Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F54 I1 R1
|
8 |
73.7 |
3695248 |
93.5% |
3455056 |
132.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947 |
4,964,640 |
G→A |
Q255* (CAG→TAG) |
fleQ ← |
transcriptional regulator FleQ |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947 | 4,964,640 | 0 | G | A | 100.0%
| 179.2
/ NA
| 57 | Q255* (CAG→TAG) | fleQ | transcriptional regulator FleQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (33/24); total (33/24) |
ACAGGTCTTCGCGGAAGGTGCCGTCCTCGATCATGGTTTCGAGGTTCTTGTGCGTCGCAGCGATGATGCGCACGTCGATGCTTTGGGTCTTGTTGCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTGCATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGATGGCCCCGGTAAAGGCGCCCTTCTCGTGGCCGAACAGTTCGCTTTCCAGCAGCTCGGCCGG > NC_002947/4964493‑4964784
|
aCAGGTCTTCGCGGAAGGTGCCGTCCTCGATCATGGTTTCGAGGTTCTTGTGCGTCGCAGCGATGATGCGCACGTCGATGCTTTGGGTCTTGTTGCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACa > 1:1337779/1‑150 (MQ=255)
cgGAAGGTGCCGTCCTCGATCATGGTTTCGAGGTTCTTGTGCGTCGCAGCGATGATGCGCACGTCGATGCTTTGGGTCTTGTTGCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGc > 1:612602/1‑150 (MQ=255)
gTCCTCGATCATGGTTTCGAGGTTCTTGTGCGTCGCAGCGATGATGCGCACGTCGATGCTTTGGGTCTTGTTGCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACAGGCAGCGGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGAt > 1:198971/1‑150 (MQ=255)
tCGATCATGGTTTCGAGGTTCTTGTGCGTCGCAGCGATGATGCGCACGTCGATGCTTTGGGTCTTGTTGCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTtcg > 1:1619536/1‑150 (MQ=255)
tCGATCATGGTTTCGAGGTTCTTGTGCGTCGCAGCGATGATGCGCACGTCGATGCTTTGGGTCTTGTTGCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTtcg > 1:1670082/1‑150 (MQ=255)
cGATCATGGTTTCGAGGTTCTTGTGCGTCGCAGCGATGATGCGCACGTCGATGCTTTGGGTCTTGTTGCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTtcgt < 1:1209653/150‑1 (MQ=255)
tttCGAGGTTCTTGTGCGTCGCAGCGATGATGCGCACGTCGATGCTTTGGGTCTTGTTGCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCg > 2:1598538/1‑131 (MQ=255)
tttCGAGGTTCTTGTGCGTCGCAGCGATGATGCGCACGTCGATGCTTTGGGTCTTGTTGCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCg < 1:1598538/131‑1 (MQ=255)
tttCGAGGTTCTTGTGCGTCGCAGCGATGATGCGCACGTCGATGCTTTGGGTCTTGTTGCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGcc < 2:762334/133‑1 (MQ=255)
tttCGAGGTTCTTGTGCGTCGCAGCGATGATGCGCACGTCGATGCTTTGGGTCTTGTTGCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGcc > 1:762334/1‑133 (MQ=255)
tttCGAGGTTCTTGTGCGTCGCAGCGATGATGCGCACGTCGATGCTTTGGGTCTTGTTGCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACa < 1:1526321/150‑1 (MQ=255)
ttCGAGGTTCTTGTGCGTCGCAGCGATGATGCGCACGTCGATGCTTTGGGTCTTGTTGCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAg < 2:1083303/150‑1 (MQ=255)
cGAGGTTCTTGTGCGTCGCAGCGATGATGCGCACGTCGATGCTTTGGGTCTTGTTGCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAggg > 2:1176013/1‑150 (MQ=255)
gAGGTTCTTGTGCGTCGCAGCGATGATGCGCACGTCGATGCTTTGGGTCTTGTTGCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGAAACTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGt < 1:597653/150‑1 (MQ=255)
aGGTTCTTGTGCGTCGCAGCGATGATGCGCACGTCGATGCTTTGGGTCTTGTTGCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTa < 2:612602/150‑1 (MQ=255)
ttCTTGTGCGTCGCAGCGATGATGCGCACGTCGATGCTTTGGGTCTTGTTGCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTAccg > 1:1216404/1‑150 (MQ=255)
cGTCGCAGCGATGATGCGCACGTCGATGCTTTGGGTCTTGTTGCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGc < 2:645572/150‑1 (MQ=255)
atgatgCGCACGTCGATGCTTTGGGTCTTGTTGCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGaaa > 1:282227/1‑150 (MQ=255)
gcACGTCGATGCTTTGGGTCTTGTTGCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCgg > 2:943599/1‑150 (MQ=255)
cGTCGATGCTTTGGGTCTTGTTGCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCTAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCAc < 2:1337779/150‑1 (MQ=255)
aTGCTTTGGGTCTTGTTGCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTg > 1:1788796/1‑150 (MQ=255)
tGCTTTGGGTCTTGTTGCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTgg > 1:489410/1‑150 (MQ=255)
gCTTTGGGTCTTGTTGCTACCCACGCGCTCGAAGGTAAGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGt > 1:1496960/1‑150 (MQ=255)
cTTTGGGTCTTGTTGCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTg > 1:1171508/1‑150 (MQ=255)
gggTCTTGTTGCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGATgg < 2:334797/150‑1 (MQ=255)
tCTTGTTGCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGATGGccc < 2:1788796/150‑1 (MQ=255)
ttgttgCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGATGGCCCCg < 2:1619536/150‑1 (MQ=255)
ttgttgCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGATGGCCCCg > 1:446595/1‑150 (MQ=255)
gttgCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGACGCGATCGGCACGGCTGGTGATGGCCCCGGt > 1:467935/1‑150 (MQ=38)
ttgCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGATGGCCCCGGTa > 2:705747/1‑150 (MQ=255)
gCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGATGGCCCCGGTaaa < 2:1670082/150‑1 (MQ=255)
cccACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGATGGCCCCGGTAAAGgcg > 2:1595038/1‑150 (MQ=255)
ccACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCGCACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGATGGCCCCGGTAAAGgcgc > 1:892595/1‑150 (MQ=255)
ccACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGATGGCCCCGGTAAAGgcgc > 2:1698007/1‑150 (MQ=255)
aCGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGATGGCCCCGGTAAAGGCGccc > 1:1607482/1‑150 (MQ=255)
cgcTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGATGGCCCCGGTAAAGGCGCCCTtc < 2:1216404/150‑1 (MQ=255)
gcTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGATGGCCCCGGTAAAGGCGCCCTtct > 1:296691/1‑150 (MQ=255)
cTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGATGGCCCCGGTAAAGGCGCCCTtctc < 2:577069/150‑1 (MQ=255)
gAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGTAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGACTGGTGATGGCCCCGGTAAAGGCGCCCTTCTCGTg > 2:1767425/1‑150 (MQ=255)
gCTCCTGCAGCGCACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGATGGCCCCGGTAAAGGCGCCCTTCTCGTGGCCGAACa < 2:892595/150‑1 (MQ=255)
gCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGATGGCCCCGGTAAAGGCGCCCTTCTCGTGGCCGAACa > 1:278943/1‑150 (MQ=255)
tCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGa > 1:1342684/1‑112 (MQ=255)
tCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGa < 2:1342684/112‑1 (MQ=255)
cTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGATGGCCCCGGTAAAGGCGCCCTTCTCGTGGCCGAACAGTTc > 2:740736/1‑150 (MQ=255)
cTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGATGGCCCCGGTAAAGGCGCCCTTCTCGTGGCCGAACAGTTc > 2:355233/1‑150 (MQ=255)
gcagcaCACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGATGGCCCCGGTAAAGGCGCCCTTCTCGTGGCCGAACAGTTCGc > 1:1418570/1‑150 (MQ=255)
gcaCACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAAc > 1:588764/1‑59 (MQ=255)
gcaCACGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAAc < 2:588764/59‑1 (MQ=255)
acacGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGATGGCCCCGGTAAAGGCGCCCTTCTCGTGGCCGAACAGTTCGCTTTcc < 2:1607482/150‑1 (MQ=255)
cGCAGCAGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGATGGCCCCGGTACAGGCGCCCTTCTCGTGGCCGAACAGTTCGCTTTCcagc < 2:1496960/150‑1 (MQ=255)
gcagcaGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGATGGCCCCGGTAAAGGCGCCCTTCTCGTGGCCGAACAGTTCGCtt > 1:1659671/1‑143 (MQ=255)
gcagcaGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGATGGCCCCGGTAAAGGCGCCCTTCTCGTGGCCGAACAGTTCGCtt < 2:1659671/143‑1 (MQ=255)
gcagcaGCTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGATGGCCCCGGTAAAGGCGCCCTTCTCGTGGCCGAACAGTTCGCTTTCcagca > 1:83449/1‑150 (MQ=255)
gcTTGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGATGGCCCCGGTAAAGGCGCCCTTCTCGTGGCCGAACAGTTCGCTTTCCAGCAGCTCgg > 2:1467780/1‑150 (MQ=255)
ttGACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGATGGCCCCGGTAAAGGCGCCCTTCTCGTGGCCGAACAGTTCGCTTTCCAGCAGCTCGGcc < 2:83449/150‑1 (MQ=255)
gACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGATGGCCCCGGTAAAGGCGCCCTTCTCGTGGCCGAACAGTTCGCTTTCCAGCAGCTCGGCCgg < 1:740736/150‑1 (MQ=255)
gACCTACATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGATGGCCCCGGTAAAGGCGCCCTTCTCGTGGCCGAACAGTTCGCTTTCCAGCAGCTCGGCCgg < 2:1418570/150‑1 (MQ=255)
|
ACAGGTCTTCGCGGAAGGTGCCGTCCTCGATCATGGTTTCGAGGTTCTTGTGCGTCGCAGCGATGATGCGCACGTCGATGCTTTGGGTCTTGTTGCTACCCACGCGCTCGAAGGTACGCTCCTGCAGCACACGCAGCAGCTTGACCTGCATCGGCAACGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGGGTACCGCCGTTGGCCAGTTCGAAACGCCCGGCACGGCTGGTGATGGCCCCGGTAAAGGCGCCCTTCTCGTGGCCGAACAGTTCGCTTTCCAGCAGCTCGGCCGG > NC_002947/4964493‑4964784
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A