Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A14 F56 I20 R2
|
1958 |
92.1 |
3575798 |
91.1% |
3257551 |
126.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP006881 |
2,198,425 |
T→C |
L186M (CTA→TTG) |
U712_11015 ← |
Chemotaxis protein methyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP006881 | 2,198,425 | 0 | T | C | 98.2%
| 178.6
/ NA
| 57 | L186M (CTA→TTG) | U712_11015 | Chemotaxis protein methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (35/21); minor base A (1/0); total (36/21) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AAATAGGACTCCATTCTTTTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATAAAGCTCTTCCTTGGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACAATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCAGCCAGTAGATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGCTTTTACTTCATAACTTCTATTTGCATTTTGAGTAAAATAACGATCCTTCACAGATGAAGGTACTTCCTGTAAAGACCTCTCCTGATAGA > CP006881/2198293‑2198555
|
aaaaAGAACTCCATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATtg > 1:151721/1‑139 (MQ=255)
aaaaAGAACTCCATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATtg > 7:137227/1‑139 (MQ=255)
aaaaAGAACTCCATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATtg > 3:111693/1‑139 (MQ=255)
aaaaAGAACTCCATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATtg > 2:442834/1‑139 (MQ=255)
aaaaAGAACTCCATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTAATAACGATCCGCCAGCAAATtg > 5:254012/1‑139 (MQ=255)
aaaaAGAACTCCAATCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTACTTCGCGCTTTATGTAAAATAAATAAATACATAGAGGCACAAGATTAAGTAAAACTCTTGTTCAAAAAGATCCGCCAGCAAATtg > 7:2940/1‑139 (MQ=255)
cATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACTCGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGa < 8:123737/138‑1 (MQ=255)
cATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGa < 8:201869/138‑1 (MQ=255)
atCAAGCTATGTGCGATTTTTTAATACCGCGCTTCCTTGGCGCTTTCTGTTAAATAATTAATTTCATTGCGGCACAGGATTAAGGCTAAGTCTAGTTCTTAAAGATCCGCCAGAAAATTTTGATTATTGAATGtattat > 2:345789/2‑139 (MQ=255)
cAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTc > 8:254042/1‑139 (MQ=255)
tgtgCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGa > 3:71555/1‑139 (MQ=255)
tgtgCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGa > 5:19195/1‑139 (MQ=255)
ttttAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGTCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCgtt > 6:68061/1‑137 (MQ=255)
ttttAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCgtt > 8:306419/1‑137 (MQ=255)
taaatacaGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGtttt < 7:306419/138‑1 (MQ=255)
taaatacaGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGtttt < 1:442834/138‑1 (MQ=255)
taaatacaGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGtttt < 8:2940/138‑1 (MQ=255)
taaatacaGCTCTTCCTTCGCGCCTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGtttt < 5:114764/138‑1 (MQ=255)
taaatacaGCTCTTACTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGGTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGtttt < 1:252732/138‑1 (MQ=255)
aatacaGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGttttca < 4:71555/138‑3 (MQ=255)
tacaGCTCTTACTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACtt < 2:81286/136‑1 (MQ=255)
aGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCAt < 2:406119/139‑1 (MQ=255)
ctctTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATaa > 4:71972/1‑139 (MQ=255)
ctctTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATAAATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTATTTAATGTAATATTCTTTTTGATATCCGTTTTCACTTCATa > 5:243376/1‑138 (MQ=255)
ttCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAAc < 6:108278/137‑1 (MQ=255)
ttCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACtt > 4:57383/1‑139 (MQ=255)
ccTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTc > 5:223715/1‑138 (MQ=255)
tCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGtttt > 3:337826/1‑139 (MQ=255)
aataaataCATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATaa < 6:223715/139‑1 (MQ=255)
aataaataCATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATaa < 3:71972/139‑1 (MQ=255)
taaataCATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACg < 7:346063/139‑1 (MQ=255)
aataCATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGAt < 4:305137/139‑1 (MQ=255)
aataCATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGAt < 8:137227/139‑1 (MQ=255)
cATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGCTCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGATCttt > 8:103588/1‑139 (MQ=255)
cATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGATCttt < 2:60363/139‑1 (MQ=255)
tGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGATCTTTca > 5:71533/1‑138 (MQ=255)
tGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGATCTTTca > 8:169309/1‑138 (MQ=255)
tGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGATCTTTca > 3:60538/1‑138 (MQ=255)
tGCGGCACACGATTAAGTCAAAGGCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGATTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGATCTTTca > 4:72123/1‑138 (MQ=255)
cGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGATCTTTca > 3:98203/1‑136 (MQ=255)
ggCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGATCTTTCACAGa < 4:337826/139‑1 (MQ=255)
cacacgATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATAGTGCTTTTTCAATGTATTATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATACCTACTATTTGCGTTTTGCG‑AAAATAACGATCTTTCACAGAtag > 3:276149/1‑137 (MQ=255)
cacgATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGATCTTTCACAGAtagc > 6:25971/1‑136 (MQ=255)
aaGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAATTTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTATTGCGTAAAATAACGATCTTTCACAGATAGCGGCACTTCCTga > 1:365270/1‑137 (MQ=255)
aaGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGCTCTTTCACAGATAGCGGCCCTTCCTGt > 5:282011/1‑138 (MQ=255)
tGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGATCTTTCACAGATAGCGGCACTTCCTGTAAAGAcc > 3:65381/1‑139 (MQ=255)
tGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGATCTTTCACAGATAGCGGCACTTCCTGTAAAGAcc > 8:4063/1‑139 (MQ=255)
gTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGATCTTTCACAGAtagcgg < 3:98381/121‑6 (MQ=255)
gTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGATCTTTCACAGAtagcgg > 4:98381/1‑116 (MQ=255)
ttCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCAATTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGATCTTTCACAGATAGCGGCACTTCCTGTAAAGAccg < 7:405160/138‑2 (MQ=255)
tAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGATCTTTCACAGATAGCGGCACTTCCTGTAAAGACCGCTCCt > 1:321569/1‑139 (MQ=255)
aaCGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCTTAAAATAACGATCTTTCACAGATAGCGGCACTTCCTGTAAAGACAGCTCCt > 8:372215/1‑138 (MQ=255)
aaCGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGATCTTTCACAGATAGCGGCACTTCCTGTAAAGACCGCTCCt > 4:296291/1‑138 (MQ=255)
tccgCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGATCTTTCACAGAta < 6:134718/103‑2 (MQ=255)
tccgCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGATCTTTCACAGAta > 5:134718/4‑105 (MQ=255)
tccgCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGATCTTTCACAGATAGCGGCTCTTCCTGTAAAGACCGCTCCTGATaaa > 2:168428/4‑137 (MQ=255)
tccgCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGATCTTTCACAGATAGCGGCACTTCCTGTAAAGACCGCTCCTGATaaa > 5:89194/4‑137 (MQ=255)
|
AAATAGGACTCCATTCTTTTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATAAAGCTCTTCCTTGGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACAATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCAGCCAGTAGATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGCTTTTACTTCATAACTTCTATTTGCATTTTGAGTAAAATAACGATCCTTCACAGATGAAGGTACTTCCTGTAAAGACCTCTCCTGATAGA > CP006881/2198293‑2198555
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
