Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,418,628 |
A→G |
A286A (GCA→GCG) |
b3269 → |
putative transport system permease protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,418,628 | 0 | A | G | 100.0%
| 811.3
/ NA
| 253 | A286A (GCA→GCG) | b3269 | putative transport system permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (124/129); total (124/129) |
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
TTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCG > NC_000913/3418538‑3418717
|
tttAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGt > 2:1011176/1‑93 (MQ=255)
tttAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGt > 2:5093882/1‑93 (MQ=255)
ttAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTg > 2:5439875/1‑93 (MQ=255)
ttAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTg > 1:2939756/1‑93 (MQ=255)
ttCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCtt > 2:1141107/1‑93 (MQ=255)
tCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTa < 2:2031347/93‑1 (MQ=255)
cTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGTTACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATTCGAGCTGGGATCCAGGAGGTGCCTTATg > 2:2623365/1‑93 (MQ=255)
cTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATg > 1:4337852/1‑93 (MQ=255)
tGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATgg > 1:170115/1‑93 (MQ=255)
tGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATgg < 2:4961436/93‑1 (MQ=255)
aaCTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTc > 1:1044545/1‑93 (MQ=255)
aaCTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTc < 2:41421/93‑1 (MQ=255)
aCTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCa > 1:4851435/1‑93 (MQ=255)
cTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCaa < 1:1219497/93‑1 (MQ=255)
ggCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAAGCGGTGCCTTATGGTCAACa > 1:3267564/1‑93 (MQ=255)
cAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATg < 2:918992/93‑1 (MQ=255)
aGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGa > 1:5329484/1‑93 (MQ=255)
aGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGa < 2:2428449/93‑1 (MQ=255)
aGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGa < 1:1648681/93‑1 (MQ=255)
aGCCTGAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGa < 2:1320732/93‑1 (MQ=255)
ccTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAg < 1:334986/93‑1 (MQ=255)
ccTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAg > 1:4646940/1‑93 (MQ=255)
cTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGc < 1:4733817/93‑1 (MQ=255)
ttAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCg < 1:2876868/93‑1 (MQ=255)
tAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCgg < 2:659248/93‑1 (MQ=255)
aaCGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGc < 2:4941116/93‑1 (MQ=255)
aaCGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGc < 1:1876669/93‑1 (MQ=255)
aCGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCt < 1:2604959/93‑1 (MQ=255)
aCGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCt > 1:545658/1‑93 (MQ=255)
cTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCTTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCgg < 2:5546562/93‑1 (MQ=255)
cTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGATCgg > 1:6241066/1‑93 (MQ=255)
tGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGt > 2:5699218/1‑93 (MQ=255)
ggCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTc < 2:5767564/93‑1 (MQ=255)
gCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCa > 2:1897917/1‑93 (MQ=255)
cTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTg > 1:3684905/1‑93 (MQ=255)
cTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTg > 1:3986057/1‑93 (MQ=255)
ttCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTggg > 2:5126966/1‑93 (MQ=255)
tCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGa < 1:4404233/93‑1 (MQ=255)
tCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGa < 2:4257589/93‑1 (MQ=255)
cGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGAt < 2:2668246/93‑1 (MQ=255)
cGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGAt < 2:4399581/93‑1 (MQ=255)
gTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTa > 1:2772303/1‑93 (MQ=255)
gTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTa < 2:85162/93‑1 (MQ=255)
gTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTa > 1:1323690/1‑93 (MQ=255)
tttATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTAc < 2:1159920/93‑1 (MQ=255)
tataCATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTTACTGCGAGTAccc > 1:3618899/1‑93 (MQ=255)
tataCATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTAccc > 2:3345342/1‑93 (MQ=255)
taCATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCaa > 1:122583/1‑93 (MQ=255)
aCATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAAc < 1:5448292/93‑1 (MQ=255)
aTCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAAccc > 1:5883651/1‑93 (MQ=255)
aTCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAAccc < 2:4312486/93‑1 (MQ=255)
tCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCGGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCg < 2:2650247/93‑1 (MQ=255)
cTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCgg < 2:3878326/93‑1 (MQ=255)
tGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGt < 2:4638845/93‑1 (MQ=255)
tGCATTTATCGCCGAGATTAGCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGt < 1:5085141/93‑1 (MQ=255)
gCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGtt < 2:3595076/93‑1 (MQ=255)
cATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTta < 1:661962/93‑1 (MQ=255)
cATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTta > 2:896177/1‑93 (MQ=255)
cATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTta < 2:5688751/93‑1 (MQ=255)
aTTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTtac > 2:2117401/1‑93 (MQ=255)
aTTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTtac > 2:1438619/1‑93 (MQ=255)
aTCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCCACCCGGTtacgcta > 1:2281139/1‑93 (MQ=255)
tCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTtacgctac < 2:1612144/93‑1 (MQ=255)
gCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTtacgctacgc < 2:1807242/93‑1 (MQ=255)
cctagaTTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCGACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGcc < 2:1474738/90‑1 (MQ=255)
ccGAGCTTATCCGCGCTGGGATCCAGAAGCTGCATTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTAACCGGGATTTCCCAGCCCGGTtacgctagggc > 2:1746840/1‑89 (MQ=255)
ccGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGcc < 2:2329212/93‑1 (MQ=255)
ccGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGcc > 1:5289542/1‑93 (MQ=255)
ccGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGcc < 1:5110163/93‑1 (MQ=255)
cGAGATTATCCGCGCTGTGATCCAGGCGATGCATTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCACCCCGGTTACGCTACGCCa < 2:6021460/93‑1 (MQ=255)
cGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCa < 1:1101475/93‑1 (MQ=255)
gagaTTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAg < 1:2170356/93‑1 (MQ=255)
gagaTTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGGTACGCTACGCCAg > 2:3325464/1‑93 (MQ=255)
agaTTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAgg > 2:1353305/1‑93 (MQ=255)
agaTTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAAACCGGTTACGCTACGCCAgg > 1:63928/1‑93 (MQ=255)
gaTTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGt > 1:5979086/1‑93 (MQ=255)
gaTTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGt < 1:6212237/93‑1 (MQ=255)
gaTTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGt > 2:39267/1‑93 (MQ=255)
ttATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCa > 1:5007642/1‑93 (MQ=255)
aTCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCatt > 1:4052231/1‑93 (MQ=255)
aTCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCatt < 1:3745168/93‑1 (MQ=255)
tCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCatta < 1:5215457/93‑1 (MQ=255)
cgcTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTcc < 2:4207275/93‑1 (MQ=255)
gcTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTccc < 2:4529537/93‑1 (MQ=255)
cTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTcccc < 1:3429633/93‑1 (MQ=255)
cTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTcccc < 1:3127671/93‑1 (MQ=255)
cTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTcccc > 2:292329/1‑93 (MQ=255)
ggATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAgg < 1:1469251/93‑1 (MQ=255)
aTCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGGTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCa > 1:3524855/1‑93 (MQ=255)
tCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCAt < 2:2186135/93‑1 (MQ=255)
ccAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCAtt > 1:881076/1‑93 (MQ=255)
ccAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCAtt < 2:3226149/93‑1 (MQ=255)
ccAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCAtt > 1:5933687/1‑93 (MQ=255)
ccAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCAtt < 2:5283806/93‑1 (MQ=255)
ccAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCAtt < 2:285811/93‑1 (MQ=255)
cAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGGCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTg > 1:798859/1‑93 (MQ=255)
cAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTg > 1:1550044/1‑93 (MQ=255)
aGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCCGGTCATTATTCCCCAGGCATTGc > 2:2265537/1‑93 (MQ=255)
aGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGc > 2:5820475/1‑93 (MQ=255)
aGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGc > 2:3726798/1‑93 (MQ=255)
|
TTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCG > NC_000913/3418538‑3418717
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTA‑CCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTG > NC_000913/3418537‑3418721
|
TTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGT < SRR4302533.5382629/94‑1 (MQ=60)
TTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGT < SRR4302533.5217687/94‑1 (MQ=60)
TTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTG > SRR4302533.2957715/1‑94 (MQ=60)
TTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTG < SRR4302533.1660377/94‑1 (MQ=60)
TTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGC > SRR4302533.4155858/1‑94 (MQ=60)
ATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTT < SRR4302533.2841850/94‑1 (MQ=60)
TTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTA > SRR4302533.6314730/1‑94 (MQ=60)
CCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATG > SRR4302533.4363997/1‑94 (MQ=60)
CCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATG > SRR4302533.2233922/1‑94 (MQ=60)
CTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGG > SRR4302533.171187/1‑94 (MQ=60)
CTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGG < SRR4302533.4699973/94‑1 (MQ=60)
GAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTC > SRR4302533.1050685/1‑94 (MQ=60)
AACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCA > SRR4302533.4880834/1‑94 (MQ=60)
CTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAAC < SRR4302533.1226817/94‑1 (MQ=60)
TGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACA < SRR4302533.788093/94‑1 (MQ=60)
TGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAAGCGGTGCCTTATGGTCAACA > SRR4302533.3287729/1‑94 (MQ=60)
GCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATG < SRR4302533.639494/94‑1 (MQ=60)
CAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGA > SRR4302533.5361426/1‑94 (MQ=60)
AGCCTTAACGCTGGCGCTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAA < SRR4302533.5486331/94‑1 (MQ=60)
AGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAA < SRR4302533.1658669/94‑1 (MQ=60)
AGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAA < SRR4302533.4027288/94‑1 (MQ=60)
AGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAA < SRR4302533.3654977/94‑1 (MQ=60)
GCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAG > SRR4302533.4675098/1‑94 (MQ=60)
GCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAG < SRR4302533.1232942/94‑1 (MQ=60)
CCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGC < SRR4302533.337033/94‑1 (MQ=60)
CCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGC < SRR4302533.5126820/94‑1 (MQ=60)
CTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCG > SRR4302533.5298374/1‑94 (MQ=60)
CTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCG > SRR4302533.2041304/1‑94 (MQ=60)
CTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCG > SRR4302533.813182/1‑94 (MQ=60)
CTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCG < SRR4302533.1247155/94‑1 (MQ=60)
CTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCG < SRR4302533.4762516/94‑1 (MQ=60)
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TTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGG > SRR4302533.3071616/1‑94 (MQ=60)
TTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGG < SRR4302533.2894572/94‑1 (MQ=60)
TTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGG < SRR4302533.1701480/94‑1 (MQ=60)
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AACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCT > SRR4302533.548904/1‑94 (MQ=60)
AACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCT > SRR4302533.2179386/1‑94 (MQ=60)
AACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCT < SRR4302533.1888108/94‑1 (MQ=60)
ACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTC < SRR4302533.5112551/94‑1 (MQ=60)
ACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTC < SRR4302533.2620961/94‑1 (MQ=60)
GCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGATCGG > SRR4302533.6278434/1‑94 (MQ=60)
CTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGT > SRR4302533.1234718/1‑94 (MQ=60)
TGGCACTTTCGTTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTC < SRR4302533.4329430/94‑1 (MQ=60)
GGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCA < SRR4302533.1164593/94‑1 (MQ=60)
GGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCA > SRR4302533.1783791/1‑94 (MQ=60)
GCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCAC > SRR4302533.3748292/1‑94 (MQ=60)
CACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACT < SRR4302533.6274836/94‑1 (MQ=60)
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ACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTG > SRR4302533.3707553/1‑94 (MQ=60)
ACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTG < SRR4302533.3305663/94‑1 (MQ=60)
CTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGG > SRR4302533.1636270/1‑94 (MQ=60)
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GGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTA > SRR4302533.2789314/1‑94 (MQ=60)
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TTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTTACTGCGAGTA‑CCC > SRR4302533.3641157/1‑94 (MQ=60)
ATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTA‑CCCAA > SRR4302533.123354/1‑94 (MQ=60)
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ACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGAGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCCAAC > SRR4302533.996690/1‑94 (MQ=60)
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CATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTA‑CCCAACCC < SRR4302533.3944633/94‑1 (MQ=60)
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ATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTA‑CCCAACCCG > SRR4302533.3429799/1‑94 (MQ=60)
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TGCATTTATCGCCGAGATTAGCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTA‑CCCAACCCGGTT < SRR4302533.5115871/94‑1 (MQ=60)
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GCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTA‑CCCAACCCGGTTA > SRR4302533.5732375/1‑94 (MQ=60)
CATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTA‑CCCAACCCGGTTAC < SRR4302533.665867/94‑1 (MQ=60)
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TATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTA‑CCCCACCCGGTTACGCTA > SRR4302533.2295262/1‑94 (MQ=60)
GCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGCGTA‑CCCAACCCGGTTACGCTACGCC > SRR4302533.2717237/1‑94 (MQ=60)
GCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTA‑CCCAACCCGGTTACGCTACGCC > SRR4302533.5321220/1‑94 (MQ=60)
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CAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTA‑CCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGC < SRR4302533.1529245/94‑1 (MQ=60)
GGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTA‑CCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGG < SRR4302533.721854/94‑1 (MQ=60)
GGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTA‑CCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGG < SRR4302533.1151445/94‑1 (MQ=60)
GGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTA‑CCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGG > SRR4302533.3649747/1‑94 (MQ=60)
CGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTA‑CCCAACCCGGTTACGCTCCGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGT < SRR4302533.1536620/94‑1 (MQ=60)
GGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTA‑CCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTG > SRR4302533.1148160/1‑94 (MQ=60)
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TTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTA‑CCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTG > NC_000913/3418537‑3418721
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
