Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F60 I0 R1
|
73 |
395.3 |
8837978 |
95.5% |
8440268 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
2,462,758 |
G→A |
61.7% |
A70T (GCA→ACA) |
USA300HOU_RS12680 → |
Putative 3‑methyladenine DNA glycosylase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,462,758 | 0 | G | A | 61.7%
| 287.5
/ inf
| 351 | A70T (GCA→ACA) | USA300HOU_RS12680 | Putative 3‑methyladenine DNA glycosylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (55/78); new base A (119/96); total (174/177) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.51e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 356 total aligned reads displayed.
AGGATACCACTCAAACGTATACAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACAGAGGTAAGAAAGGCTACGA > USA300TCH1516_ALE/2462618‑2462897
|
atgccACTCAAGCGTATACAGGCGACATCGGGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATacac < 2:188838/138‑1 (MQ=255)
aTACCACTCAAACGTAGACAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATacac < 2:1450033/141‑1 (MQ=255)
tCAAACGTATACAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACAAATGTCAt > 2:3636126/1‑141 (MQ=255)
aaaCGTAGGTAGGCTAGAGCGTGGAAGAGGAAGCTTTCTTAGTTTTGGATGAGCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACAACAAAAGTCTCGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGc < 2:2928585/141‑1 (MQ=255)
aaaCGTAGAAAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTCCGTTGGAGGTAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGc < 2:1982103/141‑1 (MQ=255)
aaCGTATACAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCa > 2:4302182/1‑141 (MQ=255)
aCGTATACAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCAt > 2:1321121/1‑141 (MQ=255)
tgttgtgaGGCTAATTCGTGGAAATGTAAGCTTACTGAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATa < 2:3456987/134‑1 (MQ=255)
cGTATACAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACCTGTCATGCATa > 1:299139/1‑141 (MQ=255)
cGTATACAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATa < 1:931750/141‑1 (MQ=255)
tataCAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCCTAGCAATTGCGGGAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACg > 1:410726/1‑141 (MQ=255)
tataCAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACg > 1:972974/1‑141 (MQ=255)
tataCAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACg < 1:746844/141‑1 (MQ=255)
tataCAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAATAACGTCATTTTATGAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATaag > 1:827034/1‑139 (MQ=255)
taCAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCa > 1:2245627/1‑141 (MQ=255)
gaCAGGCTTCTTCATAGAGACTGAGTCTTACTTAGGCTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCa < 2:1669/140‑1 (MQ=255)
aCAGGCTACACCGTGGTGTTGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCAt < 2:1749005/141‑1 (MQ=255)
cAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTGTGCACATGTCATGCATACGCAtt > 1:1766270/1‑141 (MQ=255)
cAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCAtt > 1:4015541/1‑141 (MQ=255)
tACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTc < 2:2607579/141‑1 (MQ=255)
cATCGTGGAAACGGACGCTTGCTTAGGCTTGCATAATCGTGCGGCTCATGGGTATGGCGGAAAAATAACACCTAAAGTCACGGCAGTATCGAAACGTAGTCAAACAATCTATGAACATGTAATCCCTACTCAttcccgcct > 2:4184451/1‑134 (MQ=255)
aTCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTAACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAGTTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCAtt > 2:3304887/1‑141 (MQ=255)
aTCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGAAGATCAAGGCTAGGACGGAATCGGACCATGAAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCAtt > 1:1045569/1‑141 (MQ=255)
gTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAACCAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAAt > 1:3714783/1‑141 (MQ=255)
tGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAAtt > 1:3906412/1‑141 (MQ=255)
tGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCGAGCGCCGTAAAATAACACCTAAACTCACGTCATTATATAAACGTGGTCGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAAtt > 2:750844/1‑141 (MQ=255)
gAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAAtttt > 1:1314697/1‑141 (MQ=255)
aaaCGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTg < 1:3112303/141‑1 (MQ=255)
aaaCGGAAGCGTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTg < 2:200711/141‑1 (MQ=255)
aaCGGAAGATTAAAGAGGTTGGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAATCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGt < 1:394466/141‑1 (MQ=255)
cGGAAGCTTACTTAGGTTTGATTGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTaa > 2:1610098/1‑141 (MQ=255)
gAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACa > 1:1387638/1‑141 (MQ=255)
aaGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATATGCTTGTTGGTACACTTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACaa < 2:3843918/141‑1 (MQ=255)
aaGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACaa < 1:3078070/141‑1 (MQ=255)
aaGCGTACTGAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACaa < 1:1195230/141‑1 (MQ=255)
aGCTTACTTAGGGGTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACaaa < 1:2369240/141‑1 (MQ=255)
tacttaGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCt < 1:3411538/141‑1 (MQ=255)
cttaGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGa < 1:2514452/141‑1 (MQ=255)
taggttttGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAGAATCTGaa < 2:1511414/136‑1 (MQ=255)
gTTTGAATGATCGTGTCGGTGATGGCTATGGCCAGAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGta < 2:3104012/141‑1 (MQ=255)
tttGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGtat > 1:4402313/1‑141 (MQ=255)
tttGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGtat > 1:2002235/1‑141 (MQ=255)
gAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACCAAATCTGAAGGTATAcc > 1:2071408/1‑141 (MQ=255)
gAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATAcc > 2:1259169/1‑141 (MQ=255)
aaTGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCt < 2:2850347/141‑1 (MQ=255)
aaTGATCGTGCGGCTCATCGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCt < 1:701750/141‑1 (MQ=255)
attaTCGTGCGGTTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACATCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTg < 2:608387/138‑1 (MQ=255)
ataaTCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTg < 1:895230/138‑1 (MQ=255)
aTGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTg < 1:2960951/141‑1 (MQ=255)
aTGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTg < 2:2054957/141‑1 (MQ=255)
gATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAACTCTGAAGATATACCTgca > 2:3778823/1‑139 (MQ=255)
gATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATATCATGCATACGCAGTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAATGTAAACCTGaa > 2:2538100/1‑141 (MQ=255)
gATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACACGTCACTCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGaa > 1:3222516/1‑141 (MQ=255)
tCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAgg > 1:3624200/1‑141 (MQ=255)
gTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCg < 1:620608/141‑1 (MQ=255)
ttCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTa < 1:2615625/140‑1 (MQ=255)
tCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCCTTAATTTTGCAACAAAACCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACttca > 2:2145063/1‑139 (MQ=255)
tgCTATGGCGGTGCGATAACAACTAAAGTCACGACATCATATAAACGTGGTGGTACAATTTAAACAAATGTAATGCAGACGAATTTGCTCATTAATTTTGTAACAAATTCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCcgc < 2:4232689/140‑1 (MQ=255)
gCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCcgcg < 1:983376/141‑1 (MQ=255)
cTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCATACTTATCCgagc > 2:663872/1‑141 (MQ=255)
aTGGCGGTACAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAACATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCaa < 2:3230528/141‑1 (MQ=255)
aTGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTTATCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCaa < 1:2805489/141‑1 (MQ=255)
gCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTAGTTATCCGCTCAAttc > 1:3869554/1‑140 (MQ=255)
gCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTg < 1:2748154/141‑1 (MQ=255)
gCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTAGATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTg > 2:3919935/1‑141 (MQ=255)
aaaTAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCag < 1:4059071/141‑1 (MQ=255)
aaaTAACAACTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCag < 1:2461584/141‑1 (MQ=255)
acacCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTATAACAAACTCTGTAGGTATAACTGAAGTCATTCTTATCCGCGCAATTGCACCAgaagaa > 2:3133379/1‑141 (MQ=255)
acacCTAAAGTCACGTCATTATAAAAGCGGGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCAGTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAgaagaa < 1:1337761/141‑1 (MQ=255)
acCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAgg > 1:1834034/1‑141 (MQ=255)
cTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCCATTGAACCAAAAGAAGGtt > 2:916783/1‑141 (MQ=255)
aGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATc > 2:1207186/1‑141 (MQ=255)
gTCCCGTCATTATATGAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCAGTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTCTCGGCGTTATCTGTCCAGAAGAAGGTTTATcc < 2:2476035/141‑1 (MQ=255)
tCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCg < 1:1645394/141‑1 (MQ=255)
ccACGTCATTATATAAACGTGGTGCTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTAGCTGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCg < 2:4345458/140‑1 (MQ=255)
aCGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTAGCCGCGCAATTGAACCAGAAGACGGTTTATCCGCt > 1:483721/1‑141 (MQ=255)
aCGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTCAAAGCGTACTTATCCCCGCAATTGAACCAGAACAAGGTTAATCCgac > 2:3507401/1‑139 (MQ=255)
cGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGATATACCTGAAGGCGTACTTATCAGCGCAATTGAACCAGAAGAAGCATTATCCGCTa > 2:4402630/1‑141 (MQ=255)
cATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACCAACATTGACGGCGTGCCCAAAGGCGTACCTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGt > 1:4372476/1‑141 (MQ=255)
cATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGt < 1:2159114/141‑1 (MQ=255)
cATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGt > 2:3652491/1‑141 (MQ=255)
cATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGt > 1:3541623/1‑141 (MQ=255)
cATTATATAAAAGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTAATAACAGAAACTGAATGTATACCTGAAATCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGt > 2:3826717/1‑141 (MQ=255)
tataAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGt > 1:4295472/1‑141 (MQ=255)
tataAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGATATGTTCCGt > 2:4126588/1‑141 (MQ=255)
ataAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTACTTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGACGTACTTATCCGCGCAATTGCACCCGCAGAAGGTTGATCCGCTATGTTCCGtc > 2:1465840/1‑140 (MQ=255)
aaaCTTGCTAGTACAATTTATACACATTTCATTCATACTCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGTCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAAc < 1:3813924/141‑1 (MQ=255)
cGTGGTGGTACGATGTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTATTTTTGTATCTGAACCTCTGCCTTGACCGGAAGGCGTACTTATCCGTGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACaga < 2:45941/141‑1 (MQ=255)
cGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACaga > 2:848427/1‑141 (MQ=255)
gtggtgGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTGTATCCGCTATGTTCCGTAACagag < 2:2245627/141‑1 (MQ=255)
tggtggTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACagaag > 2:1526418/1‑139 (MQ=255)
ggtggtACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACAGAGGt > 1:3361419/1‑141 (MQ=255)
gtggtACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTACAAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATACGCGCACTTGAAACAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACAGAGGTa > 1:1499877/1‑141 (MQ=255)
gtggtACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACAGAGGTa > 2:2746174/1‑141 (MQ=255)
tggtACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTTAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACAGAGGTaa > 2:2336007/1‑141 (MQ=255)
gtACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACAGGGGTAAGa > 1:551838/1‑141 (MQ=255)
gtACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACAGAGGTAAGa < 2:4015541/141‑1 (MQ=255)
gtACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCACGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACAGAGGTAAGa > 2:1129119/1‑141 (MQ=255)
cAATTTATACACATGACATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAAATGACAAACAGGAATGAGTATCCGCTATGTTCCGTAACAGAGGTCAGaaaa > 2:3119769/1‑140 (MQ=255)
ttaaTGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATAAATATCAGAAAAAAATCTTAAGGTATACCTGAAGGCGTACTGATCAGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACAGAGGTAAGAAAGGCt < 1:1888001/138‑1 (MQ=255)
|
AGGATACCACTCAAACGTATACAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACAGAGGTAAGAAAGGCTACGA > USA300TCH1516_ALE/2462618‑2462897
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
