Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A14 F56 I20 R2
|
1958 |
92.1 |
3575798 |
91.1% |
3257551 |
126.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP006881 |
2,197,742 |
G→A |
R132R (CGC→CGT) |
U712_11010 ← |
Chorismate synthase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP006881 | 2,197,742 | 0 | G | A | 100.0%
| 228.5
/ NA
| 75 | R132R (CGC→CGT) | U712_11010 | Chorismate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (37/38); total (37/38) |
TATTCTGTTTTTTCAGCTTTAACTGCGCCAATTTGCAATACGTGACCTGCCACCTTAATGCCGAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCGACAGCTCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAGCGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGGTGATTATATTTAATCGCTCCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATTTGGCGCTTCATTTCCTTTTCTTCATCCTCTGTAATCGGAGCCGCA > CP006881/2197611‑2197871
|
tactCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCaa > 1:200984/4‑139 (MQ=255)
actCTGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAg < 2:181724/137‑1 (MQ=255)
tGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCTAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGcaca > 2:23008/1‑139 (MQ=255)
tGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGcaca > 2:357595/1‑139 (MQ=255)
tGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGcaca > 5:444032/1‑139 (MQ=255)
tGTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGca < 8:3946/137‑1 (MQ=255)
gTTTTTTCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACAt > 4:41350/1‑139 (MQ=255)
ttttttCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACAtt > 8:156886/1‑139 (MQ=255)
ttttttCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACAtt > 6:140608/1‑139 (MQ=255)
ttttttCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACAtt > 6:290697/1‑139 (MQ=255)
ttttttCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACAtt > 7:403465/1‑139 (MQ=255)
ttttttCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACAtt > 8:368578/1‑139 (MQ=255)
ttttttCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACAtt > 4:397749/1‑139 (MQ=255)
ttttttCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACAt > 2:319475/1‑138 (MQ=255)
ttttttCAGCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCATGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACAtt > 5:249005/1‑139 (MQ=255)
gCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAg < 6:183961/125‑1 (MQ=255)
gCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAg > 5:183961/1‑125 (MQ=255)
gCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCatat < 4:184275/139‑1 (MQ=255)
gCTTTAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGACCGCCACCTTAAAGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTATTAGCTAAAGCCCCTGCCGCCACTCTGACATTAGTTTACCTTGCTGAAGAACACTCAAGCACAGTTAACata > 6:354610/1‑138 (MQ=255)
tAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCAc < 8:268256/138‑1 (MQ=255)
tAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCAc > 3:222091/1‑138 (MQ=255)
tAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCAc < 8:403465/138‑1 (MQ=255)
tAACAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCAc > 1:147105/1‑138 (MQ=255)
aaCAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACg < 5:140608/138‑1 (MQ=255)
aaCAGCGCCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACg < 3:41350/138‑1 (MQ=255)
agcgcCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGa < 6:172034/138‑1 (MQ=255)
agcgcCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGa < 2:423868/138‑1 (MQ=255)
gcCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATta > 6:271173/1‑139 (MQ=255)
gcCAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATta > 1:236038/1‑139 (MQ=255)
cAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATtata < 8:429960/139‑1 (MQ=255)
cAATTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATtata < 2:236038/139‑1 (MQ=255)
aTTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATAtt < 6:279050/139‑1 (MQ=255)
aTTTGCAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATAtt < 4:56044/139‑1 (MQ=255)
cAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAAt < 4:81987/138‑1 (MQ=255)
cAACACGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTATTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGTCAGTTGGTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAAtt > 3:360783/1‑138 (MQ=255)
aacaCGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAAttg < 5:218238/136‑3 (MQ=255)
caCGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAATGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGca < 5:354610/138‑2 (MQ=255)
caCGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTTCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGca < 5:212272/138‑2 (MQ=255)
caCGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGca < 1:357595/138‑2 (MQ=255)
caCGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGca < 7:368578/138‑2 (MQ=255)
caCGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGca < 5:271173/138‑2 (MQ=255)
caCGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGca < 6:439260/138‑2 (MQ=255)
caCGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGca < 1:80139/138‑2 (MQ=255)
caCGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATATTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGca < 7:169235/138‑2 (MQ=255)
aCGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGcac < 1:319475/139‑3 (MQ=255)
ccgCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTaa < 2:200984/137‑1 (MQ=255)
cgCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAg < 5:290697/138‑1 (MQ=255)
cACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGt > 7:204382/1‑137 (MQ=255)
ccTTAATGCCACGCTCCCCAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTGTCCCTTGCTGAAGAACGCGCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGc < 1:364140/139‑1 (MQ=255)
aGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCCCTCGGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGCACGCTCAAGCACAATTCTCATATCACGAAGATTATATTTAATAGCACCGATTAAGTCAGCGTGcccgagtc > 4:276453/1‑134 (MQ=255)
aGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACGTTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGtc > 6:263872/1‑139 (MQ=255)
aGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCCCGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGtc > 1:182076/1‑139 (MQ=255)
aGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGca < 2:310693/114‑2 (MQ=255)
aGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGca > 1:310693/1‑113 (MQ=255)
aGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGtc > 5:75606/1‑139 (MQ=255)
aGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGtc > 5:223694/1‑139 (MQ=255)
ccTCAGCAAGACTCTTTTTAGCGACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGGTGTTTCCCTTGCAGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGGTTAAGTCAGCGTGCCCAGGtct < 2:184932/138‑1 (MQ=255)
gaaTCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGa < 3:397749/139‑1 (MQ=255)
gaaTCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGa < 7:156886/139‑1 (MQ=255)
aTCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGAtt > 4:287560/1‑89 (MQ=255)
aTCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGAtt < 3:287560/89‑1 (MQ=255)
aTCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCa > 5:286975/1‑114 (MQ=255)
aTCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCa < 6:286975/114‑1 (MQ=255)
aTCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTATCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGaaa > 7:52533/1‑139 (MQ=255)
tttttAGCTCCAGCCAATTCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCGTTGCTTAAGAAAGCTCCAGCACATAAGTAATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGGTTAAGTCAGCGAGCCGAGGTCACGGTCTGGAAAtct > 2:295233/1‑137 (MQ=255)
gccgccACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTTCATTTCCttt > 6:398283/1‑138 (MQ=255)
gccgccACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGAATATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTTCATATCCtttt > 7:338344/1‑139 (MQ=255)
ccgccACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTTCATTTCCTTttc < 1:214554/139‑1 (MQ=255)
cACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGGGCGTCAGTTCCttttggtca > 8:269881/1‑134 (MQ=255)
tctGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTGCAGTTCCGTTTGTTAATca > 2:406291/1‑138 (MQ=255)
aCAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATCTTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTTCATTTCCTTTTCTTCATCttc < 1:406291/137‑1 (MQ=255)
aCAGTTGATTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGGGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTTCATTTCCTTTTCTTCAtcttct < 5:90409/138‑1 (MQ=255)
tGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTTCATTTCCTTTTCTTCATCTTCTGTAATCGGAGCGGcg > 3:183477/1‑138 (MQ=255)
tGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTTCATTTCCTTTTCGTCATCTTCTGTAATCGGAGCGGcg > 7:60014/1‑138 (MQ=255)
gCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTTCATTTCCTTTTCTTCATCTTCTGTAATCGGAGCGGcg < 4:222091/138‑2 (MQ=255)
|
TATTCTGTTTTTTCAGCTTTAACTGCGCCAATTTGCAATACGTGACCTGCCACCTTAATGCCGAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCGACAGCTCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAGCGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGGTGATTATATTTAATCGCTCCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATTTGGCGCTTCATTTCCTTTTCTTCATCCTCTGTAATCGGAGCCGCA > CP006881/2197611‑2197871
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
