Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1548 |
369.5 |
20095359 |
96.9% |
19472402 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,951,170 |
Δ1 bp |
coding (39/1818 nt) |
ilvD → |
dihydroxyacid dehydratase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,951,168 | 0 | C | . | 99.2%
| 1077.7
/ ‑0.5
| 242 | coding (37/1818 nt) | ilvD | dihydroxyacid dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base . (27/213); total (28/214) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.18e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.21e-01 |
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
TGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑‑CTGT‑G‑‑G‑‑‑GC‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCC > NC_000913/3951085‑3951252
|
gatactgggagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcGc‑c < 2:1196687‑M2/3‑1 (MQ=255)
gatactgggagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcGc‑c < 2:3146262‑M2/3‑1 (MQ=255)
cactgggagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcgc‑cac < 1:7001471‑M2/5‑3 (MQ=255)
gggagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGa < 2:7178046‑M2/9‑1 (MQ=255)
ggagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGaa < 1:1769531‑M2/10‑1 (MQ=255)
gagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAAt < 1:5117007‑M2/11‑1 (MQ=255)
gagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAAt < 2:9153869‑M2/11‑1 (MQ=255)
gagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAAt < 2:8838398‑M2/11‑1 (MQ=255)
gtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcggggggtcgtgcgctgtgggggGC‑CCCCcggatga > 2:5763518‑M2/81‑90 (MQ=255)
taaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGAc < 1:6727178‑M2/14‑1 (MQ=255)
taaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGAc < 2:8447498‑M2/14‑1 (MQ=255)
taaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcggggggtcgtgcgctgtggcgcGC‑CCCccggatgac > 1:4837596‑M2/80‑89 (MQ=255)
taaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcggggggtcctgcgccgtggggcGC‑CCCccggatgaa > 2:6755443‑M2/80‑89 (MQ=255)
aaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggggctcgcgcgctgtggcgcG‑‑CCACCCGGATGAcc > 2:5219051‑M2/79‑93 (MQ=255)
aataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCg < 2:5081308‑M2/16‑1 (MQ=255)
aataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCg < 2:3012093‑M2/16‑1 (MQ=255)
ataaagtttgccttaggtcccttcccccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGa < 1:7244760‑M2/17‑1 (MQ=255)
taaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGAc < 1:2645545‑M2/18‑1 (MQ=255)
agtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGcc < 2:4201615‑M2/21‑1 (MQ=255)
aaGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTCTGG‑G‑‑G‑‑‑GG‑GCCCCGGCATGAACGACGCCGCtttttgt > 2:9512961/1‑89 (MQ=255)
aGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCG‑‑CCGC‑G‑‑GC‑‑GCGCCCCCGGGATGAACCACGCCGGTTTCGGTa > 2:3891894/1‑93 (MQ=255)
cctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTc < 1:7406808‑M2/27‑1 (MQ=255)
cctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggggctcgtgcgctgtggggcGG‑CC‑CCCGACAGACCGACGCCGacttt > 1:4431351‑M2/67‑92 (MQ=255)
cctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggggctcctgcgctgtggggcG‑‑CCACCGGAATGACCGACCCCCatttt > 2:24217‑M2/67‑92 (MQ=255)
taagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggggcG‑‑GCACCGGAAGGACCGACCCCGATTTCgg > 2:3494940‑M2/65‑93 (MQ=255)
caagtacccttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCgg < 2:3549762‑M2/29‑1 (MQ=255)
ccGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGGTCCGGCG‑‑CTGTGG‑‑G‑‑‑GCGCCCCCGGGATGAACTACCCCCATTTCGGTAAAcc > 2:8245668/1‑93 (MQ=255)
aagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGt < 1:9520080‑M2/30‑1 (MQ=255)
aagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGt < 2:1657489‑M2/30‑1 (MQ=255)
agtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTa < 2:741345‑M2/31‑1 (MQ=255)
agtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTa < 2:8375335‑M2/31‑1 (MQ=255)
agtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTa < 1:8759809‑M2/31‑1 (MQ=255)
agtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggggctcgtgcgccgtggggcGC‑CCCCCGGAA‑GAACGACGCCGCTTttggga > 2:7999245‑M2/63‑91 (MQ=255)
gtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTaa < 1:6917251‑M2/32‑1 (MQ=255)
gTTCCGCCACCGCCACTCATGGTCGTAATAGGGCGGGCGCTCGTCCG‑‑CTGT‑GC‑C‑‑‑GCGCCACCGAAATGGCCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGa < 2:6042073/93‑1 (MQ=255)
gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCCTGCG‑‑CCGT‑G‑‑GGGCGC‑CCCCCGGAA‑GAACGACGCCGCCTTCGGGAAGGCgg > 2:4941164/1‑92 (MQ=255)
ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCG‑‑CCGT‑GGCG‑‑‑GG‑CCACCGGGATGACCGACCCCGCGTTCGGTAAAcccgc > 1:2051575/1‑90 (MQ=255)
taccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggggctcgggcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGAGTTCGGTCAg > 2:55644‑M2/61‑93 (MQ=255)
accgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGc < 2:4495654‑M2/34‑1 (MQ=255)
cttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGa < 2:1529503‑M2/37‑1 (MQ=255)
ccaccaccaCTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCG‑‑CTGT‑G‑‑GCGCGC‑CCCCCGGAA‑GAACGACGCCGACTTCCGTAAGCCGATTAttc > 2:2285802/1‑91 (MQ=255)
tccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAtt < 1:1979522‑M2/39‑1 (MQ=255)
ccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 2:436758‑M2/40‑1 (MQ=255)
ccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 2:2068417‑M2/40‑1 (MQ=255)
ccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 1:1373520‑M2/40‑1 (MQ=255)
ccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 1:6515661‑M2/40‑1 (MQ=255)
ccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 1:6870954‑M2/40‑1 (MQ=255)
ccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 1:8372525‑M2/40‑1 (MQ=255)
cgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAt < 1:754664‑M2/41‑1 (MQ=255)
gccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATc < 1:4012462‑M2/42‑1 (MQ=255)
gccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATc < 1:1000378‑M2/42‑1 (MQ=255)
cccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATc < 1:7842296‑M2/42‑1 (MQ=255)
cccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATc < 1:2254575‑M2/42‑1 (MQ=255)
ccaccagcactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGCCGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcg < 2:6946608‑M2/43‑1 (MQ=255)
caccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcgc < 2:5343164‑M2/44‑1 (MQ=255)
caccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcgc < 2:4302623‑M2/44‑1 (MQ=255)
ccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCgg < 1:8900437‑M2/46‑1 (MQ=255)
caccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGt < 1:2971577‑M2/47‑1 (MQ=255)
cccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGtt < 1:9914012‑M2/48‑1 (MQ=255)
ccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtg < 1:8409719‑M2/49‑1 (MQ=255)
cactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgt < 2:2364421‑M2/50‑1 (MQ=255)
tGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCG‑‑CTGTGG‑‑G‑‑‑GCGCCCCCCGGATGAACCACCCCGAATTTGGTAAGCCGATTATTGCGGGTGTGGACTc > 2:3712728/1‑93 (MQ=255)
actcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgtg < 1:8132132‑M2/51‑1 (MQ=255)
ctcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGa < 1:1442584‑M2/52‑1 (MQ=255)
tcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGaa < 2:5676805‑M2/53‑1 (MQ=255)
tcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGaa < 1:9082085‑M2/53‑1 (MQ=255)
tcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGaa < 1:6120856‑M2/53‑1 (MQ=255)
tcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGaa < 1:6202106‑M2/53‑1 (MQ=255)
atggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACt < 1:7285268‑M2/55‑1 (MQ=255)
atggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACt < 1:3681351‑M2/55‑1 (MQ=255)
atggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAATATCGAGGTTGAGAaca < 2:8986892‑M2/55‑2 (MQ=255)
tcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGtt < 1:3603922‑M2/59‑1 (MQ=255)
tatGGCGGGTGCTCGTGCG‑‑CTGG‑G‑‑GC‑‑GCGCCCCCGGAATGAACGACGCCGCTTTCCGTAAGCCGGTTAACCAGGTTGTGAACTCGTTCACCCa > 2:7726714/1‑93 (MQ=255)
gtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCa < 1:354722‑M2/61‑1 (MQ=255)
gtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCa < 2:9661990‑M2/61‑1 (MQ=255)
aatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAcc < 1:8562970‑M2/63‑1 (MQ=255)
atatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAccc < 2:9382451‑M2/64‑1 (MQ=255)
tatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCa < 1:5585093‑M2/65‑1 (MQ=255)
tatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCa > 1:80842‑M2/29‑93 (MQ=255)
tatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGGTGTGAAATCGTTCACCCa > 2:9879865‑M2/29‑93 (MQ=255)
ggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCCAtt > 2:4819434‑M2/26‑93 (MQ=255)
ggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAtt < 1:2713315‑M2/68‑1 (MQ=255)
ggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAtt < 1:3164634‑M2/68‑1 (MQ=255)
cgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTg < 1:6755444‑M2/70‑1 (MQ=255)
gggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGt < 1:3911372‑M2/71‑1 (MQ=255)
ggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTa > 1:5402462‑M2/22‑93 (MQ=255)
ggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTa < 2:1756244‑M2/72‑1 (MQ=255)
gtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAc < 1:3302602‑M2/73‑1 (MQ=255)
tgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAcc < 1:4137568‑M2/74‑1 (MQ=255)
tgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAcc < 1:1622792‑M2/74‑1 (MQ=255)
tgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAcc < 2:8934620‑M2/74‑1 (MQ=255)
tgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAcc > 2:1966533‑M2/20‑93 (MQ=255)
tgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAcc < 1:9754887‑M2/74‑1 (MQ=255)
gctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCAGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCg < 2:8051060‑M2/75‑1 (MQ=255)
tcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCggg > 2:5704715‑M2/17‑93 (MQ=255)
tcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCggg > 2:9242456‑M2/17‑93 (MQ=255)
tgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCa > 2:2622365‑M2/14‑93 (MQ=255)
tgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCa > 2:1284284‑M2/14‑93 (MQ=255)
tgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCa < 1:5698594‑M2/80‑1 (MQ=255)
ctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTc < 1:9624313‑M2/84‑1 (MQ=255)
|
TGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑‑CTGT‑G‑‑G‑‑‑GC‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCC > NC_000913/3951085‑3951252
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
