Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,389,812 |
Δ1 bp |
intergenic (‑149/+4151) |
tldD ← / ← cafA |
TldD/CafA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,389,811 | 0 | C | . | 100.0%
| 345.1
/ NA
| 103 | intergenic (‑148/+4152) | tldD/cafA | TldD/CafA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base . (48/55); total (48/55) |
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
CGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC > NC_000913/3389719‑3389848
|
cggcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGc < 1:1023646/93‑1 (MQ=255)
ggcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcg > 1:1362201/1‑92 (MQ=255)
ggcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcg < 2:3621725/93‑2 (MQ=255)
ggcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGcg > 2:5622600/1‑92 (MQ=255)
gcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcgg > 1:1568568/1‑91 (MQ=255)
gcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcgg > 2:5402252/1‑91 (MQ=255)
cgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcggc < 1:3713990/93‑4 (MQ=255)
gTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcggcg > 1:5193676/1‑89 (MQ=255)
gAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTa > 2:2623428/1‑93 (MQ=255)
aaCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTaa > 2:563732/1‑93 (MQ=255)
aaCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTaa > 2:3191522/1‑93 (MQ=255)
aCGCCCTATCCAGCCTCCGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTaaa < 1:5436512/93‑1 (MQ=255)
gCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACg > 1:4935161/1‑93 (MQ=255)
cccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGc > 2:4625981/1‑93 (MQ=255)
ccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGcc < 2:1392524/93‑1 (MQ=255)
ccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGcc < 1:3794481/93‑1 (MQ=255)
ccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGcc > 1:3496015/1‑93 (MQ=255)
cTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCt > 1:2349383/1‑93 (MQ=255)
cTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCt < 1:5679533/93‑1 (MQ=255)
cTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCt < 1:6126579/93‑1 (MQ=255)
cTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCt < 2:1897038/93‑1 (MQ=255)
cTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCt > 1:1266624/1‑93 (MQ=255)
cTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCt > 1:3655434/1‑93 (MQ=255)
cTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCt < 2:4625221/93‑1 (MQ=255)
tATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCtt > 1:3507642/1‑93 (MQ=255)
tATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCtt > 1:3317465/1‑93 (MQ=255)
tATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCtt > 1:5512135/1‑93 (MQ=255)
tATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCtt > 2:2861305/1‑93 (MQ=255)
tATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCtt < 2:3274090/93‑1 (MQ=255)
tATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCtt < 1:4397331/93‑1 (MQ=255)
tATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCtt > 1:512339/1‑93 (MQ=255)
tATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCtt < 2:3814747/93‑1 (MQ=255)
caTCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCtt < 1:4488243/92‑1 (MQ=255)
aTCCAGCGTACGGTTATGTTCCGTTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTa < 2:2269225/93‑1 (MQ=11)
aTCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTa < 1:328451/93‑1 (MQ=255)
aTCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTa < 1:1259866/93‑1 (MQ=255)
tCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTAt < 1:1825324/93‑1 (MQ=255)
tCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTAt < 2:3418000/93‑1 (MQ=255)
tCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTAt > 1:3007340/1‑93 (MQ=255)
tCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTAt > 1:1410547/1‑93 (MQ=255)
ccAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATc < 2:5256009/93‑1 (MQ=255)
ccAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATc > 1:6090747/1‑93 (MQ=255)
ccAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATc < 1:6309564/93‑1 (MQ=255)
ccAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATc < 2:2694612/93‑1 (MQ=255)
ccAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATc < 1:1074692/93‑1 (MQ=255)
ccAGCCGACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATc < 1:5365771/93‑1 (MQ=255)
cAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAGACGTCTTATcg > 1:4071443/1‑92 (MQ=14)
cAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATcc < 2:4598378/93‑1 (MQ=255)
cAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATcc < 2:2946661/93‑1 (MQ=255)
cAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATcc > 2:2060903/1‑93 (MQ=255)
cAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATcc < 1:4504413/93‑1 (MQ=255)
gCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGa > 2:748528/1‑93 (MQ=255)
gCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGa > 2:5323201/1‑93 (MQ=255)
cTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGAcc > 1:1303934/1‑93 (MQ=19)
cTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGAcc < 1:2849336/93‑1 (MQ=19)
tACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGGCTTATCCGACCt > 2:5503954/1‑93 (MQ=255)
tACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCt > 1:4845554/1‑93 (MQ=19)
tACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCt > 2:4722146/1‑93 (MQ=19)
tACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCt > 1:2595541/1‑93 (MQ=19)
tACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCt > 1:4845555/1‑93 (MQ=19)
cGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTAc < 1:1624283/93‑1 (MQ=19)
cGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTAc < 2:5081105/93‑1 (MQ=19)
cGGTTATGTTCCGGTTGGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCGGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTAc < 2:530292/93‑1 (MQ=11)
ggTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACg < 1:6122837/93‑1 (MQ=19)
ggTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACg > 2:2094710/1‑93 (MQ=19)
gTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACgg < 2:2230896/93‑1 (MQ=19)
gTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACgg > 1:4809174/1‑93 (MQ=19)
gTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACgg > 1:2799030/1‑93 (MQ=19)
gTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCCTATCCGACCTACgg > 1:445871/1‑93 (MQ=255)
ttATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGt < 2:5863574/93‑1 (MQ=19)
ttATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGt > 2:3411575/1‑93 (MQ=19)
tATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGtt < 2:2048490/93‑1 (MQ=19)
tATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGtt > 1:5573497/1‑93 (MQ=19)
tATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGtt < 1:1910422/93‑1 (MQ=19)
tATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGtt < 2:2091141/93‑1 (MQ=19)
tATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGtt > 1:4404857/1‑93 (MQ=19)
aTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTa > 1:3550646/1‑93 (MQ=19)
aTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTa < 2:361259/93‑1 (MQ=19)
aTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTa < 1:5590306/93‑1 (MQ=19)
aTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTa < 1:5307765/93‑1 (MQ=19)
aTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTa < 1:4058284/93‑1 (MQ=19)
aTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGCTa > 1:2544853/1‑93 (MQ=255)
tGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAt > 1:54375/1‑93 (MQ=19)
tGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAt > 1:1181548/1‑93 (MQ=19)
gTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATg < 2:438513/93‑1 (MQ=19)
gTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATg > 2:3070121/1‑93 (MQ=19)
gTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATg > 2:1993307/1‑93 (MQ=19)
ttCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGt < 1:1962545/93‑1 (MQ=16)
ttCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGt < 2:5332355/93‑1 (MQ=16)
ttCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGt > 1:3769050/1‑93 (MQ=16)
ttCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCAGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGt < 2:5332356/93‑1 (MQ=255)
tCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGtt < 2:6263229/93‑1 (MQ=12)
ccGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTc < 1:5583220/93‑1 (MQ=9)
ccGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTc < 2:229665/93‑1 (MQ=9)
ccGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTc < 2:2289958/93‑1 (MQ=9)
ccGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTc > 1:584384/1‑93 (MQ=9)
ccGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTc < 1:3018539/93‑1 (MQ=9)
cGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc > 2:4297114/1‑93 (MQ=0)
cGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc < 1:6236196/93‑1 (MQ=0)
cGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc < 2:728965/93‑1 (MQ=0)
|
CGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC > NC_000913/3389719‑3389848
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGG > NC_000913/3389719‑3389905
|
CGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCG < SRR4302533.1029663/94‑1 (MQ=60)
CGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCG > SRR4302533.1370382/1‑94 (MQ=60)
GGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGG > SRR4302533.1578014/1‑94 (MQ=60)
CGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCG < SRR4302533.3736794/94‑1 (MQ=60)
CGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCG > SRR4302533.5225003/1‑94 (MQ=60)
GTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGT > SRR4302533.1481334/1‑94 (MQ=60)
ACGCCCTATCCAGCCTCCGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAAC < SRR4302533.5469254/94‑1 (MQ=42)
CGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACG > SRR4302533.4965043/1‑94 (MQ=44)
CCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCC > SRR4302533.3517574/1‑94 (MQ=39)
CCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCT < SRR4302533.3817703/94‑1 (MQ=37)
CCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCT > SRR4302533.3677906/1‑94 (MQ=37)
CCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCT > SRR4302533.2363917/1‑94 (MQ=37)
CCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCT > SRR4302533.1274202/1‑94 (MQ=37)
CTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTT > SRR4302533.5545411/1‑94 (MQ=34)
CTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTT > SRR4302533.3529272/1‑94 (MQ=34)
CTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTT > SRR4302533.515383/1‑94 (MQ=34)
CTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTT > SRR4302533.3337953/1‑94 (MQ=34)
CTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTT < SRR4302533.6163505/94‑1 (MQ=34)
CTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTT < SRR4302533.5713835/94‑1 (MQ=34)
TATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTA < SRR4302533.4423880/94‑1 (MQ=32)
CATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTA < SRR4302533.4515414/94‑1 (MQ=29)
ATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTAT < SRR4302533.330454/94‑1 (MQ=29)
ATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTAT < SRR4302533.1267403/94‑1 (MQ=29)
ATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTAT > SRR4302533.3025735/1‑94 (MQ=29)
ATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTAT > SRR4302533.1419076/1‑94 (MQ=29)
TCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATC > SRR4302533.2588410/1‑94 (MQ=27)
TCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATC > SRR4302533.6127560/1‑94 (MQ=27)
TCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATC < SRR4302533.1836474/94‑1 (MQ=27)
CCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAGACGTCTTATCG > SRR4302533.4096229/1‑94 (MQ=22)
CCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCC < SRR4302533.5381099/94‑1 (MQ=24)
CCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCC < SRR4302533.6347506/94‑1 (MQ=24)
CCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCC < SRR4302533.1081027/94‑1 (MQ=24)
CCAGCCGACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCC < SRR4302533.5398004/94‑1 (MQ=19)
CAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCG < SRR4302533.4531698/94‑1 (MQ=22)
CCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACC > SRR4302533.1311771/1‑94 (MQ=12)
CCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACC < SRR4302533.4640658/94‑1 (MQ=12)
CTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCT < SRR4302533.2866868/94‑1 (MQ=12)
CTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCT > SRR4302533.4874923/1‑94 (MQ=12)
CTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCT > SRR4302533.4874922/1‑94 (MQ=12)
CTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCT > SRR4302533.2611493/1‑94 (MQ=12)
CGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACG < SRR4302533.3991935/94‑1 (MQ=12)
CGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACG < SRR4302533.1634120/94‑1 (MQ=12)
GGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGG > SRR4302533.448539/1‑94 (MQ=12)
GGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGG > SRR4302533.4838314/1‑94 (MQ=12)
GGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGG < SRR4302533.6159752/94‑1 (MQ=12)
GGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGG > SRR4302533.2816246/1‑94 (MQ=12)
TTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTT > SRR4302533.4431453/1‑94 (MQ=12)
TTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTT > SRR4302533.5607180/1‑94 (MQ=12)
TATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTA < SRR4302533.1922076/94‑1 (MQ=12)
TATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTA > SRR4302533.3572520/1‑94 (MQ=12)
TATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGCTA > SRR4302533.2560513/1‑94 (MQ=11)
ATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT < SRR4302533.5624077/94‑1 (MQ=12)
ATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT > SRR4302533.1188645/1‑94 (MQ=12)
ATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT > SRR4302533.54742/1‑94 (MQ=12)
ATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT < SRR4302533.5339577/94‑1 (MQ=12)
ATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT < SRR4302533.4082990/94‑1 (MQ=12)
GTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGT > SRR4302533.3792159/1‑94 (MQ=7)
TTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT < SRR4302533.1974524/94‑1 (MQ=4)
TTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT < SRR4302533.3486567/94‑1 (MQ=4)
TCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTC > SRR4302533.587830/1‑94 (MQ=2)
CCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC < SRR4302533.5616955/94‑1 (MQ=0)
CCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC < SRR4302533.3037000/94‑1 (MQ=0)
CCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC > SRR4302533.5673635/1‑94 (MQ=0)
CGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG > SRR4302533.4717600/1‑94 (MQ=0)
CGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG < SRR4302533.6273539/94‑1 (MQ=0)
CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGG > SRR4302533.3984431/1‑94 (MQ=0)
|
CGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGG > NC_000913/3389719‑3389905
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
