Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
884 |
257.2 |
12958910 |
96.9% |
12557183 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,882,952 |
T→C |
L83P (CTG→CCG) |
yidC → |
60 KD inner‑membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,882,952 | 0 | T | C | 100.0%
| 895.6
/ NA
| 257 | L83P (CTG→CCG) | yidC | 60 KD inner‑membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (117/140); total (117/140) |
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
CGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCG > NC_000913/3882862‑3883041
|
ggCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTccgct > 1:1793696/1‑93 (MQ=255)
gCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTccgctg > 1:5028068/1‑93 (MQ=255)
gCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTccgctg > 1:6160705/1‑93 (MQ=255)
ccAGAGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCcgctgc > 2:1522532/1‑93 (MQ=255)
aGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGcttcct < 1:158597/93‑1 (MQ=255)
tGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGctgcctgc < 2:3973777/93‑1 (MQ=255)
ggCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCt < 1:1081058/93‑1 (MQ=255)
ggCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCt < 2:195774/93‑1 (MQ=255)
ggCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCt < 1:2754049/93‑1 (MQ=255)
gcaaGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCtt < 1:2231266/90‑1 (MQ=255)
ccAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTa > 2:4299926/1‑93 (MQ=255)
cAGGGTAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTAc < 1:3656370/93‑1 (MQ=255)
aGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTAcc > 1:565026/1‑93 (MQ=255)
ggggAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTAccc > 2:2440145/1‑93 (MQ=255)
ggggAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTAccc > 1:5723926/1‑93 (MQ=255)
ggggAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTAccc > 2:1312952/1‑93 (MQ=255)
gAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGaa > 2:4502958/1‑93 (MQ=255)
gAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGaa < 1:1854283/93‑1 (MQ=255)
gAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGaa < 2:5729634/93‑1 (MQ=255)
aaCTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAag > 2:2894141/1‑93 (MQ=255)
tGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGc < 2:4190221/93‑1 (MQ=255)
aTCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTg > 1:1880799/1‑93 (MQ=255)
tctcGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGa < 2:4796656/93‑1 (MQ=255)
tcGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAAc < 2:4402103/93‑1 (MQ=255)
ggTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACGCCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAActc < 2:836606/93‑1 (MQ=255)
gTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAActct < 2:3063198/93‑1 (MQ=255)
ttAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTa < 2:5244708/93‑1 (MQ=255)
tAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTAc < 2:3252959/93‑1 (MQ=255)
aaGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTAcc < 1:446727/93‑1 (MQ=255)
aGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTAccc < 1:4004445/93‑1 (MQ=255)
aGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTAccc < 1:4583060/93‑1 (MQ=255)
gACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCa > 2:483462/1‑93 (MQ=255)
gACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCa > 2:4859377/1‑93 (MQ=255)
gACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCa > 1:519766/1‑93 (MQ=255)
aCCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAg < 1:4192483/93‑1 (MQ=255)
ccGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGc < 2:5083852/93‑1 (MQ=255)
ccGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGc < 1:3426606/93‑1 (MQ=255)
aCGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGt < 1:805737/93‑1 (MQ=255)
aCGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGt > 2:4731933/1‑93 (MQ=255)
aCGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGt < 1:4136179/93‑1 (MQ=255)
cGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGtt > 2:2860487/1‑93 (MQ=255)
gTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTc > 1:5946917/1‑93 (MQ=255)
tGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTcc > 2:3303556/1‑93 (MQ=255)
tGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTcc > 1:768994/1‑93 (MQ=255)
ccTTGATCTGCCCATCAACACCTGTGGTGGTGTTGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTGACCCGAAAGAGCCGAACTCTACCCAGCCGTTCCa < 1:1632134/92‑1 (MQ=255)
cTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAg > 2:3766072/1‑93 (MQ=255)
ttGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGc < 2:1925800/93‑1 (MQ=255)
ttGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGc < 2:6240052/93‑1 (MQ=255)
ttGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGc > 1:6069646/1‑93 (MQ=255)
ttGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGc > 2:1047732/1‑93 (MQ=255)
tGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCt < 2:5562262/93‑1 (MQ=255)
gATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTg < 2:175303/93‑1 (MQ=255)
aTCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGt < 1:2835002/93‑1 (MQ=255)
tGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTgg < 2:4435070/93‑1 (MQ=255)
tGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTgg < 2:2496572/93‑1 (MQ=255)
gcccATCAACACCAGTGGTGGTGATGTGGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGa < 1:953740/91‑1 (MQ=255)
gACCATCAACGCCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGa < 2:3559508/93‑1 (MQ=255)
gACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGa > 1:1710050/1‑93 (MQ=255)
ccATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGaaa > 1:3204612/1‑93 (MQ=255)
ccATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGaaa > 1:6373960/1‑93 (MQ=255)
cATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAAc > 2:5834420/1‑93 (MQ=255)
aTCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACt > 1:2606713/1‑93 (MQ=255)
tCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACtt > 1:86147/1‑93 (MQ=255)
tCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACtt > 1:4705173/1‑93 (MQ=255)
cAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTc < 2:2847823/93‑1 (MQ=255)
aaCACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCa > 2:5439584/1‑93 (MQ=255)
acacCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCAc > 1:37687/1‑93 (MQ=255)
acacCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCCGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAAGTTCAc < 1:1394427/93‑1 (MQ=255)
cacCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCAcc < 2:3520847/93‑1 (MQ=255)
cacCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCAcc < 2:697750/93‑1 (MQ=255)
gtggtggtgATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGt > 2:391321/1‑93 (MQ=255)
gtggtggtgATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGt < 1:2986050/93‑1 (MQ=255)
ggtggtgATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGttt < 2:5896903/93‑1 (MQ=255)
gtggttATGTTGAGAAAGCTCCGCGGCCTCCTTACCCGAAAGAGCTGAACTATACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGttta < 2:3647335/93‑1 (MQ=255)
gtggtgATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGttta < 1:5284915/93‑1 (MQ=255)
tgttgATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGtttat < 1:82059/90‑1 (MQ=255)
tggtgATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGtttat < 2:1257027/93‑1 (MQ=255)
tggtgATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGtttat > 2:1938139/1‑93 (MQ=255)
tggtgATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGtttat < 2:1155004/93‑1 (MQ=255)
ggtgATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGtttatt > 2:309147/1‑93 (MQ=255)
gtgATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGtttattt < 1:3561963/93‑1 (MQ=255)
tgATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGtttattta < 2:1637407/93‑1 (MQ=255)
tgATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGtttattta < 1:4753594/93‑1 (MQ=255)
tgATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGtttattta < 1:5982174/93‑1 (MQ=255)
gATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTttatttat > 1:1280209/1‑93 (MQ=255)
gATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTttatttat < 2:6026509/93‑1 (MQ=255)
gATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTttatttat > 1:2773014/1‑93 (MQ=255)
aTGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCAcc < 1:696388/79‑1 (MQ=255)
tGTTGAGCAACCTCCGCTCCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCa < 2:2044135/93‑1 (MQ=255)
tGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTCCCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGc < 1:2952205/93‑1 (MQ=255)
aGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGcac > 1:205381/1‑93 (MQ=255)
aGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGcac < 2:3491522/93‑1 (MQ=255)
cAAGCTCCGCTCCCTCCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACag < 1:5450302/93‑1 (MQ=255)
aaGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACaga < 2:537089/93‑1 (MQ=255)
aaGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACaga > 2:2990199/1‑93 (MQ=255)
aGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACagag > 2:1448762/1‑93 (MQ=255)
aGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACagag > 2:2797008/1‑93 (MQ=255)
aGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACagag < 2:6466707/93‑1 (MQ=255)
aGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACagag > 1:1515891/1‑93 (MQ=255)
gCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGc < 1:4878823/93‑1 (MQ=255)
|
CGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCG > NC_000913/3882862‑3883041
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGGTCT > NC_000913/3882859‑3883045
|
TACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCC < SRR4302534.4805181/94‑1 (MQ=60)
TACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCC < SRR4302534.4602189/94‑1 (MQ=60)
ACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCG < SRR4302534.4984230/94‑1 (MQ=60)
ACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCG < SRR4302534.1811385/94‑1 (MQ=60)
CGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACCCCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCT < SRR4302534.1118215/94‑1 (MQ=60)
CGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCT > SRR4302534.1840287/1‑94 (MQ=60)
GGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTG > SRR4302534.5163870/1‑94 (MQ=60)
GGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTG < SRR4302534.2854615/94‑1 (MQ=60)
GGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTG > SRR4302534.6328268/1‑94 (MQ=60)
GCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGC < SRR4302534.6204391/94‑1 (MQ=60)
CCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCC < SRR4302534.561119/94‑1 (MQ=60)
CAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCT < SRR4302534.4791476/94‑1 (MQ=60)
CAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCT < SRR4302534.4964796/94‑1 (MQ=60)
GGTGGCCAGGGGAAACTGAGCTCGGTTAATACCGACGTGGTTGATCTGACCACCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTG < SRR4302534.3093570/94‑1 (MQ=60)
AGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTTCCTG < SRR4302534.162748/94‑1 (MQ=60)
AGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTG < SRR4302534.6570793/94‑1 (MQ=60)
AGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTG < SRR4302534.2677331/94‑1 (MQ=60)
TGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCT > SRR4302534.2467186/1‑94 (MQ=60)
TGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCT < SRR4302534.835072/94‑1 (MQ=60)
TGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCT > SRR4302534.1398687/1‑94 (MQ=60)
GGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTT > SRR4302534.704695/1‑94 (MQ=60)
GGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTT < SRR4302534.1109163/94‑1 (MQ=60)
GGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTT < SRR4302534.2826592/94‑1 (MQ=60)
GGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTT > SRR4302534.342019/1‑94 (MQ=60)
GGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTT < SRR4302534.878605/94‑1 (MQ=60)
GCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCGGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTA < SRR4302534.4124693/94‑1 (MQ=60)
GCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTA < SRR4302534.1440810/94‑1 (MQ=60)
GCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTA < SRR4302534.3907157/94‑1 (MQ=60)
GCAAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTA < SRR4302534.2290361/94‑1 (MQ=60)
CCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTAC > SRR4302534.170576/1‑94 (MQ=60)
CCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTAC > SRR4302534.1636542/1‑94 (MQ=60)
CAGGGTAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACC < SRR4302534.3754644/94‑1 (MQ=60)
CAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACC > SRR4302534.578918/1‑94 (MQ=60)
CAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACC > SRR4302534.2199451/1‑94 (MQ=60)
CAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACC < SRR4302534.859718/94‑1 (MQ=60)
AGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCC > SRR4302534.62814/1‑94 (MQ=60)
AGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCC > SRR4302534.5878984/1‑94 (MQ=60)
GGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCG < SRR4302534.5194333/94‑1 (MQ=60)
GAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAA < SRR4302534.1902540/94‑1 (MQ=60)
AAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAG > SRR4302534.6124420/1‑94 (MQ=60)
AAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTACTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGATGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTGACCCGAAAG > SRR4302534.743945/1‑94 (MQ=60)
AACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGA < SRR4302534.468713/94‑1 (MQ=60)
AACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGA < SRR4302534.354160/94‑1 (MQ=60)
TGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCT < SRR4302534.3149842/94‑1 (MQ=60)
GATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTG > SRR4302534.1929792/1‑94 (MQ=60)
GATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTG > SRR4302534.1345910/1‑94 (MQ=60)
TCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAA < SRR4302534.16042/94‑1 (MQ=60)
TCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAA > SRR4302534.1817569/1‑94 (MQ=60)
TGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTC < SRR4302534.3174663/94‑1 (MQ=60)
GGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCT > SRR4302534.4832891/1‑94 (MQ=60)
GGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCT > SRR4302534.579301/1‑94 (MQ=60)
GGTTAAGACCGACATGCTTGATCCGAACATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGCGCTGAACTCT > SRR4302534.4913008/1‑94 (MQ=60)
TTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTAC < SRR4302534.3963817/94‑1 (MQ=60)
TAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACC > SRR4302534.969336/1‑94 (MQ=60)
TAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACC < SRR4302534.3861891/94‑1 (MQ=60)
TAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACC > SRR4302534.6289966/1‑94 (MQ=60)
TAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACC < SRR4302534.6192919/94‑1 (MQ=60)
AAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCC < SRR4302534.458054/94‑1 (MQ=60)
AAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCC > SRR4302534.6110420/1‑94 (MQ=60)
AGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCA < SRR4302534.4707402/94‑1 (MQ=60)
AGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCA > SRR4302534.532689/1‑94 (MQ=60)
AGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCA < SRR4302534.4111669/94‑1 (MQ=60)
AGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCA < SRR4302534.1782086/94‑1 (MQ=60)
AGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCA > SRR4302534.34332/1‑94 (MQ=60)
ACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGC < SRR4302534.817429/94‑1 (MQ=60)
ACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGC < SRR4302534.4305743/94‑1 (MQ=60)
CCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCC < SRR4302534.3518668/94‑1 (MQ=60)
CCGACGTGCTTGATCTGACCAGCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCC < SRR4302534.1852919/94‑1 (MQ=60)
CGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCG > SRR4302534.4627068/1‑94 (MQ=60)
GACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGT > SRR4302534.2836126/1‑94 (MQ=60)
GACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGT > SRR4302534.884910/1‑94 (MQ=60)
GACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGT > SRR4302534.3584517/1‑94 (MQ=60)
ACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTT < SRR4302534.4247789/94‑1 (MQ=60)
ACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTT < SRR4302534.825980/94‑1 (MQ=60)
CGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTC > SRR4302534.6108392/1‑94 (MQ=60)
CGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTC < SRR4302534.2847778/94‑1 (MQ=60)
GTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCC < SRR4302534.1546516/94‑1 (MQ=60)
GTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCC < SRR4302534.170540/94‑1 (MQ=60)
GTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCC > SRR4302534.788118/1‑94 (MQ=60)
CCTTGATCTGCCCATCAACACCTGTGGTGGTGTTGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTGACCCGAAAGAGCCGAACTCTACCCAGCCGTTCCAG < SRR4302534.1674686/94‑1 (MQ=60)
CTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGC > SRR4302534.6234666/1‑94 (MQ=60)
TTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCT < SRR4302534.5274350/94‑1 (MQ=60)
TGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTG < SRR4302534.5878559/94‑1 (MQ=60)
ATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTT > SRR4302534.2836385/1‑94 (MQ=60)
ATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTT < SRR4302534.2537829/94‑1 (MQ=60)
ATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTT < SRR4302534.5954686/94‑1 (MQ=60)
ATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTT < SRR4302534.2909482/94‑1 (MQ=60)
ATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTT < SRR4302534.5370055/94‑1 (MQ=60)
ATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTT < SRR4302534.1874781/94‑1 (MQ=60)
ATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTT < SRR4302534.3824371/94‑1 (MQ=60)
TCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTG < SRR4302534.1622458/94‑1 (MQ=60)
TGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGA < SRR4302534.2971183/94‑1 (MQ=60)
TGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGA > SRR4302534.1754484/1‑94 (MQ=60)
GCCCATCAACACCAGTGGTGGTGATGTGGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAA < SRR4302534.978025/94‑1 (MQ=60)
ACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAA > SRR4302534.6546056/1‑94 (MQ=60)
ACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAA > SRR4302534.3289590/1‑94 (MQ=60)
ACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAA < SRR4302534.190682/94‑1 (MQ=60)
CCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCGGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAAC < SRR4302534.3030170/94‑1 (MQ=60)
CATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACT > SRR4302534.2675684/1‑94 (MQ=60)
ATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTT < SRR4302534.5055100/94‑1 (MQ=60)
ATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTT > SRR4302534.4832899/1‑94 (MQ=60)
ATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTT > SRR4302534.88456/1‑94 (MQ=60)
AACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCAC > SRR4302534.38691/1‑94 (MQ=60)
AACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCAC > SRR4302534.102574/1‑94 (MQ=60)
ACCCCCGTGGTGGTGATGTGGAGCAAGCTCCGCTGCCGGCTTACCCGAAGGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCGCC < SRR4302534.2266295/94‑1 (MQ=60)
ACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACC > SRR4302534.6365829/1‑94 (MQ=60)
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ACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCCGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAAGTTCACC < SRR4302534.1431118/94‑1 (MQ=60)
cgatctatagatTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCG < SRR4302534.713441/82‑1 (MQ=60)
CACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCG > SRR4302534.727657/1‑94 (MQ=60)
CACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCG < SRR4302534.207022/94‑1 (MQ=60)
CACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACACAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCG > SRR4302534.4862739/1‑94 (MQ=60)
GTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTT < SRR4302534.3064148/94‑1 (MQ=60)
GTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTAT < SRR4302534.5427584/94‑1 (MQ=60)
GTGGTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTAT > SRR4302534.5525731/1‑94 (MQ=60)
TGTTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATT < SRR4302534.84268/94‑1 (MQ=60)
GTGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTA < SRR4302534.3657790/94‑1 (MQ=60)
TGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTAT > SRR4302534.1313909/1‑94 (MQ=60)
TGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTAT < SRR4302534.6144679/94‑1 (MQ=60)
TGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTAT > SRR4302534.2845983/1‑94 (MQ=60)
TGATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTAT < SRR4302534.4882642/94‑1 (MQ=60)
GATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATC < SRR4302534.4228202/94‑1 (MQ=60)
ATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCA < SRR4302534.1998329/94‑1 (MQ=60)
ATGTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCA < SRR4302534.4585627/94‑1 (MQ=60)
GTTGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGG < SRR4302534.2276866/94‑1 (MQ=60)
TGAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTCCCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCA < SRR4302534.3029611/94‑1 (MQ=60)
GAGCAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCAC > SRR4302534.210771/1‑94 (MQ=60)
CAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGA > SRR4302534.3686449/1‑94 (MQ=60)
CAAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGA > SRR4302534.5476028/1‑94 (MQ=60)
CAAGCTCCGCTCCCTCCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGA < SRR4302534.5597157/94‑1 (MQ=60)
AAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAG < SRR4302534.5615702/94‑1 (MQ=60)
AAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAG > SRR4302534.1555725/1‑94 (MQ=60)
AAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAG > SRR4302534.2911120/1‑94 (MQ=60)
AAGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAG > SRR4302534.5054819/1‑94 (MQ=60)
AGCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGC > SRR4302534.4423966/1‑94 (MQ=60)
GCTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCG < SRR4302534.5011144/94‑1 (MQ=60)
CTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACCGAGCGG < SRR4302534.4299885/94‑1 (MQ=60)
CTCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGG > SRR4302534.1798420/1‑94 (MQ=60)
TCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGGT > SRR4302534.1554449/1‑94 (MQ=60)
TCCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGGT > SRR4302534.4058218/1‑94 (MQ=60)
CCGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGGTC < SRR4302534.5304334/94‑1 (MQ=60)
CGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGACCTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGGTCT < SRR4302534.3981353/94‑1 (MQ=60)
CGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGGTCT > SRR4302534.2502588/1‑94 (MQ=60)
CGCTGCCCGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACCGAGCGGTCT > SRR4302534.5505065/1‑94 (MQ=60)
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TACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGGTCT > NC_000913/3882859‑3883045
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
