Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F4 I1 R1
|
17 |
37.4 |
1246952 |
98.2% |
1224506 |
142.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,636,114 |
C→A |
intergenic (+221/+94) |
yhiM → / ← yhiN |
acid resistance protein, inner membrane/putative oxidoreductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,636,114 | 0 | C | A | 100.0%
| 192.1
/ NA
| 55 | intergenic (+221/+94) | yhiM/yhiN | acid resistance protein, inner membrane/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (28/27); total (28/27) |
GCATTAATGCATAGTGGTTAAGTATAAAAAACAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTCACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCAATCAAATCCTGCGCACAAGCCCACGCACTCGAC > NC_000913/3635970‑3636259
|
gcaTTAATGCATAGTGGTTAAGTATAAAAAACAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACgg < 1:4242/149‑1 (MQ=255)
tAATGCATAGTGGTTAAGTATAAAAAACAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCt > 2:117950/1‑148 (MQ=255)
gCATAGTGGTTAAGTATAAAAAACAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCAt > 2:105948/1‑147 (MQ=255)
aTAGTGGTTAATTATAAAAAACAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGTCTCATTAGa < 2:104101/149‑1 (MQ=255)
gTGGTTAAGTATAAAAAACAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGaaa < 1:153802/148‑1 (MQ=255)
tataAAAAACAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCATATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATcac > 6:107844/1‑147 (MQ=255)
aaaaCAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATaa > 6:136481/1‑149 (MQ=255)
aaaGTTACTGTTTTTTTCAACATTTTCATATTTCATAAATATCTGTCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGATGTTTTCAGTTAACGTGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTAt < 7:91770/148‑1 (MQ=255)
tGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAg > 4:122287/1‑149 (MQ=255)
tttttttCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGc < 1:105948/148‑1 (MQ=255)
tttttCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAATGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCa > 1:5072/1‑149 (MQ=255)
aaCCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTa < 5:136481/149‑1 (MQ=255)
aCCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTaa < 8:97516/149‑1 (MQ=255)
ttCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTGTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGc < 8:40491/147‑1 (MQ=255)
tttCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGc > 3:123767/1‑128 (MQ=255)
tttCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGc < 4:123767/128‑1 (MQ=255)
cATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAATATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCtaataa > 5:82520/1‑149 (MQ=255)
cATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCtaataa > 5:148531/1‑149 (MQ=255)
aGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCATATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTc < 5:107844/149‑1 (MQ=255)
aTCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTGAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCAt > 7:26965/1‑149 (MQ=255)
ggCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGAc < 3:116894/130‑1 (MQ=255)
ggCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGAc > 4:116894/1‑130 (MQ=255)
gCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAATATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATc < 6:82520/145‑1 (MQ=255)
gCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATc < 6:148531/145‑1 (MQ=255)
gCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTa < 7:29245/149‑1 (MQ=255)
gCCACTGAGTGAGTTTTCAATAACCTTTCCATCCACATTATATTAATCATTGATGGTTTCAGTTAACTGGATCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTa < 5:4631/149‑1 (MQ=255)
ccACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAg > 3:88768/1‑149 (MQ=255)
agtgagtTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAAt < 2:16447/148‑1 (MQ=255)
gtgagtTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAg > 6:122170/1‑149 (MQ=255)
gtgagtTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAg > 1:79583/1‑149 (MQ=255)
tgagtTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAgg > 3:71740/1‑149 (MQ=255)
ttttCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATa > 5:37020/1‑143 (MQ=255)
ttttCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATa < 6:37020/143‑1 (MQ=255)
aTCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGgacgac > 8:120607/1‑149 (MQ=255)
aCCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACtt < 5:122170/148‑1 (MQ=255)
tccatccaCCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTtgctg > 7:76367/1‑148 (MQ=255)
catccaCCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCaa < 8:26965/149‑1 (MQ=255)
atccaCCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCaa > 3:111907/1‑148 (MQ=255)
atccaCCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCAAt > 2:170752/1‑149 (MQ=255)
atccaCCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCAAt > 7:81152/1‑149 (MQ=255)
tccaCCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATa > 3:24444/1‑125 (MQ=255)
tccaCCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATa < 4:24444/125‑1 (MQ=255)
tccaCCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCAATc < 3:122287/149‑1 (MQ=255)
tatTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATCACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCAATCAAATCCTg < 7:120607/148‑1 (MQ=255)
tatTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCAATCAAATCCt > 6:52924/1‑147 (MQ=255)
tatTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCAATCAAATCCt < 5:52924/147‑1 (MQ=255)
ttAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCAATCAAATCCTgcg > 3:114264/1‑148 (MQ=255)
aGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCAATCAAATCCTGCGcac > 7:94788/1‑148 (MQ=255)
gCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTtgctg > 4:94578/1‑129 (MQ=255)
gCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTtgctg < 3:94578/129‑1 (MQ=255)
gCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCAATCAAATCCTGCGCACaa < 8:76367/149‑1 (MQ=255)
tGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCAATCAAATCCTGCGCACAAGcc < 2:79583/149‑1 (MQ=255)
tttCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCAATCAAATCCTGCGCACAAGCCCACGCAc > 5:97554/1‑149 (MQ=255)
cAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCAATCAAATCCTGCGCACAAGCCCACGCACTc < 1:170752/148‑1 (MQ=255)
gTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCAATCAAATCCTGCGCACAAGCCCACGCACTCGAc > 5:64279/1‑149 (MQ=255)
|
GCATTAATGCATAGTGGTTAAGTATAAAAAACAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTCACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCAATCAAATCCTGCGCACAAGCCCACGCACTCGAC > NC_000913/3635970‑3636259
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AGCATTAATGCATAGTGGTTAAGTATAAAAAACAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTCACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCAATCAAATCCTGCGCACAAGCCCACGCACTCGACC > NC_000913/3635969‑3636260
|
AGCATTAATGCATAGTGGTTAAGTATAAAAAACAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGG < NB501016:228:HFK2FAFXY:1:11102:9628:13206/151‑1 (MQ=60)
AGTGGTTAAGTATAAAAAACAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAA < NB501016:228:HFK2FAFXY:1:21302:19863:10730/150‑1 (MQ=60)
CAAAGTTACTGTTTTTTTCAACATTTTCATATTTCATAAATATCTGTCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGATGTTTTCAGTTAACGTGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATC < NB501016:228:HFK2FAFXY:4:21411:2551:3500/150‑1 (MQ=60)
GTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCT < NB501016:228:HFK2FAFXY:1:21107:14247:1771/150‑1 (MQ=60)
TTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAATGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCAT > NB501016:228:HFK2FAFXY:1:11102:5317:19270/1‑151 (MQ=60)
CAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAA < NB501016:228:HFK2FAFXY:3:21602:15682:2955/151‑1 (MQ=60)
ATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCT > NB501016:228:HFK2FAFXY:2:21303:13597:19191/1‑130 (MQ=60)
TCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAATATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAAT > NB501016:228:HFK2FAFXY:3:21401:14846:1344/1‑151 (MQ=60)
TCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAAT > NB501016:228:HFK2FAFXY:3:21607:25355:10015/1‑151 (MQ=60)
AAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCATATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCA < NB501016:228:HFK2FAFXY:3:21412:15510:16946/151‑1 (MQ=60)
GATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTGAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATC > NB501016:228:HFK2FAFXY:4:11501:4088:9818/1‑151 (MQ=60)
TGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACT < NB501016:228:HFK2FAFXY:2:21212:4236:11487/132‑1 (MQ=60)
GGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAG < NB501016:228:HFK2FAFXY:4:11502:24082:13830/151‑1 (MQ=60)
GGCCACTGAGTGAGTTTTCAATAACCTTTCCATCCACATTATATTAATCATTGATGGTTTCAGTTAACTGGATCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAG < NB501016:228:HFK2FAFXY:3:11403:23834:1655/151‑1 (MQ=60)
GCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTATG > NB501016:228:HFK2FAFXY:2:21109:7654:15797/1‑151 (MQ=60)
AGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGG > NB501016:228:HFK2FAFXY:1:11308:25394:11912/1‑151 (MQ=60)
GTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGT > NB501016:228:HFK2FAFXY:2:11312:11777:12977/1‑151 (MQ=60)
GTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAG > NB501016:228:HFK2FAFXY:3:11505:20424:11296/1‑145 (MQ=60)
CACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTT < NB501016:228:HFK2FAFXY:3:21507:1253:12920/150‑1 (MQ=60)
TTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGC > NB501016:228:HFK2FAFXY:4:21403:5155:17544/1‑150 (MQ=60)
CATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCAATC > NB501016:228:HFK2FAFXY:4:21406:8139:5713/1‑151 (MQ=60)
CATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGATGCAAT > NB501016:228:HFK2FAFXY:2:21210:20659:1975/1‑150 (MQ=60)
ATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCAATCA < NB501016:228:HFK2FAFXY:2:21303:3852:5587/151‑1 (MQ=60)
ATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAG > NB501016:228:HFK2FAFXY:2:11201:11020:18149/1‑127 (MQ=60)
ATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATCACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCAATCAAATCCTGC < NB501016:228:HFK2FAFXY:4:21602:12979:12267/150‑1 (MQ=60)
ATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCAATCAAATCCTG < NB501016:228:HFK2FAFXY:3:11512:3078:11404/149‑1 (MQ=60)
ATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGAAATCAAATCCTGCGC > NB501016:228:HFK2FAFXY:2:21211:11321:5408/1‑150 (MQ=60)
AAGCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCAATCAAATCCTGCGCACA > NB501016:228:HFK2FAFXY:4:21412:20946:9756/1‑150 (MQ=60)
ATCATGGAGGGTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGC < NB501016:228:HFK2FAFXY:2:21112:16265:19107/131‑1 (MQ=60)
GTTTCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATATTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCAATCAAATCCTGCGCACAAGCCCACGCACT > NB501016:228:HFK2FAFXY:3:21408:20079:1277/1‑151 (MQ=60)
TCAGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCAATCAAATCCTGCGCACAAGCCCACGCACTCG < NB501016:228:HFK2FAFXY:1:21309:25157:8486/150‑1 (MQ=60)
AGTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCAATCAAATCCTGCGCACAAGCCCACGCACTCGACC > NB501016:228:HFK2FAFXY:3:11605:8774:4911/1‑151 (MQ=60)
GTTAACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCAATCAAATCCTGCGCACAAGCCCACGCACTCGACC > NB501016:228:HFK2FAFXY:4:21512:19175:12652/1‑150 (MQ=60)
|
AGCATTAATGCATAGTGGTTAAGTATAAAAAACAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTCACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCAATCAAATCCTGCGCACAAGCCCACGCACTCGACC > NC_000913/3635969‑3636260
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
