Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F91 I0 R1
|
918 |
53.4 |
2573728 |
94.2% |
2424451 |
136.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947 |
4,635,810 |
C→A |
64.3% |
intergenic (‑9/+55) |
uvrY ← / ← PP_4100 |
BarA/UvrY two‑componenent system response regulator/Cro/CI family transcriptional regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947 | 4,635,810 | 0 | C | A | 64.3%
| 39.9
/ 35.3
| 47 | intergenic (‑9/+55) | uvrY/PP_4100 | BarA/UvrY two‑componenent system response regulator/Cro/CI family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (10/7); new base A (17/13); total (27/20) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTATTTGCCGGGGCTTGGCGTCGTTG > NC_002947/4635665‑4635943
|
aGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACCTCCCTCTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGt > 1:404024/1‑150 (MQ=255)
tCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCt > 1:405701/1‑150 (MQ=255)
ggAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGGGCGTACGAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCGCGTCAGCAGGGCGATTGGATGCGCCCACCTTGACa > 2:126699/1‑150 (MQ=255)
ccTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAAttttt > 1:166535/1‑150 (MQ=255)
acccaccACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTca > 1:650460/1‑108 (MQ=255)
acccaccACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTca < 2:650460/108‑1 (MQ=255)
accaccTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTgg > 2:980558/1‑150 (MQ=255)
caccTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAAc > 1:824810/1‑131 (MQ=255)
caccTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAAc < 2:824810/131‑1 (MQ=255)
ggCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCa > 2:1162769/1‑150 (MQ=255)
gCCGGCGATGTCGCCCAACATCCGTGTCATTCCGCTTTGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCGCACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCAt < 2:166535/150‑1 (MQ=255)
gTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGc < 2:405701/150‑1 (MQ=255)
aTGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGcttcc > 1:17682/1‑150 (MQ=255)
gTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAAtttt < 1:347039/121‑1 (MQ=255)
gTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAAtttt > 2:347039/1‑121 (MQ=255)
ggCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAAc > 2:751265/1‑134 (MQ=255)
ggCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAAc < 1:751265/134‑1 (MQ=255)
ggCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCAt < 1:432596/138‑1 (MQ=255)
ggCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCAt > 2:432596/1‑138 (MQ=255)
ggCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAg > 1:1176144/1‑150 (MQ=255)
aTCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAAc > 2:895262/1‑127 (MQ=255)
aTCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAAc < 1:895262/127‑1 (MQ=255)
tgtAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACg > 2:949580/1‑150 (MQ=255)
tAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGAc < 2:55236/143‑1 (MQ=255)
tAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGAc > 1:55236/1‑143 (MQ=255)
aTACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCg > 1:566523/1‑150 (MQ=255)
tACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCgg > 1:1058078/1‑150 (MQ=255)
ccAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGcc > 1:1158790/1‑150 (MQ=255)
cAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAACCGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCg < 1:126699/150‑1 (MQ=255)
cAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGcttccttc > 2:1080495/1‑118 (MQ=255)
cAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGcttccttc < 1:1080495/118‑1 (MQ=255)
tGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGAt < 2:987987/59‑1 (MQ=255)
tGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGAt > 1:987987/1‑59 (MQ=255)
tGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTAtt > 2:683367/1‑150 (MQ=255)
gATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTgg < 2:613985/89‑1 (MQ=255)
gATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTgg > 1:613985/1‑89 (MQ=255)
gATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTAttt > 1:570676/1‑150 (MQ=255)
atcTACTACTACGACCCGAACAAACCACACACATCGTCAGCAGGGCGGTTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCATAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTATTTGCCg < 2:566523/150‑1 (MQ=255)
atcGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTc > 2:256937/1‑78 (MQ=255)
atcGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTc < 1:256937/78‑1 (MQ=255)
atcGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTATTTGCCg < 2:1058078/150‑1 (MQ=255)
aCCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTATTTGCCGGGGc < 2:17682/150‑1 (MQ=255)
aCTAAGACCCTAATCCAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCATGATTTCCCcggccgtt < 2:404024/150‑6 (MQ=255)
aaGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAAttttt < 2:591766/67‑1 (MQ=255)
aaGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAAttttt > 1:591766/1‑67 (MQ=255)
cTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTATTTGCCGGGGCTTGGCGTCGTTg > 1:478785/1‑150 (MQ=255)
cTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTATTTGCCGGGGCTTGGCGTCGTTg < 2:1158790/150‑1 (MQ=255)
|
AGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTATTTGCCGGGGCTTGGCGTCGTTG > NC_002947/4635665‑4635943
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
