Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1357 |
179.3 |
9500450 |
96.1% |
9129932 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,464,010 |
T→C |
H230H (CAT→CAC) |
yfdC → |
putative transport |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,464,010 | 0 | T | C | 97.9%
| 444.7
/ ‑1.9
| 141 | H230H (CAT→CAC) | yfdC | putative transport |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base C (77/61); total (78/63) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.86e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.15e-01 |
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
TATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCACTACCTAC > NC_000913/2463920‑2464099
|
tATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACACacat > 2:1770691/1‑93 (MQ=255)
aTGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATc < 2:3278332/93‑1 (MQ=255)
aTGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGAGTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATc > 2:2941421/1‑93 (MQ=255)
tGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCATATCg < 1:3823746/93‑1 (MQ=255)
ggTTTGGATGTTACCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTAACACCACCCACATCGt < 2:4212189/93‑1 (MQ=255)
tttGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTgg > 1:3467788/1‑93 (MQ=255)
tGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTc < 1:2383540/93‑1 (MQ=255)
tGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGtt > 2:3531355/1‑93 (MQ=255)
tGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGtt > 1:3187504/1‑93 (MQ=255)
gTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTc > 2:478913/1‑93 (MQ=255)
gTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTc < 2:453365/93‑1 (MQ=255)
tttCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCt < 2:2237708/93‑1 (MQ=255)
tttCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCt < 2:2902759/93‑1 (MQ=255)
ttCCTGCAGCAGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTg < 2:1800393/93‑1 (MQ=255)
cTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTg < 2:2193714/93‑1 (MQ=255)
cTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTg > 2:4713810/1‑93 (MQ=255)
cTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTg > 1:2236971/1‑93 (MQ=255)
cTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTACCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTg < 1:2674106/93‑1 (MQ=255)
gCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGaa > 1:488093/1‑93 (MQ=255)
cAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGaaa < 2:1537315/93‑1 (MQ=255)
cAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGaaa < 2:3669925/93‑1 (MQ=255)
aGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAAt < 2:4043680/93‑1 (MQ=255)
aGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAAt < 2:2061182/93‑1 (MQ=255)
ggTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCctc < 1:295898/93‑1 (MQ=255)
ggTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCctc > 1:1498158/1‑93 (MQ=255)
ggTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCctc < 1:1800017/93‑1 (MQ=255)
ggTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCctc > 2:1855020/1‑93 (MQ=255)
gCGGAAAAGTTTGT‑GTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATc < 2:4153672/93‑1 (MQ=255)
cGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATc > 2:1895361/1‑93 (MQ=255)
gCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTg > 2:160535/1‑93 (MQ=255)
gCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTg > 1:3689233/1‑93 (MQ=255)
gCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTg < 2:4450356/93‑1 (MQ=255)
gCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTg < 2:2723989/93‑1 (MQ=255)
cAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTgg < 1:4704494/93‑1 (MQ=255)
aaaGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGgt < 2:4350667/93‑1 (MQ=255)
aaaGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGgt > 2:229340/1‑93 (MQ=255)
aaGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGgtg < 2:1340316/93‑1 (MQ=255)
aaGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGgtg > 1:3975110/1‑93 (MQ=255)
aaGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGgtg > 2:3699510/1‑93 (MQ=255)
gATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGtt > 2:4626/1‑93 (MQ=255)
ttGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTa > 2:3684454/1‑93 (MQ=255)
ttGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTa > 1:1075731/1‑93 (MQ=255)
ttGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTa < 1:208367/93‑1 (MQ=255)
gtggtgATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAAc > 2:3516236/1‑93 (MQ=255)
gtggtgATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAAc < 2:1246539/93‑1 (MQ=255)
tggtgATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACg > 1:722009/1‑93 (MQ=255)
tgATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTa < 2:651716/93‑1 (MQ=255)
tgATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTa < 2:4373632/93‑1 (MQ=255)
aTTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACg < 1:3355255/93‑1 (MQ=255)
aTTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACg < 1:2648861/93‑1 (MQ=255)
ttATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGc < 1:1121307/93‑1 (MQ=255)
ttATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGc > 1:2847069/1‑93 (MQ=255)
ttATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGc > 2:1064440/1‑93 (MQ=255)
ttATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGc > 1:1232016/1‑93 (MQ=255)
tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCt > 1:2206005/1‑93 (MQ=255)
tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTATATCTGGTGTTTAACGGTACGCt < 2:3852546/93‑1 (MQ=255)
tatTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGc < 2:4172321/93‑1 (MQ=255)
tatTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGc > 1:1553133/1‑93 (MQ=255)
tatTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGc > 1:2623302/1‑93 (MQ=255)
atTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCa > 1:3494426/1‑93 (MQ=255)
gatgaCCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTg > 1:2680871/1‑93 (MQ=255)
atgaCCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTgg > 1:469206/1‑93 (MQ=255)
atgaCCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTgg < 1:2426542/93‑1 (MQ=255)
tgaCCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGa < 2:4324861/93‑1 (MQ=255)
tgaCCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGa < 2:4574570/93‑1 (MQ=255)
tgaCCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGa > 2:1203461/1‑93 (MQ=255)
gaCCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAg > 2:703478/1‑93 (MQ=255)
aCCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGc < 2:3832155/93‑1 (MQ=255)
ccTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCg > 2:256373/1‑93 (MQ=255)
cTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGCGCGa > 2:1070522/1‑93 (MQ=255)
cTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGa > 1:476002/1‑93 (MQ=255)
tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGAt > 2:3936119/1‑93 (MQ=255)
tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGAt < 1:3296440/93‑1 (MQ=255)
tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGAt > 1:3826739/1‑93 (MQ=255)
ggCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGAtt < 1:719189/93‑1 (MQ=255)
ttATTCCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGAtttaa < 2:3858682/93‑3 (MQ=255)
tATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCAt > 1:4536981/1‑93 (MQ=255)
aTTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATc > 1:104651/1‑93 (MQ=255)
aTTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATCTCATc > 1:2758096/1‑93 (MQ=255)
ttGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCt < 1:2525136/93‑1 (MQ=255)
gCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTgg < 2:1799354/93‑1 (MQ=255)
cccTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGc > 1:2006609/1‑93 (MQ=255)
cccTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGc < 2:1980182/93‑1 (MQ=255)
ccagggTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGcc > 1:4315044/4‑93 (MQ=255)
ccTGGGTGACACCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGcc > 1:4332507/1‑93 (MQ=255)
ccTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGcc > 1:4317287/1‑93 (MQ=255)
ccTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGcc > 1:646597/1‑93 (MQ=255)
cTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGccc > 2:2010321/1‑93 (MQ=255)
tGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCt > 2:1261791/1‑93 (MQ=255)
gggTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCtt > 1:2194250/1‑93 (MQ=255)
gggTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCtt > 1:1279715/1‑93 (MQ=255)
ggTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTc < 1:392869/93‑1 (MQ=255)
ggTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTc > 1:3710357/1‑93 (MQ=255)
gACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCa > 2:898183/1‑93 (MQ=255)
gACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCa > 2:958575/1‑93 (MQ=255)
accaccCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCActa > 1:3268249/1‑93 (MQ=255)
caccCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCActacc < 1:2481170/93‑1 (MQ=255)
accCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCActacct > 2:4270951/1‑93 (MQ=255)
ccACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCActacctac < 2:3788543/93‑1 (MQ=255)
ccACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCActacctac < 1:1978011/93‑1 (MQ=255)
|
TATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCACTACCTAC > NC_000913/2463920‑2464099
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCACTACCTACTTTA > NC_000913/2463917‑2464103
|
CACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCAC > SRR4302544.4312781/1‑94 (MQ=60)
CTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACAT > SRR4302544.445335/1‑94 (MQ=60)
TGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCATATCGT < SRR4302544.3861660/94‑1 (MQ=60)
GTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGG > SRR4302544.3500867/1‑94 (MQ=60)
TGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCG < SRR4302544.2406110/94‑1 (MQ=60)
ATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTT > SRR4302544.3217864/1‑94 (MQ=60)
TTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGT < SRR4302544.4131779/94‑1 (MQ=60)
CCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTG > SRR4302544.2258012/1‑94 (MQ=60)
CCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCATGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTG > SRR4302544.2315499/1‑94 (MQ=60)
CTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTACCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGA < SRR4302544.2699741/94‑1 (MQ=60)
TGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAA > SRR4302544.492875/1‑94 (MQ=60)
CAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAAT < SRR4302544.3496958/94‑1 (MQ=60)
CGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCT < SRR4302544.4739771/94‑1 (MQ=60)
GGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTC > SRR4302544.1142935/1‑94 (MQ=60)
GGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTC > SRR4302544.1512967/1‑94 (MQ=60)
GGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCT < SRR4302544.1817611/94‑1 (MQ=60)
GGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCT < SRR4302544.298957/94‑1 (MQ=60)
GGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTG > SRR4302544.2554443/1‑94 (MQ=60)
GGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTG > SRR4302544.3726001/1‑94 (MQ=60)
CAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGT < SRR4302544.4750986/94‑1 (MQ=60)
AAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTG > SRR4302544.4014665/1‑94 (MQ=60)
GATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTT > SRR4302544.720577/1‑94 (MQ=60)
ATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTA > SRR4302544.1086427/1‑94 (MQ=60)
ATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTA > SRR4302544.1617291/1‑94 (MQ=60)
TTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAA < SRR4302544.210507/94‑1 (MQ=60)
GTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACG > SRR4302544.729120/1‑94 (MQ=60)
TGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGG > SRR4302544.20166/1‑94 (MQ=60)
ATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGC < SRR4302544.3387271/94‑1 (MQ=60)
ATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGC < SRR4302544.2674267/94‑1 (MQ=60)
ATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGC > SRR4302544.2874566/1‑94 (MQ=60)
ATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGC > SRR4302544.1244203/1‑94 (MQ=60)
ATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTATGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGCACGC > SRR4302544.2874567/1‑94 (MQ=60)
TTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCT > SRR4302544.3302028/1‑94 (MQ=60)
TTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCT < SRR4302544.1132487/94‑1 (MQ=60)
TTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCT > SRR4302544.2226775/1‑94 (MQ=60)
ATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGC > SRR4302544.1568590/1‑94 (MQ=60)
ATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGC > SRR4302544.2648456/1‑94 (MQ=60)
TATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCA > SRR4302544.3527743/1‑94 (MQ=60)
TTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACT < SRR4302544.3814441/94‑1 (MQ=60)
TGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTG > SRR4302544.2706560/1‑94 (MQ=60)
GATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGG > SRR4302544.473796/1‑94 (MQ=60)
ATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGA < SRR4302544.848122/94‑1 (MQ=60)
ATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGA < SRR4302544.2449637/94‑1 (MQ=60)
CCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGA > SRR4302544.480660/1‑94 (MQ=60)
CTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGAT > SRR4302544.3864690/1‑94 (MQ=60)
TGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATT < SRR4302544.3327836/94‑1 (MQ=60)
GGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTT < SRR4302544.726285/94‑1 (MQ=60)
TTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCAT > SRR4302544.4582341/1‑94 (MQ=60)
TATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATC > SRR4302544.105612/1‑94 (MQ=60)
TATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATCTCATC > SRR4302544.2784634/1‑94 (MQ=60)
ATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCT < SRR4302544.3626982/94‑1 (MQ=60)
TTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTG < SRR4302544.2549405/94‑1 (MQ=60)
GCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGC > SRR4302544.2026105/1‑94 (MQ=60)
CCCTGGGTGACACCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCC > SRR4302544.4376614/1‑94 (MQ=60)
CCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCC > SRR4302544.652984/1‑94 (MQ=60)
CCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCC > SRR4302544.3962677/1‑94 (MQ=60)
CCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCC < SRR4302544.2492965/94‑1 (MQ=60)
CCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCC > SRR4302544.4361264/1‑94 (MQ=60)
CCCAGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCC > SRR4302544.4359006/1‑94 (MQ=60)
CCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCC > SRR4302544.2124721/1‑94 (MQ=60)
CCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCC > SRR4302544.277993/1‑94 (MQ=60)
TGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTT > SRR4302544.2214956/1‑94 (MQ=60)
TGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTT > SRR4302544.1419234/1‑94 (MQ=60)
TGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTT > SRR4302544.1292321/1‑94 (MQ=60)
GGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTC > SRR4302544.3747266/1‑94 (MQ=60)
GGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCG < SRR4302544.396850/94‑1 (MQ=60)
CACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCACTA > SRR4302544.3299436/1‑94 (MQ=60)
CACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCACTACCT < SRR4302544.2504922/94‑1 (MQ=60)
CACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCACTACCT < SRR4302544.482642/94‑1 (MQ=60)
ACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCACTACCTA > SRR4302544.2689479/1‑94 (MQ=60)
CCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCACTACCTACT < SRR4302544.1997230/94‑1 (MQ=60)
CACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCACTACCTACTT > SRR4302544.2879326/1‑94 (MQ=60)
ACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCACTACCTACTTT < SRR4302544.2238175/94‑1 (MQ=60)
CATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCACTACCTACTTTA > SRR4302544.1189264/1‑94 (MQ=60)
|
CACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCACTACCTACTTTA > NC_000913/2463917‑2464103
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
