Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
744 |
338.8 |
17650688 |
97.8% |
17262372 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,544,360 |
+G |
coding (166/1314 nt) |
gntT → |
gluconate permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,544,358 | 1 | . | G | 99.2%
| 855.4
/ ‑1.5
| 252 | coding (164/1314 nt) | gntT | gluconate permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/2); new base G (141/109); total (141/111) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.93e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
TCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑G‑‑C‑GGACG‑T‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA > NC_000913/3544283‑3544437
|
tCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATGAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGcc > 1:6898828/1‑93 (MQ=255)
tCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGcc < 2:6367591/93‑1 (MQ=255)
tCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGcc > 2:7874799/1‑93 (MQ=255)
cGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCt < 1:1122701/93‑1 (MQ=255)
cGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCt < 1:7033471/93‑1 (MQ=255)
cGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCt < 1:3530686/93‑1 (MQ=255)
tGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCttc > 1:7484291/1‑92 (MQ=255)
gcgcTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGcc < 1:339666/93‑1 (MQ=255)
cgcTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGccc > 2:3652483/1‑93 (MQ=255)
gcTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCt < 2:2040710/93‑1 (MQ=255)
gcTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCt < 2:1726529/93‑1 (MQ=255)
gcTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCt > 1:4823519/1‑93 (MQ=255)
gcTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCt > 2:2577405/1‑93 (MQ=255)
cTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGTCGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTg > 1:7948388/1‑93 (MQ=255)
cTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTTGCCTTGCCCTg > 2:1008849/1‑93 (MQ=255)
cTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTg < 1:3745561/93‑1 (MQ=255)
cTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTg > 2:6605860/1‑93 (MQ=255)
cTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTg > 2:7640849/1‑93 (MQ=255)
cTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTg > 2:1547143/1‑93 (MQ=255)
ttGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGa > 1:8138858/1‑93 (MQ=255)
ttGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGa > 2:6360071/1‑93 (MQ=255)
ttGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGa > 2:116275/1‑93 (MQ=255)
tGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGAt > 1:4130753/1‑93 (MQ=255)
gtGTTTGATTAATGCAAGTAATCCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCa < 2:3455428/92‑1 (MQ=255)
tGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCAt < 2:1442732/93‑1 (MQ=255)
tGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCAt < 1:627221/93‑1 (MQ=255)
tGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCAt > 2:5285763/1‑93 (MQ=255)
tGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCAt < 2:3832721/93‑1 (MQ=255)
gTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATg > 1:5901012/1‑93 (MQ=255)
gTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGGTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGGCTTGCCCTGATCATg > 1:7202386/1‑93 (MQ=255)
ttGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGGCTTGCCCTGATCATgg > 2:3340416/1‑93 (MQ=255)
ttGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATgg < 2:3028291/93‑1 (MQ=255)
tGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATggg < 1:424422/93‑1 (MQ=255)
ggATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGt < 2:4517626/93‑1 (MQ=255)
ggATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGt > 1:178205/1‑93 (MQ=255)
gATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtt < 2:6148814/93‑1 (MQ=255)
ttAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtttt > 1:5955140/1‑93 (MQ=255)
ttAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCAATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtttt > 1:1479646/1‑93 (MQ=255)
tAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCTGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTg < 2:7335540/93‑1 (MQ=255)
tGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGgcg < 1:2889959/93‑1 (MQ=255)
gCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGgcgc > 1:504824/1‑93 (MQ=255)
aaGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCaa < 1:5412833/93‑1 (MQ=255)
aaGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCaa < 2:3138006/93‑1 (MQ=255)
aGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAt > 1:5637416/1‑93 (MQ=255)
aGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAt > 1:2484309/1‑93 (MQ=255)
aGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAt < 1:7792207/93‑1 (MQ=255)
aGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAt < 1:2004114/93‑1 (MQ=255)
ggAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATg > 2:203204/1‑93 (MQ=255)
gAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGc < 2:855434/93‑1 (MQ=255)
gAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGc < 1:4034772/93‑1 (MQ=255)
aTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTg > 1:143147/1‑93 (MQ=255)
aTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTg < 2:2902597/93‑1 (MQ=255)
aTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTg > 1:4488540/1‑93 (MQ=255)
tGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTgg > 2:4570979/1‑93 (MQ=255)
gCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTggg > 2:2600241/1‑93 (MQ=255)
gCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTggg > 2:1821266/1‑93 (MQ=255)
gcGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGc < 1:6956016/92‑1 (MQ=255)
ccGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGAG‑GGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGc < 2:4374142/93‑1 (MQ=255)
cGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCa > 1:2802873/1‑93 (MQ=255)
gCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaa > 1:6388695/1‑93 (MQ=255)
gCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaa > 1:3270703/1‑93 (MQ=255)
gCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaa > 1:8722355/1‑93 (MQ=255)
ggATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAt > 1:3360730/1‑93 (MQ=255)
tAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCt < 2:4276772/93‑1 (MQ=255)
aaaGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTg < 1:1101122/93‑1 (MQ=255)
aaGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTgg > 1:2278749/1‑93 (MQ=255)
aGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGc < 1:4574106/93‑1 (MQ=255)
aTTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAc < 2:1633669/93‑1 (MQ=255)
aTTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAc < 1:2161189/93‑1 (MQ=255)
aTTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAc < 2:433762/93‑1 (MQ=255)
aTTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAc < 2:3482245/93‑1 (MQ=255)
ttGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACt > 2:8806225/1‑93 (MQ=255)
tGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTg > 2:599260/1‑93 (MQ=255)
ggCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGCCTGc > 1:3607799/1‑93 (MQ=255)
ggCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGc < 1:5272446/93‑1 (MQ=255)
gCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCg > 1:5794696/1‑93 (MQ=255)
gCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCg < 1:7546440/93‑1 (MQ=255)
cTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCgg < 2:4789485/93‑1 (MQ=255)
cTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGG‑TTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGt < 2:7562028/93‑1 (MQ=255)
tCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGTCAGACTGCGGt > 1:1710568/1‑93 (MQ=255)
tCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCggg > 1:8074932/1‑92 (MQ=255)
tCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGt < 1:7356873/93‑1 (MQ=255)
tCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGt < 1:6313081/93‑1 (MQ=255)
tCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGt < 2:741942/93‑1 (MQ=255)
tCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGt > 2:3933853/1‑93 (MQ=255)
tCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCCGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGt > 2:7902803/1‑93 (MQ=255)
ccATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTg < 2:4843853/93‑1 (MQ=255)
ccATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTg > 1:3197031/1‑93 (MQ=255)
cATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTgg < 1:675766/93‑1 (MQ=255)
cATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTgg < 2:2131455/93‑1 (MQ=255)
aTCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGgc > 2:1318304/1‑93 (MQ=255)
tCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGgcg > 1:842842/1‑93 (MQ=255)
aaGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGcac > 2:6874302/1‑93 (MQ=255)
aaGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGcac < 1:8529503/93‑1 (MQ=255)
aaGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGcac > 1:2941073/1‑93 (MQ=255)
aGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCTCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGcaca > 1:2470940/1‑93 (MQ=255)
aGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGcaca < 1:3645364/93‑1 (MQ=255)
aGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACG‑CCCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGGGcaca > 2:6973365/1‑93 (MQ=255)
gCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACaa > 2:8099272/1‑93 (MQ=255)
gCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCT‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACaa > 2:8597018/1‑93 (MQ=255)
|
TCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑G‑‑C‑GGACG‑T‑CGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA > NC_000913/3544283‑3544437
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑G‑‑CGG‑‑ACG‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACG > NC_000913/3544283‑3544452
|
TCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCT > SRR4302541.8290263/1‑94 (MQ=60)
CGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTT < SRR4302541.7108237/94‑1 (MQ=60)
CGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTT < SRR4302541.1133274/94‑1 (MQ=60)
CGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTT < SRR4302541.2378182/94‑1 (MQ=60)
CGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTT < SRR4302541.3566250/94‑1 (MQ=60)
TGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGC > SRR4302541.6008870/1‑94 (MQ=60)
GGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCC > SRR4302541.5868356/1‑94 (MQ=60)
GGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCC > SRR4302541.1200463/1‑94 (MQ=60)
GGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCC > SRR4302541.2626408/1‑94 (MQ=60)
GCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCC < SRR4302541.342714/94‑1 (MQ=60)
GCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCC < SRR4302541.8226333/94‑1 (MQ=60)
CGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCT < SRR4302541.3730178/94‑1 (MQ=60)
CGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCT > SRR4302541.4872687/1‑94 (MQ=60)
CGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCT < SRR4302541.775027/94‑1 (MQ=60)
GCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑TCGCTCGGTAGCCTTGCCCTG > SRR4302541.8035946/1‑94 (MQ=60)
GCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTG < SRR4302541.7009874/94‑1 (MQ=60)
CTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGA > SRR4302541.8227915/1‑94 (MQ=60)
CTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGA > SRR4302541.4597455/1‑94 (MQ=60)
CTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGA < SRR4302541.3783256/94‑1 (MQ=60)
TTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGAT > SRR4302541.4171563/1‑94 (MQ=60)
TTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGAT < SRR4302541.7311498/94‑1 (MQ=60)
TTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGAT < SRR4302541.6684662/94‑1 (MQ=60)
GCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCA < SRR4302541.1114593/94‑1 (MQ=60)
GCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCA < SRR4302541.7095702/94‑1 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATG < SRR4302541.633106/94‑1 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATG > SRR4302541.8213963/1‑94 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATG > SRR4302541.5961063/1‑94 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATG > SRR4302541.5428569/1‑94 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGGTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGGCTTGCCCTGATCATG > SRR4302541.7279228/1‑94 (MQ=60)
GTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGG < SRR4302541.7980496/94‑1 (MQ=60)
GTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGG > SRR4302541.6050095/1‑94 (MQ=60)
TTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGG < SRR4302541.7011756/94‑1 (MQ=60)
TTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGG > SRR4302541.1841081/1‑94 (MQ=60)
TGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGT < SRR4302541.428378/94‑1 (MQ=60)
TGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGT > SRR4302541.179546/1‑94 (MQ=60)
GGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTT > SRR4302541.5790615/1‑94 (MQ=60)
GATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTT > SRR4302541.492362/1‑94 (MQ=60)
ATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTT > SRR4302541.6015835/1‑94 (MQ=60)
ATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCAATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTT > SRR4302541.1494177/1‑94 (MQ=60)
TTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTG < SRR4302541.148257/94‑1 (MQ=60)
TTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGATCGGTAGCCTTCCCCTGCTCATGGGTTTTG > SRR4302541.4126555/1‑94 (MQ=60)
AATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGC > SRR4302541.3142578/1‑94 (MQ=60)
ATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCG < SRR4302541.8566955/94‑1 (MQ=60)
ATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCG < SRR4302541.8156644/94‑1 (MQ=60)
TGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGC > SRR4302541.509564/1‑94 (MQ=60)
TGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGC > SRR4302541.162409/1‑94 (MQ=60)
TGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGC < SRR4302541.2918994/94‑1 (MQ=60)
GCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCA > SRR4302541.7915840/1‑94 (MQ=60)
CAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAA > SRR4302541.5343011/1‑94 (MQ=60)
AAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAT > SRR4302541.2055938/1‑94 (MQ=60)
AAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAT > SRR4302541.2509279/1‑94 (MQ=60)
AAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAT > SRR4302541.5695059/1‑94 (MQ=60)
AAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAT < SRR4302541.5468359/94‑1 (MQ=60)
AGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATG < SRR4302541.2023526/94‑1 (MQ=60)
AGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATG < SRR4302541.7875718/94‑1 (MQ=60)
GGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGC > SRR4302541.1627500/1‑94 (MQ=60)
GGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGC > SRR4302541.2220589/1‑94 (MQ=60)
GAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCT < SRR4302541.4074621/94‑1 (MQ=60)
AATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTG > SRR4302541.4533781/1‑94 (MQ=60)
AATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTG < SRR4302541.3459118/94‑1 (MQ=60)
AATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTG > SRR4302541.2859258/1‑94 (MQ=60)
AATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTG > SRR4302541.144245/1‑94 (MQ=60)
ATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGG > SRR4302541.7183212/1‑94 (MQ=60)
ATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGG < SRR4302541.2501501/94‑1 (MQ=60)
GCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCA < SRR4302541.7030184/94‑1 (MQ=60)
CCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCA > SRR4302541.993385/1‑94 (MQ=60)
CCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCA > SRR4302541.2831214/1‑94 (MQ=60)
CGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAA > SRR4302541.8815626/1‑94 (MQ=60)
CGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAA > SRR4302541.3303697/1‑94 (MQ=60)
CGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAA > SRR4302541.3337511/1‑94 (MQ=60)
CGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAA > SRR4302541.6453926/1‑94 (MQ=60)
GCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAA > SRR4302541.6372368/1‑94 (MQ=60)
GCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAA < SRR4302541.3304874/94‑1 (MQ=60)
CTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGGTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAA > SRR4302541.5619422/1‑94 (MQ=60)
TGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAT < SRR4302541.4484987/94‑1 (MQ=60)
TGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAT > SRR4302541.1228625/1‑94 (MQ=60)
TGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAT > SRR4302541.3394265/1‑94 (MQ=60)
GGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATG < SRR4302541.8461439/94‑1 (MQ=60)
GGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATG > SRR4302541.48732/1‑94 (MQ=60)
GATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGC > SRR4302541.74485/1‑94 (MQ=60)
GATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGC < SRR4302541.3423017/94‑1 (MQ=60)
AAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGG < SRR4302541.1111431/94‑1 (MQ=60)
AAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGG > SRR4302541.2300781/1‑94 (MQ=60)
AAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGG < SRR4302541.1783352/94‑1 (MQ=60)
AAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGG > SRR4302541.3631189/1‑94 (MQ=60)
AGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCA < SRR4302541.4620434/94‑1 (MQ=60)
GTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAG > SRR4302541.3437655/1‑94 (MQ=60)
TTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGA > SRR4302541.2923137/1‑94 (MQ=60)
TTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGA < SRR4302541.2013563/94‑1 (MQ=60)
TATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGAACC‑TCGGTAGCCGTCCCCTGCTCACGTGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGTCAGAC > SRR4302541.7325107/1‑94 (MQ=36)
TATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAC < SRR4302541.7573858/94‑1 (MQ=60)
TATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGATTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAC > SRR4302541.4315270/1‑94 (MQ=60)
ATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACT < SRR4302541.2182089/94‑1 (MQ=60)
ATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACT > SRR4302541.2397263/1‑94 (MQ=60)
ATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACT > SRR4302541.4119512/1‑94 (MQ=60)
ATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACT < SRR4302541.6425889/94‑1 (MQ=60)
TGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGCCTGC > SRR4302541.3644379/1‑94 (MQ=60)
TGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGC > SRR4302541.8667772/1‑94 (MQ=60)
GGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCG > SRR4302541.5807290/1‑94 (MQ=60)
GGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCG > SRR4302541.5853575/1‑94 (MQ=60)
GGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCG < SRR4302541.5326762/94‑1 (MQ=60)
GGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCG < SRR4302541.7611914/94‑1 (MQ=60)
GGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCG < SRR4302541.6378261/94‑1 (MQ=60)
GCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGG < SRR4302541.7627090/94‑1 (MQ=60)
GCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGG > SRR4302541.6563861/1‑94 (MQ=60)
CTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGTCAGACTGCGGT > SRR4302541.1727313/1‑94 (MQ=60)
CTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGT < SRR4302541.6884456/94‑1 (MQ=60)
CTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGG > SRR4302541.3880000/1‑94 (MQ=60)
CTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGG > SRR4302541.8163553/1‑94 (MQ=60)
CTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGG > SRR4302541.5893419/1‑94 (MQ=60)
TCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTG > SRR4302541.7523497/1‑94 (MQ=60)
TCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTG < SRR4302541.7435476/94‑1 (MQ=60)
TCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTG < SRR4302541.6377628/94‑1 (MQ=60)
TCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTG > SRR4302541.3229330/1‑94 (MQ=60)
CCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTG < SRR4302541.6057996/94‑1 (MQ=60)
CCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCCAAATGCTGGCAGACTGCGGTGG > SRR4302541.7263877/1‑94 (MQ=60)
CCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGG > SRR4302541.4604693/1‑94 (MQ=60)
CCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGG < SRR4302541.3253331/94‑1 (MQ=60)
CCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGATTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGG > SRR4302541.3582617/1‑94 (MQ=60)
CATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGC > SRR4302541.2943133/1‑94 (MQ=60)
CATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGC < SRR4302541.682145/94‑1 (MQ=60)
ATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCG > SRR4302541.5297785/1‑94 (MQ=60)
ATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCG > SRR4302541.850488/1‑94 (MQ=60)
CAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCA > SRR4302541.270084/1‑94 (MQ=60)
AAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCAC > SRR4302541.3653564/1‑94 (MQ=60)
AAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCAC > SRR4302541.2970652/1‑94 (MQ=60)
AAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCTCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACA > SRR4302541.2495665/1‑94 (MQ=60)
AAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCACTGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACA > SRR4302541.4720664/1‑94 (MQ=60)
AAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACA < SRR4302541.8621260/94‑1 (MQ=60)
AAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACA > SRR4302541.8774148/1‑94 (MQ=60)
AGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA < SRR4302541.3682334/94‑1 (MQ=60)
AGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA > SRR4302541.4176911/1‑94 (MQ=60)
GCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAAC > SRR4302541.4078083/1‑94 (MQ=60)
GCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAAC < SRR4302541.370380/94‑1 (MQ=60)
GG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCAC < SRR4302541.6931168/94‑1 (MQ=60)
GG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCAC > SRR4302541.8261524/1‑94 (MQ=60)
GG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCAC > SRR4302541.3096720/1‑94 (MQ=60)
GG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCAC > SRR4302541.8604510/1‑94 (MQ=60)
G‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACG < SRR4302541.2757142/94‑1 (MQ=60)
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TCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑G‑‑CGG‑‑ACG‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACG > NC_000913/3544283‑3544452
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
