Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate | Predicted Mutations | Mean Coverage | Total Reads | Percent Mapped | Mapped Reads | Average Read Length |
|---|---|---|---|---|---|---|
| A1 F1 I2 R1 | 1475 | 266.7 | 13469680 | 98.2% | 13227225 | 93.0 |
Breseq alignment
| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,509,089 | T→C | N5S (AAC→AGC) E225E (GAA→GAG) |
yhfY ← yhfZ ← |
hypothetical protein hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,509,089 | 0 | T | C | 100.0% | 914.4 / NA | 281 | N5S (AAC→AGC) E225E (GAA→GAG) | yhfY yhfZ | hypothetical protein hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (146/135); total (146/135) | |||||||||||
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
CCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATC > NC_000913/3508999‑3509178 | cTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTcc > 2:1616448/1‑93 (MQ=255) tGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGt < 1:4405044/93‑1 (MQ=255) gATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTccc < 1:5473482/93‑1 (MQ=255) gATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTccc > 1:1830046/1‑93 (MQ=255) aTGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTcccc > 2:3195380/1‑93 (MQ=255) gTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCcac < 2:2992986/93‑1 (MQ=255) gTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCcac > 1:274456/1‑93 (MQ=255) tCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCcact > 2:3016205/1‑93 (MQ=255) cTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCcactca > 1:4762717/1‑93 (MQ=255) cTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCcactca > 2:3994524/1‑93 (MQ=255) ttATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCcactcac > 2:4944261/1‑93 (MQ=255) tATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCcactcact < 1:1657728/93‑1 (MQ=255) tCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTAc > 2:3400667/1‑93 (MQ=255) aaTAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTAccc > 1:6379775/1‑93 (MQ=255) aTAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCg > 1:6701928/1‑93 (MQ=255) aCGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCgttg > 2:1727636/1‑93 (MQ=255) cGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCgttgt < 2:5715748/93‑1 (MQ=255) gcctgcctCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCgttgtt < 2:867714/93‑1 (MQ=255) gcctgcctCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCgttgtt < 1:890077/93‑1 (MQ=255) ccctgcctCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCgttgtt < 1:1305826/92‑1 (MQ=255) cctgcctCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGttgttg > 2:1267128/1‑93 (MQ=255) ctgcctCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGa < 2:3765613/93‑1 (MQ=255) ctgcctCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGa < 1:1760593/93‑1 (MQ=255) tgcctCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGAt > 1:5684684/1‑93 (MQ=255) tgcctCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGAt < 1:2875236/93‑1 (MQ=255) tgcctCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGAt > 1:5507405/1‑93 (MQ=255) gcctCGAAAAGGAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATg < 2:3636490/93‑1 (MQ=255) cctCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATgg < 2:1921140/93‑1 (MQ=255) cctCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATgg < 2:4840482/93‑1 (MQ=255) ctCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATggg > 2:6605226/1‑93 (MQ=255) ctCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATggg > 2:2477662/1‑93 (MQ=255) ctCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATggg < 2:4607265/93‑1 (MQ=255) tCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGc > 1:2642890/1‑93 (MQ=255) cGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCg < 2:4454475/93‑1 (MQ=255) cGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCg < 1:3007623/93‑1 (MQ=255) gCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGa < 1:980408/93‑1 (MQ=255) aaaGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGc < 2:23939/93‑1 (MQ=255) aaaGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGc > 2:1498453/1‑93 (MQ=255) aaaGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTAACCGTTGTTGATGGGCGAGc > 1:2362745/1‑93 (MQ=255) aaGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCa > 1:1127908/1‑93 (MQ=255) aaGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCa > 1:1541114/1‑93 (MQ=255) aGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAg > 2:5973719/1‑93 (MQ=255) gCAGGTTGAGCCTGGTTTCCGTATCAGATGGCTTTCGTGTTAAAACTCGGCTCCTGGTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGcccg > 1:4100219/1‑90 (MQ=255) cAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAggg < 2:2787856/93‑1 (MQ=255) cAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAggg < 1:2131958/93‑1 (MQ=255) ggTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCg < 1:6564776/93‑1 (MQ=255) ggTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCg > 2:4531943/1‑93 (MQ=255) gTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCgt > 2:4254298/1‑93 (MQ=255) gTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCgt < 2:1120943/93‑1 (MQ=255) gAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGtt > 2:1405120/1‑93 (MQ=255) aGTGTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGttt < 2:3541992/93‑1 (MQ=255) gTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTa < 2:4498746/93‑1 (MQ=255) gTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTa < 1:76316/93‑1 (MQ=255) tCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTAt < 1:3864638/93‑1 (MQ=255) tCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTAt < 1:3968204/93‑1 (MQ=255) tGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCt < 1:4480024/93‑1 (MQ=255) tGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCt < 2:5344968/93‑1 (MQ=255) ggTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTa > 1:1376634/1‑93 (MQ=255) ggTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTa < 2:5391827/93‑1 (MQ=255) tttCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACa < 2:2062496/93‑1 (MQ=255) tttCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACa > 2:441785/1‑93 (MQ=255) ttCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATACCTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACaa < 2:5244464/93‑1 (MQ=255) tCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAAc > 2:2340602/1‑93 (MQ=255) tCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAAc < 1:6490138/93‑1 (MQ=255) tCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAAc < 1:3643244/93‑1 (MQ=255) ccATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACaatg > 1:5583771/1‑91 (MQ=255) atatCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGc > 1:4252416/1‑93 (MQ=255) atatCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGc > 1:1218871/1‑93 (MQ=255) tatCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCa > 1:1085436/1‑93 (MQ=255) tatCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCa > 1:5132047/1‑93 (MQ=255) aGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACgca > 2:2557009/1‑93 (MQ=255) gATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACgcag > 2:4062845/1‑93 (MQ=255) gATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGGTTATCTACAACGGCACgcag > 2:5681636/1‑93 (MQ=255) atcccTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTCCCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACgcagc < 1:6162691/90‑1 (MQ=255) tGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACgcagca > 2:2657134/1‑93 (MQ=255) tGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACgcagca > 1:3043303/1‑93 (MQ=255) tGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACgcagca < 2:655804/93‑1 (MQ=255) tGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACgcagca < 1:5354482/93‑1 (MQ=255) cTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAgtt < 1:2167430/93‑1 (MQ=255) tttCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAgttg > 2:6700259/1‑93 (MQ=255) ttCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAgttgt < 1:2485086/93‑1 (MQ=255) ttCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAgttgt < 1:4971413/93‑1 (MQ=255) tCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAgttgtt < 2:4786810/93‑1 (MQ=255) tCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGACGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAgttgtt < 2:3449850/93‑1 (MQ=255) gTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGc > 1:5229417/1‑93 (MQ=255) tttAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCa < 2:5877478/93‑1 (MQ=255) ttAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCAt < 2:5033603/93‑1 (MQ=255) taataaCTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCAtt > 1:3447023/1‑93 (MQ=255) aataaCTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTg < 2:4767192/93‑1 (MQ=255) taaCTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTggg < 2:2175035/93‑1 (MQ=255) aCTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTa > 2:4663982/1‑93 (MQ=255) aCTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTa < 2:3296720/93‑1 (MQ=255) cTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTaa < 1:1924548/93‑1 (MQ=255) cTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTaa < 1:5936333/93‑1 (MQ=255) tCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAat > 2:4847453/1‑93 (MQ=255) tCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAat > 2:3243517/1‑93 (MQ=255) cGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAatc < 1:325873/93‑1 (MQ=255) cGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAatc > 1:3559281/1‑93 (MQ=255) cGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAatc < 1:4607306/93‑1 (MQ=255) cGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGGAatc > 2:1831347/1‑93 (MQ=255) | CCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATC > NC_000913/3508999‑3509178 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
ATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCG > NC_000913/3508996‑3509182 | ATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGC > SRR4302536.1895514/1‑94 (MQ=60) TGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCT < SRR4302536.5255108/94‑1 (MQ=60) TGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCT > SRR4302536.2164601/1‑94 (MQ=60) TGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCT > SRR4302536.657607/1‑94 (MQ=60) GCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTC < SRR4302536.1503563/94‑1 (MQ=60) GCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTC < SRR4302536.2202364/94‑1 (MQ=60) CTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCT < SRR4302536.2881743/94‑1 (MQ=60) CTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCT > SRR4302536.2732661/1‑94 (MQ=60) CTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCT < SRR4302536.5467746/94‑1 (MQ=60) CTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCT > SRR4302536.2342763/1‑94 (MQ=60) CGTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCT < SRR4302536.3103467/94‑1 (MQ=60) TTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTG > SRR4302536.246068/1‑94 (MQ=60) TTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGT < SRR4302536.1487568/94‑1 (MQ=60) TGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTT < SRR4302536.4536759/94‑1 (MQ=60) TGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTT < SRR4302536.4485677/94‑1 (MQ=60) GCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTC > SRR4302536.2112229/1‑94 (MQ=60) CAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCC < SRR4302536.2682037/94‑1 (MQ=60) AGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCC > SRR4302536.6598913/1‑94 (MQ=60) AGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCC > SRR4302536.1653122/1‑94 (MQ=60) AGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCC > SRR4302536.1885221/1‑94 (MQ=60) GATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCTAAGCAGGTTCAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGCTTAATAACTTGGCTCCTGTTCCCT > SRR4302536.1024277/1‑94 (MQ=60) GATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCC < SRR4302536.5636994/94‑1 (MQ=60) GATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGGCTGGTTTCCATATCAGATGGCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGGTCCCC > SRR4302536.4969203/1‑94 (MQ=60) TGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCAC < SRR4302536.4935846/94‑1 (MQ=60) TGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCAC > SRR4302536.281756/1‑94 (MQ=60) CCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCA > SRR4302536.4906146/1‑94 (MQ=60) CCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCA < SRR4302536.136247/94‑1 (MQ=60) TTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACT < SRR4302536.4104279/94‑1 (MQ=60) TATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTA < SRR4302536.1705865/94‑1 (MQ=60) ATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTAC > SRR4302536.5675561/1‑94 (MQ=60) ATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTAC > SRR4302536.5712781/1‑94 (MQ=60) CAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCC > SRR4302536.4325150/1‑94 (MQ=60) CAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCC > SRR4302536.6569932/1‑94 (MQ=60) AATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCG < SRR4302536.2629742/94‑1 (MQ=60) AATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCG > SRR4302536.6900981/1‑94 (MQ=60) AATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCG > SRR4302536.6623666/1‑94 (MQ=60) AATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCG < SRR4302536.1946658/94‑1 (MQ=60) AACGCCTGCACCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTG < SRR4302536.5510258/94‑1 (MQ=60) GCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTG < SRR4302536.916291/94‑1 (MQ=60) CCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTG < SRR4302536.1344812/94‑1 (MQ=60) CTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGAT < SRR4302536.4239197/94‑1 (MQ=60) CTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGAT < SRR4302536.1813467/94‑1 (MQ=60) CTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGAT < SRR4302536.3460252/94‑1 (MQ=60) CTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGAT > SRR4302536.5853717/1‑94 (MQ=60) CTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGAT > SRR4302536.5671699/1‑94 (MQ=60) TGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATG < SRR4302536.2960124/94‑1 (MQ=60) GCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGG < SRR4302536.4811979/94‑1 (MQ=60) GCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGG < SRR4302536.239836/94‑1 (MQ=60) CTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGC > SRR4302536.2722101/1‑94 (MQ=60) CTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGC > SRR4302536.5876104/1‑94 (MQ=60) CGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATTCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGA < SRR4302536.4851633/94‑1 (MQ=60) CGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGA > SRR4302536.719515/1‑94 (MQ=60) CGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGA < SRR4302536.3096045/94‑1 (MQ=60) CGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGA > SRR4302536.5375028/1‑94 (MQ=60) GCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAG < SRR4302536.1009350/94‑1 (MQ=60) CAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGC > SRR4302536.5631533/1‑94 (MQ=60) CAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGC > SRR4302536.844620/1‑94 (MQ=60) CAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTAACCGTTGTTGATGGGCGAGC > SRR4302536.2434371/1‑94 (MQ=60) AAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCA < SRR4302536.4017131/94‑1 (MQ=60) AAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCA > SRR4302536.3094193/1‑94 (MQ=60) AAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCA > SRR4302536.1586423/1‑94 (MQ=60) AAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCA > SRR4302536.1161806/1‑94 (MQ=60) AAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAG < SRR4302536.843257/94‑1 (MQ=60) AGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGTGCGAGCAGG < SRR4302536.6754048/94‑1 (MQ=60) AGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGG < SRR4302536.2492552/94‑1 (MQ=60) AGCAGGTTGAGCCTGGTTTCCGTATCAGATGGCTTTCGTGTTAAAACTCGGCTCCTGGTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCccg > SRR4302536.4221834/1‑91 (MQ=59) CAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGC < SRR4302536.6542355/94‑1 (MQ=60) CAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGC < SRR4302536.2195955/94‑1 (MQ=60) CAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGC < SRR4302536.4603924/94‑1 (MQ=60) GGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGT < SRR4302536.6760176/94‑1 (MQ=60) GGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGT < SRR4302536.1939064/94‑1 (MQ=60) GGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGG > SRR4302536.3848977/1‑94 (MQ=60) TGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTT > SRR4302536.5234022/1‑94 (MQ=60) AGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTA > SRR4302536.3882566/1‑94 (MQ=60) GTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTAT < SRR4302536.5204627/94‑1 (MQ=60) GTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTAT < SRR4302536.78365/94‑1 (MQ=60) GTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTAT < SRR4302536.983146/94‑1 (MQ=60) TCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATC < SRR4302536.4086013/94‑1 (MQ=60) TCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATC < SRR4302536.3979640/94‑1 (MQ=60) CTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCT < SRR4302536.175983/94‑1 (MQ=60) CTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCT > SRR4302536.5837750/1‑94 (MQ=60) CTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCT > SRR4302536.3100336/1‑94 (MQ=60) TGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTA > SRR4302536.1417644/1‑94 (MQ=60) TGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTA < SRR4302536.4614599/94‑1 (MQ=60) GGTTTCCATATCAGATTCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTAC < SRR4302536.5831950/94‑1 (MQ=60) GTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACA > SRR4302536.3574672/1‑94 (MQ=60) TTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGTGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTATAA > SRR4302536.6922573/1‑94 (MQ=60) TTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAAC < SRR4302536.14033/94‑1 (MQ=60) TTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAAC > SRR4302536.3749112/1‑94 (MQ=60) TCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAATG > SRR4302536.5749912/1‑94 (MQ=60) TCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACG < SRR4302536.6683661/94‑1 (MQ=60) TCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACG < SRR4302536.6840313/94‑1 (MQ=60) TCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACG < SRR4302536.3752175/94‑1 (MQ=60) TCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACG > SRR4302536.2913712/1‑94 (MQ=60) CCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGCTGTTGATGGGAGAGCAGGGCGTGTTTATCTAAAACAG > SRR4302536.1214914/1‑94 (MQ=60) CATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGC > SRR4302536.1746229/1‑94 (MQ=60) CATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGC > SRR4302536.460309/1‑94 (MQ=60) CATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGC > SRR4302536.4568395/1‑94 (MQ=60) CATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGC < SRR4302536.5561734/94‑1 (MQ=60) CATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGC > SRR4302536.4379108/1‑94 (MQ=60) CATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGC > SRR4302536.1255476/1‑94 (MQ=60) ATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCA > SRR4302536.1117961/1‑94 (MQ=60) ATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCA > SRR4302536.4017883/1‑94 (MQ=60) ATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCA > SRR4302536.5285323/1‑94 (MQ=60) ATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCA < SRR4302536.3444011/94‑1 (MQ=60) ATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGCGCGTGTTTATCTATAACGGCA > SRR4302536.1304079/1‑94 (MQ=60) TATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCAC > SRR4302536.4470830/1‑94 (MQ=60) TCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGC > SRR4302536.1870530/1‑94 (MQ=60) CAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCA > SRR4302536.4106394/1‑94 (MQ=60) CAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCA > SRR4302536.6363692/1‑94 (MQ=60) CAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCA > SRR4302536.3663972/1‑94 (MQ=60) AGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAG > SRR4302536.3289701/1‑94 (MQ=60) ATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCA > SRR4302536.3132756/1‑94 (MQ=60) ATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCA < SRR4302536.1229512/94‑1 (MQ=60) ATCCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTCCCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCA < SRR4302536.6346258/94‑1 (MQ=60) TGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTCCCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAG < SRR4302536.5380633/94‑1 (MQ=60) TGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAG > SRR4302536.5669863/1‑94 (MQ=60) TGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAG < SRR4302536.5514284/94‑1 (MQ=60) CTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTG < SRR4302536.6876909/94‑1 (MQ=60) CTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTG < SRR4302536.2232659/94‑1 (MQ=60) TTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTT < SRR4302536.5120739/94‑1 (MQ=60) TTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTT > SRR4302536.5984262/1‑94 (MQ=60) TTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTT < SRR4302536.2560066/94‑1 (MQ=60) CGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGC > SRR4302536.5385231/1‑94 (MQ=60) GTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCA > SRR4302536.6164325/1‑94 (MQ=60) GTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCA < SRR4302536.627412/94‑1 (MQ=60) TTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCAT > SRR4302536.2966114/1‑94 (MQ=60) TTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTGCCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATT < SRR4302536.2211010/94‑1 (MQ=60) TTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATT > SRR4302536.3549677/1‑94 (MQ=60) TAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTG < SRR4302536.1456736/94‑1 (MQ=60) ATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGG < SRR4302536.988505/94‑1 (MQ=60) TAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGT < SRR4302536.3146083/94‑1 (MQ=60) TAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGT < SRR4302536.1150151/94‑1 (MQ=60) ACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAA > SRR4302536.2114383/1‑94 (MQ=60) CTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGTGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAAT < SRR4302536.5913954/94‑1 (MQ=60) CTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAAT < SRR4302536.6113161/94‑1 (MQ=60) CTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAAT > SRR4302536.169121/1‑94 (MQ=60) CTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAAT < SRR4302536.1982455/94‑1 (MQ=60) TCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATC > SRR4302536.3665704/1‑94 (MQ=60) TCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATC > SRR4302536.1316715/1‑94 (MQ=60) CGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCA < SRR4302536.4745693/94‑1 (MQ=60) CGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCA < SRR4302536.334516/94‑1 (MQ=60) CGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCA < SRR4302536.2224320/94‑1 (MQ=60) CGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCA > SRR4302536.2121196/1‑94 (MQ=60) GGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATAGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCAT < SRR4302536.78977/94‑1 (MQ=60) GCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATG > SRR4302536.6166065/1‑94 (MQ=60) GCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATC < SRR4302536.969844/94‑1 (MQ=60) CTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCG < SRR4302536.2346001/94‑1 (MQ=60) CTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCG > SRR4302536.3946946/1‑94 (MQ=60) CTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCG > SRR4302536.47269/1‑94 (MQ=60) | ATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCG > NC_000913/3508996‑3509182 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |