Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F70 I0 R1
|
17 |
27.3 |
622620 |
94.5% |
588375 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
2,028,191 |
C→A |
100% |
A152S (GCA→TCA) |
USA300HOU_RS10230 ← |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,028,191 | 0 | C | A | 100.0%
| 84.8
/ NA
| 29 | A152S (GCA→TCA) | USA300HOU_RS10230 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (13/16); total (13/16) |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TGATTTTTCATTCACGTAAGTACTTCCATAAAAAGCAGCTACATGTAAATTAATATTGTAATTAACCGGCAATATA‑ACCTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGGTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACC > USA300TCH1516_ALE/2028057‑2028324
|
tGATTTTTCATTCACGTAAGTACTTCCATAAAAAGCAGCTACATGTAAATTAATATTGTAATTAACCGGACATATGCAGCT‑TTCATTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGAAGCttt > 1:72548/1‑141 (MQ=255)
cattcaCGCAAGTACTTCCATAAAAAGCAGCTACATGTAAATTAATATTGTAATTAACCGGCAATATA‑ACCTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGt < 1:274444/141‑1 (MQ=255)
aaGCAGCTACATGTAAATTAATATTGTAATTCACCGGAACTATA‑ACCTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAAAAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGAAGCTCTTGTTCATTCAATATGTAGCTCTCCCATTCCAt > 2:97029/1‑141 (MQ=255)
aTGTAAATTAATATTGTAATTAACCGGCAATATA‑ACCTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTg < 1:30252/141‑1 (MQ=255)
gTAATTTAGTATTGGAATTAACCGTCAATATA‑ACCTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGACGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTa < 2:164952/141‑1 (MQ=255)
ttAATATTGTAATTAACCGGCAATATA‑ACCTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCt < 1:93821/141‑1 (MQ=255)
aaTATTGTAATTAACCGGCAATATA‑ACCTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACCACTTAGGTGCGATTTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTc < 1:226733/141‑1 (MQ=255)
aaTATTGTAATTAACCGGCAATATA‑ACCTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTc < 1:226182/141‑1 (MQ=255)
atatTGTAATTAACCGGCAATATA‑ACCTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTcc > 1:265708/1‑141 (MQ=255)
atTGTAATTAACCTGCAATATA‑ACCTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATTGTATTATTTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCa < 1:20991/141‑1 (MQ=255)
ggTAATTAACCGGCAATATA‑ACCTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACt < 2:177396/140‑1 (MQ=255)
aTTAACCGGCAATATA‑ACCTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTtata < 1:114899/141‑1 (MQ=255)
aTTAACCGGCAATATA‑ACCTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAAAGATAACAGTTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTtata > 2:127613/1‑141 (MQ=255)
aaCCGGCAATATA‑ACCTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATAc > 2:7813/1‑141 (MQ=255)
aCCGGCAATATA‑ACCTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACa > 1:3447/1‑141 (MQ=255)
cGGCAATATA‑ACCTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATa > 2:153315/1‑141 (MQ=255)
cAATAAA‑ACTTGATCTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATTGTATTATTTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAACTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAAc < 2:171403/141‑1 (MQ=255)
cTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGGTGTACg > 1:122002/1‑141 (MQ=255)
tttACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGGTGTACGTTGCTc > 1:201646/1‑141 (MQ=255)
tACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGGTGTACGTTGCTCAc > 2:131337/1‑141 (MQ=255)
aCCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGGTGTACGTTGCTGAct > 1:296495/1‑140 (MQ=255)
aaaTGTGTCTAACGACAATGGTTTTATTTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCTATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGGTGTACGTTGCTCACCAAAcc < 2:191947/141‑1 (MQ=255)
aaagtgtCTAACAACAATGGTATTATTTTGCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGGCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACAGGTGGACGTTGCTCCCCAAACCa < 2:287149/138‑1 (MQ=255)
aacaaTGGTATTATTTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGGTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTtaat > 1:88348/1‑141 (MQ=255)
aTGGTATTATTTGCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGACAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGGTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATaaaa < 2:229867/141‑1 (MQ=255)
tattTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGGTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTg < 1:269653/141‑1 (MQ=255)
attTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGGTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGa < 1:220142/141‑1 (MQ=255)
ttCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGGTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGt > 1:199064/1‑141 (MQ=255)
atgtttGAAGTTTGTGTGAATTCAATATGTAGGGCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCAGTTATATACATAAACTGGTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATTGTGAAGTCATAAcc < 2:111913/138‑1 (MQ=255)
|
TGATTTTTCATTCACGTAAGTACTTCCATAAAAAGCAGCTACATGTAAATTAATATTGTAATTAACCGGCAATATA‑ACCTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGGTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACC > USA300TCH1516_ALE/2028057‑2028324
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
