Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I194 R1
|
197 |
32.2 |
1845014 |
95.2% |
1756453 |
85.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
4,484,479 |
A→G |
S14G (AGT→GGT) |
idnK → |
gluconokinase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 4,484,479 | 0 | A | G | 97.3%
| 128.0
/ NA
| 37 | S14G (AGT→GGT) | idnK | gluconokinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (15/21); total (15/22) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCGCCAGGCGTAGTATCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCA > NZ_CP009273/4484392‑4484560
|
ccgccAGGCGTAGTATCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGt < 1:347107/90‑1 (MQ=255)
aGGCGTAGTATCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTaa < 2:278859/90‑1 (MQ=255)
tCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGt < 2:356694/75‑1 (MQ=255)
tCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGt > 1:356694/1‑75 (MQ=255)
tCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAAtt < 1:245918/90‑1 (MQ=255)
gcagcaGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGGGGTAAAACATTAATTgg > 1:761642/1‑90 (MQ=255)
gcagcaGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGGGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGGTTTAGGGGGGGGTAAAACATTAATTgg > 2:295573/1‑90 (MQ=255)
agcagGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTa < 1:146014/90‑1 (MQ=255)
gcagGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAg > 1:119898/1‑90 (MQ=255)
gcagGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGGGGTAAAACATTAATTGGTAg > 1:129924/1‑90 (MQ=255)
agGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGt > 2:610715/1‑68 (MQ=255)
agGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGt < 1:610715/68‑1 (MQ=255)
agGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCa > 1:855765/1‑90 (MQ=255)
agGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGGGGTAAAACATTAATTGGTAGCa > 1:437150/1‑90 (MQ=255)
agGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGGGGTAAAACATTAATTGGTAGCa > 1:881326/1‑90 (MQ=255)
gatgatTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTg > 2:899329/1‑90 (MQ=255)
atgatTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGc < 2:855765/90‑1 (MQ=255)
tgatTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGcc < 1:592842/90‑1 (MQ=255)
gatTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCcg < 1:560497/90‑1 (MQ=255)
gatTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCcg < 1:295573/90‑1 (MQ=255)
atTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTa < 1:622571/62‑1 (MQ=255)
atTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTa > 2:622571/1‑62 (MQ=255)
ttCAGGAGATTTTAAATGGCGGGGGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGGGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCcgcg > 2:323899/1‑90 (MQ=255)
gaTTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTtattat < 2:1258/90‑1 (MQ=255)
aTTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATc < 2:385739/90‑1 (MQ=255)
ttttAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACAt < 2:118082/58‑1 (MQ=255)
ttttAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACAt > 1:118082/1‑58 (MQ=255)
tGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAAt < 1:112433/90‑1 (MQ=255)
ggCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAAtt > 2:737917/1‑90 (MQ=255)
gAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGAt < 1:531962/90‑1 (MQ=255)
tttATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGAc < 1:730353/90‑1 (MQ=255)
ttATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACg < 2:739407/90‑1 (MQ=255)
ttATTTTGATGGGCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGCCg < 2:663407/90‑1 (MQ=255)
gCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCaa < 1:826511/37‑1 (MQ=255)
gCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCaa > 2:826511/1‑37 (MQ=255)
gTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGcc < 2:542451/90‑1 (MQ=255)
tttCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCa < 2:357983/90‑1 (MQ=255)
|
CCGCCAGGCGTAGTATCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCA > NZ_CP009273/4484392‑4484560
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GAAATTATTATGCCGCCAGGCGTAGTATCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATG > NZ_CP009273/4484380‑4484577
|
GAAATTATTATGCCGCCAGGCGTAGTATCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGG < SRR3722072.146914/100‑1 (MQ=60)
GAAATTATTATGCCGCCAGGCGTAGTATCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGG < SRR3722072.434311/100‑1 (MQ=60)
AAATTATTATGCCGCCAGGCGTAGTATCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGG < SRR3722072.152817/100‑1 (MQ=60)
TATTATGCCGCCAGGCGTAGTATCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGT < SRR3722072.813003/100‑1 (MQ=60)
TTATGCCGCCAGGCGTAGTATCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTCAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAA < SRR3722072.260529/100‑1 (MQ=60)
tataagagacagGTATCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACAT < SRR3722072.621604/88‑1 (MQ=60)
agaagacggcattcgagataatcggaggtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACAT < SRR3722072.663310/39‑1 (MQ=60)
CCGCCAGGCGTAGTATCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACAT < SRR3722072.353212/100‑1 (MQ=60)
gatgtgtataagagacagAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAAT < SRR3722072.633682/82‑1 (MQ=60)
AGGCGTAGTATCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGGGGTAAAACATctgtc > SRR3722072.363005/1‑95 (MQ=60)
GCGTAGTATCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGGGGTAAAACATTAATTGG > SRR3722072.775068/1‑100 (MQ=60)
TAGTATCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAG > SRR3722072.122091/1‑100 (MQ=60)
TAGTATCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGGGGTAAAACATTAATTGGTAG > SRR3722072.132266/1‑100 (MQ=60)
GTATCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCA > SRR3722072.870535/1‑100 (MQ=60)
GTATCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGGGGTAAAACATTAATTGGTAGCA > SRR3722072.445118/1‑100 (MQ=60)
GTATCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGGGGTAAAACATTAATTGGTAGCA > SRR3722072.896490/1‑100 (MQ=60)
TCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGG < SRR3722072.250051/100‑1 (MQ=60)
AGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGC < SRR3722072.148616/100‑1 (MQ=60)
taatcggacgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCG < SRR3722072.840869/57‑1 (MQ=60)
TGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTAT < SRR3722072.603430/100‑1 (MQ=60)
GATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATC < SRR3722072.300688/100‑1 (MQ=60)
GATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATC < SRR3722072.570556/100‑1 (MQ=60)
ATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCtgtctcttatacacatctccg > SRR3722072.120254/1‑79 (MQ=60)
TGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGG < SRR3722072.114504/100‑1 (MQ=60)
GAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATC < SRR3722072.541552/100‑1 (MQ=60)
TTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATC < SRR3722072.743310/100‑1 (MQ=60)
GGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAA > SRR3722072.658090/1‑100 (MQ=60)
GGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATG < SRR3722072.750997/100‑1 (MQ=60)
GGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAAAG < SRR3722072.79702/100‑1 (MQ=60)
|
GAAATTATTATGCCGCCAGGCGTAGTATCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATG > NZ_CP009273/4484380‑4484577
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
