Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F41 I0 R1
|
38 |
250.3 |
5754022 |
94.2% |
5420288 |
134.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
2,373,546 |
G→T |
27.0% |
A77D (GCT→GAT) |
pbuG ← |
Guanine/hypoxanthine permease PbuG |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,373,546 | 0 | G | T | 27.0%
| 321.8
/ 122.3
| 217 | A77D (GCT→GAT) | pbuG | Guanine/hypoxanthine permease PbuG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (61/94); new base T (20/38); total (84/133) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.31e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.41e-01 |
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
TATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGC > USA300TCH1516_ALE/2373413‑2373679
|
tatCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAg > 1:2498137/1‑134 (MQ=255)
cGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTa < 1:2335129/134‑1 (MQ=255)
cGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATACAAAAAATACATTTAATACCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTa > 1:1324771/1‑134 (MQ=255)
aGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCACTTAATCCCATACCTGGCGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGc > 2:1726889/1‑134 (MQ=255)
atatACCTGAGAATAAATCGATTTTTCTACCAACGAACCAAGGTATTGCTATGTTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGcccc < 1:2555854/134‑1 (MQ=255)
atatACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGcccc > 1:2111200/1‑134 (MQ=255)
atatACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGcccc > 1:1839847/1‑134 (MQ=255)
atatACATGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCTAGCACTCACCACGCTGAATACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCTCATACCTGGTGCTACCGCAATTGGATATTTAGCTATTAGcccc < 2:1019891/134‑1 (MQ=255)
ataCCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTATCTATTAGCCCCAt < 2:594288/134‑1 (MQ=255)
taCCTGATAATAAAACGGCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGAAAATGTTTGATTTACTCCCTTACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATg < 2:2500002/134‑1 (MQ=255)
taCCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTATCTATTAGCCCCATg > 1:2825805/1‑134 (MQ=255)
taCCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATAACTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATg > 2:2402157/1‑134 (MQ=255)
atcTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGa < 2:2831231/132‑1 (MQ=255)
gagaATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTATCTATTAGCCCCATGAATAg > 1:1705654/1‑134 (MQ=255)
gagaATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAAAGAAATTAAATAAAAAACAATTAACCCCATGACTAg > 1:527545/1‑134 (MQ=255)
aTAAAACGCCTTTTAAAACAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTATCTATTAGCCCCATGAATAACGAg < 2:2110805/134‑1 (MQ=255)
gaagaCGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTATCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGc < 2:2454018/130‑1 (MQ=255)
atagcGCCTGTTAAACCACCTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATTCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGcc < 1:2081780/130‑1 (MQ=255)
aataCGCTTGTTAAACTATCTTTTTAAGTAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGcc < 1:1258675/131‑1 (MQ=255)
aaaaCGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTATCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGcc > 2:26116/1‑134 (MQ=255)
aaaCGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTCATACAATACCTGGTGTTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAACCt > 2:2484337/1‑134 (MQ=255)
aaaCGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCt < 2:1352771/134‑1 (MQ=255)
aaaCGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCt > 1:1591327/1‑134 (MQ=255)
aaCGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGCTGAAACATCAAGCATAGATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTa > 2:604757/1‑134 (MQ=255)
ccGCCTGTTAAACCATCTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATTAATAGCGAGCCTAc < 2:2549766/133‑1 (MQ=255)
aCGCCTGTTAAACGAACTTGCCAAGGAATTCCTATGGTTAACACAACAGTAAATGCGAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTATCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTAc < 1:1184220/134‑1 (MQ=255)
aCGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTAc < 1:1358175/134‑1 (MQ=255)
aCGCCTGTTAAACCAACTGGCCAAGGAATAACCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATTAATAGCGAGCCTAc < 2:2553450/134‑1 (MQ=255)
cTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTATCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAAt < 1:1877355/134‑1 (MQ=255)
gTTAAACCAACTTGCCATGTAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAAACCCAGACCGGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAAtgc < 1:400364/134‑1 (MQ=255)
aagccAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTTATACCACAATAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTATCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAAtgctgc < 1:1222944/131‑1 (MQ=255)
aaaCCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAACTGAAAAGAAAGTCTTCAATCACATAACCGGCGCTAACGCAATTGGATATTGAGCTATAAGCACAATCATTAGCGAGCCTACAAAtgctgc < 2:1185080/134‑1 (MQ=255)
aaaCCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCTTACAAAtgctga > 2:1807103/1‑133 (MQ=255)
aaaCCAACTTACAAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAACGAATTACATACAATACCTGGTTCTAACGAAATGGTATATCTAGCTATTAACCCAATGACTATCCAACCTCCAAAagcatc > 2:1082829/1‑131 (MQ=255)
aCCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATATAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTa > 1:753225/1‑134 (MQ=255)
ccAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTaa < 1:150450/134‑1 (MQ=255)
tGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAATAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGt < 2:2723524/134‑1 (MQ=255)
gCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTATCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTc > 2:175641/1‑134 (MQ=255)
gCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTATCTATTAGACACATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTc > 1:2007833/1‑134 (MQ=255)
gCCAAGGAATACCCATCGCTACAGCTAAAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCAGACCCGGTGCTAACGCAATTGGATATTAAGCTATTAACCTCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTACTAAtcaaatc > 2:1607104/1‑128 (MQ=255)
ccAAGGAATATCCACGGTTCACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCTCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCg < 2:23502/134‑1 (MQ=255)
ccAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTATCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCg > 1:2600679/1‑134 (MQ=255)
ccAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCg > 1:119538/1‑134 (MQ=255)
ccAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCg > 2:2121728/1‑134 (MQ=255)
cAAGGAATACCCATGGTTAATATAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACGAATGCTGCTAATGCAGTCGc < 1:2875524/134‑1 (MQ=255)
gAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTATCTATTAGCCCAATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACa < 1:217280/134‑1 (MQ=255)
ccATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTATCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATg > 1:970041/1‑134 (MQ=255)
tGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTATCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCATACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACCAAAATCGCa > 2:419495/1‑134 (MQ=255)
ttAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCt < 1:100479/134‑1 (MQ=255)
tAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCtt < 2:2280864/134‑1 (MQ=255)
acacAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCAACTTgg > 2:1260434/1‑134 (MQ=255)
cacaACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACTTGGTGCTATGGAAATTGGATATTTATCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGt < 2:791825/134‑1 (MQ=255)
cacaACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGt < 1:2289909/134‑1 (MQ=255)
acaacaGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTc > 1:1437987/1‑134 (MQ=255)
aGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGTTATTTAGCTATGAGCCCCATAAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCAttt < 1:2402157/134‑1 (MQ=255)
gTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTATGGCTTTCTGTTAATGAACAATCAGTCACCGAAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCAtttt < 2:2045114/134‑1 (MQ=255)
gTAAATGCAAAAAATGCATTTAATCCCATACCTGGTACTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGACCCATGAATCGCGAGCCTACAAATGCTGATAATGCAGTCGCTACAAAAATAGCACATTGGTCCAtttt > 2:31152/1‑134 (MQ=255)
tAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTc > 1:168574/1‑134 (MQ=255)
aaTGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCat > 2:672301/1‑134 (MQ=255)
gCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTATCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATAtc < 1:874896/134‑1 (MQ=255)
aaGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATAtcttc < 1:1520397/134‑1 (MQ=255)
gAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACATATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTg < 1:1389088/134‑1 (MQ=255)
gAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTg < 1:1777744/134‑1 (MQ=255)
gCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATAc < 1:277244/134‑1 (MQ=255)
aTTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGc > 2:2809590/1‑134 (MQ=255)
aTTTAATCCCATACCTGGTGCAAACGCAATTGGATATTTATCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGAAGCTACACAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATAACTTCTGATACGc > 2:865609/1‑134 (MQ=255)
ttAATCGCATACCTGGAGCTAACGGAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCt < 2:1200362/134‑1 (MQ=255)
tAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTATCTATTAGCTCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGATAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCtt > 1:140332/1‑134 (MQ=255)
aaTCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACATATGCTGCTAATGCAGTTGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCttt < 1:828084/134‑1 (MQ=255)
tCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTaa > 2:538954/1‑134 (MQ=255)
ccATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTATCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAaca < 1:175641/134‑1 (MQ=255)
cATACCTTGTGTTAACGCAATTGGATATTTATCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAacac < 2:1309940/134‑1 (MQ=255)
cATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGTTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAaccc > 1:848297/1‑132 (MQ=255)
tGGTGCTAACGCAATTGGATATTTATCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTGGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTa < 1:373969/134‑1 (MQ=255)
ggTTCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACACAAATGTCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTaa < 2:842621/134‑1 (MQ=255)
tGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGTCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAAc < 1:623746/134‑1 (MQ=255)
cTAACGGAATTGGATATGTAGTTATTAGCCCTATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACtt < 1:2638201/134‑1 (MQ=255)
cTAACGCAATTGTATATTTATCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACtt < 2:679351/134‑1 (MQ=255)
tAACGCAATTGGATATTTAGCTATTATCCCTATGAATATCTAGTCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTa < 1:539672/134‑1 (MQ=255)
tAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTa < 1:356638/134‑1 (MQ=255)
tAACGCAATTGGATAGTTGGCTATTAGCCCCATGAATAGAGGGCCTGCAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTACATTTTCATATCTTCTGAGACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTa > 1:2764774/1‑134 (MQ=255)
aactgaaTTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTaa < 2:758149/129‑1 (MQ=255)
aaCGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTaa < 2:2262725/134‑1 (MQ=255)
cGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATAACTTCTAATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTaaaa > 1:1618621/1‑134 (MQ=255)
aTTGGATATTTAGCTATTCGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTg < 2:454513/134‑1 (MQ=255)
aTTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTCCAAAATTGGCACCTTAGTCCATTTTAATATATTCTGATACGCATTTAAAAACTGCTAAACTTAAAACTTg > 1:346534/1‑134 (MQ=255)
aTTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAATATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCGTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTg < 1:2035876/134‑1 (MQ=255)
ttGTATATGTAGCTATTAGCGCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGTTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGc < 2:1692136/134‑1 (MQ=255)
tGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCATACAAATGCTGCTAATGCAATCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTACATTTGCATATCTTCTGATAAGCCTTTAACACCTGCAAAACCTCAAAcattcg > 2:47669/1‑129 (MQ=255)
ggATATTTATCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATTCTGCTAATGCATTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCgg < 1:500767/134‑1 (MQ=255)
ggATATTTAGGTGTTAGGCTGATGAGTAGCGAGCCTACAAATGCTGTTAATGCAGTCGGTACAAAAAGGGCTCCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAGCACCTGCTAAACTTAGGACGTGCgg < 2:2190642/134‑1 (MQ=255)
ggATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTCAAACAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCgg < 2:1408976/134‑1 (MQ=255)
gATATTTATCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCggg < 2:225310/134‑1 (MQ=255)
tatTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAAAGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTCAAAATTgtgcgtc > 2:377735/1‑128 (MQ=255)
tttATCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTaa > 2:2593295/1‑134 (MQ=255)
ttAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAAc < 1:2145800/134‑1 (MQ=255)
tAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACt < 1:2809590/134‑1 (MQ=255)
gCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGTCTACTTTTTCTGCTAATGTAGTCGCTACAAAAATGGCACCGTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGc < 1:2317007/134‑1 (MQ=255)
gCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAATATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGc < 1:1918010/134‑1 (MQ=255)
gCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTAATACGCCTTTAACAACTGCTAAAATTAAAACTTGCGGGTTAACTGc > 1:705225/1‑134 (MQ=255)
|
TATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGC > USA300TCH1516_ALE/2373413‑2373679
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
