Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
882 |
254.4 |
12957588 |
98.0% |
12698436 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,426,144 |
A→G |
noncoding (256/1542 nt) |
rrsD ← |
16S ribosomal RNA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,426,144 | 0 | A | G | 100.0%
| 346.1
/ NA
| 122 | noncoding (256/1542 nt) | rrsD | 16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (61/61); total (61/61) |
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
TCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTAGCT > NC_000913/3426100‑3426233
|
tctcAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAg < 1:3860636/93‑1 (MQ=14)
tctcAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAg > 1:3657887/1‑93 (MQ=14)
cctcAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAg < 1:5199480/92‑1 (MQ=14)
ctgaGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTCCCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAgg < 2:2135687/90‑1 (MQ=255)
tcAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAggg > 1:3627192/1‑93 (MQ=18)
tcAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAggg < 2:2968262/93‑1 (MQ=18)
tcAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAggg > 1:313094/1‑93 (MQ=18)
tcAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAggg > 1:3062401/1‑93 (MQ=18)
aGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTc < 2:91543/93‑1 (MQ=18)
aGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTc < 1:3152145/93‑1 (MQ=18)
gACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTcc > 2:5612317/1‑93 (MQ=18)
gACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTcc < 1:518191/93‑1 (MQ=21)
gACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTcc > 1:3102407/1‑93 (MQ=18)
aCCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTccc < 2:4447777/93‑1 (MQ=18)
aCCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTccc < 2:5299399/93‑1 (MQ=21)
aCCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTccc > 2:6303941/1‑93 (MQ=18)
aCCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTccc > 2:5834854/1‑93 (MQ=18)
ccAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTcccc < 2:5716876/93‑1 (MQ=21)
ccAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTcccc < 2:1903866/93‑1 (MQ=21)
cAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTccccc < 1:6447732/93‑1 (MQ=21)
gCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCctc < 1:2753868/93‑1 (MQ=18)
gCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGGCCCCctc > 1:5527995/1‑93 (MQ=16)
cTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCctct < 2:3590605/93‑1 (MQ=21)
tAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCtt > 1:2997086/1‑93 (MQ=18)
tAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGCCAAGAGGCCCGAGGGGCCCCCTCtt > 1:5128243/1‑93 (MQ=255)
tAGGGAGCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCtt < 2:1760559/93‑1 (MQ=16)
aGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCttt < 1:5791518/93‑1 (MQ=21)
aGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCttt < 1:381764/93‑1 (MQ=21)
gggATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTg < 2:5756831/93‑1 (MQ=21)
gggATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTg < 1:5372501/93‑1 (MQ=18)
gggATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTg > 1:3530129/1‑93 (MQ=18)
gggATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTg > 2:5112425/1‑93 (MQ=18)
gggATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTg < 1:3171346/93‑1 (MQ=18)
ggATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTgg > 2:5006948/1‑93 (MQ=18)
gATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGt > 1:2495190/1‑93 (MQ=18)
gATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGCCCCGAGGGTCCCCCTCTTTggc > 1:660768/1‑92 (MQ=255)
aTCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTc > 2:4890896/1‑93 (MQ=18)
aTCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTc > 1:2022188/1‑93 (MQ=18)
tcgtcgCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCt < 1:4129780/93‑1 (MQ=21)
tcgtcgCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCt < 1:5692737/93‑1 (MQ=18)
tcgtcgCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCt < 1:996748/93‑1 (MQ=21)
cgtcgCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCtt < 1:2063/93‑1 (MQ=21)
cgtcgCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCtt < 1:5429472/93‑1 (MQ=21)
cgtcgCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCtt < 1:6035496/93‑1 (MQ=21)
gtccCCTTGGAGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCAAATCTGGGCACATCCGATAGTAAGAGGCCCGAGGGACCCCCTCGTTGGTGTTg > 2:2907025/1‑93 (MQ=11)
tcgCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGTGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGc > 2:3680546/1‑93 (MQ=255)
gCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCGCCTCTTTGGACTTGCgc > 2:2672362/1‑92 (MQ=11)
gCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCgc > 2:3238115/1‑92 (MQ=16)
gCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGa > 1:632648/1‑93 (MQ=18)
gCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGa < 2:4534641/93‑1 (MQ=18)
gCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGa < 1:1013077/93‑1 (MQ=18)
gCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGa > 1:1363315/1‑93 (MQ=18)
cccTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGa < 2:5319177/92‑1 (MQ=18)
ccTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGAc > 2:1109563/1‑93 (MQ=18)
ccTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGAc > 1:2643416/1‑93 (MQ=18)
ccTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGAc < 2:4962068/93‑1 (MQ=18)
ccTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGAc > 1:3366928/1‑93 (MQ=18)
cTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACg > 1:4931797/1‑93 (MQ=21)
ttGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGt > 1:6317881/1‑93 (MQ=25)
ttGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGt > 1:117698/1‑93 (MQ=25)
ttGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGt > 1:1256637/1‑93 (MQ=25)
ttGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGt > 1:1626028/1‑93 (MQ=25)
ttGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGt > 1:3413161/1‑93 (MQ=25)
ttGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGt > 1:4461768/1‑93 (MQ=25)
ttGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGt < 1:4586278/93‑1 (MQ=25)
ttGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGt > 1:4981888/1‑93 (MQ=25)
tGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGtt > 1:4745793/1‑93 (MQ=255)
tGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGtt > 1:1705950/1‑93 (MQ=255)
tGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGtt > 2:4371078/1‑93 (MQ=255)
ggTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCTCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTa < 2:5874389/93‑1 (MQ=255)
ggTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTa > 1:1959805/1‑93 (MQ=255)
gTGAGCCGTTCCCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTAt < 1:5327882/93‑1 (MQ=255)
tGAGCCGTTCCCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATg < 1:6045780/93‑1 (MQ=255)
tGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATg < 1:5678604/93‑1 (MQ=255)
ggCCGTTCCCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCg < 2:3680997/92‑1 (MQ=255)
aGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCg < 1:2653498/93‑1 (MQ=255)
aGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCg < 2:6343158/93‑1 (MQ=255)
gCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCgg > 2:5964843/1‑93 (MQ=37)
gCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCgg > 1:6085847/1‑93 (MQ=255)
gCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCgg > 1:1189273/1‑93 (MQ=255)
ccGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGt < 2:570226/93‑1 (MQ=37)
cGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTa < 1:1478006/93‑1 (MQ=255)
gTTCCCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGCTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTAt < 2:2660932/93‑1 (MQ=255)
gTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTAt > 2:1525521/1‑93 (MQ=255)
ttACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTAtt > 1:821346/1‑93 (MQ=255)
ttACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTAtt < 2:1399009/93‑1 (MQ=37)
ttACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTAtt > 2:1594424/1‑93 (MQ=37)
ttACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTAtt < 2:2291404/93‑1 (MQ=255)
tcccccGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTa < 2:2381961/91‑1 (MQ=255)
tACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTa < 2:1840778/93‑1 (MQ=255)
tccccGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTAg < 1:3559281/92‑1 (MQ=255)
cccccGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTAg < 2:3933879/92‑1 (MQ=255)
aCCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTAg > 1:3213835/1‑93 (MQ=37)
aCCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTAg > 2:6198167/1‑93 (MQ=37)
ccccGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTAGc > 2:5825591/1‑93 (MQ=37)
ccccGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTAGc > 1:587968/1‑93 (MQ=37)
ccccGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTAGc > 2:6163306/1‑93 (MQ=37)
ccccGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTAGc < 2:954613/93‑1 (MQ=37)
cccGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTAGCt > 2:5256963/1‑93 (MQ=37)
cccGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTAGCt > 1:2494549/1‑93 (MQ=37)
|
TCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTAGCT > NC_000913/3426100‑3426233
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTAGCTACCG > NC_000913/3426051‑3426237
|
TCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCA > SRR4302537.771055/1‑94 (MQ=0)
CCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGC > SRR4302537.1446483/1‑94 (MQ=0)
CGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCA > SRR4302537.2051171/1‑94 (MQ=0)
CGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCA < SRR4302537.6454286/94‑1 (MQ=0)
GTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAA < SRR4302537.1075873/94‑1 (MQ=0)
GTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAA > SRR4302537.4984349/1‑94 (MQ=0)
GTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAA > SRR4302537.5368663/1‑94 (MQ=0)
TAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAAC > SRR4302537.2615269/1‑94 (MQ=0)
AGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACA > SRR4302537.1725779/1‑94 (MQ=0)
GGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGAGCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAA < SRR4302537.5688655/94‑1 (MQ=0)
GGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAA < SRR4302537.2744659/94‑1 (MQ=0)
AGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGC > SRR4302537.4958938/1‑94 (MQ=0)
AGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCACCTTGGTGAGCAGTTACCCCACCAACAAAC > SRR4302537.2142477/1‑94 (MQ=0)
GTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCT > SRR4302537.1010827/1‑94 (MQ=0)
TCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTA < SRR4302537.4387518/94‑1 (MQ=0)
TCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTCGTGAGGCGTTACCCCACCAACAAGCTA > SRR4302537.2417060/1‑94 (MQ=0)
CTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAA < SRR4302537.1179461/94‑1 (MQ=0)
GACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCC < SRR4302537.3763467/94‑1 (MQ=0)
ACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCC < SRR4302537.6450421/94‑1 (MQ=0)
ACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCC > SRR4302537.3191661/1‑94 (MQ=0)
CCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCA < SRR4302537.6119219/94‑1 (MQ=0)
CGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCAT < SRR4302537.5714365/94‑1 (MQ=0)
CGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCAT > SRR4302537.4529309/1‑94 (MQ=0)
CGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCAT < SRR4302537.5681236/94‑1 (MQ=0)
GTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATC < SRR4302537.5985461/94‑1 (MQ=0)
GTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATC > SRR4302537.5987782/1‑94 (MQ=0)
GTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATC > SRR4302537.848452/1‑94 (MQ=0)
TGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCT < SRR4302537.2299445/94‑1 (MQ=0)
GTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTG < SRR4302537.590773/94‑1 (MQ=0)
GTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTG < SRR4302537.5489434/94‑1 (MQ=0)
GTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTG > SRR4302537.479339/1‑94 (MQ=0)
CTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGG < SRR4302537.4513755/94‑1 (MQ=0)
CTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGG > SRR4302537.1301374/1‑94 (MQ=0)
TCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGC < SRR4302537.1671992/94‑1 (MQ=0)
TCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATACTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGC > SRR4302537.5665270/1‑94 (MQ=0)
AGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCAC > SRR4302537.2937647/1‑94 (MQ=0)
GTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACA > SRR4302537.248234/1‑94 (MQ=0)
GTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACA > SRR4302537.4922948/1‑94 (MQ=0)
TTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACAT > SRR4302537.2887968/1‑94 (MQ=0)
TCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATC > SRR4302537.3233220/1‑94 (MQ=0)
TCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCC < SRR4302537.5389588/94‑1 (MQ=0)
CCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCC > SRR4302537.2523557/1‑94 (MQ=0)
CCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCC > SRR4302537.53553/1‑94 (MQ=0)
GTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGAT < SRR4302537.1637829/94‑1 (MQ=0)
TGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATG < SRR4302537.1767020/94‑1 (MQ=0)
GTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGAGCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGG < SRR4302537.4507295/94‑1 (MQ=0)
TGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGC > SRR4302537.2312811/1‑94 (MQ=0)
TGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGC < SRR4302537.3356578/94‑1 (MQ=0)
TGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGC > SRR4302537.5355646/1‑94 (MQ=0)
TGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGC < SRR4302537.2813830/94‑1 (MQ=0)
GGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCA < SRR4302537.5073871/94‑1 (MQ=0)
CTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAG < SRR4302537.133360/94‑1 (MQ=0)
TGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATTGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGA > SRR4302537.2671693/1‑94 (MQ=0)
GGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAG > SRR4302537.2840160/1‑94 (MQ=0)
GGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAG < SRR4302537.3033798/94‑1 (MQ=0)
ATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCC > SRR4302537.3274165/1‑94 (MQ=0)
CCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGA < SRR4302537.2818312/94‑1 (MQ=0)
CCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGA > SRR4302537.3972431/1‑94 (MQ=0)
CTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAG < SRR4302537.2534457/94‑1 (MQ=0)
CTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAG > SRR4302537.3683631/1‑94 (MQ=0)
TCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGG < SRR4302537.3887660/94‑1 (MQ=2)
TCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTAAGCCGTTTCCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACAGCCGATGGCAAGAGGCCCGAGG < SRR4302537.3103749/94‑1 (MQ=1)
CCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGG < SRR4302537.5235249/94‑1 (MQ=2)
CTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGG > SRR4302537.315260/1‑94 (MQ=5)
CTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGG < SRR4302537.3514604/94‑1 (MQ=5)
CTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGG > SRR4302537.3083739/1‑94 (MQ=5)
CTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGG > SRR4302537.3652758/1‑94 (MQ=5)
AGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCC < SRR4302537.3174279/94‑1 (MQ=10)
AGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCC > SRR4302537.3124069/1‑94 (MQ=10)
AGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCC < SRR4302537.3096328/94‑1 (MQ=10)
GACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCC < SRR4302537.521759/94‑1 (MQ=10)
CAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCT < SRR4302537.6491465/94‑1 (MQ=10)
CAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCT < SRR4302537.6107818/94‑1 (MQ=10)
AGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGGCCCCCTC > SRR4302537.5565730/1‑94 (MQ=9)
GCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCT < SRR4302537.2773091/94‑1 (MQ=10)
CTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTT > SRR4302537.3017982/1‑94 (MQ=10)
CTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGCCAAGAGGCCCGAGGGGCCCCCTCTT > SRR4302537.5163585/1‑94 (MQ=9)
TATGGATCGTCGCCTTGGTGAGGCGTTACCCCACCAAGACGCTAATCCCTTCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGTCCGAGGGgcctccgctgt > SRR4302537.1652756/1‑83 (MQ=3)
AGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTG < SRR4302537.4990061/94‑1 (MQ=10)
AGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTG < SRR4302537.5831226/94‑1 (MQ=10)
AGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTG > SRR4302537.3555087/1‑94 (MQ=10)
AGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTG < SRR4302537.384411/94‑1 (MQ=10)
GGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGG < SRR4302537.3193628/94‑1 (MQ=10)
GGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGG < SRR4302537.5409247/94‑1 (MQ=10)
GGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGT > SRR4302537.2512756/1‑94 (MQ=10)
GGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGCCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGC > SRR4302537.665267/1‑94 (MQ=9)
GATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTC > SRR4302537.2036297/1‑94 (MQ=10)
GTCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTCCCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCT < SRR4302537.1357069/94‑1 (MQ=9)
TCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTT < SRR4302537.4158605/94‑1 (MQ=10)
TCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTT < SRR4302537.1003630/94‑1 (MQ=10)
TCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTT < SRR4302537.5731674/94‑1 (MQ=10)
CGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTG < SRR4302537.5466496/94‑1 (MQ=10)
CGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTG < SRR4302537.2076/94‑1 (MQ=10)
CGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTG < SRR4302537.6076968/94‑1 (MQ=10)
CGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGCTCCCCCTCTTTGGTCTTG > SRR4302537.6503785/1‑94 (MQ=9)
CGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGA > SRR4302537.636948/1‑94 (MQ=10)
CGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGA > SRR4302537.1372811/1‑94 (MQ=10)
GCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGAC > SRR4302537.2661909/1‑94 (MQ=10)
GCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGAC < SRR4302537.1020059/94‑1 (MQ=10)
GCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGAC > SRR4302537.2672864/1‑94 (MQ=10)
GCCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGAC > SRR4302537.3390779/1‑94 (MQ=10)
CCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACG < SRR4302537.3203437/94‑1 (MQ=12)
CCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACG > SRR4302537.4965788/1‑94 (MQ=12)
CCTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACG < SRR4302537.2506694/94‑1 (MQ=12)
CTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGT > SRR4302537.118545/1‑94 (MQ=15)
CTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGT > SRR4302537.5016225/1‑94 (MQ=15)
CTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGT > SRR4302537.4492617/1‑94 (MQ=15)
CTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGT > SRR4302537.1637401/1‑94 (MQ=15)
CTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGT > SRR4302537.3437332/1‑94 (MQ=15)
CTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGT > SRR4302537.6361115/1‑94 (MQ=15)
CTTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGT > SRR4302537.1265380/1‑94 (MQ=15)
TTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTT < SRR4302537.4618003/94‑1 (MQ=20)
TTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTT > SRR4302537.1717876/1‑94 (MQ=20)
TTGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTT > SRR4302537.4778584/1‑94 (MQ=20)
TGGTGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTA > SRR4302537.1973437/1‑94 (MQ=23)
GTGAGCCGTTCCCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATG < SRR4302537.5364434/94‑1 (MQ=24)
TGAGCCGTTCCCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGC < SRR4302537.6087300/94‑1 (MQ=24)
TGAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGC < SRR4302537.5717454/94‑1 (MQ=25)
GAGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCG < SRR4302537.5549661/94‑1 (MQ=25)
AGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGG > SRR4302537.6127656/1‑94 (MQ=25)
AGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGG > SRR4302537.1197534/1‑94 (MQ=25)
AGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGG < SRR4302537.4592484/94‑1 (MQ=25)
AGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGG < SRR4302537.2672052/94‑1 (MQ=25)
AGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCACCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGG > SRR4302537.3747642/1‑94 (MQ=24)
CCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTA > SRR4302537.5290731/1‑94 (MQ=25)
CGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTAT < SRR4302537.1488282/94‑1 (MQ=25)
GTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATT < SRR4302537.5903882/94‑1 (MQ=25)
GTTACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATT > SRR4302537.826983/1‑94 (MQ=25)
TACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTAG < SRR4302537.1929706/94‑1 (MQ=25)
TACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTAG > SRR4302537.3236451/1‑94 (MQ=25)
TCCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTAGC < SRR4302537.3584393/94‑1 (MQ=25)
ACCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTAGC > SRR4302537.591981/1‑94 (MQ=25)
CCCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTAGCT > SRR4302537.2512112/1‑94 (MQ=25)
CCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTAGCTA > SRR4302537.4000829/1‑94 (MQ=25)
CCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTAGCTA > SRR4302537.3402428/1‑94 (MQ=25)
CCCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGCCTTGCGCCGTTATGCGGAATTAGCTC > SRR4302537.4000830/1‑94 (MQ=22)
CCGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTAGCTAC < SRR4302537.5026790/94‑1 (MQ=26)
CGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTAGCTACC > SRR4302537.187928/1‑94 (MQ=26)
CGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTAGCTACC > SRR4302537.6061429/1‑94 (MQ=26)
CGCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTAGCTACC < SRR4302537.2312642/94‑1 (MQ=26)
GCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTAGCTACCG > SRR4302537.4908978/1‑94 (MQ=26)
GCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTAGCTACCG < SRR4302537.3003952/94‑1 (MQ=26)
GCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTAGCTACCG < SRR4302537.5843008/94‑1 (MQ=26)
CCCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTAGCTACCG < SRR4302537.4567176/94‑1 (MQ=26)
|
TCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAGGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACGTTATGCGGTATTAGCTACCG > NC_000913/3426051‑3426237
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
