Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I199 R1
|
220 |
57.5 |
3163680 |
97.0% |
3068769 |
86.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
2,038,183 |
(T)5→4 |
intergenic (+78/‑236) |
BW25113_RS10330 → / → yeeJ |
tRNA‑Asn/inverse autotransporter adhesin YeeJ |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 2,038,179 | 0 | T | . | 100.0%
| 143.4
/ NA
| 34 | intergenic (+74/‑240) | BW25113_RS10330/yeeJ | tRNA‑Asn/inverse autotransporter adhesin YeeJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (16/18); total (16/18) |
CAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCG > NZ_CP009273/2038095‑2038255
|
cAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGttttaa < 1:23313/90‑3 (MQ=255)
agagGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGttttaac < 1:625252/90‑4 (MQ=255)
aaaTTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAgc < 2:1093819/90‑1 (MQ=255)
aaaTTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAgc < 1:873749/90‑1 (MQ=255)
aaTTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAgcg < 2:495429/90‑1 (MQ=255)
aaaaaTTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCg < 1:895533/90‑1 (MQ=255)
aaaaaTTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCg < 2:473653/90‑1 (MQ=255)
aaaaaTTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCg < 2:698905/90‑1 (MQ=255)
aaTTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGAcc < 1:529566/90‑1 (MQ=255)
aaTTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGAcc < 2:1069583/90‑1 (MQ=255)
aTGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGttt < 1:568794/90‑1 (MQ=255)
aTGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGttt > 2:713250/1‑90 (MQ=255)
cACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAgc > 2:700003/1‑57 (MQ=255)
cACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAgc < 1:700003/57‑1 (MQ=255)
gACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGa > 1:1512146/1‑90 (MQ=255)
gACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGa < 1:1471299/90‑1 (MQ=255)
gACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGa > 2:740940/1‑90 (MQ=255)
gACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGa > 2:8818/1‑90 (MQ=255)
ccTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAAc > 2:1001000/1‑90 (MQ=255)
ccTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAAc > 2:826305/1‑90 (MQ=255)
ttAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGc > 1:706000/1‑90 (MQ=255)
tGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTGTGAACGCCATCa < 1:458979/90‑1 (MQ=255)
tGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCa < 1:8818/90‑1 (MQ=255)
gAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGAcc > 2:1007022/1‑53 (MQ=255)
gAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGAcc < 1:1007022/53‑1 (MQ=255)
gAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCAc > 2:1538459/1‑90 (MQ=255)
gAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCAc > 2:71638/1‑90 (MQ=255)
ttGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCAttt > 2:213196/1‑90 (MQ=255)
ttGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCAttt > 1:208280/1‑90 (MQ=255)
ttGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCAttt > 1:1354077/1‑90 (MQ=255)
ttttAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTcccc > 1:1456634/1‑90 (MQ=255)
ttAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTc < 2:1456634/90‑1 (MQ=255)
tAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCg < 2:1258361/90‑1 (MQ=255)
tAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCg < 1:1313174/90‑1 (MQ=255)
gCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTcccc > 2:1411514/1‑78 (MQ=255)
gCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTcccc < 1:1411514/78‑1 (MQ=255)
|
CAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCG > NZ_CP009273/2038095‑2038255
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAG > NZ_CP009273/2038095‑2038281
|
CAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGC < SRR3722078.23607/100‑1 (MQ=60)
AGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCG < SRR3722078.632448/100‑1 (MQ=60)
cgtcagatgtgtataagagacagAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACC < SRR3722078.708434/77‑1 (MQ=60)
AAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACC < SRR3722078.885470/100‑1 (MQ=60)
AAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGG < SRR3722078.907566/100‑1 (MQ=60)
gcagcgtcagatgtgtataagagacagGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTG < SRR3722078.1021807/73‑1 (MQ=60)
AATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTG < SRR3722078.535823/100‑1 (MQ=60)
CAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGA > SRR3722078.1536809/1‑100 (MQ=60)
ATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAAC < SRR3722078.575461/100‑1 (MQ=60)
GTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGC > SRR3722078.714544/1‑100 (MQ=60)
GACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCAC < SRR3722078.1495305/100‑1 (MQ=60)
TAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTT > SRR3722078.210797/1‑100 (MQ=60)
TAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTT > SRR3722078.1375811/1‑100 (MQ=60)
TGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTGTGAACGCCATCACCATTTTCCC < SRR3722078.464461/100‑1 (MQ=60)
TGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCC < SRR3722078.8910/100‑1 (MQ=60)
GAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCC > SRR3722078.1480380/1‑100 (MQ=60)
agTTAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAA < SRR3722078.1434421/98‑1 (MQ=60)
TAACGGATAGCGGG‑TTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAAC < SRR3722078.1334154/100‑1 (MQ=60)
GGTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCA > SRR3722078.140331/1‑100 (MQ=60)
TTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAG < SRR3722078.765039/100‑1 (MQ=60)
TTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCATCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAG < SRR3722078.1222864/100‑1 (MQ=60)
|
CAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAG > NZ_CP009273/2038095‑2038281
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
