACGCCTACTGGCATTCCCTCGACAATGACTTCTACAATTCCGCCGATGGAATCTCCGTTGGCCTTCGCTTCATCAATGGCAGCCATCATTTTTTTGCCCGC > CP006881/2197283‑2197546
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
