Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1357 |
179.3 |
9500450 |
96.1% |
9129932 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,066,300 |
T→C |
intergenic (‑957/‑330) |
trs56 ← / → b1995 |
IS5 transposase/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,066,300 | 0 | T | C | 99.3%
| 460.2
/ NA
| 139 | intergenic (‑957/‑330) | trs56/b1995 | IS5 transposase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (35/103); minor base A (1/0); total (36/103) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.59e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
CTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGAC > NC_000913/2066211‑2066389
|
ctGGCCATTAGAGTAACCTTCTACATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCtt < 2:246530/93‑1 (MQ=255)
ggCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTAc < 1:1716044/93‑1 (MQ=255)
gCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTAcc > 2:258553/1‑93 (MQ=255)
cATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGc < 1:1213190/93‑1 (MQ=255)
aTTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCa > 1:2712800/1‑93 (MQ=255)
tAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCata < 2:3086874/93‑1 (MQ=255)
tAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCata < 2:608543/93‑1 (MQ=255)
gagTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCAtata < 1:556421/93‑1 (MQ=255)
gagTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCAtata < 2:3123789/93‑1 (MQ=255)
gagTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCAtata < 1:3359701/93‑1 (MQ=255)
gagTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCAtata < 2:3112796/93‑1 (MQ=255)
agTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATAc < 1:3266875/93‑1 (MQ=255)
agTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATAc > 2:167372/1‑93 (MQ=255)
gTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGTTACTGATATGAGCCTTACCGCATATACg > 1:4461849/1‑93 (MQ=255)
aCCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTc > 2:1126301/1‑93 (MQ=255)
cTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCaa < 2:436833/93‑1 (MQ=255)
ttCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAAt < 1:89226/93‑1 (MQ=255)
ttCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAAt < 1:619223/93‑1 (MQ=255)
tCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAAtt < 2:182719/93‑1 (MQ=255)
cTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAAttt < 1:2666989/93‑1 (MQ=255)
cTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAAttt < 2:868533/93‑1 (MQ=255)
tGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTc < 1:3099289/93‑1 (MQ=255)
ttCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCa > 2:4669058/1‑93 (MQ=255)
tCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCaa < 2:1879020/93‑1 (MQ=255)
tCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCaa > 1:3788058/1‑93 (MQ=255)
cATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCaat > 2:65710/1‑93 (MQ=255)
cATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCaat < 2:1683430/93‑1 (MQ=255)
cATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCaat > 2:3386357/1‑93 (MQ=255)
cATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCaat > 1:952107/1‑93 (MQ=255)
aTCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCaatt > 2:4530759/1‑93 (MQ=255)
tCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCaatta < 2:2931017/93‑1 (MQ=255)
tCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCaatta < 1:1019569/93‑1 (MQ=255)
ccTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCaattaa > 2:758054/1‑93 (MQ=255)
cTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATGCTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCaattaat < 2:3976365/93‑1 (MQ=255)
cTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCaattaat > 1:2474791/1‑93 (MQ=255)
ttttGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCaattaatt < 1:4207239/93‑1 (MQ=255)
ttttGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCaattaatt < 2:183495/93‑1 (MQ=255)
tGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACa < 1:1192120/93‑1 (MQ=255)
tGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACa < 1:2856093/93‑1 (MQ=255)
gTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACAt > 1:2921442/1‑93 (MQ=255)
gTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACAt < 2:1651973/93‑1 (MQ=255)
tAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACAtt < 2:1752002/93‑1 (MQ=255)
aaaGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATc < 2:1466558/93‑1 (MQ=255)
aaGTTTATATTAGTATCAGCAATTAGCCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATcc < 2:4497299/93‑1 (MQ=255)
aaGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATcc < 2:529078/93‑1 (MQ=255)
aaGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATcc < 1:756300/93‑1 (MQ=255)
gTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCAc > 1:3594558/1‑93 (MQ=255)
tttATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACg > 1:962471/1‑93 (MQ=255)
atatTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCa < 1:4569569/93‑1 (MQ=255)
atTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCaaa < 2:4591823/93‑1 (MQ=255)
atTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCaaa < 1:3908759/93‑1 (MQ=255)
atTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCaaa < 2:3084702/93‑1 (MQ=255)
ttAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAg < 2:1034311/93‑1 (MQ=255)
ttAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAg < 1:849321/93‑1 (MQ=255)
aGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTa < 1:2109163/93‑1 (MQ=255)
aGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTa < 2:1663968/93‑1 (MQ=255)
gTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTAt < 1:3922990/93‑1 (MQ=255)
tATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTAtt < 1:1864713/93‑1 (MQ=255)
tCAGCAATTAACCGTACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTg < 2:3308032/93‑1 (MQ=255)
tCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTg < 2:4370131/93‑1 (MQ=255)
tCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTg < 2:255839/93‑1 (MQ=255)
cAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGt < 1:2481384/93‑1 (MQ=255)
aGCAATTAGCCGGACCTGATACTCATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACAGTATCCACGCCAAAGTATTTGtc < 1:2308107/93‑1 (MQ=255)
aGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGtc < 2:4188414/93‑1 (MQ=255)
gCAATTAACCGGACCTGATACTTATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGtca < 1:2681978/93‑1 (MQ=255)
gCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGtca > 1:4114920/1‑93 (MQ=255)
cAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGtcat < 2:4125384/93‑1 (MQ=255)
aaTTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGtcatc < 2:1247086/93‑1 (MQ=255)
aTTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGtcatca < 2:1819311/93‑1 (MQ=255)
aaCCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTTCCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACaa < 2:949915/93‑1 (MQ=255)
aaCCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACaa < 2:789157/93‑1 (MQ=255)
aCCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCCCGCCAAAGTATTTGTCATCACAat < 2:3927759/93‑1 (MQ=255)
aCCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAat < 1:1978632/93‑1 (MQ=255)
cGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAatga < 2:3273388/93‑1 (MQ=255)
cGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAatga < 2:4527454/93‑1 (MQ=255)
aCCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATgg < 2:2491029/93‑1 (MQ=255)
ccTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGt > 2:3398672/1‑93 (MQ=255)
ctgatactgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTa < 2:481105/93‑1 (MQ=255)
ctgatactgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTa < 1:4197381/93‑1 (MQ=255)
tgatactgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTAc > 1:3024595/1‑93 (MQ=255)
tgatactgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTAc > 1:3739384/1‑93 (MQ=255)
atactgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACct < 2:1579826/93‑1 (MQ=255)
atactgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACct < 1:4251320/93‑1 (MQ=255)
tactgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACctt > 1:2655110/1‑93 (MQ=255)
tactgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACctt > 1:4636883/1‑93 (MQ=255)
tactgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACctt < 2:1231694/93‑1 (MQ=255)
actgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAGTGATGGTACcttc < 1:3135431/93‑1 (MQ=255)
actgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACcttc < 1:3977780/93‑1 (MQ=255)
actgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACcttc < 1:1538153/93‑1 (MQ=255)
ctgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACcttct < 1:1427841/93‑1 (MQ=255)
ctgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACcttct < 1:1787177/93‑1 (MQ=255)
ctgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACcttct < 2:167159/93‑1 (MQ=255)
ctgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAACTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACcttct > 1:3315687/1‑93 (MQ=255)
tgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACcttctt < 2:3408150/93‑1 (MQ=255)
tgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACcttctt < 2:1019977/93‑1 (MQ=255)
tgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACcttctt < 2:1832965/93‑1 (MQ=255)
gataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCttt > 2:3751640/1‑93 (MQ=255)
atGAGCCTTCCCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAg < 2:2299255/93‑1 (MQ=255)
tGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGa < 1:3003989/93‑1 (MQ=255)
gAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGac < 1:3399642/93‑1 (MQ=255)
|
CTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGAC > NC_000913/2066211‑2066389
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CACTCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCA > NC_000913/2066207‑2066393
|
CACTCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGC > SRR4302544.2477214/1‑94 (MQ=60)
GGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACC < SRR4302544.1732918/94‑1 (MQ=60)
CATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCA < SRR4302544.1225201/94‑1 (MQ=60)
CATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCA > SRR4302544.2738897/1‑94 (MQ=60)
TAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATAT < SRR4302544.2868338/94‑1 (MQ=60)
GAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATAC < SRR4302544.3391763/94‑1 (MQ=60)
GAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATAC < SRR4302544.561862/94‑1 (MQ=60)
AGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGTTACTGATATGAGCCTTACCGCATATACG > SRR4302544.4506756/1‑94 (MQ=60)
AGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACG < SRR4302544.3298054/94‑1 (MQ=60)
CTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAAT > SRR4302544.379473/1‑94 (MQ=60)
TTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATT < SRR4302544.90067/94‑1 (MQ=60)
TTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATT < SRR4302544.625302/94‑1 (MQ=60)
CTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTC < SRR4302544.2692558/94‑1 (MQ=60)
TGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCA < SRR4302544.3128798/94‑1 (MQ=60)
CATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGATACTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGC > SRR4302544.3321799/1‑94 (MQ=60)
CATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGC > SRR4302544.2593194/1‑94 (MQ=60)
TTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAA > SRR4302544.3825567/1‑94 (MQ=60)
TCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAAT < SRR4302544.4156546/94‑1 (MQ=60)
TCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAAT < SRR4302544.2370852/94‑1 (MQ=60)
TCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAAT > SRR4302544.961471/1‑94 (MQ=60)
ATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTA > SRR4302544.2730500/1‑94 (MQ=60)
TCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAA < SRR4302544.1029750/94‑1 (MQ=60)
CCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAAT > SRR4302544.2498454/1‑94 (MQ=60)
TTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTA < SRR4302544.4249482/94‑1 (MQ=60)
TTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACA < SRR4302544.3408844/94‑1 (MQ=60)
TGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACAT < SRR4302544.858305/94‑1 (MQ=60)
TGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACAT < SRR4302544.2883674/94‑1 (MQ=60)
TGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACAT > SRR4302544.2949529/1‑94 (MQ=60)
TGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACAT < SRR4302544.1203944/94‑1 (MQ=60)
AAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATC < SRR4302544.1374978/94‑1 (MQ=60)
AAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATCTACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACCTTATCC < SRR4302544.4268349/94‑1 (MQ=60)
AAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCA < SRR4302544.763686/94‑1 (MQ=60)
AGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCAC > SRR4302544.3629101/1‑94 (MQ=60)
GTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACG > SRR4302544.971923/1‑94 (MQ=60)
TATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCA > SRR4302544.1803112/1‑94 (MQ=60)
ATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAA < SRR4302544.4615119/94‑1 (MQ=60)
ATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAG < SRR4302544.3947597/94‑1 (MQ=60)
ATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAG < SRR4302544.3947596/94‑1 (MQ=60)
TTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGT < SRR4302544.857718/94‑1 (MQ=60)
AGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTAT < SRR4302544.2129450/94‑1 (MQ=60)
GTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATT < SRR4302544.3961960/94‑1 (MQ=60)
TATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTT < SRR4302544.1882735/94‑1 (MQ=60)
TATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTT < SRR4302544.191588/94‑1 (MQ=60)
CAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTC < SRR4302544.2505140/94‑1 (MQ=60)
AGCAATTAGCCGGACCTGATACTCATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACAGTATCCACGCCAAAGTATTTGTCA < SRR4302544.2329925/94‑1 (MQ=60)
AGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCA < SRR4302544.3111744/94‑1 (MQ=60)
AGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCA > SRR4302544.4155801/1‑94 (MQ=60)
GCAATTAACCGGACCTGATACTTATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCAT < SRR4302544.2707677/94‑1 (MQ=60)
AATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCA > SRR4302544.727661/1‑94 (MQ=60)
ACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATG > SRR4302544.4678357/1‑94 (MQ=60)
ACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATG < SRR4302544.1997857/94‑1 (MQ=60)
CGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGAT < SRR4302544.2901743/94‑1 (MQ=60)
CTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTAC > SRR4302544.3776550/1‑94 (MQ=60)
CTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTAC > SRR4302544.3053577/1‑94 (MQ=60)
CTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTAC < SRR4302544.4239139/94‑1 (MQ=60)
TGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACC < SRR4302544.1009266/94‑1 (MQ=60)
ATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTT < SRR4302544.4294662/94‑1 (MQ=60)
ATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTT > SRR4302544.4682823/1‑94 (MQ=60)
ATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTT > SRR4302544.2680572/1‑94 (MQ=60)
ACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAGTGATGGTACCTTCT < SRR4302544.3165212/94‑1 (MQ=60)
ACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCT < SRR4302544.4017367/94‑1 (MQ=60)
ACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCT < SRR4302544.1553436/94‑1 (MQ=60)
ACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAACTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCT > SRR4302544.3347264/1‑94 (MQ=60)
CTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTT < SRR4302544.1804646/94‑1 (MQ=60)
CTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTT < SRR4302544.1442042/94‑1 (MQ=60)
TGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGAC < SRR4302544.3032783/94‑1 (MQ=60)
GAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACA < SRR4302544.3432147/94‑1 (MQ=60)
AGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACAC < SRR4302544.3402164/94‑1 (MQ=60)
CCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCA < SRR4302544.2296447/94‑1 (MQ=60)
|
CACTCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCA > NC_000913/2066207‑2066393
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
