Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
882 |
254.4 |
12957588 |
98.0% |
12698436 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,930,457 |
Δ1 bp |
coding (1515/1560 nt) |
kup → |
low affinity potassium transport system |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,930,457 | 0 | C | . | 99.6%
| 1219.5
/ ‑3.5
| 262 | coding (1515/1560 nt) | kup | low affinity potassium transport system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base . (138/122); total (140/122) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
CCGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGTCGATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTGGCG > NC_000913/3930369‑3930547
|
ccGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTc > 2:6115039/1‑93 (MQ=255)
cgGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGt > 2:6022410/1‑93 (MQ=255)
cgGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGt < 1:5536763/93‑1 (MQ=255)
ggTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATACCCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGtt < 1:4559911/93‑1 (MQ=255)
ggTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGtt < 1:1840352/93‑1 (MQ=255)
tgtATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTaa > 2:5118944/1‑93 (MQ=255)
tgtATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTaa < 1:4807330/93‑1 (MQ=255)
gtATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAAc > 1:46424/1‑93 (MQ=255)
tatGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAActct > 2:5543003/1‑93 (MQ=255)
tatGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAActct < 2:6159774/93‑1 (MQ=255)
tatGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAActct < 2:490289/93‑1 (MQ=255)
tatGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAActct < 1:2530360/93‑1 (MQ=255)
tGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTgc > 1:4536109/1‑93 (MQ=255)
tGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTgc > 2:5816116/1‑93 (MQ=255)
gTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTgcg < 2:1453688/93‑1 (MQ=255)
gTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTgcg < 1:1804619/93‑1 (MQ=255)
tCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTgcgc > 1:3665604/1‑93 (MQ=255)
cgcgTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCa < 2:227545/93‑1 (MQ=255)
cgcgTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGGATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCa < 2:3222928/93‑1 (MQ=255)
gTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GCTTCTGTTAACTCTGCGCACCg > 2:1886426/1‑93 (MQ=255)
tGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGa < 1:4118660/93‑1 (MQ=255)
gCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGaa < 1:243581/93‑1 (MQ=255)
gCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGaa < 1:5753122/93‑1 (MQ=255)
gCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGaa > 2:3620662/1‑93 (MQ=255)
gCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGaa > 1:6385280/1‑93 (MQ=255)
aaTCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGa < 1:6146272/93‑1 (MQ=255)
tCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAGCTCTGCGCACCGAAGACg < 1:277200/93‑1 (MQ=255)
tCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACg > 2:3765185/1‑93 (MQ=255)
tCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACg > 1:6006771/1‑93 (MQ=255)
cAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGc > 1:2272882/1‑93 (MQ=255)
cAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGc < 2:5960532/93‑1 (MQ=255)
aCGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTc > 1:704033/1‑93 (MQ=255)
aCGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTc > 1:490094/1‑93 (MQ=255)
gTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCa > 1:5933509/1‑93 (MQ=255)
tCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCat < 2:2947643/93‑1 (MQ=255)
tCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCat > 1:1381857/1‑93 (MQ=255)
tCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGC‑GGTTGATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCat > 1:2040631/1‑93 (MQ=255)
cATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCata < 1:372245/93‑1 (MQ=255)
cATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCata < 2:6445506/93‑1 (MQ=255)
aTTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCctat > 2:2845351/1‑93 (MQ=255)
aTTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCatat > 1:2833629/1‑93 (MQ=255)
ttCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATg > 1:5625225/1‑93 (MQ=255)
tCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGt < 1:5206489/93‑1 (MQ=255)
tccTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTACATATGTc < 1:5293625/92‑1 (MQ=255)
ccTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGTGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTcc < 1:4189285/93‑1 (MQ=255)
ccTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTcc > 2:5235835/1‑93 (MQ=255)
ccTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTcc > 2:1081416/1‑93 (MQ=255)
cTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCa > 2:5871891/1‑93 (MQ=255)
cTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCa > 2:741162/1‑93 (MQ=255)
tttGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCAt < 2:1349261/93‑1 (MQ=255)
tttGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCAt < 1:1657962/93‑1 (MQ=255)
ttGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATa > 2:3468106/1‑93 (MQ=255)
ttGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATa < 2:2918836/93‑1 (MQ=255)
tGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATaa < 1:2145636/93‑1 (MQ=255)
cTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGATCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAAcgtc < 1:5007320/93‑1 (MQ=255)
cTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAAcgtc > 1:1082653/1‑93 (MQ=255)
gATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAAcgtccg > 1:4447567/1‑93 (MQ=255)
aTGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAAcgtccgt < 1:5663658/93‑1 (MQ=255)
gCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCg > 1:4505556/1‑93 (MQ=255)
cATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCgg < 2:154219/93‑1 (MQ=255)
aTAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCggg < 2:895227/93‑1 (MQ=255)
aTAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCggg > 1:4296824/1‑93 (MQ=255)
tAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGt < 1:4415456/93‑1 (MQ=255)
aaCCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTa > 2:2023464/1‑93 (MQ=255)
aCCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTAc > 2:5587193/1‑93 (MQ=255)
ccTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACa > 1:3016132/1‑93 (MQ=255)
ccTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACa < 1:4695770/93‑1 (MQ=255)
cTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAg > 2:2560606/1‑93 (MQ=255)
ttAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGa < 2:1236057/93‑1 (MQ=255)
tAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGAt > 1:3921077/1‑93 (MQ=255)
tAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGAt < 2:4986510/93‑1 (MQ=255)
aTAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGaac < 2:2961589/93‑1 (MQ=255)
aTAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGaac < 2:5748537/93‑1 (MQ=255)
aTAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGaac > 1:5826486/1‑93 (MQ=255)
aTAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGaac > 2:424275/1‑93 (MQ=255)
aaCAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGaacaa > 2:313177/1‑93 (MQ=255)
aaCAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGaacaa < 2:2359835/93‑1 (MQ=255)
cAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACt < 2:6060541/93‑1 (MQ=255)
aaGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTg > 1:1125488/1‑93 (MQ=255)
aaGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTg > 2:4475369/1‑93 (MQ=255)
aGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGt < 1:1470379/93‑1 (MQ=255)
aGGTATTGCATGACCGGGT‑GATTCTGTTAATTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAGCGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTgc < 2:4145108/93‑2 (MQ=255)
ggTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACTGATTGAACAACTGTc < 1:5852616/93‑1 (MQ=255)
ggTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTc < 2:2747843/93‑1 (MQ=255)
ggTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTc > 1:3900776/1‑93 (MQ=255)
ggTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTc < 2:11637/93‑1 (MQ=255)
tATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGc < 2:2429723/93‑1 (MQ=255)
tATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGc > 2:3918241/1‑93 (MQ=255)
aTTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGcc < 2:4098495/93‑1 (MQ=255)
aTTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGcc < 1:3351789/93‑1 (MQ=255)
aTTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGcc > 2:6221628/1‑93 (MQ=255)
ttGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGccc > 1:998403/1‑93 (MQ=255)
ttGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGccc > 2:2887730/1‑93 (MQ=255)
tGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCa < 1:6279608/93‑1 (MQ=255)
cATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCCCCGAAGACGCTCCATATTTCCATAGCGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCGCACt < 2:4458504/93‑1 (MQ=255)
tGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACttt > 2:1671003/1‑93 (MQ=255)
gAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGGCCACTTTc < 2:6329216/93‑1 (MQ=255)
gAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTc > 1:6411124/1‑93 (MQ=255)
aGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCt < 2:6010253/93‑1 (MQ=255)
aGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCt < 1:5299540/93‑1 (MQ=255)
|
CCGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGTCGATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTGGCG > NC_000913/3930369‑3930547
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CGGGACCGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGTCGATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTGGCGC > NC_000913/3930364‑3930548
|
CGGGAGCGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATGCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGTG < SRR4302537.3086181/94‑1 (MQ=60)
CGGGACCGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGTG < SRR4302537.2486325/94‑1 (MQ=60)
GACCGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATT > SRR4302537.1708336/1‑94 (MQ=60)
CCGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCT > SRR4302537.6063227/1‑94 (MQ=60)
CCGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCT < SRR4302537.3922072/94‑1 (MQ=60)
CGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTG > SRR4302537.3415587/1‑94 (MQ=60)
CGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTT < SRR4302537.4682666/94‑1 (MQ=60)
CGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTT < SRR4302537.5574560/94‑1 (MQ=60)
CGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTT > SRR4302537.6055530/1‑94 (MQ=60)
GGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATACCCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTA < SRR4302537.4591472/94‑1 (MQ=60)
GGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTA < SRR4302537.4302339/94‑1 (MQ=60)
GGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTA < SRR4302537.1853157/94‑1 (MQ=60)
GTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAA < SRR4302537.3958633/94‑1 (MQ=60)
GTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAA < SRR4302537.5882394/94‑1 (MQ=60)
TGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAAC > SRR4302537.46768/1‑94 (MQ=60)
TGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAAC < SRR4302537.4840484/94‑1 (MQ=60)
GTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACT > SRR4302537.5331968/1‑94 (MQ=60)
TATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTC > SRR4302537.4350489/1‑94 (MQ=60)
TATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTG > SRR4302537.72413/1‑94 (MQ=60)
TATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTG < SRR4302537.2548112/94‑1 (MQ=60)
ATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGC < SRR4302537.2273790/94‑1 (MQ=60)
ATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGC > SRR4302537.4567510/1‑94 (MQ=60)
TGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCG > SRR4302537.5150953/1‑94 (MQ=60)
GTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGC < SRR4302537.1715825/94‑1 (MQ=60)
GTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGC > SRR4302537.3691405/1‑94 (MQ=60)
GTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGC < SRR4302537.1817213/94‑1 (MQ=60)
GCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACC > SRR4302537.536092/1‑94 (MQ=60)
CGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAATAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCG < SRR4302537.4582333/94‑1 (MQ=60)
TGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAA > SRR4302537.6428797/1‑94 (MQ=60)
TGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAA < SRR4302537.4147422/94‑1 (MQ=60)
GCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAG < SRR4302537.5792531/94‑1 (MQ=60)
GCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAG < SRR4302537.5989036/94‑1 (MQ=60)
GCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAG < SRR4302537.245308/94‑1 (MQ=60)
AATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGAC < SRR4302537.2853313/94‑1 (MQ=60)
AATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGAC < SRR4302537.6188546/94‑1 (MQ=60)
ATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACG < SRR4302537.2538709/94‑1 (MQ=60)
ATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACG > SRR4302537.6048041/1‑94 (MQ=60)
TCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAGCTCTGCGCACCGAAGACGC < SRR4302537.279139/94‑1 (MQ=60)
TCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGC > SRR4302537.524989/1‑94 (MQ=60)
TCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGC > SRR4302537.2288933/1‑94 (MQ=60)
CAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCT > SRR4302537.5679753/1‑94 (MQ=60)
AACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTC < SRR4302537.2578893/94‑1 (MQ=60)
AACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTC > SRR4302537.493459/1‑94 (MQ=60)
AACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTC > SRR4302537.708851/1‑94 (MQ=60)
ACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCC < SRR4302537.3742319/94‑1 (MQ=60)
ACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCC > SRR4302537.2892718/1‑94 (MQ=60)
CGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCA < SRR4302537.5713210/94‑1 (MQ=60)
CGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCA > SRR4302537.4476067/1‑94 (MQ=60)
CGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCA < SRR4302537.4590689/94‑1 (MQ=60)
CGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCA < SRR4302537.214761/94‑1 (MQ=60)
CGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCA > SRR4302537.5974226/1‑94 (MQ=60)
CGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCA > SRR4302537.3139795/1‑94 (MQ=60)
CGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCA > SRR4302537.5603324/1‑94 (MQ=60)
GTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCAT < SRR4302537.2229597/94‑1 (MQ=60)
GTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCAT > SRR4302537.1391498/1‑94 (MQ=60)
GTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGC‑GGTTGATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCAT > SRR4302537.2054879/1‑94 (MQ=60)
CATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATAT < SRR4302537.374828/94‑1 (MQ=60)
CATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATAT > SRR4302537.1215617/1‑94 (MQ=60)
CATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATAT > SRR4302537.2853442/1‑94 (MQ=60)
CATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATAT < SRR4302537.2595860/94‑1 (MQ=60)
ATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATG > SRR4302537.5663691/1‑94 (MQ=60)
ATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATG > SRR4302537.4827813/1‑94 (MQ=60)
TTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGT > SRR4302537.4553419/1‑94 (MQ=60)
TCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTC < SRR4302537.5242304/94‑1 (MQ=60)
TCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTACATATGTCC < SRR4302537.5329999/94‑1 (MQ=60)
CCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCC < SRR4302537.6500947/94‑1 (MQ=60)
CCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGTGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCA < SRR4302537.4218544/94‑1 (MQ=60)
CCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCA > SRR4302537.6379879/1‑94 (MQ=60)
TTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATA < SRR4302537.1669581/94‑1 (MQ=60)
TTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAA > SRR4302537.5905625/1‑94 (MQ=60)
TGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAAC < SRR4302537.2160736/94‑1 (MQ=60)
TGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAAC < SRR4302537.4350182/94‑1 (MQ=60)
TGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAAC > SRR4302537.5664092/1‑94 (MQ=60)
TGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAAC < SRR4302537.1822774/94‑1 (MQ=60)
GCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTC > SRR4302537.1090126/1‑94 (MQ=60)
CTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGATCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCC < SRR4302537.5041809/94‑1 (MQ=60)
CTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCC > SRR4302537.1244662/1‑94 (MQ=60)
TGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCG > SRR4302537.4478280/1‑94 (MQ=60)
TGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCG < SRR4302537.1102761/94‑1 (MQ=60)
TGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GAGTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCG > SRR4302537.4446524/1‑94 (MQ=60)
ATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTC < SRR4302537.5702413/94‑1 (MQ=60)
TGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCG > SRR4302537.4536711/1‑94 (MQ=60)
TGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCG < SRR4302537.3825781/94‑1 (MQ=60)
acataaaaaaaaaaATAACAAGGTATTGCAGGGGGGGGT‑GATTTTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGG < SRR4302537.4977465/80‑1 (MQ=60)
GCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGG > SRR4302537.644697/1‑94 (MQ=60)
CATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGG > SRR4302537.2056409/1‑94 (MQ=60)
CATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGG > SRR4302537.1425363/1‑94 (MQ=60)
CATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGG > SRR4302537.4326694/1‑94 (MQ=60)
CATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGG > SRR4302537.4558751/1‑94 (MQ=60)
ATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGT < SRR4302537.653308/94‑1 (MQ=60)
TAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTA < SRR4302537.4445939/94‑1 (MQ=60)
AACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTAC < SRR4302537.4189341/94‑1 (MQ=60)
ACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACA > SRR4302537.449326/1‑94 (MQ=60)
ACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACA > SRR4302537.3037157/1‑94 (MQ=60)
ACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACA > SRR4302537.1733663/1‑94 (MQ=60)
CCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAG < SRR4302537.4728259/94‑1 (MQ=60)
CTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATCTGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGA > SRR4302537.2988146/1‑94 (MQ=60)
TTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGAT > SRR4302537.3948483/1‑94 (MQ=60)
TTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGAT > SRR4302537.2304977/1‑94 (MQ=60)
AACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGA > SRR4302537.2526960/1‑94 (MQ=60)
ACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGAGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCTGTCGGGTACAGATTGAA > SRR4302537.4570312/1‑94 (MQ=60)
CATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAAC > SRR4302537.4174142/1‑94 (MQ=60)
CATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAAC > SRR4302537.5866422/1‑94 (MQ=60)
ATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATACCGTCCGTCGGGGACAGATTGAAAA > SRR4302537.4967531/1‑94 (MQ=60)
ATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACA > SRR4302537.4695432/1‑94 (MQ=60)
ATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACA < SRR4302537.4822503/94‑1 (MQ=60)
ATAACAAGGTATTGCATGAGCGGG‑CGATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACA > SRR4302537.5832220/1‑94 (MQ=60)
ACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACT < SRR4302537.4851566/94‑1 (MQ=60)
ACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACT > SRR4302537.5930833/1‑94 (MQ=60)
ACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACT < SRR4302537.6191223/94‑1 (MQ=60)
ACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACT < SRR4302537.6202806/94‑1 (MQ=60)
CAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTG > SRR4302537.1133293/1‑94 (MQ=60)
AAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGT > SRR4302537.5883536/1‑94 (MQ=60)
AGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTC > SRR4302537.3928046/1‑94 (MQ=60)
AGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTC < SRR4302537.1480601/94‑1 (MQ=60)
GGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACTGATTGAACAACTGTCG < SRR4302537.5892764/94‑1 (MQ=60)
ATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCC < SRR4302537.3375527/94‑1 (MQ=60)
ATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCC > SRR4302537.1005294/1‑94 (MQ=60)
ATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCC > SRR4302537.319228/1‑94 (MQ=60)
TGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCAC < SRR4302537.6322677/94‑1 (MQ=60)
GCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACT > SRR4302537.5333504/1‑94 (MQ=60)
GCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACT > SRR4302537.155042/1‑94 (MQ=60)
GCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACT > SRR4302537.5003837/1‑94 (MQ=60)
GTGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTT < SRR4302537.4596050/94‑1 (MQ=60)
ATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTT > SRR4302537.5186734/1‑94 (MQ=60)
ATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTT > SRR4302537.3736909/1‑94 (MQ=60)
ATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTT > SRR4302537.5706915/1‑94 (MQ=60)
TGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTC > SRR4302537.6454742/1‑94 (MQ=60)
GAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCT < SRR4302537.1879519/94‑1 (MQ=60)
GAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCT < SRR4302537.184740/94‑1 (MQ=60)
GAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCT < SRR4302537.401842/94‑1 (MQ=60)
AGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTG > SRR4302537.5494213/1‑94 (MQ=60)
AGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTG < SRR4302537.1416764/94‑1 (MQ=60)
AGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTG < SRR4302537.5335940/94‑1 (MQ=60)
GCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTGG < SRR4302537.3930610/94‑1 (MQ=60)
GCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTGG < SRR4302537.6448643/94‑1 (MQ=60)
CGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTGGC > SRR4302537.6437956/1‑94 (MQ=60)
GGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTGGCCCACTTTCTGGCG > SRR4302537.6344714/1‑94 (MQ=60)
GGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTGGCG > SRR4302537.1157365/1‑94 (MQ=60)
GGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTGGCGC > SRR4302537.556449/1‑94 (MQ=60)
GGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTGGCGC < SRR4302537.79212/94‑1 (MQ=60)
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CGGGACCGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGTCGATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTGGCGC > NC_000913/3930364‑3930548
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
