Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
884 |
257.2 |
12958910 |
96.9% |
12557183 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,310,789 |
T→C |
intergenic (‑219/‑140) |
b4089 ← / → rpiB |
RpiR/ribose 5‑phosphate isomerase B |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,310,789 | 0 | T | C | 100.0%
| 413.6
/ NA
| 119 | intergenic (‑219/‑140) | b4089/rpiB | RpiR/ribose 5‑phosphate isomerase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (96/23); total (96/23) |
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
TAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGTCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAA > NC_000913/4310699‑4310878
|
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tAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCt < 2:5384584/93‑1 (MQ=255)
aaaTTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCttt > 1:2313782/1‑93 (MQ=255)
ttttATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAAc > 1:593247/1‑93 (MQ=255)
ttATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGc < 1:4226623/93‑1 (MQ=255)
ttATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGATGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGc > 2:5620056/1‑93 (MQ=255)
tATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCt > 2:3522314/1‑93 (MQ=255)
ttCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTAtt > 2:4305632/1‑93 (MQ=255)
ttCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTAtt < 2:1766153/93‑1 (MQ=255)
tCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTg > 2:1246373/1‑93 (MQ=255)
tCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTg > 2:5661380/1‑93 (MQ=255)
tCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTg > 1:2627757/1‑93 (MQ=255)
tCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGGTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTg > 2:5749392/1‑93 (MQ=255)
cATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTgc > 1:2657964/1‑93 (MQ=255)
aTTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTCACGCTATTgcg > 1:6379655/1‑93 (MQ=255)
aTTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTgcg > 1:98441/1‑93 (MQ=255)
aTTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTgcg > 1:2220489/1‑93 (MQ=255)
aTTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTgcg > 2:732012/1‑93 (MQ=255)
aTTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGCGCCTTTAACGCTATTgcg > 1:3648699/1‑93 (MQ=255)
aaTTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGt > 1:4387406/1‑93 (MQ=255)
aaTTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGt > 1:5834005/1‑93 (MQ=255)
aaTTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGt < 2:1398255/93‑1 (MQ=255)
aaTTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGt > 2:3778929/1‑93 (MQ=255)
aTTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTc > 1:2261423/1‑93 (MQ=255)
aTTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTc > 1:487804/1‑93 (MQ=255)
ttAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCa > 2:1585380/1‑93 (MQ=255)
ttAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCa < 1:5947332/93‑1 (MQ=255)
aGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGa > 2:648423/1‑93 (MQ=255)
gTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGAt > 1:3893098/1‑93 (MQ=255)
gTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGAt > 1:4097937/1‑93 (MQ=255)
tttAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATg < 1:6380178/93‑1 (MQ=255)
tAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTa > 2:338680/1‑93 (MQ=255)
tAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTa < 2:5853247/93‑1 (MQ=255)
aaaaaCATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTaa > 2:1338594/1‑93 (MQ=255)
aaaaCATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAAc > 1:1048402/1‑93 (MQ=255)
aaaaCATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAAc > 1:4827561/1‑93 (MQ=255)
aaaCATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAAct < 1:5627168/93‑1 (MQ=255)
aaaCATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAAct > 2:5997847/1‑93 (MQ=255)
aaCATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAActc < 1:1138652/93‑1 (MQ=255)
aCATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAActct > 1:5653780/1‑93 (MQ=255)
aCATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAActct > 1:1815458/1‑93 (MQ=255)
aCATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAActct > 2:3069163/1‑93 (MQ=255)
aCATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAActct > 1:1912242/1‑93 (MQ=255)
aCATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAActct > 2:63410/1‑93 (MQ=255)
cATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTg > 2:2514170/1‑93 (MQ=255)
atgatgTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGt > 1:1494920/1‑93 (MQ=255)
atgatgTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGt > 1:1186497/1‑93 (MQ=255)
atgatgTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGt > 1:3367692/1‑93 (MQ=255)
atgatgTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGt > 2:4371251/1‑93 (MQ=255)
tgatgTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTa > 2:3734966/1‑93 (MQ=255)
gatgTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTaa > 1:4796512/1‑93 (MQ=255)
tgTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTaaaa > 1:1827195/1‑93 (MQ=255)
gTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAAc > 1:4767955/1‑93 (MQ=255)
ttATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACa > 1:979811/1‑93 (MQ=255)
ttATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACa < 2:4340596/93‑1 (MQ=255)
tATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAg > 1:3381912/1‑93 (MQ=255)
gTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAg > 1:4872873/1‑93 (MQ=255)
gTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAg > 1:3143960/1‑93 (MQ=255)
tttttCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAgg > 2:2417692/1‑93 (MQ=255)
ttCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAACACAGATCAGGAAg > 2:6320860/1‑93 (MQ=255)
ttCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAg > 1:5494588/1‑93 (MQ=255)
ttCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAg > 2:548143/1‑93 (MQ=255)
cTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGc > 1:824531/1‑93 (MQ=255)
tGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCg > 1:6454805/1‑93 (MQ=255)
tttAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTc > 2:6264724/1‑93 (MQ=255)
tAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCAt < 1:5272416/93‑1 (MQ=255)
tatgatAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCg > 1:2599512/2‑93 (MQ=255)
gatgatAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCg > 1:2297346/1‑93 (MQ=255)
gatgatAGATGTTGCTGGATGCTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCg > 2:3508512/1‑93 (MQ=255)
atgatAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGa < 2:4763348/93‑1 (MQ=255)
tgatAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGAt > 2:860448/1‑93 (MQ=255)
tgatAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGAt < 2:4608098/93‑1 (MQ=255)
tgatAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGAt > 1:2002961/1‑93 (MQ=255)
atAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGAttt > 2:1183586/1‑93 (MQ=255)
atAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGAttt > 1:5146173/1‑93 (MQ=255)
tAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGAtttt > 2:1039932/1‑93 (MQ=255)
tAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGAtttt < 2:3285295/93‑1 (MQ=255)
tAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGAtttt > 1:3186963/1‑93 (MQ=255)
aGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTg > 1:4467071/1‑93 (MQ=255)
gATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGCTTTTgg > 1:366108/1‑93 (MQ=255)
gATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTgg > 2:4114736/1‑93 (MQ=255)
gATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTgg > 2:2905095/1‑93 (MQ=255)
gATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTgg > 2:6105861/1‑93 (MQ=255)
aTGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTggg < 2:3663973/93‑1 (MQ=255)
aTGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTggg < 2:3123172/93‑1 (MQ=255)
gTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGgtg > 1:148650/1‑93 (MQ=255)
ttGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGgtgt > 2:4222078/1‑93 (MQ=255)
cTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGtttt > 2:4374617/1‑93 (MQ=255)
aTGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAAt < 2:989221/93‑1 (MQ=255)
tGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAAtt > 2:2911212/1‑93 (MQ=255)
ggTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTc > 1:2944124/1‑93 (MQ=255)
ggTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTc > 2:5178009/1‑93 (MQ=255)
tGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCAt < 1:4650183/93‑1 (MQ=255)
gAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCAtt < 1:5943240/93‑1 (MQ=255)
gAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCAtt < 1:2124477/93‑1 (MQ=255)
gAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCAtt > 2:4763394/1‑93 (MQ=255)
aGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTa > 2:5424476/1‑93 (MQ=255)
gtgcCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTaa < 2:1309348/93‑1 (MQ=255)
gtgcCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTaa > 2:1987543/1‑93 (MQ=255)
gtgcCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTaa > 2:3178133/1‑93 (MQ=255)
|
TAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGTCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAA > NC_000913/4310699‑4310878
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGTCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAAC > NC_000913/4310700‑4310879
|
AAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTT > SRR4302534.2375180/1‑94 (MQ=60)
ATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAAC > SRR4302534.607728/1‑94 (MQ=60)
TTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCT < SRR4302534.4340534/94‑1 (MQ=60)
TATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTA > SRR4302534.954731/1‑94 (MQ=60)
TTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTG > SRR4302534.2697276/1‑94 (MQ=60)
TCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGC > SRR4302534.2728229/1‑94 (MQ=60)
TCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGC > SRR4302534.1868813/1‑94 (MQ=60)
CATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTCACGCTATTGCG > SRR4302534.6551981/1‑94 (MQ=60)
CATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCG > SRR4302534.101069/1‑94 (MQ=60)
CATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCG > SRR4302534.2279305/1‑94 (MQ=60)
CATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGCGCCTTTAACGCTATTGCG > SRR4302534.3746753/1‑94 (MQ=60)
TAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGT > SRR4302534.4505699/1‑94 (MQ=60)
TAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGT > SRR4302534.5992388/1‑94 (MQ=60)
AATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTC > SRR4302534.500005/1‑94 (MQ=60)
AATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTC > SRR4302534.2321390/1‑94 (MQ=60)
TTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAG < SRR4302534.6108818/94‑1 (MQ=60)
TAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGA > SRR4302534.1781416/1‑94 (MQ=60)
AGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGAT > SRR4302534.4208105/1‑94 (MQ=60)
AGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGAT > SRR4302534.3997597/1‑94 (MQ=60)
TTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGT < SRR4302534.6552518/94‑1 (MQ=60)
TAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAA > SRR4302534.5808381/1‑94 (MQ=60)
AAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAAC > SRR4302534.4958552/1‑94 (MQ=60)
AAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAAC > SRR4302534.1075528/1‑94 (MQ=60)
AAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTC < SRR4302534.5779456/94‑1 (MQ=60)
AACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCT > SRR4302534.1962160/1‑94 (MQ=60)
AACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCT > SRR4302534.5806813/1‑94 (MQ=60)
AACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCT < SRR4302534.1168436/94‑1 (MQ=60)
AACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCT > SRR4302534.1862632/1‑94 (MQ=60)
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CATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGT > SRR4302534.3665360/1‑94 (MQ=60)
CATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGT > SRR4302534.1217695/1‑94 (MQ=60)
CATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGT > SRR4302534.1534245/1‑94 (MQ=60)
TGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAA > SRR4302534.4926751/1‑94 (MQ=60)
GATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAA > SRR4302534.4456065/1‑94 (MQ=60)
ATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAA > SRR4302534.1874725/1‑94 (MQ=60)
TGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAAC > SRR4302534.5133759/1‑94 (MQ=60)
TGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAAC > SRR4302534.4897411/1‑94 (MQ=60)
GTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACA > SRR4302534.1004814/1‑94 (MQ=60)
TTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAG > SRR4302534.3472574/1‑94 (MQ=60)
TATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGA > SRR4302534.6181817/1‑94 (MQ=60)
TTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCA > SRR4302534.3130928/1‑94 (MQ=60)
TGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAG > SRR4302534.5005032/1‑94 (MQ=60)
TGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAG > SRR4302534.3226643/1‑94 (MQ=60)
TTGTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGA < SRR4302534.2162787/94‑1 (MQ=60)
TTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAG > SRR4302534.5642758/1‑94 (MQ=60)
TCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGC > SRR4302534.845280/1‑94 (MQ=60)
CTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCG > SRR4302534.6628730/1‑94 (MQ=60)
TTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAAT > SRR4302534.4920615/1‑94 (MQ=60)
TAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATC < SRR4302534.5414817/94‑1 (MQ=60)
ATATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCG > SRR4302534.2668301/1‑94 (MQ=60)
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ATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTT > SRR4302534.3271289/1‑94 (MQ=60)
TAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTG > SRR4302534.4587870/1‑94 (MQ=60)
AGATGTTGCTGGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGCTTTTGG > SRR4302534.375449/1‑94 (MQ=60)
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GGATGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAA > SRR4302534.2464727/1‑94 (MQ=60)
TGGTGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTC > SRR4302534.3021377/1‑94 (MQ=60)
TGAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATT < SRR4302534.4776430/94‑1 (MQ=60)
GAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTA < SRR4302534.2180420/94‑1 (MQ=60)
GAGTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTA < SRR4302534.6104606/94‑1 (MQ=60)
GTGCCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAAC > SRR4302534.4958637/1‑94 (MQ=60)
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AAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGTCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAAC > NC_000913/4310700‑4310879
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
