Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F22 I1 R1
|
5 |
95.5 |
4595946 |
94.2% |
4329381 |
136.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947 |
4,741,277 |
C→T |
intergenic (+468/+284) |
gltA → / ← yeiW |
citrate synthase/putative oxidoreductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947 | 4,741,277 | 0 | C | T | 79.6%
| 109.5
/ 20.0
| 55 | intergenic (+468/+284) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/5); new base T (26/17); total (33/22) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.43e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CC‑TCC‑GCCAAC‑TGCATTCGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTC > NC_002947/4741165‑4741407
|
cATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTTTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGccc < 1:1079630/150‑1 (MQ=255)
gCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGac > 1:1430826/1‑150 (MQ=255)
tcctTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACg > 1:1158375/1‑150 (MQ=255)
ctTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGacacaga > 1:1416772/1‑147 (MQ=255)
gTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGc > 1:991550/1‑150 (MQ=255)
tgtgCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCt < 2:759384/150‑1 (MQ=255)
gtgCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTc < 1:727904/150‑1 (MQ=255)
gtgCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTc < 1:1240136/150‑1 (MQ=255)
tgCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCGCAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCg > 1:665217/1‑150 (MQ=255)
agcaCGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGAcc > 1:1872473/1‑150 (MQ=255)
caCGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCtt < 2:1158375/150‑1 (MQ=255)
aCGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTAGTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGGCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTg < 1:276318/150‑1 (MQ=255)
cGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTgg < 1:700513/150‑1 (MQ=255)
tCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAgc > 1:321230/1‑150 (MQ=255)
aCGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAgcgg > 1:393221/1‑150 (MQ=255)
gcggcgTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAgcggcg > 1:880564/1‑150 (MQ=255)
gcggcgTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAgcggcg > 1:1717689/1‑150 (MQ=255)
tCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGa > 2:2236798/1‑150 (MQ=255)
cACCGGCCATGGCATCTAGCACTGCATATCCTTCCAGCTCTGGCCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGAt < 2:708004/150‑1 (MQ=255)
cGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCAc < 1:96239/150‑1 (MQ=255)
gCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTcctcct > 2:159688/1‑111 (MQ=255)
gCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTcctcct < 1:159688/111‑1 (MQ=255)
ccATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGt < 2:2148453/150‑1 (MQ=255)
cATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTc > 2:1404744/1‑150 (MQ=255)
gCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCacac < 2:1430826/150‑1 (MQ=255)
gTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcg > 1:1409360/1‑150 (MQ=255)
tATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTTCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTCCCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCCCACcgc > 2:482394/1‑150 (MQ=255)
tATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGCCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGcc < 1:810899/131‑1 (MQ=255)
tATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGCCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGcc > 2:810899/1‑131 (MQ=255)
aTTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGacac < 2:977485/93‑1 (MQ=255)
aTTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGacac > 1:977485/1‑93 (MQ=255)
gAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATa < 1:2236798/150‑1 (MQ=255)
aaCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg > 2:1453087/1‑150 (MQ=255)
cTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc > 2:978135/1‑150 (MQ=255)
tGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGcc < 1:2212932/150‑1 (MQ=255)
gggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCt < 2:880564/150‑1 (MQ=255)
ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAgc > 2:1329338/1‑97 (MQ=255)
ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt > 2:1507578/1‑150 (MQ=255)
ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAgc < 1:1329338/97‑1 (MQ=255)
gTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGcc > 2:1361681/1‑99 (MQ=255)
gTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGcc < 1:1361681/99‑1 (MQ=255)
aGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACt > 2:1615522/1‑150 (MQ=255)
aGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACt > 1:1334171/1‑150 (MQ=255)
gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTCCTTg > 1:33468/1‑150 (MQ=255)
gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCC‑ACCACC‑TACAGTCGCGAA‑TGCAGCCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTCCTTg > 2:80655/1‑150 (MQ=255)
tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt > 2:350816/1‑142 (MQ=255)
tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt < 1:350816/142‑1 (MQ=255)
ccAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTCTGCGACT‑TACATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGa > 2:326187/1‑150 (MQ=255)
cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAc < 1:492001/150‑1 (MQ=255)
cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAc > 1:471377/1‑150 (MQ=255)
ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCg < 2:1334171/150‑1 (MQ=255)
gctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCgg > 2:1511976/2‑150 (MQ=255)
tCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAcc > 2:665622/1‑150 (MQ=255)
tCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GA‑TTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAcc > 1:1836069/1‑150 (MQ=255)
aCCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGCCACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCAAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCCCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTc > 2:1007611/1‑150 (MQ=255)
|
CATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CC‑TCC‑GCCAAC‑TGCATTCGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTC > NC_002947/4741165‑4741407
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
