Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,795,982 |
A→G |
S320P (TCC→CCC) |
rfaK ← |
putative hexose transferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,795,982 | 0 | A | G | 100.0%
| 874.6
/ NA
| 271 | S320P (TCC→CCC) | rfaK | putative hexose transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (169/102); total (169/102) |
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
TCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAA > NC_000913/3795892‑3796071
|
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ttACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCaaa > 1:4098948/1‑93 (MQ=255)
ttACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCaaa > 1:5147989/1‑93 (MQ=255)
tACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAAt > 1:1364296/1‑93 (MQ=255)
tACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAAt > 2:4676389/1‑93 (MQ=255)
tACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAAt > 1:2673932/1‑93 (MQ=255)
aCTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAAtt > 2:3552741/1‑93 (MQ=255)
tGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTaa > 1:3898089/1‑93 (MQ=255)
tGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTaa < 2:4891002/93‑1 (MQ=255)
tGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTaa > 1:5595423/1‑93 (MQ=255)
gAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTaaa < 1:1002047/93‑1 (MQ=255)
aaTTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAAt < 2:1201710/93‑1 (MQ=255)
aTTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATg > 2:4218377/1‑93 (MQ=255)
ttAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGc < 1:1572293/93‑1 (MQ=255)
ttAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGc > 1:5487442/1‑93 (MQ=255)
tAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCg > 1:4642076/1‑93 (MQ=255)
tAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCg > 2:307032/1‑93 (MQ=255)
aGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGa > 1:2164325/1‑93 (MQ=255)
gTTAAAGTTTCAGTATTGATATCTACCTCCGTACATGTTGGGGATACTACTTGTATAGATGTATGATGAATCGGGGGTCAAATTAAAAGCGAg > 1:6300558/1‑93 (MQ=255)
ttAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAgg > 2:4507107/1‑93 (MQ=255)
tAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAggg > 1:6193577/1‑93 (MQ=255)
aGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGata > 1:4374699/1‑93 (MQ=255)
gTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGatat > 2:2351974/1‑93 (MQ=255)
gTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGatat > 1:170682/1‑93 (MQ=255)
gTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGatat > 1:103498/1‑93 (MQ=255)
tttCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATAtt > 1:291360/1‑93 (MQ=255)
ttCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTc < 2:1608098/93‑1 (MQ=255)
tCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTcc > 2:5814209/1‑93 (MQ=255)
cAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCg < 1:655028/93‑1 (MQ=255)
gTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGa < 2:2142601/93‑1 (MQ=255)
gTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGa < 2:837810/93‑1 (MQ=255)
gTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGa < 2:6098858/93‑1 (MQ=255)
aTCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGt > 2:2390670/1‑93 (MQ=255)
aTCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGt > 1:232237/1‑93 (MQ=255)
aTCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGt < 1:1469640/93‑1 (MQ=255)
tCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTa > 1:583608/1‑93 (MQ=255)
tCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTa < 1:5088752/93‑1 (MQ=255)
tCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTa > 1:3043309/1‑93 (MQ=255)
tCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTa < 1:110578/93‑1 (MQ=255)
gATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACg > 1:4045372/1‑93 (MQ=255)
atatCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGt > 1:3182846/1‑93 (MQ=255)
atatCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGt > 1:25430/1‑93 (MQ=255)
atatCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGt > 1:6004727/1‑93 (MQ=255)
atatCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGACTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGt > 1:3759354/1‑93 (MQ=255)
tatCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTg < 2:407876/93‑1 (MQ=255)
tatCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTg < 1:1812037/93‑1 (MQ=255)
atCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGa < 1:4470710/93‑1 (MQ=255)
tCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGaa > 2:3784269/1‑93 (MQ=255)
ttttACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAAtt > 2:237829/1‑93 (MQ=255)
ttttACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAAtt > 2:2748272/1‑93 (MQ=255)
tttACGGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATATATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGAATATTCCGGAGTACGGGAATTa < 2:1954957/93‑1 (MQ=255)
tttACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTa < 1:3430955/93‑1 (MQ=255)
tttACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTa < 2:5196804/93‑1 (MQ=255)
tttACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTa < 2:411290/93‑1 (MQ=255)
ttACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAg < 1:4822420/93‑1 (MQ=255)
ttACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAg < 2:1329483/93‑1 (MQ=255)
tACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAgg < 2:4754259/93‑1 (MQ=255)
ccGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGt > 1:626167/1‑93 (MQ=255)
gTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTaa < 1:3469172/93‑1 (MQ=255)
gTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTaa > 2:3966378/1‑93 (MQ=255)
gTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTaa > 2:1377785/1‑93 (MQ=255)
tataTGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTaaa > 1:5648023/1‑93 (MQ=255)
tatGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAAt > 2:5470426/1‑93 (MQ=255)
tGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGc > 2:566142/1‑93 (MQ=255)
tGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGc < 1:2439264/93‑1 (MQ=255)
tGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAg < 1:4192818/93‑1 (MQ=255)
ggggATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGc > 2:1483546/1‑93 (MQ=255)
gATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGtt > 1:3142368/1‑93 (MQ=255)
gATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGtt < 1:5350340/93‑1 (MQ=255)
aTACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTg > 2:6056204/1‑93 (MQ=255)
aTACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTg > 1:4065320/1‑93 (MQ=255)
tACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTgg > 1:5931454/1‑93 (MQ=255)
aCTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGt > 2:6221526/1‑93 (MQ=255)
cTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGtt < 2:2566031/93‑1 (MQ=255)
aTTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTa < 2:1034654/93‑1 (MQ=255)
ttGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATg < 2:626695/93‑1 (MQ=255)
ttGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATg > 1:2082426/1‑93 (MQ=255)
tGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGa < 2:4618187/93‑1 (MQ=255)
tataGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATa > 1:4559714/1‑93 (MQ=255)
taGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAg < 1:912592/93‑1 (MQ=255)
taGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGAAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAg > 1:3597010/1‑93 (MQ=255)
aGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGc > 1:2617314/1‑93 (MQ=255)
gATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGcc > 2:2642934/1‑93 (MQ=255)
tttATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGc > 2:311185/1‑93 (MQ=255)
tttATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGc < 1:3951406/93‑1 (MQ=255)
ttATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCa > 1:1271034/1‑93 (MQ=255)
tATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAg > 1:4825773/1‑93 (MQ=255)
atgatgATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGc < 2:2654704/93‑1 (MQ=255)
atgatgATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGc < 1:5466792/93‑1 (MQ=255)
atgatgATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGc < 1:4589763/93‑1 (MQ=255)
atgatgATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGCTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGc < 1:5706595/93‑1 (MQ=255)
tgatgaTTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCg > 1:3322059/1‑93 (MQ=255)
gatgatTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGa > 2:3151465/1‑93 (MQ=255)
tgatTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGata > 2:2894980/1‑93 (MQ=255)
gatTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGatat > 2:1694865/1‑93 (MQ=255)
tCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGaa < 2:5112634/93‑1 (MQ=255)
tCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGaa > 1:774991/1‑93 (MQ=255)
cGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAAc < 1:278784/93‑1 (MQ=255)
ggggGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACa > 1:3109470/1‑93 (MQ=255)
ggggCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACaa > 1:5413193/1‑93 (MQ=255)
|
TCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAA > NC_000913/3795892‑3796071
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAAGAG > NC_000913/3795891‑3796074
|
CTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCC > SRR4302533.5509193/1‑94 (MQ=60)
CTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCC > SRR4302533.243521/1‑94 (MQ=60)
CTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCC > SRR4302533.685648/1‑94 (MQ=60)
TCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCA > SRR4302533.3797658/1‑94 (MQ=60)
TTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAA > SRR4302533.5179094/1‑94 (MQ=60)
TTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAA > SRR4302533.4306596/1‑94 (MQ=60)
TTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAA > SRR4302533.4123897/1‑94 (MQ=60)
TTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAA > SRR4302533.2937143/1‑94 (MQ=60)
TTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAAT > SRR4302533.2690333/1‑94 (MQ=60)
TTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAAT > SRR4302533.1372491/1‑94 (MQ=60)
ACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTA > SRR4302533.1028678/1‑94 (MQ=60)
ACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTA > SRR4302533.3178374/1‑94 (MQ=60)
CTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAA > SRR4302533.5629233/1‑94 (MQ=60)
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GTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATA > SRR4302533.4587369/1‑94 (MQ=60)
GTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATA < SRR4302533.5648878/94‑1 (MQ=60)
ATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGAAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAG > SRR4302533.3619143/1‑94 (MQ=60)
TAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGC < SRR4302533.917945/94‑1 (MQ=60)
TAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGC > SRR4302533.2633376/1‑94 (MQ=60)
ATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGC < SRR4302533.5009640/94‑1 (MQ=60)
ATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGC > SRR4302533.645463/1‑94 (MQ=60)
TTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCA < SRR4302533.3975494/94‑1 (MQ=60)
TTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCA > SRR4302533.1278638/1‑94 (MQ=60)
TTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCA < SRR4302533.2748482/94‑1 (MQ=60)
TTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCA < SRR4302533.2625138/94‑1 (MQ=60)
TTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAG > SRR4302533.4855016/1‑94 (MQ=60)
TTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAG > SRR4302533.4855015/1‑94 (MQ=60)
ATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCG < SRR4302533.5499743/94‑1 (MQ=60)
ATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCG > SRR4302533.840946/1‑94 (MQ=60)
ATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCG < SRR4302533.5745748/94‑1 (MQ=60)
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ATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCG > SRR4302533.3342577/1‑94 (MQ=60)
ATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCG < SRR4302533.4617563/94‑1 (MQ=60)
ATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGCTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCG < SRR4302533.5741065/94‑1 (MQ=60)
TGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGA > SRR4302533.5277955/1‑94 (MQ=60)
ATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATA > SRR4302533.548770/1‑94 (MQ=60)
TGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATAT > SRR4302533.4275279/1‑94 (MQ=60)
TGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATAT < SRR4302533.2552363/94‑1 (MQ=60)
GATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATG < SRR4302533.6167413/94‑1 (MQ=60)
GATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATG < SRR4302533.5142639/94‑1 (MQ=60)
TTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAA > SRR4302533.779545/1‑94 (MQ=60)
TCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAAC < SRR4302533.318053/94‑1 (MQ=60)
CGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACA > SRR4302533.3128583/1‑94 (MQ=60)
CGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACA < SRR4302533.280485/94‑1 (MQ=60)
GGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAA > SRR4302533.5445744/1‑94 (MQ=60)
GGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAAG < SRR4302533.3881364/94‑1 (MQ=60)
GGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAAG > SRR4302533.1976880/1‑94 (MQ=60)
GGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAAG < SRR4302533.538919/94‑1 (MQ=60)
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GGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAAGA < SRR4302533.3588545/94‑1 (MQ=60)
GGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAAGA < SRR4302533.1483497/94‑1 (MQ=60)
GGGCCAAATTAAATGCGAGGGAAATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAAGA > SRR4302533.2431373/1‑94 (MQ=60)
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GGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAAGAG > SRR4302533.866008/1‑94 (MQ=60)
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CTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAAGAG > NC_000913/3795891‑3796074
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
