Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I199 R1
|
220 |
57.5 |
3163680 |
97.0% |
3068769 |
86.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
2,982,555 |
T→C |
F232S (TTC→TCC) |
yqeI → |
transcriptional regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 2,982,555 | 0 | T | C | 94.7%
| 217.6
/ 4.4
| 75 | F232S (TTC→TCC) | yqeI | transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/2); new base C (26/45); total (28/47) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.26e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.47e-01 |
ATTGATGGGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTTCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCC > NZ_CP009273/2982470‑2982641
|
aTTGATGGGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTTCCct > 2:94116/1‑90 (MQ=255)
aTTGATGGGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCct < 2:1138752/90‑1 (MQ=255)
gATGGGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCtt > 2:311559/1‑90 (MQ=255)
gATGGGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCtt > 1:1018593/1‑90 (MQ=255)
tGGGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCctct > 1:1179548/1‑87 (MQ=255)
tGGGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCctct < 2:1179548/87‑1 (MQ=255)
tGGGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGc > 2:1049137/1‑90 (MQ=255)
gTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCaaa > 2:711412/1‑90 (MQ=255)
gTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCaaa > 1:1453039/1‑90 (MQ=255)
tGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTTCCCTCTTGCAAAAt > 1:794089/1‑90 (MQ=255)
agTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCAc > 2:528704/1‑90 (MQ=255)
gTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCAcc > 2:1169790/1‑90 (MQ=255)
gTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCAcc > 2:526313/1‑90 (MQ=255)
gTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCAcc > 1:1111973/1‑90 (MQ=255)
gTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCAcc > 1:1335699/1‑90 (MQ=255)
ttCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCg < 2:1335699/90‑1 (MQ=255)
ttCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCg < 1:358954/90‑1 (MQ=255)
aTAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGga < 2:7097/90‑1 (MQ=255)
aaaTATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGgatg < 1:773430/90‑1 (MQ=255)
aaaTATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGgatg < 2:781810/90‑1 (MQ=255)
aaaTATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGgatg < 2:1227508/90‑1 (MQ=255)
aaaTATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGgatg < 1:140201/90‑1 (MQ=255)
aaaTATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGgatg < 2:872902/90‑1 (MQ=255)
aaaTATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGgatg < 2:902024/90‑1 (MQ=255)
aaaTATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGgatg < 1:730342/90‑1 (MQ=255)
aaaTATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGgatg < 1:1169790/90‑1 (MQ=255)
atatAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTTCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGgatgat < 1:94116/90‑1 (MQ=255)
atatAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGgatgat < 2:909554/90‑1 (MQ=255)
taAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGt < 2:59868/90‑1 (MQ=255)
aaaaCACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGtt > 1:1294655/1‑90 (MQ=255)
cGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCa > 1:364316/1‑90 (MQ=255)
cGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCa > 1:528386/1‑90 (MQ=255)
cGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCa > 1:1449951/1‑90 (MQ=255)
cGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCa > 1:484295/1‑90 (MQ=255)
cGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGT‑AAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCAt > 1:219320/1‑90 (MQ=255)
gATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATg < 2:910873/90‑1 (MQ=255)
gATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATg < 1:229823/90‑1 (MQ=255)
gATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATg < 1:213248/90‑1 (MQ=255)
gATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATg < 1:213247/90‑1 (MQ=255)
tACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCa < 2:364316/90‑1 (MQ=255)
ggATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGc < 1:820843/85‑1 (MQ=255)
ggATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGc > 2:820843/1‑85 (MQ=255)
ggATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATaa > 2:91627/1‑90 (MQ=255)
ggATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATaa > 1:1205040/1‑90 (MQ=255)
gATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTTCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATaaa < 2:647099/90‑1 (MQ=255)
gATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATaaa < 1:201698/90‑1 (MQ=255)
gATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATaaa < 2:1294655/90‑1 (MQ=255)
gATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATaaa < 1:903720/90‑1 (MQ=255)
aTTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATaaaa > 2:53530/1‑90 (MQ=255)
tCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAAc > 2:900044/1‑90 (MQ=255)
cGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACt > 2:742893/1‑90 (MQ=255)
aTTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAAc > 2:375088/1‑90 (MQ=255)
ttAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAAcc < 1:472693/90‑1 (MQ=255)
tAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGa < 2:653484/90‑1 (MQ=255)
tAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGa < 2:1205040/90‑1 (MQ=255)
aaaaaCATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAg < 1:528704/90‑1 (MQ=255)
aTCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCaa < 1:1098524/90‑1 (MQ=255)
aTCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCaa < 2:1453039/90‑1 (MQ=255)
tCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGGATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCaaa > 2:1561482/1‑90 (MQ=255)
tCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCaaa > 2:448705/1‑90 (MQ=255)
tCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCaaa < 1:262238/90‑1 (MQ=255)
tCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCaaa < 1:1529217/90‑1 (MQ=255)
ccGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGGATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAAc < 1:1561482/90‑1 (MQ=255)
ccGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAAc < 2:57686/90‑1 (MQ=255)
ccGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAAc < 2:19820/90‑1 (MQ=255)
ccGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAAc < 2:146647/90‑1 (MQ=255)
ccGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAAc < 1:711412/90‑1 (MQ=255)
gTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGttt < 2:52594/90‑1 (MQ=255)
ataCTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAAc < 2:1108520/90‑1 (MQ=255)
aCTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAAccc < 1:171692/90‑1 (MQ=255)
aCTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAAccc < 2:53869/90‑1 (MQ=255)
aCTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAAccc < 1:433432/90‑1 (MQ=255)
aCTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAAccc < 2:1297709/90‑1 (MQ=255)
aCTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAAccc < 2:809008/90‑1 (MQ=255)
aCTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAAccc < 2:1513467/90‑1 (MQ=255)
|
ATTGATGGGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTTCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCC > NZ_CP009273/2982470‑2982641
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TAACAGAAGATACAATTGATGGGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTTCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCG > NZ_CP009273/2982456‑2982651
|
TAACAGAAGATACAATTGATGGGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTC < SRR3722078.73627/100‑1 (MQ=60)
TAACAGAAGATACAATTGATGGGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTC < SRR3722078.1143262/100‑1 (MQ=60)
TAACAGAAGATACAATTGATGGGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTC < SRR3722078.1540177/100‑1 (MQ=60)
TAACAGAAGATACAATTGATGGGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTC < SRR3722078.900667/100‑1 (MQ=60)
TAACAGAAGATACAATTGATGGGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTC < SRR3722078.1342497/100‑1 (MQ=60)
AGATACAATTGATGGGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTT > SRR3722078.1033632/1‑100 (MQ=60)
ATACAATTGATGGGTTGAAAGAGGTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGC > SRR3722078.1197960/1‑100 (MQ=60)
CAATTGATGGGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAA > SRR3722078.1476726/1‑100 (MQ=60)
ATTGATGGGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTTCCCTCTTGCAAAAT > SRR3722078.804499/1‑100 (MQ=60)
GGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACC > SRR3722078.1357113/1‑100 (MQ=60)
GGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACC > SRR3722078.1128948/1‑100 (MQ=60)
TTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTG < SRR3722078.363330/100‑1 (MQ=60)
CGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTT > SRR3722078.1315271/1‑100 (MQ=60)
AAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGG < SRR3722078.141834/100‑1 (MQ=60)
AAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGG < SRR3722078.1187980/100‑1 (MQ=60)
AAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGG < SRR3722078.783425/100‑1 (MQ=60)
AAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGG < SRR3722078.739478/100‑1 (MQ=60)
ATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTTCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCA < SRR3722078.95215/100‑1 (MQ=60)
ATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCA > SRR3722078.534630/1‑100 (MQ=60)
ATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCA > SRR3722078.490050/1‑100 (MQ=60)
ATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCA > SRR3722078.368761/1‑100 (MQ=60)
ATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCA > SRR3722078.1473594/1‑100 (MQ=60)
ATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGT‑AAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCAT > SRR3722078.221971/1‑100 (MQ=60)
CACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAA > SRR3722078.1223948/1‑100 (MQ=60)
GATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAAC < SRR3722078.232609/100‑1 (MQ=60)
GATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAAC < SRR3722078.215831/100‑1 (MQ=60)
GATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAAC < SRR3722078.215830/100‑1 (MQ=60)
ATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACT < SRR3722078.831705/100‑1 (MQ=60)
GATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACC < SRR3722078.915839/100‑1 (MQ=60)
GATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACC < SRR3722078.204128/100‑1 (MQ=60)
TTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGT < SRR3722078.478303/100‑1 (MQ=60)
AAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTG < SRR3722078.534950/100‑1 (MQ=60)
ATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAAC < SRR3722078.1115238/100‑1 (MQ=60)
TCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACC < SRR3722078.1554132/100‑1 (MQ=60)
TCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACC < SRR3722078.265441/100‑1 (MQ=60)
CCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGGATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCC < SRR3722078.1586893/100‑1 (MQ=60)
CCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCC < SRR3722078.720110/100‑1 (MQ=60)
TGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGT > SRR3722078.673009/1‑100 (MQ=60)
GTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCT > SRR3722078.6729/1‑100 (MQ=60)
ATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTAC > SRR3722078.161958/1‑100 (MQ=60)
ACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCG < SRR3722078.173699/100‑1 (MQ=60)
ACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCG < SRR3722078.438641/100‑1 (MQ=60)
|
TAACAGAAGATACAATTGATGGGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTTCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCG > NZ_CP009273/2982456‑2982651
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
