Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,544,357 |
+G |
coding (163/1314 nt) |
gntT → |
gluconate permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,544,356 | 1 | . | G | 99.5%
| 652.5
/ ‑3.8
| 203 | coding (162/1314 nt) | gntT | gluconate permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base G (107/95); total (108/95) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.55e-01 |
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
GGCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GC‑GGACG‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA > NC_000913/3544264‑3544437
|
ggCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTc < 1:5149697/93‑1 (MQ=255)
ggCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCACTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTc < 2:5091981/93‑1 (MQ=255)
gCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTc‑g < 2:2349000/93‑1 (MQ=255)
gCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTc‑g > 2:2781427/1‑93 (MQ=255)
cTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTc‑gg < 1:5594216/93‑2 (MQ=255)
ttCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTc‑ggc > 1:4019901/1‑91 (MQ=255)
ttCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTc‑ggc < 1:6294048/93‑3 (MQ=255)
ttCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGCGTc‑ggc > 1:2646322/1‑91 (MQ=255)
tCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTc‑ggcg < 2:629744/93‑4 (MQ=255)
tCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTc‑ggcg > 1:5778734/1‑90 (MQ=255)
tCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGcc < 1:1076592/93‑1 (MQ=255)
tCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGcc < 1:5981087/93‑1 (MQ=255)
cGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCt < 1:1939479/93‑1 (MQ=255)
gTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCtt < 2:1395636/93‑1 (MQ=255)
gTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCtt < 2:2319203/93‑1 (MQ=255)
tGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTg > 1:4511343/1‑93 (MQ=255)
ggCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGc > 1:3613977/1‑93 (MQ=255)
gcgcTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGcc < 2:2712239/93‑1 (MQ=255)
gcgcTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGcc > 2:2639925/1‑93 (MQ=255)
gcTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCt < 1:3007706/93‑1 (MQ=255)
cTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTg > 2:3674251/1‑93 (MQ=255)
cTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTg < 2:1909449/93‑1 (MQ=255)
cTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTg > 1:2760924/1‑93 (MQ=255)
ttGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGa > 2:3793616/1‑93 (MQ=255)
ttGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGa > 1:4146632/1‑93 (MQ=255)
ttGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGa > 2:4733843/1‑93 (MQ=255)
ttGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGa < 1:464947/93‑1 (MQ=255)
tGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGATATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGAt > 2:22460/1‑93 (MQ=255)
cTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCa > 2:4118880/1‑93 (MQ=255)
tGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCAt > 2:2552077/1‑93 (MQ=255)
gtgggATTAATGAAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATg < 2:560604/90‑1 (MQ=255)
gTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATg > 2:3988264/1‑93 (MQ=255)
ttGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATgg > 1:4696970/1‑93 (MQ=255)
ttGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATgg > 1:5679139/1‑93 (MQ=255)
gATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtt > 2:3084703/1‑93 (MQ=255)
gATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtt < 2:1870636/93‑1 (MQ=255)
gATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtt > 2:763949/1‑93 (MQ=255)
gATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtt > 1:3294092/1‑93 (MQ=255)
aTTANTNCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTNATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGttt < 1:76558/93‑1 (MQ=255)
aTTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGttt > 1:248808/1‑93 (MQ=255)
aTTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGttt < 2:1600147/93‑1 (MQ=255)
ttAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtttt < 2:5759995/93‑1 (MQ=255)
ttAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtttt < 2:3527988/93‑1 (MQ=255)
ttAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtttt > 1:3131629/1‑93 (MQ=255)
ttAATGCAAGGAATGCCCCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtttt < 1:4989191/93‑1 (MQ=255)
tAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTg > 1:1610063/1‑93 (MQ=255)
aTGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTggg > 1:806758/1‑92 (MQ=255)
aTGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGgc > 2:3365553/1‑93 (MQ=255)
aTGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGgc > 1:942426/1‑93 (MQ=255)
gCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGgcgc > 2:2688101/1‑93 (MQ=255)
gCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGgcgc < 1:2039450/93‑1 (MQ=255)
aaGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCaa > 1:2406792/1‑93 (MQ=255)
aaGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCaa > 1:1826030/1‑93 (MQ=255)
aaGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCaa < 1:2792620/93‑1 (MQ=255)
aGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAt < 2:2485219/93‑1 (MQ=255)
gAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGc < 2:4972147/93‑1 (MQ=255)
gAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGc < 2:4526932/93‑1 (MQ=255)
aaTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCt > 1:2506440/1‑93 (MQ=255)
aaTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCt < 2:3649302/93‑1 (MQ=255)
aTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTg < 2:3293258/93‑1 (MQ=255)
aTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTg < 1:5773647/93‑1 (MQ=255)
aTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTg < 2:4153680/93‑1 (MQ=255)
tGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTgg < 2:5722655/93‑1 (MQ=255)
gCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGTCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTggg > 1:143511/1‑93 (MQ=255)
cTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaaa > 1:2289332/1‑93 (MQ=255)
tGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaaaa < 1:1196779/93‑1 (MQ=255)
tgATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAt < 1:6209459/92‑1 (MQ=255)
ggATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAt < 2:4768755/93‑1 (MQ=255)
ggATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAt > 1:5445833/1‑93 (MQ=255)
aTAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGc > 1:1335014/1‑93 (MQ=255)
aTAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGGGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTCTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGc > 1:2908612/1‑93 (MQ=255)
tAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGGTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCt > 1:139838/1‑93 (MQ=255)
aaaGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTg < 2:2973931/93‑1 (MQ=255)
aaaGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTg > 1:5823525/1‑93 (MQ=255)
aaaGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTg > 2:1979545/1‑93 (MQ=255)
aaGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTgg < 2:1822689/93‑1 (MQ=255)
aaGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTgg > 2:1409198/1‑93 (MQ=255)
aGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGc < 1:1000206/93‑1 (MQ=255)
gTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCa > 1:113338/1‑93 (MQ=255)
atgaTTGTCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATCCTGGCa < 2:3403654/90‑1 (MQ=255)
tATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGa > 2:4413680/1‑93 (MQ=255)
aTTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAc > 2:3997967/1‑93 (MQ=255)
aTTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAc < 1:2567916/93‑1 (MQ=255)
ttGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGGTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACt > 2:603693/1‑93 (MQ=255)
tGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTg < 2:3423295/93‑1 (MQ=255)
ggCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGc < 2:3146112/93‑1 (MQ=255)
cTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCgg < 1:366119/93‑1 (MQ=255)
tCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGt > 2:4891162/1‑93 (MQ=255)
tCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGt > 2:1231956/1‑93 (MQ=255)
tCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGt < 2:5208980/93‑1 (MQ=255)
tCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGt < 1:5537422/93‑1 (MQ=255)
aTCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTggg > 2:5889886/1‑92 (MQ=255)
aTCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGgc > 2:4365805/1‑93 (MQ=255)
tCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGgcg > 1:6154799/1‑93 (MQ=255)
tCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGgcg > 1:4823524/1‑93 (MQ=255)
aaaGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGca > 1:3550823/1‑93 (MQ=255)
aaGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATTGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGcac > 2:5509030/1‑93 (MQ=255)
aGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGcaca < 1:4347354/93‑1 (MQ=255)
gCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACaa < 2:3846686/93‑1 (MQ=255)
gCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACaa < 1:1775848/93‑1 (MQ=255)
|
GGCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GC‑GGACG‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA > NC_000913/3544264‑3544437
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GGCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCG‑‑CGGACG‑‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAAC > NC_000913/3544264‑3544438
|
GGCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCG < SRR4302533.2443900/94‑1 (MQ=60)
GGCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCG < SRR4302533.4271223/94‑1 (MQ=60)
GGCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCG < SRR4302533.5180810/94‑1 (MQ=60)
tctttATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCG‑‑G < SRR4302533.1333736/89‑1 (MQ=60)
GCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCG‑‑G < SRR4302533.4543378/94‑1 (MQ=60)
CTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgc > SRR4302533.4044379/1‑92 (MQ=60)
CTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgc < SRR4302533.5628011/94‑3 (MQ=60)
TTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcg > SRR4302533.5813639/1‑91 (MQ=60)
TTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcg < SRR4302533.251349/94‑4 (MQ=60)
TTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcg < SRR4302533.6331569/94‑4 (MQ=60)
CATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcggg > SRR4302533.1622154/1‑89 (MQ=60)
CATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcggg < SRR4302533.4454003/94‑6 (MQ=60)
TCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggac < SRR4302533.4268696/94‑8 (MQ=60)
TCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggac < SRR4302533.1416542/94‑8 (MQ=60)
CGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggacg > SRR4302533.5464499/1‑86 (MQ=60)
CGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggacg > SRR4302533.814007/1‑86 (MQ=60)
GCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggacgc > SRR4302533.3363664/1‑85 (MQ=60)
GCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggacgc > SRR4302533.1684578/1‑85 (MQ=60)
CTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggacgct < SRR4302533.4094248/94‑11 (MQ=60)
CTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggacgctcg > SRR4302533.4741251/1‑82 (MQ=60)
CTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggacgctcg < SRR4302533.5567580/94‑13 (MQ=60)
CGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggacgctcggt < SRR4302533.1370352/94‑15 (MQ=60)
CGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGCTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcggggcgctcggt > SRR4302533.3238951/1‑80 (MQ=60)
GTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggacgctcggta > SRR4302533.479222/1‑79 (MQ=60)
GTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggacgctcggta > SRR4302533.6204619/1‑79 (MQ=60)
GTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggacgctcggta > SRR4302533.710617/1‑79 (MQ=60)
GTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggacgctcggta > SRR4302533.4268733/1‑79 (MQ=60)
CTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggacgctcggtagcc > SRR4302533.5003596/1‑76 (MQ=60)
CTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggacgctcggtagcc > SRR4302533.4685709/1‑76 (MQ=60)
TCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggacgctcggtggcct > SRR4302533.5220433/1‑75 (MQ=60)
TCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCT < SRR4302533.1082940/94‑1 (MQ=60)
TCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCT < SRR4302533.6017311/94‑1 (MQ=60)
CGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTT < SRR4302533.1951308/94‑1 (MQ=60)
CGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTT > SRR4302533.1579932/1‑94 (MQ=60)
GTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTG > SRR4302533.4538663/1‑94 (MQ=60)
TGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGC > SRR4302533.3636214/1‑94 (MQ=60)
TGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGGTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggacgctcggtagccctgc > SRR4302533.4036870/1‑72 (MQ=60)
GGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCC > SRR4302533.2230025/1‑94 (MQ=60)
GCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTG < SRR4302533.3802528/94‑1 (MQ=60)
GCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTG > SRR4302533.3126764/1‑94 (MQ=60)
GCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTG > SRR4302533.2777846/1‑94 (MQ=60)
GCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTG < SRR4302533.3026104/94‑1 (MQ=60)
GCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTACATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTG > SRR4302533.2777843/1‑94 (MQ=60)
CTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGA > SRR4302533.4171758/1‑94 (MQ=60)
TTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGAT < SRR4302533.5529236/94‑1 (MQ=60)
TTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGAT > SRR4302533.140512/1‑94 (MQ=60)
TTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGAT < SRR4302533.467722/94‑1 (MQ=60)
TTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGAT < SRR4302533.884178/94‑1 (MQ=60)
CTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCAT > SRR4302533.1903264/1‑94 (MQ=60)
GTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGG > SRR4302533.4725444/1‑94 (MQ=60)
GTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGG > SRR4302533.5713440/1‑94 (MQ=60)
GTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGG > SRR4302533.2381959/1‑94 (MQ=60)
TTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGG < SRR4302533.1128270/94‑1 (MQ=60)
TTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGG > SRR4302533.2581151/1‑94 (MQ=60)
TGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGT > SRR4302533.5022834/1‑94 (MQ=60)
GGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCTTCAAAGCCGGGGCCGC‑CGGGCGGCTCGGTAGCCTTGCCCTGTTCTTGGGTT > SRR4302533.5582679/1‑94 (MQ=50)
GGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTT > SRR4302533.3314423/1‑94 (MQ=60)
GATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTT > SRR4302533.250344/1‑94 (MQ=60)
GATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTT < SRR4302533.3620887/94‑1 (MQ=60)
ATTANTNCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTNATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTT < SRR4302533.77051/94‑1 (MQ=60)
ATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTT > SRR4302533.2807060/1‑94 (MQ=60)
ATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTT < SRR4302533.1759772/94‑1 (MQ=60)
ATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTT > SRR4302533.3150883/1‑94 (MQ=60)
TTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTG > SRR4302533.1619826/1‑94 (MQ=60)
TTAATGCAAGGAATGCCCCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTG < SRR4302533.5019439/94‑1 (MQ=60)
AATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGGCGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGC < SRR4302533.3644261/94‑1 (MQ=60)
AATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGG > SRR4302533.811499/1‑94 (MQ=60)
AATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGC > SRR4302533.947971/1‑94 (MQ=60)
ATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCG > SRR4302533.4099516/1‑94 (MQ=60)
TGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGC > SRR4302533.691265/1‑94 (MQ=60)
TGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGC > SRR4302533.621646/1‑94 (MQ=60)
GCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCA < SRR4302533.2052025/94‑1 (MQ=60)
CAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAA > SRR4302533.1827150/1‑94 (MQ=60)
CAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAA > SRR4302533.1837184/1‑94 (MQ=60)
CAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAA > SRR4302533.6011549/1‑94 (MQ=60)
CAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAA > SRR4302533.2421658/1‑94 (MQ=60)
CAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAA < SRR4302533.4802709/94‑1 (MQ=60)
AAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAT < SRR4302533.2809797/94‑1 (MQ=60)
AGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATG < SRR4302533.2196985/94‑1 (MQ=60)
GAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCT < SRR4302533.2537071/94‑1 (MQ=60)
GAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCT > SRR4302533.2521891/1‑94 (MQ=60)
AATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTG < SRR4302533.1051699/94‑1 (MQ=60)
ATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGG < SRR4302533.5808517/94‑1 (MQ=60)
ATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGG > SRR4302533.5706870/1‑94 (MQ=60)
TGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGTCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGG > SRR4302533.144431/1‑94 (MQ=60)
TGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGG < SRR4302533.65047/94‑1 (MQ=60)
GCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGC < SRR4302533.28738/94‑1 (MQ=60)
CCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCA < SRR4302533.1158594/94‑1 (MQ=60)
GCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAA > SRR4302533.2303506/1‑94 (MQ=60)
GCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAA > SRR4302533.2594725/1‑94 (MQ=60)
CTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAA < SRR4302533.1336025/94‑1 (MQ=60)
CTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGGTTTGGCGCAATGCTGGGCAAGA > SRR4302533.1645993/1‑94 (MQ=60)
TGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAT < SRR4302533.1203969/94‑1 (MQ=60)
TGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAT > SRR4302533.5478642/1‑94 (MQ=60)
TGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATG < SRR4302533.6246701/94‑1 (MQ=60)
GATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGC > SRR4302533.1343024/1‑94 (MQ=60)
GATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGGGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTCTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGC > SRR4302533.2926467/1‑94 (MQ=60)
ATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGGTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCT > SRR4302533.140726/1‑94 (MQ=60)
TAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTG > SRR4302533.5858700/1‑94 (MQ=60)
AAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGC < SRR4302533.5165952/94‑1 (MQ=60)
AAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGC < SRR4302533.5936838/94‑1 (MQ=60)
AGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCA > SRR4302533.114057/1‑94 (MQ=60)
AGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCA < SRR4302533.1006043/94‑1 (MQ=60)
GTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAG < SRR4302533.2892568/94‑1 (MQ=60)
TTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGA > SRR4302533.3483766/1‑94 (MQ=60)
ATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACT < SRR4302533.2583719/94‑1 (MQ=60)
ATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACT > SRR4302533.5803894/1‑94 (MQ=60)
GGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCG > SRR4302533.6304387/1‑94 (MQ=60)
GCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGG > SRR4302533.5186992/1‑94 (MQ=60)
CTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGT < SRR4302533.368336/94‑1 (MQ=60)
CTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGGTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGT > SRR4302533.457342/1‑94 (MQ=60)
TCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTG < SRR4302533.5812013/94‑1 (MQ=60)
TCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTG < SRR4302533.5672220/94‑1 (MQ=60)
TCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTG < SRR4302533.5570864/94‑1 (MQ=60)
TCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTG < SRR4302533.3438307/94‑1 (MQ=60)
CATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGC > SRR4302533.1413096/1‑94 (MQ=60)
CATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGC > SRR4302533.3002330/1‑94 (MQ=60)
ATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCG > SRR4302533.601830/1‑94 (MQ=60)
ATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCG > SRR4302533.6191830/1‑94 (MQ=60)
ATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCG > SRR4302533.3241107/1‑94 (MQ=60)
ATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCG > SRR4302533.4852745/1‑94 (MQ=60)
CAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCACTGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAATGCGGTGGCGCA > SRR4302533.5848878/1‑94 (MQ=60)
CAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCA > SRR4302533.3572697/1‑94 (MQ=60)
AAAGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCAC > SRR4302533.2038213/1‑94 (MQ=60)
AGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA > SRR4302533.780769/1‑94 (MQ=60)
AGCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA < SRR4302533.4373561/94‑1 (MQ=60)
GCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAAC < SRR4302533.1786660/94‑1 (MQ=60)
GCCGGTGTCGGCGGGACGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAAC > SRR4302533.2532099/1‑94 (MQ=60)
|
GGCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCG‑‑CGGACG‑‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAAC > NC_000913/3544264‑3544438
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
