Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I188 R2
|
3 |
28.7 |
1681193 |
95.1% |
1598814 |
84.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
3,631,337 |
G→A |
W112* (TGG→TGA) |
pitA → |
inorganic phosphate transporter PitA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 3,631,337 | 0 | G | A | 100.0%
| 239.9
/ NA
| 62 | W112* (TGG→TGA) | pitA | inorganic phosphate transporter PitA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (41/21); total (41/21) |
TGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTGGTTTAACCAATGCGTTGATGA > NZ_CP009273/3631252‑3631416
|
tgctgcTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACt < 2:26444/90‑1 (MQ=255)
gctgctTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCAGGAACCTGGGTACCTGATACtt < 2:67530/90‑1 (MQ=255)
ttAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGtt > 2:307173/1‑90 (MQ=255)
tAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGttt < 2:784855/90‑1 (MQ=255)
tAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGttt < 2:156954/90‑1 (MQ=255)
ggATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCa > 1:402116/1‑90 (MQ=255)
ggATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCa > 2:624039/1‑90 (MQ=255)
ggATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCa > 2:322523/1‑90 (MQ=255)
gTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAg > 1:114090/1‑90 (MQ=255)
gTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAg > 1:395440/1‑90 (MQ=255)
gTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAg > 2:361719/1‑90 (MQ=255)
gTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAg > 1:351262/1‑90 (MQ=255)
gTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAg > 1:825365/1‑90 (MQ=255)
gTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAg > 1:224890/1‑90 (MQ=255)
gTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAg > 1:201923/1‑90 (MQ=255)
gTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGGTTACCTGCATCCAg > 1:562593/1‑90 (MQ=255)
tctcATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGc < 2:395440/90‑1 (MQ=255)
tctcATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGc < 1:530711/90‑1 (MQ=255)
tctcATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGc < 2:825366/90‑1 (MQ=255)
cTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGc < 2:335607/81‑1 (MQ=255)
cTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGc > 1:335607/1‑81 (MQ=255)
cTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACg > 1:625716/1‑90 (MQ=255)
ttGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGTTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGc > 2:176165/1‑90 (MQ=255)
ttGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGttt < 1:300131/67‑1 (MQ=255)
ttGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGttt > 2:300131/1‑67 (MQ=255)
ttGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGc > 2:441782/1‑90 (MQ=255)
ttGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGc > 1:65848/1‑90 (MQ=255)
ttGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGc > 2:48481/1‑90 (MQ=255)
tGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCt > 1:124115/1‑90 (MQ=255)
tGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCt > 2:330443/1‑90 (MQ=255)
tGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCt > 2:645033/1‑90 (MQ=255)
tGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCt > 2:202590/1‑90 (MQ=255)
gtTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGgcgc < 2:432882/90‑1 (MQ=255)
gtTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGgcgc > 1:161043/1‑90 (MQ=255)
ttCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGcgcg > 1:830131/1‑90 (MQ=255)
tctcTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATCCTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGa < 2:562594/90‑1 (MQ=255)
tctcTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACtt < 1:141848/49‑1 (MQ=255)
tctcTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACtt > 2:141848/1‑49 (MQ=255)
tctcTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGa < 1:266285/90‑1 (MQ=255)
tctcTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGa > 2:266285/1‑90 (MQ=255)
tctcTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGa > 2:172952/1‑90 (MQ=255)
tctcTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGa > 1:512367/1‑90 (MQ=255)
ctctATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGc > 1:356392/1‑67 (MQ=255)
ctctATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGc < 2:356392/67‑1 (MQ=255)
tGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCg > 2:812718/1‑90 (MQ=255)
ttGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCggg > 2:199146/1‑90 (MQ=255)
gCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAt < 2:403807/90‑1 (MQ=255)
gCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAt < 2:679360/90‑1 (MQ=255)
gCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAt > 1:156622/1‑90 (MQ=255)
gCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAt > 2:335625/1‑90 (MQ=255)
gCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAt < 1:335625/90‑1 (MQ=255)
gCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAt < 2:156622/90‑1 (MQ=255)
gCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAt > 2:593462/1‑90 (MQ=255)
ggcggcGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTgg > 2:226090/1‑90 (MQ=255)
cggcgATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTGGtt > 2:432261/1‑90 (MQ=255)
tGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGgcgc > 1:184704/1‑55 (MQ=255)
tGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGgcgc < 2:184704/55‑1 (MQ=255)
tGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTGGTTTAACCAATGCGTtgatga > 2:381708/1‑90 (MQ=255)
gggTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTGGTTTAACCAATGCGTtgat < 2:612511/87‑1 (MQ=255)
gggTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTGGTTTAACCAATGCGTtgat > 1:612510/1‑87 (MQ=255)
aCCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAt < 2:694610/62‑1 (MQ=255)
aCCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAt > 1:694609/1‑62 (MQ=255)
|
TGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTGGTTTAACCAATGCGTTGATGA > NZ_CP009273/3631252‑3631416
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTGGTTTAACCAATGCGTTGATGACCGGGACGTCAGTGGTGGAT > NZ_CP009273/3631246‑3631436
|
taagagacagGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGG < SRR3722064.215863/90‑1 (MQ=60)
gtcggcagcgtcagatgtgtataagagacagGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCT < SRR3722064.144416/69‑1 (MQ=60)
GCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCA > SRR3722064.409263/1‑100 (MQ=60)
gtataagagacaGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCC < SRR3722064.305193/88‑1 (MQ=60)
ATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAG > SRR3722064.116146/1‑100 (MQ=60)
ATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAG > SRR3722064.842262/1‑100 (MQ=60)
ATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAG > SRR3722064.205517/1‑100 (MQ=60)
ATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAG > SRR3722064.228845/1‑100 (MQ=60)
ATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAG > SRR3722064.402443/1‑100 (MQ=60)
ATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAG > SRR3722064.357092/1‑100 (MQ=60)
ATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGAACCTGATACTTTGGGTTACCTGCATCCAG > SRR3722064.573546/1‑100 (MQ=60)
GTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACG > SRR3722064.638213/1‑100 (MQ=60)
GTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACG > SRR3722064.341192/1‑100 (MQ=60)
TCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGC > SRR3722064.67005/1‑100 (MQ=60)
TCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGC < SRR3722064.540832/100‑1 (MQ=60)
CTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCT > SRR3722064.126354/1‑100 (MQ=60)
TTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGC > SRR3722064.163940/1‑100 (MQ=60)
TGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCG > SRR3722064.847124/1‑100 (MQ=60)
GCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGA > SRR3722064.521966/1‑100 (MQ=60)
CCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCctgtctcttatac > SRR3722064.362362/1‑87 (MQ=60)
GTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGctgtctcttatacacatctgacgctgccgacgataaccgcggtg > SRR3722064.278791/1‑56 (MQ=60)
TCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAT < SRR3722064.270884/100‑1 (MQ=60)
TCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAT > SRR3722064.159452/1‑100 (MQ=60)
GCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTGGTTTAACC < SRR3722064.341210/100‑1 (MQ=60)
ATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGctgtctcttatacacatctgacgct > SRR3722064.188004/1‑75 (MQ=60)
TCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTGGTTTAACCAATGCGTTGATGAC > SRR3722064.624688/1‑100 (MQ=60)
GAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTGGTTTAACCctgtctcttatacacatc > SRR3722064.708661/1‑82 (MQ=60)
CCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTGGTTTAACCAATGCGTTGATGACCGGGACG > SRR3722064.628038/1‑100 (MQ=60)
GTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTGGTTTAACCAATGCGTTGATGACCGGGACGTCAGT > SRR3722064.30455/1‑100 (MQ=60)
ACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTGGTTTAACCAATGCGTTGATGACCGGGACGTCAGTGG > SRR3722064.300430/1‑100 (MQ=60)
ACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTGGTTTAACCAATGCGTTGATGACCGGGACGTCAGTGG < SRR3722064.712282/100‑1 (MQ=60)
ATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTGGTTTAACCAATGCGTTGATGACCGGGACGTCAGTGGTGGAT > SRR3722064.85373/1‑100 (MQ=60)
|
CGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTGGTTTAACCAATGCGTTGATGACCGGGACGTCAGTGGTGGAT > NZ_CP009273/3631246‑3631436
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
