Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F60 I0 R1
|
73 |
395.3 |
8837978 |
95.5% |
8440268 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
2,373,714 |
C→T |
5.7% |
G21D (GGT→GAT) |
pbuG ← |
Guanine/hypoxanthine permease PbuG |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,373,714 | 0 | C | T | 5.7%
| 1117.9
/ 34.6
| 385 | G21D (GGT→GAT) | pbuG | Guanine/hypoxanthine permease PbuG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (191/166); new base T (11/12); total (203/182) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.69e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.27e-01 |
Only 100 of 397 total aligned reads displayed.
CAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGAACTTT > USA300TCH1516_ALE/2373574‑2373854
|
cAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATAc > 2:2280173/1‑141 (MQ=255)
cAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATAc > 1:581865/1‑141 (MQ=255)
aaaTGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACATCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATAcc < 1:2807131/141‑1 (MQ=255)
aaaTGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATAcc < 1:2880812/141‑1 (MQ=255)
aaaTGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATAcc < 1:3848376/141‑1 (MQ=255)
aaTGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGAGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATCAGAAAGTTGTGATACCg > 2:1072431/1‑141 (MQ=255)
gtgctgcTAATGCAGTCGCTACAAAAGTGGGACCTTTGTCAATTTTCATATCTTCTGATAGTACTTTAACAACTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGc < 2:339030/140‑1 (MQ=255)
ctgctAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTa > 1:1256178/1‑141 (MQ=255)
cgctAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTaa < 1:2270501/140‑1 (MQ=255)
gctAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAg > 1:1849436/1‑141 (MQ=255)
gctAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAg < 2:2814241/141‑1 (MQ=255)
tGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTtc < 2:3235674/141‑1 (MQ=255)
cgCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCGTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTtc < 1:2722601/140‑1 (MQ=255)
gCAGTCGCTACAAAAATGGCACATTGGTTCATATTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTtct < 2:700717/141‑1 (MQ=255)
cAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTtctc < 2:760297/141‑1 (MQ=255)
aGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTctct < 2:4256832/141‑1 (MQ=255)
aGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTctct > 1:2450160/1‑141 (MQ=255)
tCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCttt < 1:627596/141‑1 (MQ=255)
cGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCtttt < 2:3472354/141‑1 (MQ=255)
cGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGGTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAGGCTTTCTCtttt > 1:466510/1‑141 (MQ=255)
cTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGCAAGTTGTTATATCGCCTAAGATTTCTCCTTTaa > 2:827898/1‑141 (MQ=255)
tACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATCAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTCCTCTTTTaaa > 2:2988321/1‑141 (MQ=255)
tACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTaaa > 2:501044/1‑141 (MQ=255)
ggCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTcc > 1:1579416/1‑141 (MQ=255)
gccACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTCCGGGTTAACTGCTAAAATATCCGCCANACATAAGAAAGTTGTGTTACCCCCTCACATTTCTCTTTTTGACTTTGtttc > 2:904941/3‑139 (MQ=255)
ccTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCatat < 1:712019/141‑1 (MQ=255)
tGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTa < 2:2071911/141‑1 (MQ=255)
gctcATTTTCACATCTTGTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGGAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATc < 2:1128597/138‑1 (MQ=255)
gTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATAACGCCTAATATTTCTTTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATc > 2:3115517/1‑141 (MQ=255)
tCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCg < 1:422859/141‑1 (MQ=255)
ccATTTTAATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGa < 2:4143899/141‑1 (MQ=255)
tttCATATCTTCTGATACGCATTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATATCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTg < 2:4014599/141‑1 (MQ=255)
ttatatCTTCTGATACGCCTTTAACACATGCTGAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGa < 2:1773543/139‑1 (MQ=255)
cATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGaa > 1:3707014/1‑141 (MQ=255)
cATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGaa > 2:620466/1‑141 (MQ=255)
atatCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTCTCGAACTTGaaa > 2:1883264/1‑141 (MQ=255)
atatCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGaaa > 1:1057918/1‑141 (MQ=255)
tatCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTTGATGGTTCGGGTTAACTGCGATAATATAGGCCATAGATAAGATAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAAt < 2:2168105/141‑1 (MQ=255)
tcttctGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATAAGACTGTAAATAg > 2:2629122/1‑141 (MQ=255)
tcttctGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAAATTACTCTTTTATTGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAg > 1:3429029/1‑141 (MQ=255)
tGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGttttt > 1:11790/1‑141 (MQ=255)
tGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGttttt > 1:1541202/1‑141 (MQ=255)
gATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTc > 1:2003471/1‑141 (MQ=255)
aTACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCa < 1:2626801/141‑1 (MQ=255)
aCGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATATCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACg > 2:2959185/1‑141 (MQ=255)
aCGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCAATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGACTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCCTATTTATCTAACTGGAAATAGTTTTTTACg > 2:3557819/1‑141 (MQ=255)
ccTTTAACATCTGCTAAACTTAAAACTGGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAAt < 1:4079851/141‑1 (MQ=255)
cTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACACCCTGAAAATTCCAGTTTAACATTCCTGCCAGACTTATCAGACTGACAATATTTTTTCActgatg > 2:3318471/1‑136 (MQ=255)
ttAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGTGTGATAACTACTAAAATATAGGCCATAGATAAGTAAGTTGTGAGACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCTTATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATggt > 2:4091912/1‑140 (MQ=255)
ttAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGa > 1:3274982/1‑141 (MQ=255)
ttAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGa < 1:2358080/141‑1 (MQ=255)
cacCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAATTCGAAATAGTTTTTCACGAATggctaat > 2:1101684/1‑136 (MQ=255)
caaatgatAAACTTAAAACTTACACTGGAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCt > 2:2032342/8‑141 (MQ=255)
aagcttatAAACTTAAAACTTGCTGGTTAACTGCTAAAATATAGGTCATAGATAAGGAAGTTGTGATACTGCCTAAGATTGCTTTTTTAAAGTTTGTTCCATTTTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCt < 2:2452780/134‑1 (MQ=255)
acCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTc > 1:251008/1‑141 (MQ=255)
acCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTc > 1:3644978/1‑141 (MQ=255)
tGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACAGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCtt > 1:2095085/1‑141 (MQ=255)
cTAAACTTAAAGCTTGCGGGTTAACTGCTCAAATATAGGCGATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCGTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCtttt < 2:3357914/141‑1 (MQ=255)
tAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATCTTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATAGATGCTCGttttt > 2:2753946/1‑141 (MQ=255)
tAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGTAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCttttt > 1:1926555/1‑141 (MQ=255)
aaaCTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATATCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCtttttt < 1:85241/141‑1 (MQ=255)
aaaCTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCtttttt < 2:169289/141‑1 (MQ=255)
aaCTTAAAACTGGCGGGTTAACGGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATATCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCttttttt < 2:4361204/141‑1 (MQ=255)
cattAAAACTTGCGGGTGAACTGCTAAAATATAGGTCATAGATAAGAGAGTTGTCATTCCGTCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCAGATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTa < 2:2364444/139‑1 (MQ=255)
aaaaCTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAAt < 1:792717/141‑1 (MQ=255)
aaaCTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATACGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACTAATGAATGCTCCtttttttccacta > 2:1302317/1‑135 (MQ=255)
cTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGACTGCATGCTCGTTGTTTTAAAATACCt > 1:3908823/1‑141 (MQ=255)
cTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGAGGCTCCTTTTTTTAAACTAcgt > 1:936945/1‑139 (MQ=255)
gCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCtgca > 1:352096/1‑138 (MQ=255)
gTTAACTGTTAAAATATAGGTCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTGTCTTGTTAAGTTTGTTCCATATTTATCTATCTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGt < 2:1571885/141‑1 (MQ=255)
tAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAACGTTGTGATATCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGttt < 1:3214341/141‑1 (MQ=255)
atttcTAAAGTATAGGTTAGAGATAATAATGTTGTGATACTGTCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTTACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTaa < 2:1543863/137‑1 (MQ=255)
gCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTATTTTCGATTGACTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAatat < 1:1022904/141‑1 (MQ=255)
cTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATc < 1:2186118/141‑1 (MQ=255)
atatAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGATCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGACGCTCCTTTTTTAAAAATTATTTAATAGTTTACTATCATTCt > 2:3724897/1‑141 (MQ=255)
tataGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGGTACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCtt < 1:3053327/141‑1 (MQ=255)
tataGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATATCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCtt < 1:2959185/141‑1 (MQ=255)
tataGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTCTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCtt < 1:1464971/141‑1 (MQ=255)
ataGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTta > 2:3049801/1‑141 (MQ=255)
ataGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTta > 1:99017/1‑141 (MQ=255)
aGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTtaat > 1:3818868/1‑141 (MQ=255)
ggCCATAGATAAGAATGGTTTGTTACTGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTtaata > 2:3863481/1‑141 (MQ=255)
ggCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTtaata > 1:1344162/1‑141 (MQ=255)
cATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATaaaa < 1:501044/141‑1 (MQ=255)
tAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATaaaaaa < 1:2042321/141‑1 (MQ=255)
gATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTATTAAAAAACa > 1:3143014/1‑141 (MQ=255)
aaTAAGAAAGTTGTGATAACGCCTAAGATTGCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGAACCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACa < 2:2933190/140‑1 (MQ=255)
aTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAacaaacaa > 2:1379890/1‑141 (MQ=255)
gAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATAcc < 1:1364507/141‑1 (MQ=255)
gAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATAcc < 1:4007147/141‑1 (MQ=255)
gTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTTATTTACTTTAATATTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCaaaa > 2:2515842/1‑141 (MQ=255)
gTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTTTTAATAAAAAACAATACCaaaa > 1:4364446/1‑141 (MQ=255)
gTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCaaaa > 2:2415702/1‑141 (MQ=255)
gTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACAAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCaaaa > 2:1336190/1‑141 (MQ=255)
ttGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTATTAAAAAACAATACCAAAAg > 1:1719023/1‑141 (MQ=255)
tgtgATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGc < 1:4264557/141‑1 (MQ=255)
gtgATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTCACATATCTTATTCATTAACCATCCTCCTTATTAACAAACATTACCGAAAGcc > 2:1957723/1‑140 (MQ=255)
gtgATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCg < 2:1057918/141‑1 (MQ=255)
aTACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGAAc < 2:581865/141‑1 (MQ=255)
ccGCCTAAGATTTCTCTGTTAACTTTCTCTCGATATTTATCGATCTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGAACttt < 2:2872304/141‑1 (MQ=255)
|
CAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGAACTTT > USA300TCH1516_ALE/2373574‑2373854
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
