Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
882 |
254.4 |
12957588 |
98.0% |
12698436 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,237,247 |
+C |
intergenic (+60/‑337) |
ygjT → / → ygjU |
putative transport protein/putative transport protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,237,245 | 1 | . | C | 98.7%
| 493.2
/ ‑0.9
| 149 | intergenic (+58/‑339) | ygjT/ygjU | putative transport protein/putative transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base C (120/27); total (122/27) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
ATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CT‑CCTCT‑C‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGG > NC_000913/3237156‑3237331
|
aTTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑ctccctct‑c‑c > 1:4878307/1‑93 (MQ=255)
ttATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑ctccctct‑c‑cc > 1:1155895/1‑92 (MQ=255)
ttATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑ctccctct‑c‑cc < 1:662915/93‑2 (MQ=255)
ttATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑ctccctct‑c‑cc > 2:6062734/1‑92 (MQ=255)
ttATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑ctccctct‑c‑cc > 2:3480838/1‑92 (MQ=255)
tATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑ctccctct‑c‑cct > 2:3739530/1‑91 (MQ=255)
aTCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑ctccctct‑c‑cctt > 1:3910725/1‑90 (MQ=255)
tCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑ctccctct‑c‑ccttc < 2:536674/93‑5 (MQ=255)
ggCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCa > 1:3988611/1‑93 (MQ=255)
ggCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCa < 1:5319443/93‑1 (MQ=255)
ggCATGATAAGCAGCGGGGTGAATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGGTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCa < 2:6299388/93‑1 (MQ=255)
gCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAg < 2:1155916/93‑1 (MQ=255)
gCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAg > 2:1444395/1‑93 (MQ=255)
gCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAg < 1:20430/93‑1 (MQ=255)
aTGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAggg > 2:5906919/1‑93 (MQ=255)
aTGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCT‑CTCTTCCAggg > 1:2083403/1‑93 (MQ=255)
tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGga > 2:1594442/1‑93 (MQ=255)
gATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGgag > 1:4622332/1‑93 (MQ=255)
aTAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTACCATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGgaga < 2:4616528/93‑1 (MQ=255)
aTAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGgaga < 2:1379123/93‑1 (MQ=255)
aTAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGgaga > 2:295857/1‑93 (MQ=255)
tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGagag < 2:2929787/93‑1 (MQ=255)
tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGagag > 1:475380/1‑93 (MQ=255)
agcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAggg < 1:2359541/93‑1 (MQ=255)
agcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAggg < 2:4238349/93‑1 (MQ=255)
agcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAggg > 2:3629603/1‑93 (MQ=255)
gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGt > 1:4492368/1‑93 (MQ=255)
gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGt < 2:2445468/93‑1 (MQ=255)
gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGt > 1:5458457/1‑93 (MQ=255)
gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGt > 2:4290113/1‑93 (MQ=255)
gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGt > 2:1400877/1‑93 (MQ=255)
gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGt > 1:1423863/1‑93 (MQ=255)
cagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTc < 1:3149922/93‑1 (MQ=255)
cagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTc < 1:4929673/93‑1 (MQ=255)
cagcGGGGTGGATAATTCTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTc > 2:3460595/1‑93 (MQ=255)
agcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGACTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCg > 2:2342040/1‑93 (MQ=255)
gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCgg < 2:3979644/93‑1 (MQ=255)
gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCgg < 2:1919486/93‑1 (MQ=255)
gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCgg > 2:4986228/1‑93 (MQ=255)
gggggTGAATATTTTTTAATCTGCCTAGGCCGTGTCCCCTGTCATTAACATGAGCCCCTTTTTCCC‑CCTCTCC‑CTCCCAGGGAGAGGGTCggg < 2:4663525/92‑1 (MQ=255)
ggggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCgggg < 2:6197747/93‑1 (MQ=255)
ggggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCgggg > 1:2551858/1‑93 (MQ=255)
gggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTGggggg > 1:5383839/1‑92 (MQ=255)
gTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGa > 1:1593470/1‑93 (MQ=255)
tGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAg > 1:6050364/1‑93 (MQ=39)
gATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAggg > 1:6233672/1‑93 (MQ=38)
gATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAggg > 1:3535050/1‑93 (MQ=38)
gATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGCACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAggg > 1:3709305/1‑93 (MQ=38)
aTAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGt > 2:2662170/1‑93 (MQ=38)
aTAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGt > 2:3014505/1‑93 (MQ=38)
aaTTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTaa > 2:108592/1‑93 (MQ=38)
tttttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAtt > 2:5804297/1‑93 (MQ=38)
tttttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAtt > 1:2820491/1‑93 (MQ=38)
ttttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAttt > 1:2373259/1‑93 (MQ=38)
tttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAtttt > 2:6003264/1‑93 (MQ=38)
aaTCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCg > 1:36385/1‑93 (MQ=38)
aaTCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCg > 1:5213202/1‑93 (MQ=38)
aaTCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCg > 2:2471382/1‑93 (MQ=38)
tCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCa > 1:5509811/1‑93 (MQ=38)
cTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAc > 2:5631829/1‑93 (MQ=38)
gCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCg > 1:927223/1‑93 (MQ=38)
gCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCg > 2:4800022/1‑93 (MQ=38)
ccTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGa > 2:3544376/1‑93 (MQ=38)
cTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTACTTTTTCGCACCGAt > 1:3090421/1‑93 (MQ=38)
cTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGAt > 2:6145255/1‑93 (MQ=38)
cTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGAt > 2:2108607/1‑93 (MQ=38)
tAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATg > 1:2456126/1‑93 (MQ=38)
gCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTg > 2:4863592/1‑93 (MQ=38)
cGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGc > 2:1731906/1‑93 (MQ=37)
gtgtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGGGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGcc > 2:3820638/1‑93 (MQ=37)
tgtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCt > 2:2332431/1‑93 (MQ=37)
tgtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCt > 2:1687133/1‑93 (MQ=37)
tgtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCt > 1:3156904/1‑93 (MQ=37)
gtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTg > 2:5212043/1‑93 (MQ=37)
tACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGt > 2:184469/1‑93 (MQ=37)
tACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGt > 2:6090942/1‑93 (MQ=37)
tACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGt > 1:6310682/1‑93 (MQ=37)
ccTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTcc > 2:2786869/1‑93 (MQ=37)
ccTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTcc > 1:1806184/1‑93 (MQ=38)
cTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTccc > 1:685856/1‑93 (MQ=25)
tGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTTAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTcccc < 2:4390393/93‑1 (MQ=37)
tGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTcccc > 1:5084740/1‑93 (MQ=37)
tCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTc > 1:1838678/1‑93 (MQ=25)
tCATTAACATGAGCACCGTTAT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTc > 2:5268712/1‑93 (MQ=25)
cATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCATGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTcc > 1:2874678/1‑92 (MQ=25)
cATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTtcccccc > 1:2301240/1‑90 (MQ=25)
cATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTtcccccc > 1:5516699/1‑90 (MQ=25)
aTTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCAc > 1:5952296/1‑93 (MQ=25)
ttAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCAcc > 2:2856452/1‑93 (MQ=25)
aaCATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCAcccc > 1:4783146/1‑92 (MQ=21)
cATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTTCcccccccccca > 1:1407215/1‑90 (MQ=25)
cATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGGAAGTTTTCGCACCGATTCTGGCCTGTTTCTCTCAccccgc > 1:1209744/1‑90 (MQ=21)
aTGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCcctcaccctcac > 1:2087531/1‑93 (MQ=21)
aTGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAAc > 1:5376364/1‑93 (MQ=21)
tGAGCACCGTTTTCCC‑CCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCctcaccctcacc > 1:5182104/1‑93 (MQ=18)
gCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTTCCCCCCCCCCCAccccc > 2:3762279/1‑91 (MQ=18)
cACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCctct > 2:3257366/1‑93 (MQ=18)
cACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAAACctct > 1:6194569/1‑93 (MQ=18)
tttt‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCCAACCCTCTccccc > 1:2859356/1‑92 (MQ=18)
tccctctcc‑cTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCCCCCCCTCACCCTCTCCCCCAAccg > 1:588004/3‑91 (MQ=18)
|
ATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CT‑CCTCT‑C‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGG > NC_000913/3237156‑3237331
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CT‑CCTCT‑C‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGG > NC_000913/3237155‑3237339
|
AATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCT‑C‑C < SRR4302537.6374021/94‑1 (MQ=60)
AATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCT‑C‑C > SRR4302537.4912007/1‑94 (MQ=60)
CGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCA > SRR4302537.4016542/1‑94 (MQ=60)
GGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAG < SRR4302537.5355958/94‑1 (MQ=60)
GCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGG > SRR4302537.4810294/1‑94 (MQ=60)
GCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGG < SRR4302537.20591/94‑1 (MQ=60)
CATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCT‑CTCTTCCAGGG > SRR4302537.2098081/1‑94 (MQ=60)
TGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAG < SRR4302537.5124442/94‑1 (MQ=60)
TGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAG < SRR4302537.6131519/94‑1 (MQ=60)
TGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAG > SRR4302537.4654330/1‑94 (MQ=60)
TGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAG > SRR4302537.5588705/1‑94 (MQ=60)
TGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAG < SRR4302537.1390850/94‑1 (MQ=60)
ATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAG < SRR4302537.5484850/94‑1 (MQ=60)
ATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAG > SRR4302537.5112818/1‑94 (MQ=60)
ATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAG < SRR4302537.218661/94‑1 (MQ=60)
ATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAG > SRR4302537.478630/1‑94 (MQ=60)
TAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGG < SRR4302537.2878314/94‑1 (MQ=60)
TAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGG < SRR4302537.3825498/94‑1 (MQ=60)
AGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGT < SRR4302537.2376183/94‑1 (MQ=60)
AGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGT > SRR4302537.4523445/1‑94 (MQ=60)
AGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGT > SRR4302537.1433777/1‑94 (MQ=60)
AGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGT > SRR4302537.5495690/1‑94 (MQ=60)
CAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCG > SRR4302537.2417634/1‑94 (MQ=60)
CAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCG < SRR4302537.4963655/94‑1 (MQ=60)
CAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCG < SRR4302537.3172012/94‑1 (MQ=60)
GCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGG > SRR4302537.951084/1‑94 (MQ=60)
CGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGG > SRR4302537.2569739/1‑94 (MQ=60)
GGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTGGGGGG > SRR4302537.5420648/1‑94 (MQ=60)
GGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGA > SRR4302537.1604606/1‑94 (MQ=60)
GTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAG > SRR4302537.6091920/1‑94 (MQ=60)
GGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGG > SRR4302537.6276547/1‑94 (MQ=60)
GGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGG > SRR4302537.3560026/1‑94 (MQ=60)
GGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGCACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGG > SRR4302537.3735382/1‑94 (MQ=60)
AATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAT > SRR4302537.1893947/1‑94 (MQ=60)
ATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATT > SRR4302537.2840210/1‑94 (MQ=60)
ATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATT > SRR4302537.454181/1‑94 (MQ=60)
TTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTT > SRR4302537.2389981/1‑94 (MQ=60)
TTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCACGGAGAGGGTCGGGGTGGGGGGAATTTT > SRR4302537.4847982/1‑94 (MQ=60)
TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTT > SRR4302537.1782685/1‑94 (MQ=60)
TAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCG > SRR4302537.5249047/1‑94 (MQ=60)
TAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCG > SRR4302537.36663/1‑94 (MQ=60)
AATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCTAGGGAGAGGGTCGGGGTGGGGGTAATTTTTCGC > SRR4302537.3376101/1‑94 (MQ=60)
ATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCA > SRR4302537.3983656/1‑94 (MQ=60)
ATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCA > SRR4302537.5547438/1‑94 (MQ=60)
TGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCG > SRR4302537.933615/1‑94 (MQ=60)
TGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCG > SRR4302537.3120665/1‑94 (MQ=60)
CCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTACTTTTTCGCACCGAT > SRR4302537.3111975/1‑94 (MQ=60)
CTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATG > SRR4302537.2473401/1‑94 (MQ=60)
CCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGC > SRR4302537.2362695/1‑94 (MQ=60)
GTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCT > SRR4302537.3179066/1‑94 (MQ=60)
GTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCT > SRR4302537.2970175/1‑94 (MQ=60)
GTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGT > SRR4302537.6353887/1‑94 (MQ=60)
TACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTT > SRR4302537.928447/1‑94 (MQ=60)
CCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCC > SRR4302537.6416971/1‑94 (MQ=60)
CCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCC > SRR4302537.525489/1‑94 (MQ=60)
CCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCC > SRR4302537.1818785/1‑94 (MQ=60)
CCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGGAAGTTTTCGCACCGATACTGGCCTGTTCT > SRR4302537.3601070/1‑94 (MQ=60)
CCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCC > SRR4302537.690560/1‑94 (MQ=60)
CTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCC > SRR4302537.5119735/1‑94 (MQ=60)
GTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTC > SRR4302537.1851472/1‑94 (MQ=60)
TCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCATGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCC > SRR4302537.2894853/1‑94 (MQ=60)
TCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTtcccccc > SRR4302537.2317485/1‑87 (MQ=60)
TCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTtcccccc > SRR4302537.5554365/1‑87 (MQ=60)
CATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTtccccccc > SRR4302537.5551259/1‑86 (MQ=60)
CATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCAC > SRR4302537.5993159/1‑94 (MQ=60)
ATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTtcccccccc > SRR4302537.5656346/1‑85 (MQ=60)
TAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCC > SRR4302537.4816164/1‑94 (MQ=60)
ACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTtccccccccccca > SRR4302537.1417013/1‑81 (MQ=60)
ACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGGAAGTTTTCGCACCGATTCTGGCCTGTTtctctcaccccgc > SRR4302537.1218161/1‑81 (MQ=60)
CATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTCAC > SRR4302537.2102255/1‑94 (MQ=60)
CATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAAC > SRR4302537.5413146/1‑94 (MQ=60)
ATGAGCACCGTTTTCCC‑CCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTCACC > SRR4302537.5217763/1‑94 (MQ=60)
AGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTttcccccccccccacccc > SRR4302537.5550058/1‑76 (MQ=60)
AGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGAGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTtcccccccccctaacctc > SRR4302537.2681184/1‑76 (MQ=60)
GCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAAACCTCT > SRR4302537.6237256/1‑94 (MQ=60)
CCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTtccccccccccccccccccccc > SRR4302537.2284340/1‑72 (MQ=60)
CCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCGCACCCTTACCCTCTCCC > SRR4302537.6281302/1‑94 (MQ=60)
GTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCCAACCCTCTCCCCC > SRR4302537.2879405/1‑94 (MQ=60)
TTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTgcccccccccccccccccccccccc > SRR4302537.3454892/1‑69 (MQ=60)
TTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCCAACCCTCTCCCCCAA > SRR4302537.4003575/1‑94 (MQ=60)
ctccctctcC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCCCCCCCTCACCCTCTCCCCCAACCG > SRR4302537.592017/10‑94 (MQ=60)
tccctctcC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTtccccccccccccccccccccccccacacg > SRR4302537.1266623/9‑64 (MQ=60)
tccctctcC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTCACCCTCTCCCCAAACGGG > SRR4302537.5357834/9‑94 (MQ=60)
ccctctcC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTtcccccccccccaacctctcccccaacacgg > SRR4302537.1493963/8‑63 (MQ=60)
CCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCccccaccaaccagccccccacaccgggg > SRR4302537.5941785/1‑66 (MQ=60)
CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCG > SRR4302537.1054358/1‑94 (MQ=60)
CTC‑‑C‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCCAACGGGGCGAG > SRR4302537.622301/1‑94 (MQ=60)
C‑C‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCccccccccaacctcttccccaaaacggggcggg > SRR4302537.4955424/1‑61 (MQ=60)
C‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGG > SRR4302537.801535/1‑94 (MQ=60)
|
AATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CT‑CCTCT‑C‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGG > NC_000913/3237155‑3237339
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
