Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I194 R1
|
197 |
32.2 |
1845014 |
95.2% |
1756453 |
85.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
4,073,163 |
A→T |
D26V (GAT→GTT) |
BW25113_RS20185 → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 4,073,163 | 0 | A | T | 100.0%
| 216.7
/ NA
| 58 | D26V (GAT→GTT) | BW25113_RS20185 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (27/31); total (27/31) |
TTATGAACTCTCTGGCAGGTATAGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGATCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGAAGCGGTAGATCAATACCTGATAAATCAATCGCAAACA > NZ_CP009273/4073085‑4073245
|
ttATGAACTCTCTGGCAGGTATAGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGc < 1:279895/90‑1 (MQ=255)
gAACTCTCTGGCAGGTATAGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCg < 1:554966/90‑1 (MQ=255)
aCTCTCTGGCAGGTATAGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTa > 2:105079/1‑90 (MQ=255)
aCTCTCTGGCAGGTATAGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTa > 2:156446/1‑90 (MQ=255)
aCTCTCTGGCAGGTATAGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTa > 1:653591/1‑90 (MQ=255)
ctctGGCAGGTATAGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATc > 2:277365/1‑90 (MQ=255)
ggTATAGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGt > 2:586602/1‑90 (MQ=255)
gTATAGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTg < 1:156446/90‑1 (MQ=255)
tataGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGc > 1:127728/1‑90 (MQ=255)
tataGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGc < 2:297186/90‑1 (MQ=255)
tataGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGc < 1:586602/90‑1 (MQ=255)
taGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCgg < 1:70037/90‑1 (MQ=255)
taGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCgg < 2:83269/90‑1 (MQ=255)
taGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCgg > 1:284854/1‑90 (MQ=255)
taGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCgg < 1:267674/90‑1 (MQ=255)
taGATATGGGCAGAATTTTACTCCATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCgg < 1:463269/90‑1 (MQ=255)
aGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGa < 2:448246/90‑1 (MQ=255)
gATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGAc > 2:352210/1‑90 (MQ=255)
atatGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGAcc < 2:48848/90‑1 (MQ=255)
atatGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGAcc < 1:880694/90‑1 (MQ=255)
atatGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGAcc < 2:208521/90‑1 (MQ=255)
atatGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGAcc < 2:770468/90‑1 (MQ=255)
atatGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGAcc < 2:528280/90‑1 (MQ=255)
atatGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGAcc < 2:34894/90‑1 (MQ=255)
tGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTAt > 2:423800/1‑90 (MQ=255)
tGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTAt > 2:94177/1‑90 (MQ=255)
tGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTAt > 2:449557/1‑90 (MQ=255)
tGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTAt > 1:36145/1‑90 (MQ=255)
gggCAGAGTTTTACTCGACTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCCGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTact > 1:816728/1‑88 (MQ=255)
gggCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGAcc > 2:145886/1‑86 (MQ=255)
gggCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGAcc < 1:145886/86‑1 (MQ=255)
gggCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTAtt > 1:445202/1‑90 (MQ=255)
gggCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTAtt > 1:253198/1‑90 (MQ=255)
gggCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTAtt > 2:275688/1‑90 (MQ=255)
gggCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTAtt > 2:585172/1‑90 (MQ=255)
gggCAGAATTTTACTCGATTTACCGAATGTGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTAtt > 2:661204/1‑90 (MQ=255)
gCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGACGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTaa < 2:236510/90‑1 (MQ=255)
gAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAggg > 1:449903/1‑90 (MQ=255)
aaTTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGa < 2:658172/90‑1 (MQ=255)
aTTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGaa < 1:640201/90‑1 (MQ=255)
aTTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGaa < 1:491863/90‑1 (MQ=255)
aTTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGaa < 1:334502/90‑1 (MQ=255)
aTTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGaa < 1:352210/90‑1 (MQ=255)
aTTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGaa < 2:449903/90‑1 (MQ=255)
cTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGAAGCGGTa < 1:625479/90‑1 (MQ=255)
cTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGAAGCGGTa < 2:149382/90‑1 (MQ=255)
cTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGAAGCGGTa < 1:94177/90‑1 (MQ=255)
cGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCt > 1:158050/1‑61 (MQ=255)
cGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCt < 2:158050/61‑1 (MQ=255)
tATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGAAGCGGTAGATCAAt < 2:284854/90‑1 (MQ=255)
aaTGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAAGGAAGCGGTAGATCAATACCTg > 1:856507/1‑90 (MQ=255)
aTGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGAAGCGGTAGATCAATACCTGa > 2:366383/1‑90 (MQ=255)
tGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGAAGCGGTAGATCAATACCTGAt > 1:540959/1‑90 (MQ=255)
gAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGAAGCGGTAGATCAATACCTGATa < 1:263633/90‑1 (MQ=255)
tGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGAAGCGGTAGATCAATACCTGATaaacc < 2:580935/90‑3 (MQ=255)
gATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGAAGCGGTAGATCAATACCTGATAaatca > 1:552206/1‑90 (MQ=255)
aGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGAAGCGGTAGATCAATACCTGATAAATCAATCGc > 1:40029/1‑90 (MQ=255)
cTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGAAGCGGTAGATCAATACCTGATAAATCAATCGCAAACa > 1:69707/1‑90 (MQ=255)
tgatgtTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGa > 1:597321/1‑51 (MQ=255)
tgatgtTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGa < 2:597321/51‑1 (MQ=255)
|
TTATGAACTCTCTGGCAGGTATAGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGATCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGAAGCGGTAGATCAATACCTGATAAATCAATCGCAAACA > NZ_CP009273/4073085‑4073245
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AAAATGATATTGGCGAGATATTTATGAACTCTCTGGCAGGTATAGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGATCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGAAGCGGTAGATCAATACCTGATAAATCAATCGCAAACAGCAAGAACCAGTGTTCC > NZ_CP009273/4073064‑4073262
|
AAAATGATATTGGCGAGATATTTATGAACTCTCTGGCAGGTATAGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGT > SRR3722072.594605/1‑100 (MQ=60)
ATATTTATGAACTCTCTGGCAGGTATAGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTA > SRR3722072.665258/1‑100 (MQ=60)
TTATGAACTCTCTGGCAGGTATAGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCT < SRR3722072.284677/100‑1 (MQ=60)
GAACTCTCTGGCAGGTATAGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCT < SRR3722072.564947/100‑1 (MQ=60)
CTCTGGCAGGTATAGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGC > SRR3722072.130043/1‑100 (MQ=60)
CTGGCAGGTATAGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGG > SRR3722072.289737/1‑100 (MQ=60)
GGTATAGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTAT > SRR3722072.36789/1‑100 (MQ=60)
GTATAGATATGGGCAGAGTTTTACTCGACTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCCGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTACT > SRR3722072.830954/1‑100 (MQ=60)
GTATAGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATT > SRR3722072.257488/1‑100 (MQ=60)
GTATAGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATT < SRR3722072.159188/100‑1 (MQ=60)
GTATAGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATT > SRR3722072.453362/1‑100 (MQ=60)
TATAGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTA < SRR3722072.597087/100‑1 (MQ=60)
TAGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAG < SRR3722072.272231/100‑1 (MQ=60)
TAGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAG < SRR3722072.71343/100‑1 (MQ=60)
TAGATATGGGCAGAATTTTACTCCATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAG < SRR3722072.471743/100‑1 (MQ=60)
GATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGG > SRR3722072.458139/1‑100 (MQ=60)
ATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGA < SRR3722072.895850/100‑1 (MQ=60)
ATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGA < SRR3722072.148485/100‑1 (MQ=60)
GAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCctgtctcttatacacatct > SRR3722072.160814/1‑81 (MQ=60)
ATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGAAGCGGTAGATC < SRR3722072.651623/100‑1 (MQ=60)
ATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGAAGCGGTAGATC < SRR3722072.500750/100‑1 (MQ=60)
ATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGAAGCGGTAGATC < SRR3722072.358425/100‑1 (MQ=60)
ATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGAAGCGGTAGATC < SRR3722072.340383/100‑1 (MQ=60)
CTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGAAGCGGTAGATCAATACC < SRR3722072.636650/100‑1 (MQ=60)
CTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGAAGCGGTAGATCAATACC < SRR3722072.95909/100‑1 (MQ=60)
CGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAAGGAAGCGGTAGATCAATACCTG > SRR3722072.871291/1‑100 (MQ=60)
ATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGAAGCGGTAGATCAATACCTGAT > SRR3722072.550703/1‑100 (MQ=60)
CGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGAAGCGGTAGATCAATACCTGATAAATCA > SRR3722072.562128/1‑100 (MQ=60)
GAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGAAGCGGTAGATCAATACCTGATAAATCAATCGC > SRR3722072.40760/1‑100 (MQ=60)
GAGGTGATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGAAGCGGTAGATCAATACCTGATAAATCAATCGC < SRR3722072.268108/100‑1 (MQ=60)
GATTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGAAGCGGTAGATCAATACCTGATAAATCAATCGCAAACA > SRR3722072.71006/1‑100 (MQ=60)
TTAAGCAACTTGATGTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGAAGCGGTAGATCtgtctcttatacacatctccgagcccac > SRR3722072.607970/1‑72 (MQ=60)
GTTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGAAGCGGTAGATCAATACCTGATAAATCAATCGCAAACAGCAAGAACCAGTGTTC < SRR3722072.111475/100‑1 (MQ=60)
TTCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGAAGCGGTAGATCAATACCTGATAAATCAATCGCAAACAGCAAGAACCAGTGTTCC > SRR3722072.501260/1‑100 (MQ=60)
|
AAAATGATATTGGCGAGATATTTATGAACTCTCTGGCAGGTATAGATATGGGCAGAATTTTACTCGATTTATCGAATGAGGTGATTAAGCAACTTGATGATCTCGAGGTGCAGCGTAATCTTCCTCGTGCGGACCTATTAAGGGAAGCGGTAGATCAATACCTGATAAATCAATCGCAAACAGCAAGAACCAGTGTTCC > NZ_CP009273/4073064‑4073262
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
