Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
744 |
338.8 |
17650688 |
97.8% |
17262372 |
93.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 203 total aligned reads displayed.
CGTTATTTATAATGGCGAAATTTATAATCAGGAACTCACCGAAGTTGCTGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTCGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCAGATGGTAAAAAAGATCCACAACGGCGGCAAATTGAAAAATTAA > NC_000913/3858293‑3858477
|
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ATGGCGAAATTTATAATCAGGAACTCACCGAAGTTGCTGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTCGCTTTTCTGAC < SRR4302541.120347/94‑1 (MQ=60)
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GAACTCACCGAAGTTGCTGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGA < SRR4302541.327983/94‑1 (MQ=60)
GAACTCACCGAAGTTGCTGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTCGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGA < SRR4302541.2141322/94‑1 (MQ=60)
GAACTCACCGAAGTTGCTGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTCGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGA > SRR4302541.4886923/1‑94 (MQ=60)
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CTCACCGAAGTTGCTGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTCGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTT < SRR4302541.2798867/94‑1 (MQ=60)
TCACCGAAGTTGCTGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTCGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTG > SRR4302541.8468377/1‑94 (MQ=60)
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CACCGAAGTTGCTGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGT > SRR4302541.3398774/1‑94 (MQ=60)
CACCGAAGTTGCTGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGT < SRR4302541.3223102/94‑1 (MQ=60)
CACCGAAGTTGCTGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGT > SRR4302541.2280665/1‑94 (MQ=60)
CACCGAAGTTGCTGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGT > SRR4302541.8278499/1‑94 (MQ=60)
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ACCGAAGTTGCTGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTCGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTC < SRR4302541.6307467/94‑1 (MQ=60)
CCGAAGTTGCTGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTCGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCT < SRR4302541.8331553/94‑1 (MQ=60)
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CGAAGTTGCTGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTT > SRR4302541.8765550/1‑94 (MQ=60)
CGAAGTTGCTGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTCCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTT < SRR4302541.2435171/94‑1 (MQ=60)
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AAGTTGCTGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTAT > SRR4302541.3147899/1‑94 (MQ=60)
AGTTGCTGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTCGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATG > SRR4302541.7386753/1‑94 (MQ=60)
GTTGCTGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGT < SRR4302541.5963982/94‑1 (MQ=60)
GTTGCTGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTCGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGT > SRR4302541.7161649/1‑94 (MQ=60)
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GCTGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACG < SRR4302541.4184031/94‑1 (MQ=60)
CTGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGTATTTGTCTTATGTACGC > SRR4302541.7918573/1‑94 (MQ=60)
CTGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGC > SRR4302541.2255225/1‑94 (MQ=60)
CTGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTCGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGC > SRR4302541.4450750/1‑94 (MQ=60)
TGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCA < SRR4302541.747935/94‑1 (MQ=60)
TGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCA < SRR4302541.2547280/94‑1 (MQ=60)
AGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCAGA > SRR4302541.3241896/1‑94 (MQ=60)
GTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCAGAT < SRR4302541.4782934/94‑1 (MQ=60)
TTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTCGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCAGATG > SRR4302541.4251662/1‑94 (MQ=60)
TAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAGATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCAGATGG > SRR4302541.521208/1‑94 (MQ=60)
AATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCAGATGGT < SRR4302541.6147720/94‑1 (MQ=60)
AATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCAGATGGT < SRR4302541.6147721/94‑1 (MQ=60)
AATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCAGATGGT < SRR4302541.6171866/94‑1 (MQ=60)
AATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCAGATGGA > SRR4302541.913837/1‑94 (MQ=60)
AATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTCGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCAGATGGT > SRR4302541.6698079/1‑94 (MQ=60)
ATAACTTCACCAGAAGCAACAAAAAATAATCTGGCAGTCGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCAGATGGTA < SRR4302541.5294222/94‑1 (MQ=60)
AACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATATTCTGGCAGTCGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCAGATGGTAAA > SRR4302541.2127624/1‑94 (MQ=60)
AACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCAGATGGTAAA > SRR4302541.4782636/1‑94 (MQ=60)
AACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCAGATGGTAAA > SRR4302541.4782635/1‑94 (MQ=60)
AACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCAGATGGTAAA > SRR4302541.3092261/1‑94 (MQ=60)
AACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCAGATGGTAAA < SRR4302541.3434418/94‑1 (MQ=60)
AACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTCGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCAGATGGTAAA < SRR4302541.5527300/94‑1 (MQ=60)
ACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCAGATGGTAAAA < SRR4302541.1739413/94‑1 (MQ=60)
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TCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCAGATGGTAAAAAAG < SRR4302541.2143411/94‑1 (MQ=60)
TCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCAGATGGTAAAAAAG > SRR4302541.2190831/1‑94 (MQ=60)
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TCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCAGATGGTAAAAAAG > SRR4302541.4760022/1‑94 (MQ=60)
TCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCAGATGGTAAAAAAG > SRR4302541.84264/1‑94 (MQ=60)
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AGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTCGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCAGATGGTAAAAAAGATCCA > SRR4302541.2677738/1‑94 (MQ=60)
GAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCAGATGGTAAAAAAGATCCAC < SRR4302541.1247443/94‑1 (MQ=60)
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AAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCAGATGGTAAAAAAGATCCACA < SRR4302541.4863192/94‑1 (MQ=60)
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AAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTTGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCAGATGGTAAAAAAGATCCACA > SRR4302541.4384593/1‑94 (MQ=60)
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CGTTATTTATAATGGCGAAATTTATAATCAGGAACTCACCGAAGTTGCTGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCAGTCGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCAGATGGTAAAAAAGATCCACAACGGCGGCAAATTGAAAAATTAA > NC_000913/3858293‑3858477
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
