Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
884 |
257.2 |
12958910 |
96.9% |
12557183 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,718,123 |
T→C |
E36G (GAG→GGG) |
yiaZ ← |
putative membrane permeability altering protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,718,123 | 0 | T | C | 100.0%
| 559.9
/ NA
| 159 | E36G (GAG→GGG) | yiaZ | putative membrane permeability altering protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (97/62); total (97/62) |
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
GCAACGCCGTAAGTAAGGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCTCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTAAAGAAAGTAAT > NC_000913/3718033‑3718212
|
gcAACGCCGTAAGTAAGGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTcccc > 1:35031/1‑93 (MQ=255)
gcAACGCCGTAAGTAAGGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTcccc > 2:3589098/1‑93 (MQ=255)
cAACGCCGTAAGTAAGGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCt > 2:329109/1‑93 (MQ=255)
aaCGCCGTAAGTAAGGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTg > 1:2292115/1‑93 (MQ=255)
gCCGTAAGTAAGGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGttt > 1:4436329/1‑93 (MQ=255)
gCCGTAAGTAAGGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGttt < 1:2055972/93‑1 (MQ=255)
gCCGTAAGTAAGGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGttt > 2:1452387/1‑93 (MQ=255)
cGTAAGTAAGGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTaa > 1:4708292/1‑93 (MQ=255)
cGTAAGTAAGGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTaa < 2:4870885/93‑1 (MQ=255)
taagtaagGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAata > 1:14517/1‑93 (MQ=255)
taagtaagGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAata < 1:5851463/93‑1 (MQ=255)
aagtaagGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAatat > 1:4257997/1‑93 (MQ=255)
gtaagGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGc < 2:2732242/93‑1 (MQ=255)
gtaagGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGc > 1:5687203/1‑93 (MQ=255)
aagGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCaa < 2:322223/93‑1 (MQ=255)
aagGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCaa > 2:1639023/1‑93 (MQ=255)
agGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAAt > 2:4082351/1‑93 (MQ=255)
agGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAAt < 2:133729/93‑1 (MQ=255)
ggCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAAtt > 1:1215368/1‑93 (MQ=255)
gggAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTcac < 1:6436188/93‑1 (MQ=255)
gAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTcacac < 1:1618310/93‑1 (MQ=255)
aataatTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTcacaca > 1:741997/1‑93 (MQ=255)
aataatTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTcacaca < 2:5697884/93‑1 (MQ=255)
aatTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTg > 1:3702862/1‑93 (MQ=255)
aatTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTg > 2:482702/1‑93 (MQ=255)
atTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGa > 2:3614226/1‑93 (MQ=255)
ttCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAAt > 2:4682927/1‑93 (MQ=255)
ttCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAAt > 2:86936/1‑93 (MQ=255)
tCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAAtc > 1:1972159/1‑93 (MQ=255)
tCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAAtc < 2:1749453/93‑1 (MQ=255)
cccGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAAtct > 2:4292999/1‑93 (MQ=255)
cgccgAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATctct < 1:2396923/93‑1 (MQ=255)
cgccgAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATctct < 1:3270714/93‑1 (MQ=255)
ccgAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTa < 2:598257/93‑1 (MQ=255)
ccgAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTa < 1:501472/93‑1 (MQ=255)
cgAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTat < 1:4794096/93‑1 (MQ=255)
gAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTatc > 1:5678231/1‑93 (MQ=255)
gAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTatc > 2:4842908/1‑93 (MQ=255)
gAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTatc > 2:1022982/1‑93 (MQ=255)
gAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTatc > 2:4571994/1‑93 (MQ=255)
gAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTatc < 2:4759944/93‑1 (MQ=255)
gAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTatc > 2:2432755/1‑93 (MQ=255)
aaGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTatca > 2:5101917/1‑93 (MQ=255)
aGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTatcat > 2:3755756/1‑93 (MQ=255)
gACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTatcatc < 2:3365899/93‑1 (MQ=255)
gACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTatcatc > 2:6353453/1‑93 (MQ=255)
tcttactcttTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACATAGTGAATCTCTTATCATCCAg < 1:4090938/93‑1 (MQ=255)
tcttactcttTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAg < 1:1706952/93‑1 (MQ=255)
tactcttTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGta > 1:6311994/1‑92 (MQ=255)
tactcttTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTg > 2:4206602/1‑93 (MQ=255)
actcttTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGa > 1:4953902/1‑93 (MQ=255)
tcttTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGaaa > 2:1515175/1‑93 (MQ=255)
tttCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCGTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGaaaaa > 2:3449107/1‑93 (MQ=255)
tttCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAGTTCACACAGTGAATCTCTTATCATCGAAGTGaaaaa > 2:1063988/1‑93 (MQ=255)
tttCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGaaaaa > 1:2071511/1‑93 (MQ=255)
ttCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAAt > 1:2266080/1‑93 (MQ=255)
ttCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAAt < 2:3017197/93‑1 (MQ=255)
aaTTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATaaa > 1:3490922/1‑93 (MQ=255)
tttGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAg < 2:3159934/93‑1 (MQ=255)
attGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAg < 2:5241336/92‑1 (MQ=255)
gCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGt > 2:2878734/1‑93 (MQ=255)
gCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGaaa > 2:4380490/1‑93 (MQ=255)
cTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAAc < 1:2242469/93‑1 (MQ=255)
tAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACa > 2:1394040/1‑93 (MQ=255)
tAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACa > 2:3457797/1‑93 (MQ=255)
aaaaaCGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACaa > 1:6140516/1‑93 (MQ=255)
aaaaCGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATaaa > 1:2537091/1‑80 (MQ=255)
aaaaCGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACaaa < 2:4931749/93‑1 (MQ=255)
aaaCGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAAt < 2:4632434/93‑1 (MQ=255)
aaaCGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAAt > 2:1692969/1‑93 (MQ=255)
aaCGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATc < 2:3865480/93‑1 (MQ=255)
aCGCCGCCAGCTCATAGCTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCa < 1:6450958/93‑1 (MQ=255)
gccgccAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATCAAAGCGTGAAACAAATCACt > 1:3084293/1‑93 (MQ=255)
gccgccAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACt < 1:5394970/93‑1 (MQ=255)
gccgccAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACt < 2:4354006/93‑1 (MQ=255)
ccgccAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTa > 2:5792381/1‑93 (MQ=255)
ccgccAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTa < 1:4771943/93‑1 (MQ=255)
gccAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTAtt < 2:185739/93‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTa > 2:3905973/1‑93 (MQ=255)
ccAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTa > 1:4063322/1‑93 (MQ=255)
cAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTaa < 1:6443937/93‑1 (MQ=255)
cAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTaa > 1:6052533/1‑93 (MQ=255)
aGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTaaa > 1:2094268/1‑93 (MQ=255)
aGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTaaa > 1:5055259/1‑93 (MQ=255)
gCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTaaag > 1:1628290/1‑93 (MQ=255)
gCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTaaag > 2:500135/1‑93 (MQ=255)
cTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTaaaga < 2:1601447/93‑1 (MQ=255)
cTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTaaaga > 1:310235/1‑93 (MQ=255)
cTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTaaaga > 2:2208080/1‑93 (MQ=255)
tCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTaaagaa < 1:6267406/93‑1 (MQ=255)
tCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTaaagaa > 1:6019849/1‑93 (MQ=255)
tCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTaaagaa > 2:2632670/1‑93 (MQ=255)
cATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTaaagaaa > 2:6379839/1‑93 (MQ=255)
aTAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTaaagaaag < 1:4372381/93‑1 (MQ=255)
aaCTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTAAAGAAAGTa > 1:2106579/1‑93 (MQ=255)
aaCTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTAAAGAAAGTa > 1:2564515/1‑93 (MQ=255)
aaCTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTAAAGAAAGTa > 2:5321123/1‑93 (MQ=255)
aaCTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTAAAGAAAGTa > 2:5373023/1‑93 (MQ=255)
aCTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTAAAGAAAGTaa > 1:2773419/1‑93 (MQ=255)
ctccCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTAAAGAAAGTAAt > 2:3730868/1‑93 (MQ=255)
|
GCAACGCCGTAAGTAAGGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCTCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTAAAGAAAGTAAT > NC_000913/3718033‑3718212
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CGCAACGCCGTAAGTAAGGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCTCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTAAAGAAAGTAATCT > NC_000913/3718032‑3718214
|
CGCAACGCCGTAAGTAAGGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCC > SRR4302534.35954/1‑94 (MQ=60)
GCAACGCCGTAAGTAAGGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCT < SRR4302534.3227233/94‑1 (MQ=60)
CAACGCCGTAAGTAAGGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTG > SRR4302534.2352950/1‑94 (MQ=60)
CAACGCCGTAAGTAAGGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTG < SRR4302534.659995/94‑1 (MQ=60)
AACGCCGTAAGTAAGGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGT > SRR4302534.5089699/1‑94 (MQ=60)
CGCCGTAAGTAAGGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTT > SRR4302534.4556121/1‑94 (MQ=60)
GCCGTAAGTAAGGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTA < SRR4302534.2109682/94‑1 (MQ=60)
CCGTAAGTAAGGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAA > SRR4302534.4836118/1‑94 (MQ=60)
GTAAGTAAGGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATA > SRR4302534.14905/1‑94 (MQ=60)
TAAGTAAGGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATAT < SRR4302534.6010346/94‑1 (MQ=60)
TAAGTAAGGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATAT > SRR4302534.4372950/1‑94 (MQ=60)
AGTAAGGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGC > SRR4302534.5841216/1‑94 (MQ=60)
AGTAAGGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGC > SRR4302534.3679656/1‑94 (MQ=60)
AAGGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAAT > SRR4302534.6222965/1‑94 (MQ=60)
AGGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATT < SRR4302534.5875542/94‑1 (MQ=60)
AGGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATT > SRR4302534.1247353/1‑94 (MQ=60)
GGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACA < SRR4302534.2124766/94‑1 (MQ=60)
GGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACA < SRR4302534.6609665/94‑1 (MQ=60)
GAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACA > SRR4302534.760383/1‑94 (MQ=60)
GAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACA < SRR4302534.1660533/94‑1 (MQ=60)
ATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGT > SRR4302534.4391843/1‑94 (MQ=60)
TAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTG > SRR4302534.3802402/1‑94 (MQ=60)
TTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATC > SRR4302534.2023784/1‑94 (MQ=60)
CGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTT < SRR4302534.2460614/94‑1 (MQ=60)
CGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTT < SRR4302534.3357838/94‑1 (MQ=60)
CCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTAT < SRR4302534.513959/94‑1 (MQ=60)
CGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATC > SRR4302534.5831964/1‑94 (MQ=60)
CGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATC < SRR4302534.4924263/94‑1 (MQ=60)
GAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCA < SRR4302534.6059678/94‑1 (MQ=60)
GAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCA < SRR4302534.4770610/94‑1 (MQ=60)
GAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCA > SRR4302534.677465/1‑94 (MQ=60)
GACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCC < SRR4302534.3504048/94‑1 (MQ=60)
TCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACATAGTGAATCTCTTATCATCCAGG < SRR4302534.4200852/94‑1 (MQ=60)
TCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGG < SRR4302534.1751318/94‑1 (MQ=60)
TCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGG > SRR4302534.2451427/1‑94 (MQ=60)
CTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGG > SRR4302534.5258442/1‑94 (MQ=60)
TTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTA > SRR4302534.6482627/1‑94 (MQ=60)
TACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGA > SRR4302534.5088076/1‑94 (MQ=60)
CTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAA > SRR4302534.4370322/1‑94 (MQ=60)
CTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAA > SRR4302534.5016385/1‑94 (MQ=60)
TCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAA < SRR4302534.4030946/94‑1 (MQ=60)
CTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAA > SRR4302534.2125705/1‑94 (MQ=60)
TTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAAT > SRR4302534.1657226/1‑94 (MQ=60)
TTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAAT > SRR4302534.2326176/1‑94 (MQ=60)
TTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATA < SRR4302534.4873865/94‑1 (MQ=60)
CAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAA > SRR4302534.3584750/1‑94 (MQ=60)
CAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAA > SRR4302534.2287422/1‑94 (MQ=60)
TTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGC < SRR4302534.1696895/94‑1 (MQ=60)
GCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTG > SRR4302534.2305275/1‑94 (MQ=60)
GCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTG < SRR4302534.2486305/94‑1 (MQ=60)
CTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACA < SRR4302534.2301892/94‑1 (MQ=60)
TAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAA > SRR4302534.6307529/1‑94 (MQ=60)
AAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAaatctatagatc > SRR4302534.2604412/1‑82 (MQ=60)
AAACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATC < SRR4302534.6330592/94‑1 (MQ=60)
AACGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCA > SRR4302534.2827117/1‑94 (MQ=60)
ACGCCGCCAGCTCATAGCTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCAC < SRR4302534.6624802/94‑1 (MQ=60)
CGCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATCAAAGCGTGAAACAAATCACT > SRR4302534.3165334/1‑94 (MQ=60)
GCCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTA < SRR4302534.5540229/94‑1 (MQ=60)
CCGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTAT < SRR4302534.4901510/94‑1 (MQ=60)
CGCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATT > SRR4302534.651077/1‑94 (MQ=60)
GCCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTA > SRR4302534.4172336/1‑94 (MQ=60)
CCAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTAA > SRR4302534.6217118/1‑94 (MQ=60)
CAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTAAA > SRR4302534.5191795/1‑94 (MQ=60)
CAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTAAA < SRR4302534.6617589/94‑1 (MQ=60)
CAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTAAA > SRR4302534.2149203/1‑94 (MQ=60)
CAGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTAAA < SRR4302534.1923770/94‑1 (MQ=60)
AGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTAAAG > SRR4302534.30063/1‑94 (MQ=60)
AGCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTAAAG > SRR4302534.1670763/1‑94 (MQ=60)
GCTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTAAAGA > SRR4302534.318243/1‑94 (MQ=60)
CTCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTAAAGAA > SRR4302534.6183441/1‑94 (MQ=60)
TCATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTAAAGAAA < SRR4302534.6437126/94‑1 (MQ=60)
CATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTAAAGAAAG < SRR4302534.5696655/94‑1 (MQ=60)
ATAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTAAAGAAAGT < SRR4302534.4490211/94‑1 (MQ=60)
TAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTAAAGAAAGTA > SRR4302534.2161924/1‑94 (MQ=60)
TAACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTAAAGAAAGTA > SRR4302534.2632486/1‑94 (MQ=60)
AACTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTAAAGAAAGTAA > SRR4302534.2846396/1‑94 (MQ=60)
CTCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTAAAGAAAGTAATC < SRR4302534.2134805/94‑1 (MQ=60)
TCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTAAAGAAAGTAATCT < SRR4302534.1983773/94‑1 (MQ=60)
TCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTAAAGAAAGTAATCT > SRR4302534.4550220/1‑94 (MQ=60)
TCCCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTAAAGAAAGTAATCT > SRR4302534.1700626/1‑94 (MQ=60)
|
CGCAACGCCGTAAGTAAGGCGGGAATAATTTCCCGCCGAAGACTCTTACTCTTTCAATTTGCAGGCTAAAAACGCCGCCAGCTCATAACTCTCCTGTTTAATATGCAATTCACACAGTGAATCTCTTATCATCCAGGTGAAAAATAAAAGCGTGAAACAAATCACTATTAAAGAAAGTAATCT > NC_000913/3718032‑3718214
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
