Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
744 |
338.8 |
17650688 |
97.8% |
17262372 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,870,631 |
Δ1 bp |
coding (610/1764 nt) |
dgoA ← |
2‑oxo‑3‑deoxygalactonate 6‑phosphate aldolase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,870,630 | 0 | C | . | 99.7%
| 1606.1
/ ‑3.9
| 345 | coding (611/1764 nt) | dgoA | 2‑oxo‑3‑deoxygalactonate 6‑phosphate aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base . (188/156); total (188/157) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 389 total aligned reads displayed.
CCCAACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCACCTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCTAA > NC_000913/3870538‑3870718
|
cccAACCGACCACGCCTTCATCTGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCAc > 1:3735540/1‑93 (MQ=255)
cccAACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCAc > 2:6519482/1‑93 (MQ=255)
cccAACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCAc > 1:4478960/1‑93 (MQ=255)
ccAACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCAct > 2:4861966/1‑92 (MQ=255)
cAACCGACCACCCCTTCATCTGTTGCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCActg < 2:3987814/93‑3 (MQ=255)
aaCCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCActgc > 1:8133016/1‑90 (MQ=255)
aCCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCActgcc > 1:1120608/1‑89 (MQ=255)
ccGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCct < 1:3387607/93‑1 (MQ=255)
gACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGTTTTTCATTGCA‑CTGCctct > 2:5169691/1‑93 (MQ=255)
aCCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCctctg > 1:1805262/1‑92 (MQ=255)
cACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGa > 2:2631781/1‑93 (MQ=255)
cGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATa > 2:1094882/1‑93 (MQ=255)
cGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATa > 2:460600/1‑93 (MQ=255)
ccTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACg > 2:4275053/1‑93 (MQ=255)
cTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGc > 1:3274199/1‑93 (MQ=255)
ttCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGcc > 2:410638/1‑93 (MQ=255)
ttCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGcc > 1:724219/1‑93 (MQ=255)
tCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCt > 2:3393458/1‑93 (MQ=255)
tCATCGGTTTCAATTTTCAGCAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCt < 2:1585952/93‑1 (MQ=255)
aTCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTa > 1:8758155/1‑93 (MQ=255)
aTCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTa > 1:750099/1‑93 (MQ=255)
tCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtg > 1:4074511/1‑93 (MQ=255)
tCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtg < 1:5195853/93‑1 (MQ=255)
cAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgc < 2:2158319/93‑1 (MQ=255)
cAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgc < 1:3602185/93‑1 (MQ=255)
aaTTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgct < 1:8366315/93‑1 (MQ=255)
aTTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgctg > 2:8171171/1‑93 (MQ=255)
tttCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgctgct < 1:415594/93‑1 (MQ=255)
tttCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgctgct < 2:673040/93‑1 (MQ=255)
ttCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgctgctg < 1:5662364/93‑1 (MQ=255)
ttCAGGAACATCCAGCGGGGAGGGAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgctgctg > 2:4380513/1‑93 (MQ=255)
tCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgctgctgc > 1:6935065/1‑93 (MQ=255)
tCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgctgctgc < 1:8303490/93‑1 (MQ=255)
cAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcc > 1:7615800/1‑93 (MQ=255)
cAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcc < 2:7525024/93‑1 (MQ=255)
aGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcct < 1:5162684/93‑1 (MQ=255)
aGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcct < 2:7398461/93‑1 (MQ=255)
aGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcct > 2:837530/1‑93 (MQ=255)
aGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcct < 2:1297624/93‑1 (MQ=255)
ggAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctg < 1:2527708/93‑1 (MQ=255)
gAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctgc < 2:643970/93‑1 (MQ=255)
aaCATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctgct < 2:5221440/93‑1 (MQ=255)
aTCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTgcg > 1:134026/1‑93 (MQ=255)
tCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTgcgc < 2:2249577/93‑1 (MQ=255)
tCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTgcgc > 1:299921/1‑93 (MQ=255)
cAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCgg > 1:4132044/1‑93 (MQ=255)
aGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGt > 2:556723/1‑93 (MQ=255)
gCGGGGAGGTAGACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTg > 2:8529636/1‑93 (MQ=255)
gCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTg < 2:881350/93‑1 (MQ=255)
cGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTgc < 2:6893835/93‑1 (MQ=255)
ggggAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTgcg > 1:928177/1‑93 (MQ=255)
gggAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTgcgc > 1:505628/1‑93 (MQ=255)
gggAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTgcgc > 2:1616871/1‑93 (MQ=255)
gggAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTgcgc > 1:58747/1‑93 (MQ=255)
ggAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGct < 1:2079609/93‑1 (MQ=255)
ggAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGct > 2:7179908/1‑93 (MQ=255)
aGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCTTTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGctct < 1:7358580/93‑1 (MQ=255)
aGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGctct > 1:5426852/1‑93 (MQ=255)
ggTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTCATTATCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTa < 1:3931484/93‑1 (MQ=255)
aaaCGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACgg > 2:7077268/1‑93 (MQ=255)
aaCGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGa < 2:6249066/93‑1 (MQ=255)
aCGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGAt < 2:5461470/93‑1 (MQ=255)
aCGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGAt > 1:8598001/1‑93 (MQ=255)
cGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGAtt < 1:4393856/93‑1 (MQ=255)
aTACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGc > 2:3223716/1‑93 (MQ=255)
aCGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGccc < 2:6111383/93‑1 (MQ=255)
aCGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGccc < 1:2597440/93‑1 (MQ=255)
cGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCg < 2:2903435/93‑1 (MQ=255)
cGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCg < 2:1451487/93‑1 (MQ=255)
cGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCg > 2:8059035/1‑93 (MQ=255)
cGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCg > 2:2947204/1‑93 (MQ=255)
gTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCgg < 1:242160/93‑1 (MQ=255)
gTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCgg > 1:5352950/1‑93 (MQ=255)
gTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCgg > 2:5350198/1‑93 (MQ=255)
tGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGgc < 2:4726229/93‑1 (MQ=255)
cggcaaTTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGgc > 2:3657510/5‑93 (MQ=255)
ggTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGgcg < 1:3494836/93‑1 (MQ=255)
ggTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGgcg > 2:7780600/1‑93 (MQ=255)
gTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGgcgc > 2:2561785/1‑93 (MQ=255)
tAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGcgcg > 1:65608/1‑93 (MQ=255)
aaTTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGa > 2:7307656/1‑93 (MQ=255)
aTTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGAt > 2:1236035/1‑93 (MQ=255)
ttttGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATa > 1:1023825/1‑93 (MQ=255)
ttttGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATa < 1:2778456/93‑1 (MQ=255)
ttttGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATa > 1:6006410/1‑93 (MQ=255)
ttttGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATa < 1:6269023/93‑1 (MQ=255)
ttttGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATa > 2:2382799/1‑93 (MQ=255)
ttGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATaga > 1:4094277/1‑93 (MQ=255)
ggTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAgaga < 1:1238554/93‑1 (MQ=255)
gTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGAt < 1:4226538/93‑1 (MQ=255)
gTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGAt < 1:7716887/93‑1 (MQ=255)
ttttCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCt > 2:6644636/1‑93 (MQ=255)
ttCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGc > 2:5870192/1‑93 (MQ=255)
ttCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGc < 2:1898387/93‑1 (MQ=255)
tCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGcc < 1:1650714/93‑1 (MQ=255)
tCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGcc < 1:2227211/93‑1 (MQ=255)
aTTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCTa < 2:5029991/93‑1 (MQ=255)
aTTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCTa < 1:6823057/93‑1 (MQ=255)
ttGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCTaa < 1:4710494/93‑1 (MQ=255)
ttGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCTaa < 2:343578/93‑1 (MQ=255)
|
CCCAACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCACCTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCTAA > NC_000913/3870538‑3870718
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 202 total aligned reads displayed.
CCCAACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCACCTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCTAAGCCCGC > NC_000913/3870538‑3870724
|
CCCAACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCACT < SRR4302541.41231/94‑1 (MQ=60)
CCCAACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCACT > SRR4302541.5170530/1‑94 (MQ=60)
CCCAACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCACT < SRR4302541.1757277/94‑1 (MQ=60)
CAACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGC > SRR4302541.5459779/1‑94 (MQ=60)
CAACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGC < SRR4302541.1234884/94‑1 (MQ=60)
CAACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGC > SRR4302541.8222034/1‑94 (MQ=60)
CAACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGC < SRR4302541.4468818/94‑1 (MQ=60)
AACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCC > SRR4302541.1131154/1‑94 (MQ=60)
ACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCT > SRR4302541.8420804/1‑94 (MQ=60)
CCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTC < SRR4302541.3421394/94‑1 (MQ=60)
CCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTC > SRR4302541.2773175/1‑94 (MQ=60)
CGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCT > SRR4302541.4029558/1‑94 (MQ=60)
CGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCT < SRR4302541.2979789/94‑1 (MQ=60)
GACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTG > SRR4302541.1822793/1‑94 (MQ=60)
ACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCG > SRR4302541.2804530/1‑94 (MQ=60)
ACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCG > SRR4302541.7438135/1‑94 (MQ=60)
ACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCG < SRR4302541.4420123/94‑1 (MQ=60)
ACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCG > SRR4302541.223551/1‑94 (MQ=60)
ACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCG > SRR4302541.2255594/1‑94 (MQ=60)
CCGCGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGA < SRR4302541.1134397/94‑1 (MQ=60)
CCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGA > SRR4302541.8380149/1‑94 (MQ=60)
CCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGA > SRR4302541.420550/1‑94 (MQ=60)
CCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGA > SRR4302541.420325/1‑94 (MQ=60)
CCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGA > SRR4302541.2854470/1‑94 (MQ=60)
CCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGA > SRR4302541.6039634/1‑94 (MQ=60)
CCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGA > SRR4302541.8380150/1‑94 (MQ=60)
CACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGAT > SRR4302541.4950567/1‑94 (MQ=60)
CACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGAT > SRR4302541.511024/1‑94 (MQ=60)
CGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATAC < SRR4302541.7548281/94‑1 (MQ=60)
CGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATAC < SRR4302541.761146/94‑1 (MQ=60)
CGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATAC > SRR4302541.7632190/1‑94 (MQ=60)
CGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATAC > SRR4302541.8694387/1‑94 (MQ=60)
GCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACG < SRR4302541.3398132/94‑1 (MQ=60)
GCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACG > SRR4302541.3582577/1‑94 (MQ=60)
CCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGC > SRR4302541.3307228/1‑94 (MQ=60)
CCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGC > SRR4302541.320718/1‑94 (MQ=60)
CCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGC > SRR4302541.2830901/1‑94 (MQ=60)
CTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCC > SRR4302541.731071/1‑94 (MQ=60)
CATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTA > SRR4302541.5100000/1‑94 (MQ=60)
CATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTA < SRR4302541.8869458/94‑1 (MQ=60)
CATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTA > SRR4302541.8851839/1‑94 (MQ=60)
CATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTA > SRR4302541.1294982/1‑94 (MQ=60)
CATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTA > SRR4302541.757188/1‑94 (MQ=60)
CATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTA < SRR4302541.8869457/94‑1 (MQ=60)
ATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAA < SRR4302541.3555694/94‑1 (MQ=60)
CGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACA < SRR4302541.4167331/94‑1 (MQ=60)
CGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACA > SRR4302541.6365074/1‑94 (MQ=60)
CGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACA < SRR4302541.6293260/94‑1 (MQ=60)
CGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACA < SRR4302541.592993/94‑1 (MQ=60)
GGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATCCGCCTTcacca > SRR4302541.6789720/1‑89 (MQ=60)
GTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAA > SRR4302541.7528828/1‑94 (MQ=60)
TTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATG > SRR4302541.4114731/1‑94 (MQ=60)
TTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATG > SRR4302541.4114730/1‑94 (MQ=60)
TCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGC < SRR4302541.5796687/94‑1 (MQ=60)
TCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGC < SRR4302541.5249327/94‑1 (MQ=60)
GCAATTGTCAGGAACATCCAGCGGGTAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGC < SRR4302541.463658/94‑1 (MQ=60)
TAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCT < SRR4302541.427122/94‑1 (MQ=60)
CAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCT < SRR4302541.3638708/94‑1 (MQ=60)
CAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCT > SRR4302541.3113640/1‑94 (MQ=60)
CAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCT < SRR4302541.5321640/94‑1 (MQ=60)
AATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTG < SRR4302541.5523398/94‑1 (MQ=60)
AATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTG < SRR4302541.8457026/94‑1 (MQ=60)
AATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTG < SRR4302541.4871871/94‑1 (MQ=60)
AATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTG < SRR4302541.524320/94‑1 (MQ=60)
AATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTG < SRR4302541.5526509/94‑1 (MQ=60)
AATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGCAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTG > SRR4302541.3839444/1‑94 (MQ=60)
ATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGC > SRR4302541.5762022/1‑94 (MQ=60)
ATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGCAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGAATTTCATTTCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGC > SRR4302541.8568597/1‑94 (MQ=60)
TTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCT < SRR4302541.6556188/94‑1 (MQ=60)
TTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTG < SRR4302541.8809585/94‑1 (MQ=60)
TTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTG > SRR4302541.6978487/1‑94 (MQ=60)
TTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTG < SRR4302541.419450/94‑1 (MQ=60)
TTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTG < SRR4302541.6208159/94‑1 (MQ=60)
TTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTG < SRR4302541.1109076/94‑1 (MQ=60)
TTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTCGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTG < SRR4302541.3881893/94‑1 (MQ=60)
TTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGC > SRR4302541.30591/1‑94 (MQ=60)
TTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGC < SRR4302541.5720187/94‑1 (MQ=60)
TTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGC > SRR4302541.2506426/1‑94 (MQ=60)
TTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGC > SRR4302541.7009056/1‑94 (MQ=60)
TTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGC < SRR4302541.6975856/94‑1 (MQ=60)
TCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCC < SRR4302541.8393766/94‑1 (MQ=60)
TCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCC > SRR4302541.7697153/1‑94 (MQ=60)
CAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCT < SRR4302541.593408/94‑1 (MQ=60)
CAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCT > SRR4302541.4184692/1‑94 (MQ=60)
AGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTCACAAATGCTGCTGCCTG > SRR4302541.342028/1‑94 (MQ=60)
AGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTG < SRR4302541.5215803/94‑1 (MQ=60)
AGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTG < SRR4302541.1877010/94‑1 (MQ=60)
GGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGC < SRR4302541.2553121/94‑1 (MQ=60)
GAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCT > SRR4302541.7720572/1‑94 (MQ=60)
AACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTG < SRR4302541.730021/94‑1 (MQ=60)
CATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCG > SRR4302541.6381110/1‑94 (MQ=60)
CATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCG > SRR4302541.135073/1‑94 (MQ=60)
ATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGC < SRR4302541.2119038/94‑1 (MQ=60)
ATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGC > SRR4302541.7070238/1‑94 (MQ=60)
ATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGC > SRR4302541.302550/1‑94 (MQ=60)
TCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCG > SRR4302541.364485/1‑94 (MQ=60)
CCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGG > SRR4302541.4172861/1‑94 (MQ=60)
CCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGG > SRR4302541.4172860/1‑94 (MQ=60)
CCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGG > SRR4302541.1968087/1‑94 (MQ=60)
CAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGT < SRR4302541.8229034/94‑1 (MQ=60)
AGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTG < SRR4302541.4730589/94‑1 (MQ=60)
GCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGC < SRR4302541.7344326/94‑1 (MQ=60)
CGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCG < SRR4302541.2587648/94‑1 (MQ=60)
CGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCG > SRR4302541.5463256/1‑94 (MQ=60)
CGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCG > SRR4302541.936919/1‑94 (MQ=60)
CGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCG > SRR4302541.7793102/1‑94 (MQ=60)
GGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGC > SRR4302541.510372/1‑94 (MQ=60)
GGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGC > SRR4302541.59219/1‑94 (MQ=60)
GGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGC > SRR4302541.3442112/1‑94 (MQ=60)
GGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTC < SRR4302541.2099735/94‑1 (MQ=60)
GAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCT > SRR4302541.5482531/1‑94 (MQ=60)
GAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCT > SRR4302541.8068311/1‑94 (MQ=60)
GAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCT > SRR4302541.5449892/1‑94 (MQ=60)
GAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCT < SRR4302541.5393182/94‑1 (MQ=60)
AGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCTTTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTA < SRR4302541.7437205/94‑1 (MQ=60)
AGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTA < SRR4302541.2662216/94‑1 (MQ=60)
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GGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTCATTATCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTAC < SRR4302541.3970647/94‑1 (MQ=60)
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GTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACG < SRR4302541.6971349/94‑1 (MQ=60)
GTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACG < SRR4302541.7885158/94‑1 (MQ=60)
AAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGT > SRR4302541.4215685/1‑94 (MQ=60)
AAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGA > SRR4302541.4186424/1‑94 (MQ=60)
AAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGA > SRR4302541.4726435/1‑94 (MQ=60)
AACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGAT > SRR4302541.8690246/1‑94 (MQ=60)
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AACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGAT > SRR4302541.7329502/1‑94 (MQ=60)
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CGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTC > SRR4302541.6853808/1‑94 (MQ=60)
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GATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGC > SRR4302541.1933086/1‑94 (MQ=60)
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CGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGG > SRR4302541.4150549/1‑94 (MQ=60)
CGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGG > SRR4302541.5407952/1‑94 (MQ=60)
CGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGG > SRR4302541.5240457/1‑94 (MQ=60)
CGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGG > SRR4302541.3356140/1‑94 (MQ=60)
GTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGC < SRR4302541.244089/94‑1 (MQ=60)
GTGGTAATCTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGC > SRR4302541.1354999/1‑94 (MQ=60)
TGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCG > SRR4302541.5357941/1‑94 (MQ=60)
TGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCG < SRR4302541.249849/94‑1 (MQ=60)
TGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGAGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCG > SRR4302541.439180/1‑94 (MQ=60)
GGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGC > SRR4302541.8518117/1‑94 (MQ=60)
GGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGC < SRR4302541.3529869/94‑1 (MQ=60)
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GTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCG > SRR4302541.66148/1‑94 (MQ=60)
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AATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGAT > SRR4302541.1306558/1‑94 (MQ=60)
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TTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAG < SRR4302541.1332816/94‑1 (MQ=60)
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|
CCCAACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCACCTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCTAAGCCCGC > NC_000913/3870538‑3870724
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
