Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A14 F56 I20 R2
|
1958 |
92.1 |
3575798 |
91.1% |
3257551 |
126.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP006881 |
2,197,673 |
G→A |
L155L (CTC→CTT) |
U712_11010 ← |
Chorismate synthase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP006881 | 2,197,673 | 0 | G | A | 100.0%
| 270.4
/ NA
| 84 | L155L (CTC→CTT) | U712_11010 | Chorismate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (47/37); total (47/37) |
TTCTTCATCGTAGCATCTGACCGGAGACTCCTCCGTTACACGCTGCAGGTCATCAATTGACGTATATTCTGTTTTTTCAGCTTTAACTGCGCCAATTTGCAATACGTGACCTGCCACCTTAATGCCGAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCGACAGCTCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAGCGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGGTGATTATATTTAATCGCTCCGTTTAAGTCAGC > CP006881/2197547‑2197801
|
ctcttcATCGAAGCTTCTGACAGGTGACTCTTCCGTTACACGCTGCATGGCTTCAATTGCCTTATACTCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCACCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCagaaaga < 4:202173/138‑1 (MQ=255)
tAGCATCTGACAGGAGACTCTTCCGTTACACGCTGCAAGTCTTCAATTGACGTATACTCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAg > 4:364041/1‑139 (MQ=255)
aGCATCTGACAGGAGACTCTTCCGTTACACGCTGCAAGTCTTCAATTGACGTATACTCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGc > 7:429960/1‑139 (MQ=255)
aGCATATGACAGGATACTCTTCATTAACAAGCAGCAAGTCTTCAAATGACGTATACTCTCTATTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCACGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCtttt > 6:90409/1‑135 (MQ=255)
tCTGACAGGAGACTCTTCCGTTACACGCTGCAAGTCTTCAATTGACGTATACTCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGcta > 5:279050/1‑135 (MQ=255)
tCTGACAGGAGACTCTTCCGTTACACGCTGCAAGTCTTCAATTGACGTATACTCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGcta > 3:56044/1‑135 (MQ=255)
gACAGGAGACTCTTCCGTTACCCGCTGCAAGTCTTCAATTGACGTATACTCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCAAATTTGCAACACGTGGCCAGCCACCTTAATGACAAGCTAAGAAAGAATCTTTTTAGCTACatcc > 8:22065/1‑136 (MQ=255)
gACAGGAGACTCTTCCGTTACACGCTGCAAGTCTTCAATTGACGTATACTCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGcc > 8:74225/1‑138 (MQ=255)
gACAGGAGACTCTTCCGTTACACGCTGCAAGTCTTCAATTGACGTATACTCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGcc > 8:15602/1‑138 (MQ=255)
gACAGGAGACTCTTCCGTTACACGCTGCAAGTCTTCAATTGACGTATACTCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGcc > 5:439260/1‑138 (MQ=255)
caggAGACTCTTCCGTTACACGCTGCAAGTCTTCAAATGACGTATACTCTGTATATTCAGCAATAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGcccc < 3:142479/137‑1 (MQ=255)
gagaCTCTTCCGTTACACGCTGCAAGTCTTCAATTGACGTATACTCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCGTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTGTTAGCTACAGCCCCTgc > 8:169235/1‑139 (MQ=255)
aCTCTTCCGTTACACGCTGCAAGTCTTCAATTGACGTATACTCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTgccgc > 7:180844/1‑139 (MQ=255)
aCTCTTCCGTTACACGCTGCAAGTCTTCAATTGACGTATACTCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGAAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTgccgc > 4:134128/1‑139 (MQ=255)
ttccGTTACACGCTGCAAGTCTTCAATTGACGTATACTCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCAct > 1:181724/2‑139 (MQ=255)
ccGTTACACGCTGCAAGTCTTCAATTGACGTATACTCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCAc < 3:364041/136‑1 (MQ=255)
cGTTACACGCTGCAAGTCTTCAATTGACGTATACTCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCActct < 7:74225/138‑1 (MQ=255)
cGCTGCAAGTCTTCAATTGACGTATACTCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAgttg > 6:218238/1‑139 (MQ=255)
cGCTGCAAGTCTTCAATTGACGTATACTCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAgttg > 3:184275/1‑139 (MQ=255)
tGCAAGTCTTCAATTGACGTTTACTCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCACGCCACCTTAAGGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCAACGCTGCCAgttgtt > 8:278346/1‑138 (MQ=255)
tGCAAGTCTTCAATTGACGTATACTCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCCCTCTGACAGTTGttt > 4:144643/1‑139 (MQ=255)
tGCAAGTCTTCAATTGACGTATACTCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGttt > 2:49567/1‑139 (MQ=255)
tGCAAGTCTTCAATTGACGTATACTCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGttt > 2:28854/1‑139 (MQ=255)
caagTCTTCAATTGACGTATACTCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTcc > 2:80139/4‑139 (MQ=255)
ttcaATTGACGTATACTCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCt > 2:321058/2‑139 (MQ=255)
ttcaATTGACGTATACTCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCt > 7:268256/2‑139 (MQ=255)
gACGTATACTCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAagaa < 1:28854/138‑2 (MQ=255)
tactCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCt > 6:59307/4‑67 (MQ=255)
tactCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCt < 5:59307/64‑1 (MQ=255)
tactCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAagaa < 6:38429/129‑2 (MQ=255)
tactCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAagaa > 5:38429/4‑131 (MQ=255)
tactCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCaa > 1:200984/4‑139 (MQ=255)
actCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAg < 2:181724/137‑1 (MQ=255)
tGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCTAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGcaca > 2:23008/1‑139 (MQ=255)
tGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGcaca > 2:357595/1‑139 (MQ=255)
tGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGcaca > 5:444032/1‑139 (MQ=255)
tGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGca < 8:3946/137‑1 (MQ=255)
gTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACAt > 4:41350/1‑139 (MQ=255)
ttttttCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACAtt > 6:140608/1‑139 (MQ=255)
ttttttCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACAtt > 7:403465/1‑139 (MQ=255)
ttttttCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACAtt > 8:156886/1‑139 (MQ=255)
ttttttCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACAtt > 6:290697/1‑139 (MQ=255)
ttttttCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACAtt > 4:397749/1‑139 (MQ=255)
ttttttCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACAtt > 8:368578/1‑139 (MQ=255)
ttttttCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACAt > 2:319475/1‑138 (MQ=255)
ttttttCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCATGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACAtt > 5:249005/1‑139 (MQ=255)
gCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAg > 5:183961/1‑125 (MQ=255)
gCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAg < 6:183961/125‑1 (MQ=255)
gCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCatat < 4:184275/139‑1 (MQ=255)
gCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGACCGCCACCTTAAAGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTATTAGCTAAAGCCCCTGCCGCCACTCTGACATTAGTTTACCTTGCTGAAGAACACTCAAGCACAGTTAACata > 6:354610/1‑138 (MQ=255)
tAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCAc > 1:147105/1‑138 (MQ=255)
tAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCAc < 8:268256/138‑1 (MQ=255)
tAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCAc > 3:222091/1‑138 (MQ=255)
tAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCAc < 8:403465/138‑1 (MQ=255)
aaCAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACg < 3:41350/138‑1 (MQ=255)
aaCAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACg < 5:140608/138‑1 (MQ=255)
agcgcCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGa < 6:172034/138‑1 (MQ=255)
agcgcCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGa < 2:423868/138‑1 (MQ=255)
gcCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTccc < 7:119948/95‑1 (MQ=255)
gcCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTccc > 8:119948/1‑95 (MQ=255)
gcCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATta > 6:271173/1‑139 (MQ=255)
gcCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATta > 1:236038/1‑139 (MQ=255)
cAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATtata < 2:236038/139‑1 (MQ=255)
cAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATtata < 8:429960/139‑1 (MQ=255)
aTTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATAtt < 6:279050/139‑1 (MQ=255)
aTTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATAtt < 4:56044/139‑1 (MQ=255)
cAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAAt < 4:81987/138‑1 (MQ=255)
cAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTATTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGTCAGTTGGTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAAtt > 3:360783/1‑138 (MQ=255)
aacaCGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAAttg < 5:218238/136‑3 (MQ=255)
caCGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAATGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGca < 5:354610/138‑2 (MQ=255)
caCGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTTCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGca < 5:212272/138‑2 (MQ=255)
caCGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGca < 6:439260/138‑2 (MQ=255)
caCGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGca < 5:271173/138‑2 (MQ=255)
caCGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGca < 1:80139/138‑2 (MQ=255)
caCGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGca < 1:357595/138‑2 (MQ=255)
caCGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGca < 7:368578/138‑2 (MQ=255)
caCGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATATTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGca < 7:169235/138‑2 (MQ=255)
aCGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGcac < 1:319475/139‑3 (MQ=255)
ccgCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTaa < 2:200984/137‑1 (MQ=255)
cgCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAg < 5:290697/138‑1 (MQ=255)
cACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGt > 7:204382/1‑137 (MQ=255)
ccTTAATGCCACGCTCCCCAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTGTCCCTTGCTGAAGAACGCGCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGc < 1:364140/139‑1 (MQ=255)
tAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTccc > 4:271610/1‑66 (MQ=255)
tAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTccc < 3:271610/66‑1 (MQ=255)
|
TTCTTCATCGTAGCATCTGACCGGAGACTCCTCCGTTACACGCTGCAGGTCATCAATTGACGTATATTCTGTTTTTTCAGCTTTAACTGCGCCAATTTGCAATACGTGACCTGCCACCTTAATGCCGAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCGACAGCTCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAGCGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGGTGATTATATTTAATCGCTCCGTTTAAGTCAGC > CP006881/2197547‑2197801
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
