Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I199 R1
|
220 |
57.5 |
3163680 |
97.0% |
3068769 |
86.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
592,895 |
A→C |
L103F (TTA→TTC) |
cusF → |
Cu(+)/Ag(+) efflux RND transporter periplasmic metallochaperone CusF |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 592,895 | 0 | A | C | 97.8%
| 147.9
/ ‑3.7
| 46 | L103F (TTA→TTC) | cusF | Cu(+)/Ag(+) efflux RND transporter periplasmic metallochaperone CusF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base C (17/28); total (17/29) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.47e-01 |
ATCACCCCGCAGACGAAAATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTACAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCGCGCTTATTATCGGCAGCATGATCGCGGGCGGTAT > NZ_CP009273/592809‑592981
|
aTCACCCCGCAGACGAAAATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAg < 1:1149661/90‑1 (MQ=255)
aTCACCCCGCAGACGAAAATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAg > 2:389895/1‑90 (MQ=255)
aTCACCCCGCAGACGAAAATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAg < 2:413843/90‑1 (MQ=255)
aTCACCCCGCAGACGAAAATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAg < 2:507498/90‑1 (MQ=255)
aTCACCCCGCAGACGAAAATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAg < 1:1276706/90‑1 (MQ=255)
tCACCCCGCAGACGAAAATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAgg > 2:1272922/1‑90 (MQ=255)
cACCCCGCAGACGAAAATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGa < 2:1064930/90‑1 (MQ=255)
aCCCCGCAGACGAAAGTGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAg < 2:344247/87‑1 (MQ=255)
aCCCCGCAGACGAAAGTGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAg > 1:344247/1‑87 (MQ=255)
aCCCCGCAGACGAAAATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGat > 1:1315350/1‑90 (MQ=255)
aCCCCGCAGACGAAAATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGat > 2:1230805/1‑90 (MQ=255)
ccGCAGACGAAAATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATAtt < 1:536503/90‑1 (MQ=255)
cGCAGACGAAAATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTa > 2:989136/1‑90 (MQ=255)
gCAGACGAAAATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTaa > 2:1117839/1‑90 (MQ=255)
aCGGAAATGAGTGTAATTAAAACCAAAGACAAAGTGGCGTTTAATTATGTCCAACGGGTCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTc > 1:902643/1‑90 (MQ=255)
aCGAAAATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTc < 1:878726/90‑1 (MQ=255)
cGAAAATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCa < 1:1477832/90‑1 (MQ=255)
cGAAAATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCCTTCTTTATTCCAg < 1:796620/77‑1 (MQ=255)
cGAAAATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCCTTCTTTATTCCAg > 2:796620/1‑77 (MQ=255)
gAAAATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAg < 2:34477/90‑1 (MQ=255)
gAAAATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAg < 2:95434/90‑1 (MQ=255)
tGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGt < 2:1408988/90‑1 (MQ=255)
gAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAAccc > 2:311032/1‑90 (MQ=255)
gAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAAccc < 2:325523/90‑1 (MQ=255)
gAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAAccc < 2:218133/90‑1 (MQ=255)
gAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAAccc < 2:1315350/90‑1 (MQ=255)
aTTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAgg > 1:813127/1‑90 (MQ=255)
aaaaCCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGttt > 2:112175/1‑90 (MQ=255)
ggCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATgag > 2:444466/1‑90 (MQ=255)
gCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATgaga < 1:1230805/90‑1 (MQ=255)
gCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTACAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATgaga < 2:1160479/90‑1 (MQ=255)
gTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATcgc > 1:173166/1‑90 (MQ=255)
ttAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCgcgc > 2:1379630/1‑90 (MQ=255)
tAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCGCGCt < 1:672481/90‑1 (MQ=255)
gTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCGCGCt < 1:991320/83‑1 (MQ=255)
gTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCGCGCt > 2:991320/1‑83 (MQ=255)
cagcagGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCGCGCTTATTATCGgc < 1:1517912/90‑1 (MQ=255)
agcagGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCGCGCTTATTATCGgca < 1:444466/90‑1 (MQ=255)
gCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCGCGCTTATTATCGGCAGCATGa < 2:813127/90‑1 (MQ=255)
ctttctttATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCGCGCTTATTATCGGCAGCATGATcgcg > 2:981906/1‑90 (MQ=255)
tctttATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCGCGCTTATTATCGGCAGCATGATCgcgggc < 2:744062/90‑1 (MQ=255)
ctttATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCGCGCTTATTATCGGCAGCATGATCgcgggcg < 2:173166/90‑1 (MQ=255)
ctttATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCGCGCTTATTATCGGCAGCATGATCgcgggcg < 1:1117839/90‑1 (MQ=255)
ctttATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCGCGCTTATTATCGGCAGCATGATCgcgggcg < 1:989516/90‑1 (MQ=255)
ctttATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCGCGCTTATTATCGGCAGCATGATCgcgggcg < 2:410782/90‑1 (MQ=255)
ctttATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCGCGCTTATTATCGGCAGCATGATCgcgggcg < 1:363712/90‑1 (MQ=255)
attcCAGGATATTAAAGTCGGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCGCGCTTATTATCGGCAGCATGATCGCGGGCGGgat > 1:1268294/1‑90 (MQ=255)
|
ATCACCCCGCAGACGAAAATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTACAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCGCGCTTATTATCGGCAGCATGATCGCGGGCGGTAT > NZ_CP009273/592809‑592981
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CTTTACCATCACCCCGCAGACGAAAATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTACAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCGCGCTTATTATCGGCAGCATGATCGCGGGCGGTATTATTTCTGCGG > NZ_CP009273/592802‑592992
|
CTTTACCATCACCCCGCAGACGAAAGTGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGAT > SRR3722078.348456/1‑100 (MQ=60)
CTTTACCATCACCCCGCAGACGAAAATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGAT > SRR3722078.1336370/1‑100 (MQ=60)
cagACCCCGCAGACGAAAATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCCTTCTTTATTCCAGGATATTAAAG < SRR3722078.807092/97‑1 (MQ=60)
ATCACCCCGCAGACGAAAATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAG < SRR3722078.1167386/100‑1 (MQ=60)
ATCACCCCGCAGACGAAAATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAG < SRR3722078.1296998/100‑1 (MQ=60)
CACCTGGCAGACGGAAATGAGTGTAATTAAAACCAAAGACAAAGTGGCGTTTAATTATGTCCAACGGGTCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTC > SRR3722078.914753/1‑100 (MQ=40)
CCGCAGACGAAAATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCC < SRR3722078.542846/100‑1 (MQ=60)
ACGAAAATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAAC < SRR3722078.890537/100‑1 (MQ=60)
CGAAAATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACC < SRR3722078.1501940/100‑1 (MQ=60)
AATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGG > SRR3722078.823884/1‑100 (MQ=60)
cgaccaccgagatctacacgaccgccatcgtcggcagcgtcagatgtgtataagagacagTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGT < SRR3722078.864677/40‑1 (MQ=60)
GCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAAT < SRR3722078.1250205/100‑1 (MQ=60)
ACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCGC > SRR3722078.175193/1‑100 (MQ=60)
TAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCGCGCTTATTATCGGC < SRR3722078.680184/100‑1 (MQ=60)
TAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCGCGCTTATTATCGGC < SRR3722078.1005719/100‑1 (MQ=60)
CAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCGCGCTTATTATCGGCAGCATGATCG < SRR3722078.1542668/100‑1 (MQ=60)
AGCAGGGCAACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCGCGCTTATTATCGGCAGCATGATCGC < SRR3722078.449789/100‑1 (MQ=60)
ACCTTTCTTTATTCCAGGATATTAAAGTCGGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCGCGCTTATTATCGGCAGCATGATCGCGGGCGGGAT > SRR3722078.1288416/1‑100 (MQ=60)
CTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCGCGCTTATTATCGGCAGCATGATCGCGGGCGGTATTATTTC < SRR3722078.368152/100‑1 (MQ=60)
CTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCGCGCTTATTATCGGCAGCATGATCGCGGGCGGTATTATTTC < SRR3722078.1003879/100‑1 (MQ=60)
CTTTATTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCGCGCTTATTATCGGCAGCATGATCGCGGGCGGTATTATTTC < SRR3722078.1134907/100‑1 (MQ=60)
TTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCGCGCTTATTATCGGCAGCATGATCGCGGGCGGTATTATTTCTGCGG > SRR3722078.599137/1‑100 (MQ=60)
TTCCAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCGCGCTTATTATCGGCAGCATGATCGCGGGCGGTATTATTTCTGCGG > SRR3722078.1324002/1‑100 (MQ=60)
|
CTTTACCATCACCCCGCAGACGAAAATGAGTGAAATTAAAACCGGCGACAAAGTGGCGTTTAATTTTGTCCAGCAGGGCAACCTTTCTTTATTACAGGATATTAAAGTCAGCCAGTAACCCAGGTTTAATGAGATGAAAAAAATCGCGCTTATTATCGGCAGCATGATCGCGGGCGGTATTATTTCTGCGG > NZ_CP009273/592802‑592992
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
