Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F91 I0 R1
|
918 |
53.4 |
2573728 |
94.2% |
2424451 |
136.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947 |
337,812 |
A→G |
15.3% |
intergenic (‑59/+70) |
PP_0279 ← / ← PP_0280 |
hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947 | 337,812 | 0 | A | G | 15.3%
| 89.0
/ 6.9
| 39 | intergenic (‑59/+70) | PP_0279/PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/16); new base G (3/3); total (20/19) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTTTCCACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATC > NC_002947/337666‑337957
|
tcttcgccgcaggcgtgttctacctggtgatctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAg > 1:497084‑M1/119‑150 (MQ=255)
ccACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGcc < 1:902394/150‑1 (MQ=255)
acaGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGATGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGATGTAGCGCc‑aa > 1:232675/1‑149 (MQ=255)
tgttctacctggtgatctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaagtcaggtgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGt > 2:171002‑M1/104‑150 (MQ=255)
tcctggtgctctcgttcatgctggtgcaaggctgcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggctctctgcaaatgcctctgagacctcacggactgCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGgcgc > 1:476594‑M1/98‑150 (MQ=255)
gATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACATGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCt > 1:407048/1‑150 (MQ=255)
aTCAGGAACCGCTAGAGGGCATGGACGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTa < 2:67260/150‑1 (MQ=255)
tCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACATGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTat < 2:407048/150‑2 (MQ=255)
tCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTac > 2:632611/1‑150 (MQ=255)
ctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCtgtg > 1:909293‑M1/88‑150 (MQ=255)
ctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCt > 1:1239548‑M1/88‑147 (MQ=255)
tGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGATGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAA‑CCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTgg < 2:232675/150‑1 (MQ=25)
ggTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTggg < 2:259259/150‑1 (MQ=255)
gttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGt < 2:1088070‑M1/47‑1 (MQ=255)
gttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGt > 1:1088070‑M1/85‑131 (MQ=255)
ccTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGt < 1:199707/150‑1 (MQ=255)
ttAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGGTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGcagtc > 1:680728/1‑150 (MQ=255)
gctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCtgt < 1:550931‑M1/62‑1 (MQ=255)
gctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCtgt > 2:550931‑M1/61‑122 (MQ=255)
tggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCtgt > 1:58496‑M1/56‑117 (MQ=255)
tggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCtgt < 2:58496‑M1/62‑1 (MQ=255)
gcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCtgt > 1:535857‑M1/52‑113 (MQ=255)
gcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCtgt < 2:535857‑M1/62‑1 (MQ=255)
tgtgGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCtgt < 2:402698/111‑1 (MQ=255)
tgtgGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCGACACCtgt > 1:402698/1‑111 (MQ=255)
aGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGaa > 2:1241000/1‑109 (MQ=255)
aGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGaa < 1:1241000/109‑1 (MQ=255)
gtggtgGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTTCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCa < 1:1259310/150‑1 (MQ=255)
gtggtTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAg < 1:1231664/61‑1 (MQ=255)
gtggtTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAg > 2:1231664/1‑61 (MQ=255)
tggtTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGCCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCACACCCAgcgc > 2:1031538/1‑150 (MQ=255)
ACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCC‑AACCTTGAATGT‑GGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCa < 1:935968‑M1/150‑1 (MQ=255)
GCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAAc > 1:803795‑M1/1‑117 (MQ=255)
GCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAAc < 2:803795‑M1/117‑1 (MQ=255)
CCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCAt < 2:936419‑M1/150‑1 (MQ=255)
CCACAGGTGTAGCGCC‑AACCTTGAATGT‑GGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACga < 2:738256‑M1/150‑1 (MQ=255)
CAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGAt < 1:807387‑M1/150‑1 (MQ=255)
AGGTGTAGCGCC‑AACCTTGAATGT‑GGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgag > 2:1239548‑M1/1‑147 (MQ=255)
AGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATc > 1:632611‑M1/1‑150 (MQ=255)
|
GTTTCCACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATC > NC_002947/337666‑337957
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
