Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I194 R1
|
197 |
32.2 |
1845014 |
95.2% |
1756453 |
85.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
1,196,737 |
(C)5→4 |
coding (100/312 nt) |
BW25113_RS25530 ← |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 1,196,733 | 0 | C | . | 100.0%
| 65.7
/ NA
| 17 | coding (104/312 nt) | BW25113_RS25530 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base . (8/9); total (8/9) |
GTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCG > NZ_CP009273/1196644‑1196814
|
gTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGc < 1:799337/90‑1 (MQ=255)
gTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGc > 2:310309/1‑90 (MQ=255)
ttttGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGcc > 2:440546/1‑90 (MQ=255)
gTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGccccgg > 2:198217/1‑88 (MQ=255)
gTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGCGGTGTCGGGTGccccgg > 2:369371/1‑88 (MQ=255)
aaGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTG‑CCCCGGTGCCt > 1:635597/1‑90 (MQ=255)
aCCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTG‑CCCCGGTGCCTGGCGAAGGt < 1:445226/90‑1 (MQ=255)
aaaGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTG‑CCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGcac < 2:635597/90‑1 (MQ=255)
aaaaaCTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTG‑CCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTACACACCAGGCgggtgg > 2:850002/1‑90 (MQ=255)
ggTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTG‑CCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGGATccc > 2:244760/1‑89 (MQ=255)
ggTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTG‑CCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGGATCca > 2:522381/1‑90 (MQ=255)
tcccGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTG‑CCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCcaca < 2:597821/88‑1 (MQ=255)
acacacAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTG‑CCCCGGTGCCTGGCGAAg < 2:194916/48‑1 (MQ=39)
acacacAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTG‑CCCCGGTGCCTGGCGAAg > 1:194916/1‑48 (MQ=39)
aGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTG‑CCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCt > 1:488258/1‑90 (MQ=255)
gCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTG‑CCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTc < 2:633036/90‑1 (MQ=255)
gCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTG‑CCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTc < 2:763517/90‑1 (MQ=255)
gCATAAAGTTGTGGTGTCGGCTG‑CCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTc < 1:832181/90‑1 (MQ=255)
gtggtgTCGGGTG‑CCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCgggt < 2:330599/49‑1 (MQ=255)
gtggtgTCGGGTG‑CCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCgggt > 1:330599/1‑49 (MQ=255)
gtggtgTCGGGTG‑CCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAAcc > 2:411582/1‑90 (MQ=255)
tgtCGGGTG‑CCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCcgcg < 1:29592/90‑1 (MQ=255)
|
GTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCG > NZ_CP009273/1196644‑1196814
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTGAGCCGCATTCACCAC > NZ_CP009273/1196644‑1196836
|
GTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTG‑CCCCGGTGCCT > SRR3722072.646935/1‑100 (MQ=60)
GTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTG‑CCCCGGTGCCT < SRR3722072.813307/100‑1 (MQ=60)
ACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTG‑CCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAG < SRR3722072.453386/100‑1 (MQ=60)
CGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTG‑CCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCctgtctcttatacacatctccgagcccacgag > SRR3722072.198284/1‑68 (MQ=60)
GACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTG‑CCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCT > SRR3722072.497085/1‑100 (MQ=60)
GCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTG‑CCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACctgtctcttatacacatctccgagcccacga > SRR3722072.336404/1‑69 (MQ=60)
GCATAAAGTTGTGGTGTCGGCTG‑CCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACC < SRR3722072.846612/100‑1 (MQ=60)
TGTCGGGTG‑CCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTGAGC < SRR3722072.30114/100‑1 (MQ=60)
CCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGGGGGTATCCACAGActgtctcttatacacatctccgagcccacgagacgtccgattatctcgtat > SRR3722072.83627/1‑49 (MQ=60)
CGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTGAGCCGCATTCACCAC < SRR3722072.419036/100‑1 (MQ=60)
|
GTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTGAGCCGCATTCACCAC > NZ_CP009273/1196644‑1196836
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
