Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
245 |
579.6 |
28867798 |
97.7% |
28203838 |
96.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,477,321 |
Δ1 bp |
coding (12/1182 nt) |
yjgN → |
hypothetical protein |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,477,321 | 0 | A | . | 100.0%
| 2500.3
/ NA
| 518 | coding (12/1182 nt) | yjgN | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base . (279/239); total (279/239) |
Only 100 of 527 total aligned reads displayed.
CAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGATAGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTA > NC_000913/4477229‑4477411
|
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gAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGt < 2:7253762/96‑1 (MQ=255)
aaCATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTc > 1:9296744/1‑96 (MQ=255)
aCATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCGCAAGGTATTAATGAAATGGCT‑GTTCCGTcc > 1:6207433/1‑96 (MQ=255)
cATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTccc < 1:4779680/96‑1 (MQ=255)
tttACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCAtt > 2:461452/1‑96 (MQ=255)
ttACTTTCTGTATATATAAGTTTTATTAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTAAATTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTc < 1:11510907/96‑1 (MQ=255)
ctgtctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgtt < 1:3061939/96‑1 (MQ=255)
ctgtctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgtt < 1:5405630/96‑1 (MQ=255)
tgtctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgttt < 1:1411403/96‑1 (MQ=255)
ctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgtttgtt > 2:11609796/1‑96 (MQ=255)
ctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgtttgtt > 2:6770248/1‑96 (MQ=255)
ctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgtttgtt > 1:10045525/1‑96 (MQ=255)
ctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgtttgtt > 2:3763028/1‑96 (MQ=255)
tgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCTTCCCATTCgtttgttt > 2:10353480/1‑96 (MQ=255)
tgtAAATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgtttgttt > 2:2339728/1‑96 (MQ=255)
gtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGtttt < 1:13465940/96‑1 (MQ=255)
gtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGtttt < 1:5739869/96‑1 (MQ=255)
tatatataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGttttt < 2:14292130/96‑1 (MQ=255)
atatataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGttttac < 1:10652300/96‑3 (MQ=255)
tataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATg < 2:5152676/96‑1 (MQ=255)
tataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATg < 2:5481408/96‑1 (MQ=255)
tataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATg < 1:711867/96‑1 (MQ=255)
tataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTAGTAATGAAATGGATTG‑TCCGTCGCATTTGTTTGGTTTGCATg > 1:3722876/1‑96 (MQ=255)
tataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TACAGGGAATTTTTATGGGTCAAGTTATTAATGAAAAGGA‑AATTCCTTCCCATTCGTTTGTTTTTCAtt > 2:4294737/1‑95 (MQ=255)
ataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATgg > 2:10663766/1‑96 (MQ=255)
aGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTAc > 2:741564/1‑96 (MQ=255)
aGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTAc < 1:634566/96‑1 (MQ=255)
aGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTAc < 1:4964387/96‑1 (MQ=255)
aGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTAc < 2:9372865/96‑1 (MQ=255)
tataTCAATGGATTTTTTAA‑TTCATGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAgg > 1:14321408/1‑96 (MQ=255)
tataTCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAgg > 2:13569317/1‑96 (MQ=255)
tataTCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAgg < 2:13366677/96‑1 (MQ=255)
atatCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGt < 2:8003370/96‑1 (MQ=255)
atatCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGt < 2:2465710/96‑1 (MQ=255)
tatCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTg > 1:13659284/1‑96 (MQ=255)
tatCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTg < 1:3189846/96‑1 (MQ=255)
atCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCGTGGTACAGGTga > 1:7024264/1‑96 (MQ=255)
atCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTga > 2:2002876/1‑96 (MQ=255)
tCAATGGATATTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTCCAGGTgag < 2:1800574/96‑1 (MQ=255)
aaTGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTgagag > 2:11114061/1‑96 (MQ=255)
aaTGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTgagag < 2:5341243/96‑1 (MQ=255)
aTGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTgagaga < 2:638524/96‑1 (MQ=255)
gATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGatat > 2:8331493/1‑96 (MQ=255)
aTTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATAtt < 2:8199652/96‑1 (MQ=255)
aTTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATAtt < 2:10101925/96‑1 (MQ=255)
tttttAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATAtttt > 2:8805207/1‑96 (MQ=255)
taattCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTa > 2:12414086/4‑96 (MQ=255)
aattCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTAt < 1:12392893/94‑1 (MQ=255)
aattCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGGGAGAGATATTTTCTTAt > 2:5955012/3‑96 (MQ=255)
ttCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTAttt < 2:10872693/96‑1 (MQ=255)
tCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTtg > 2:3421899/1‑96 (MQ=255)
taGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTtgt > 1:11268204/2‑96 (MQ=255)
cAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTtgt < 1:2605995/96‑1 (MQ=255)
cAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTtgt > 2:13900803/1‑96 (MQ=255)
cAGGGAATTTTTACGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTtgt > 1:10954966/1‑96 (MQ=255)
gggAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTtgtgt < 1:7400464/96‑1 (MQ=255)
ggAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTtgtgtg < 1:7566955/96‑1 (MQ=255)
aaTTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTgtggt < 2:13802246/96‑1 (MQ=255)
aaTTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGGGAGAGATATTTTCTTATTTGTgtggt > 1:3504007/1‑96 (MQ=255)
aTTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTgtggtg < 1:1875374/96‑1 (MQ=255)
tttttATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGa < 2:8503215/96‑1 (MQ=255)
ttttATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGaa > 1:12142735/1‑96 (MQ=255)
ttttATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGaa < 2:11269616/96‑1 (MQ=255)
ttATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAAtg > 1:7951191/1‑96 (MQ=255)
ttATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAAtg < 2:1202259/96‑1 (MQ=255)
ttATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAAtg < 2:2892899/96‑1 (MQ=255)
ttATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGGACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAAtg > 1:1390861/1‑96 (MQ=255)
aTGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAAtgtg > 1:14044720/1‑96 (MQ=255)
aTGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAAtgtg < 1:11700898/96‑1 (MQ=255)
aTGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAAtgtg < 1:3946910/96‑1 (MQ=255)
tGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATgtgt > 2:3263627/1‑96 (MQ=255)
tGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATgtgt > 1:1328008/1‑96 (MQ=255)
tGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATgtgt > 2:4019152/1‑96 (MQ=255)
tGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATgtgt > 2:11440153/1‑96 (MQ=255)
ggCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGGGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAAtgtggt > 1:9663902/1‑94 (MQ=255)
ggCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGtgtt < 1:8469395/96‑1 (MQ=255)
ggCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGtgtt < 1:2742028/96‑1 (MQ=255)
gCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGtgttg < 1:5435519/96‑1 (MQ=255)
tCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTgttgtt < 1:2098393/96‑1 (MQ=255)
cAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTa > 1:10201073/1‑96 (MQ=255)
aaGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGGGATTGTGTTGTTaa > 1:411706/1‑96 (MQ=255)
aGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAAc < 2:6183264/96‑1 (MQ=255)
gTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACg > 2:12683518/1‑96 (MQ=255)
gTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACg < 1:8779670/96‑1 (MQ=255)
tattaATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGAt > 1:4543546/1‑96 (MQ=255)
gattaATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCAATTCGCTTGTTTTACATGGTACAGGTGAGAGATGTTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGAt > 1:12640601/2‑96 (MQ=255)
attaATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGAtt < 1:7708632/96‑1 (MQ=255)
ttaATCAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGGACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATta > 1:6769567/1‑96 (MQ=255)
taATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATtat < 2:7598886/96‑1 (MQ=255)
aaTGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATtata > 1:9467226/1‑96 (MQ=255)
aaTGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATtata < 1:1487524/96‑1 (MQ=255)
aaTGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTGTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATtata < 1:10368879/96‑1 (MQ=255)
gAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACg > 2:5717059/1‑96 (MQ=255)
gAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACg > 1:2253369/1‑96 (MQ=255)
gAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACg > 1:12909918/1‑96 (MQ=255)
aaaTGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGc > 2:12930870/1‑96 (MQ=255)
aaTGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCACGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCt > 2:14069770/1‑96 (MQ=255)
aTGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTa > 2:11776873/1‑96 (MQ=255)
aTGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTa > 2:9699985/1‑96 (MQ=255)
|
CAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGATAGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTA > NC_000913/4477229‑4477411
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 300 total aligned reads displayed.
GTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGATAGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGTATCTATT > NC_000913/4477220‑4477421
|
GTAACGTGGCAGATCATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGNNN > SRR4302518.11472886/1‑101 (MQ=60)
NNNGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTT < SRR4302518.9545466/101‑1 (MQ=60)
NNNGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTT < SRR4302518.13982290/101‑1 (MQ=60)
NNNGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTT < SRR4302518.13769168/101‑1 (MQ=60)
AACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTT > SRR4302518.5382389/1‑101 (MQ=60)
AACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTT > SRR4302518.608939/1‑101 (MQ=60)
ACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTC > SRR4302518.919176/1‑101 (MQ=60)
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NNNAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCC < SRR4302518.14947084/101‑1 (MQ=60)
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|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |