Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
882 |
254.4 |
12957588 |
98.0% |
12698436 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,853,675 |
A→G |
L87P (CTG→CCG) |
yidH ← |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,853,675 | 0 | A | G | 100.0%
| 862.4
/ NA
| 250 | L87P (CTG→CCG) | yidH | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (148/102); total (148/102) |
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
GGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCAGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTAACCCGCCGGAAAACAGACACAACAAC > NC_000913/3853585‑3853764
|
tATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTcc < 2:3799499/93‑1 (MQ=255)
tATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTcc < 1:6330977/93‑1 (MQ=255)
aTCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCCATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTCGGGCGGGTCct > 2:2835164/1‑93 (MQ=255)
aTCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCct > 2:5370305/1‑93 (MQ=255)
tCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGCGTAGGGCGGGTCctc > 1:5405951/1‑93 (MQ=255)
ggCATACAACACCAGTCCCATAACTATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCttt > 2:1156223/1‑93 (MQ=255)
ggCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCttt < 2:5455689/93‑1 (MQ=255)
gaaTACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCATTATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTc < 2:610179/91‑1 (MQ=255)
gCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTc < 1:4154474/93‑1 (MQ=255)
cATACAACACCAGTCCGATAACGATCCCCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCa < 2:495092/93‑1 (MQ=255)
cATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCa > 2:1520732/1‑93 (MQ=255)
cATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCa > 1:5790869/1‑93 (MQ=255)
aTACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAg > 2:4188691/1‑93 (MQ=255)
tACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGa > 2:2609552/1‑93 (MQ=255)
acaacaCCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGAc > 1:2908932/1‑93 (MQ=255)
aacaCCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGc > 2:710220/1‑93 (MQ=255)
acacCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCa < 2:4391608/93‑1 (MQ=255)
acacCAGTCCCATAACGATCACAGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCa < 1:1469966/93‑1 (MQ=255)
cacCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCAt < 1:2211677/93‑1 (MQ=255)
acCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTATGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATc > 2:6240156/1‑93 (MQ=255)
acCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATc < 2:3356275/93‑1 (MQ=255)
acCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATc > 1:4947268/1‑93 (MQ=255)
acCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATCAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATc < 1:3469954/93‑1 (MQ=255)
ccAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCg > 2:2754322/1‑93 (MQ=255)
tCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCttt > 2:3154302/1‑93 (MQ=255)
cccATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCtttt < 1:1098472/93‑1 (MQ=255)
cccATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCtttt > 1:2252305/1‑93 (MQ=255)
ccATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCttttt > 2:3644457/1‑93 (MQ=255)
cATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTc > 2:2921828/1‑93 (MQ=255)
cATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGATTTTTc > 2:5317639/1‑93 (MQ=255)
aTAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCa < 1:1870750/93‑1 (MQ=255)
aCGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTg < 2:2067910/93‑1 (MQ=255)
cGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGc < 1:1824713/93‑1 (MQ=255)
cGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGc < 1:3649791/93‑1 (MQ=255)
gATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCg > 1:5616069/1‑93 (MQ=255)
tCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTa < 2:4998199/93‑1 (MQ=255)
tCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTa > 1:5699261/1‑93 (MQ=255)
tCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTa < 1:2525752/93‑1 (MQ=255)
aCCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAAc > 2:5641125/1‑93 (MQ=255)
ccGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAAcc > 2:2234149/1‑93 (MQ=255)
ccGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAAcc < 1:2744989/93‑1 (MQ=255)
gCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAAcccg > 1:67815/1‑91 (MQ=255)
gCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAg > 1:5239623/1‑93 (MQ=255)
gACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCaa < 1:6110325/93‑1 (MQ=255)
ccATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGt < 2:897589/93‑1 (MQ=255)
ccATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGt > 2:29292/1‑93 (MQ=255)
ccATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGt > 2:5476209/1‑93 (MQ=255)
ccATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATAGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGt > 2:4182340/1‑93 (MQ=255)
ccATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGATGTTGGCGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGt > 1:2105184/1‑93 (MQ=255)
cATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCTCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTa < 2:5880995/93‑1 (MQ=255)
cATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTa > 2:1223676/1‑93 (MQ=255)
cATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTa > 1:3029380/1‑93 (MQ=255)
cATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTa > 2:4875539/1‑93 (MQ=255)
cATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTa > 2:3468161/1‑93 (MQ=255)
cATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTa > 1:5860675/1‑93 (MQ=255)
cATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTa < 2:503643/93‑1 (MQ=255)
cATCAATATTAAGCTAATGATCAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTa > 1:5324633/1‑93 (MQ=255)
tCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGc > 2:3530778/1‑93 (MQ=255)
tCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGc > 1:4010106/1‑93 (MQ=255)
tCAATATTAAGATAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGTGTCCTCTTGCAGACGCATCGCTTTTTCATTGGGTAACCAGCGCAAGTAGc < 1:5262614/93‑1 (MQ=255)
cAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGcc < 1:2402392/93‑1 (MQ=255)
cAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGcc > 2:3563597/1‑93 (MQ=255)
aaTATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCa > 1:4852228/1‑93 (MQ=255)
aaTATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCa > 2:2447387/1‑93 (MQ=255)
aaTATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCa < 1:3900350/93‑1 (MQ=255)
tatTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATa > 1:6003818/1‑93 (MQ=255)
tatTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATa > 2:4689632/1‑93 (MQ=255)
atTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATAc < 2:4906585/93‑1 (MQ=255)
tAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACAt < 2:33474/93‑1 (MQ=255)
aGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATcc > 1:171468/1‑92 (MQ=255)
aGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCg > 1:4727343/1‑93 (MQ=255)
gCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGc > 1:940472/1‑93 (MQ=255)
gCTAAGTATTAATAAGCTGTTGGTGGAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCCCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCTTACATCGc < 2:6300929/93‑1 (MQ=255)
cTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCCCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCACACATCGCt > 1:6350196/1‑93 (MQ=255)
tAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTa > 2:759078/1‑93 (MQ=255)
tAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGCAACAAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTa > 2:1922272/1‑93 (MQ=255)
aaTGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTaa < 2:1304320/93‑1 (MQ=255)
aaTGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTaa < 2:527017/93‑1 (MQ=255)
aTGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTAAc < 2:5433455/93‑1 (MQ=255)
tGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTAAcc < 1:5163651/93‑1 (MQ=255)
gATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTAAccc < 2:3654094/93‑1 (MQ=255)
ttAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTAACccgc > 2:3834830/1‑93 (MQ=255)
taataaGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTAACccgcc > 1:4281842/1‑93 (MQ=255)
aataaGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTAACccgccg < 1:5888230/93‑1 (MQ=255)
taaGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTAACCCGCCGGa > 1:4265481/1‑93 (MQ=255)
taaGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTAACCCGCCGGa < 1:3154133/93‑1 (MQ=255)
aaGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTAACCCGCCGGaa < 1:1439944/93‑1 (MQ=255)
aaGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTAACCCGCCGGaa > 2:1114828/1‑93 (MQ=255)
aGCTGTTGTCGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCAAACCCAGCGCAAGTAGCCATCCATCGCTAACCCGCCGGaaa < 2:5571853/93‑1 (MQ=255)
aGCTGTTGGGGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTAACCCGCCGGaaa > 2:1877952/1‑93 (MQ=255)
gCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTAACCCGCCGGaaaa > 2:158854/1‑93 (MQ=255)
cTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTAACCCGCCGGAAAAc > 2:4572588/1‑93 (MQ=255)
cTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTAACCCGCCGGAAAAc > 2:5847654/1‑93 (MQ=255)
tGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTAACCCGCCGGAAAACa > 1:1541557/1‑93 (MQ=255)
ttGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTAACCCGCCGGAAAACAGa > 1:5667909/1‑93 (MQ=255)
ttGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCACTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTAACCCGCCGGAAAACAGa > 1:4497924/1‑93 (MQ=255)
tGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCGAACCCGCCGGAAAACAGac < 2:6270024/93‑1 (MQ=255)
gtAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTAACCCGCCGGAAAACAGACacaa < 2:4099539/93‑1 (MQ=255)
gggCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTAACCCGCCGGAAAACAGACacaacaa > 1:823076/1‑93 (MQ=255)
ggCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTAACCCGCCGGAAAACAGACacaacaac > 2:4281911/1‑93 (MQ=255)
|
GGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCAGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTAACCCGCCGGAAAACAGACACAACAAC > NC_000913/3853585‑3853764
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCAGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTAACCCGCCGGAAAACAGACACAACAACAACG > NC_000913/3853582‑3853768
|
TGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCG < SRR4302537.2286252/94‑1 (MQ=60)
GGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGT < SRR4302537.5656476/94‑1 (MQ=60)
GCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTC > SRR4302537.2056669/1‑94 (MQ=60)
TATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCT < SRR4302537.6374265/94‑1 (MQ=60)
TATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCT > SRR4302537.3137681/1‑94 (MQ=60)
ATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTC > SRR4302537.2808214/1‑94 (MQ=60)
ATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGCGTAGGGCGGGTCCTC > SRR4302537.5442827/1‑94 (MQ=60)
TCCTGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACTACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCT > SRR4302537.4053157/1‑94 (MQ=60)
CGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTT < SRR4302537.243135/94‑1 (MQ=60)
GCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCA > SRR4302537.5830574/1‑94 (MQ=60)
GCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCA < SRR4302537.4183483/94‑1 (MQ=60)
ATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGC > SRR4302537.2213749/1‑94 (MQ=60)
TACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGAC > SRR4302537.2929370/1‑94 (MQ=60)
ACACCAGTCCCATAACGATCACAGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCAT < SRR4302537.1480187/94‑1 (MQ=60)
CACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATC < SRR4302537.2227270/94‑1 (MQ=60)
CACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATC > SRR4302537.4981376/1‑94 (MQ=60)
ACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATCAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCG < SRR4302537.3494499/94‑1 (MQ=60)
AGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTT < SRR4302537.3603288/94‑1 (MQ=60)
AGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTT < SRR4302537.4653795/94‑1 (MQ=60)
AGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTT > SRR4302537.3280071/1‑94 (MQ=60)
GTCCCATAACGATCACCGCCACGACCTTCAATATTAAGCTACTGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGCCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTT > SRR4302537.1927952/1‑94 (MQ=60)
TCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTT > SRR4302537.2268205/1‑94 (MQ=60)
CCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTT < SRR4302537.1106063/94‑1 (MQ=60)
CCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTC < SRR4302537.6222585/94‑1 (MQ=60)
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CATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCA > SRR4302537.2183384/1‑94 (MQ=60)
ATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCAT < SRR4302537.1883768/94‑1 (MQ=60)
ATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCAT > SRR4302537.1556294/1‑94 (MQ=60)
CGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCG < SRR4302537.3675480/94‑1 (MQ=60)
CGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCG < SRR4302537.1837431/94‑1 (MQ=60)
CGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCG > SRR4302537.5654469/1‑94 (MQ=60)
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ATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTA > SRR4302537.4245138/1‑94 (MQ=60)
ATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTA > SRR4302537.5738262/1‑94 (MQ=60)
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ACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACC < SRR4302537.5905629/94‑1 (MQ=60)
ACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACC < SRR4302537.5290138/94‑1 (MQ=60)
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AAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCC > SRR4302537.172689/1‑94 (MQ=60)
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GCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCGGGTCCCCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCACACATCGCT > SRR4302537.6393555/1‑94 (MQ=60)
CTAATGATTAATAAGCTGTTAGTGTAGGGCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTA > SRR4302537.657344/1‑94 (MQ=60)
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GCGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTAACCCGCCGGAAAACAGACACAACAACAA < SRR4302537.2182116/94‑1 (MQ=60)
CGGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTAACCCGCCGGAAAACAGACACAACAACAAC < SRR4302537.5039660/94‑1 (MQ=60)
GGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTAACCCGCCGGAAAACAGACACAACAACAACG < SRR4302537.4338447/94‑1 (MQ=60)
GGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTAACCCGCCGGAAAACAGACACAACAACAACG > SRR4302537.1281417/1‑94 (MQ=60)
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TGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCAGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAGTAGCCATACATCGCTAACCCGCCGGAAAACAGACACAACAACAACG > NC_000913/3853582‑3853768
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
