Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I199 R1
|
220 |
57.5 |
3163680 |
97.0% |
3068769 |
86.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
3,786,991 |
T→C |
D18G (GAT→GGT) |
yibB ← |
protein YibB |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 3,786,991 | 0 | T | C | 100.0%
| 149.8
/ NA
| 45 | D18G (GAT→GGT) | yibB | protein YibB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (13/32); total (13/32) |
TCAAGTGCGGCCAGACGCTCAAAGTAACTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAATCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTACTAATAAGACCATTAATATAAAAAAAGA > NZ_CP009273/3786904‑3787073
|
tCAAGTGCGGCCAGACGCTCAAAGTAACTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAAccc < 2:1052900/90‑1 (MQ=255)
ccAGACGCTCAAAGTAACTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCaa < 1:1339516/90‑1 (MQ=255)
cGCTCAAAGTAACTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCa < 2:120253/90‑1 (MQ=255)
cTCAAAGTAACTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCaaa < 2:589261/90‑1 (MQ=255)
tAACTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCa < 2:674799/90‑1 (MQ=255)
tAACTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCa < 2:1255288/90‑1 (MQ=255)
tAACTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCa < 2:359305/90‑1 (MQ=255)
tAACTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCa < 2:511515/90‑1 (MQ=255)
aaCTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACcccc < 2:49918/67‑1 (MQ=255)
aaCTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACcccc > 1:49918/1‑67 (MQ=255)
aaCTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAg < 1:1517213/90‑1 (MQ=255)
aaCTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAg < 1:1468765/90‑1 (MQ=255)
cTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTg < 2:465518/90‑1 (MQ=255)
cTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTg < 2:1477779/90‑1 (MQ=255)
cTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTg < 1:686001/90‑1 (MQ=255)
tAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGa < 2:564539/90‑1 (MQ=255)
tCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTgtggtg > 2:97100/1‑90 (MQ=255)
tCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTgtggtg > 1:1553617/1‑90 (MQ=255)
aaCTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTg < 2:723431/76‑1 (MQ=255)
aaCTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTg > 1:723431/1‑76 (MQ=255)
aaCTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGga > 2:547604/1‑90 (MQ=255)
aaCTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGga < 2:395684/90‑1 (MQ=255)
cTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGgatg < 1:835544/90‑1 (MQ=255)
cTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGgatg < 1:97100/90‑1 (MQ=255)
cTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGgatg < 1:487904/90‑1 (MQ=255)
gAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGgatgat > 1:1079959/1‑90 (MQ=255)
cGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTc < 2:1553617/90‑1 (MQ=255)
aGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTTCCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCAt < 1:783876/90‑1 (MQ=255)
aGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCAt < 1:894505/90‑1 (MQ=255)
gCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCAtt > 1:1579069/1‑90 (MQ=255)
cTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTa < 2:1079959/90‑1 (MQ=255)
cTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTa < 1:138784/90‑1 (MQ=255)
tAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCa > 2:1171619/1‑61 (MQ=255)
tAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCa < 1:1171619/61‑1 (MQ=255)
tAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTAc < 2:1337916/90‑1 (MQ=255)
gTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTACta > 1:1476215/1‑90 (MQ=255)
gTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTACta > 1:872373/1‑90 (MQ=255)
tttCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTACtaata < 1:400257/90‑1 (MQ=255)
tttCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTACtaata < 1:1294713/90‑1 (MQ=255)
tCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTACTAATAAg < 2:835593/90‑1 (MQ=255)
tCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTACTAATAAg < 2:857516/90‑1 (MQ=255)
tCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTACTAATAAg > 2:1200944/1‑90 (MQ=255)
aCCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTACTAATAAGACCATTa < 1:738486/90‑1 (MQ=255)
aGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTACTAATAAGACCATTAATATaaaaaa < 2:1030752/90‑1 (MQ=255)
gCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTACTAATAAGACCATTAATATaaaaaaa > 2:1535277/1‑90 (MQ=255)
aGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTACTAATAAGACCATTAATATAAAAAAAGa > 1:446189/1‑90 (MQ=255)
|
TCAAGTGCGGCCAGACGCTCAAAGTAACTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAATCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTACTAATAAGACCATTAATATAAAAAAAGA > NZ_CP009273/3786904‑3787073
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CATCTCATTTTCAAGTGCGGCCAGACGCTCAAAGTAACTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAATCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTACTAATAAGACCATTAATATAAAAAAAGAATTATATCATA > NZ_CP009273/3786894‑3787084
|
catcgtcggcagcgtcagatgtgtataagagacagAACTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAATCC < SRR3722078.1429526/65‑1 (MQ=60)
agcgtcagatgtgtataagagacagCGCTCAAAGTAACTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCC < SRR3722078.513191/75‑1 (MQ=60)
CATCTCATTTTCAAGTGCGGCCAGACGCTCAAAGTAACTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCC < SRR3722078.727861/100‑1 (MQ=60)
CATCTCATTTTCAAGTGCGGCCAGACGCTCAAAGTAACTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCC < SRR3722078.393895/100‑1 (MQ=60)
TTTTCAAGTGCGGCCAGACGCTCAAAGTAACTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTAC < SRR3722078.553014/100‑1 (MQ=60)
TTTCAAGTGCGGCCAGACGCTCAAAGTAACTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACC < SRR3722078.248132/100‑1 (MQ=60)
TTCAAGTGCGGCCAGACGCTCAAAGTAACTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCA < SRR3722078.959640/100‑1 (MQ=60)
TTCAAGTGCGGCCAGACGCTCAAAGTAACTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCA < SRR3722078.25836/100‑1 (MQ=60)
CCAGACGCTCAAAGTAACTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATA < SRR3722078.1360991/100‑1 (MQ=60)
accgagatctacacgaccgccatcgtcggcagcgtcagatgtgtataagagacagCCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGC < SRR3722078.850317/45‑1 (MQ=60)
CGCTCAAAGTAACTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGctgtctcttatac > SRR3722078.50499/1‑87 (MQ=60)
ccaccgagatctacacgaccgccatcgtcggcagcgtcagatgtgtataagagacagGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATGTGCAGTGATAATTG < SRR3722078.661926/43‑1 (MQ=60)
agatgtgtataagagacagCTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTG < SRR3722078.1189851/81‑1 (MQ=60)
AACTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGT < SRR3722078.1541957/100‑1 (MQ=60)
AACTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGT < SRR3722078.1492721/100‑1 (MQ=60)
CTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGG < SRR3722078.694072/100‑1 (MQ=60)
AAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTG > SRR3722078.1578916/1‑100 (MQ=60)
AATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGctgt > SRR3722078.732423/1‑96 (MQ=60)
AACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGAT > SRR3722078.1096304/1‑100 (MQ=60)
AACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATT > SRR3722078.1604768/1‑100 (MQ=60)
CTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTAC < SRR3722078.846662/100‑1 (MQ=60)
CTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTAC < SRR3722078.98239/100‑1 (MQ=60)
CTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTAC < SRR3722078.493698/100‑1 (MQ=60)
GAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTACTA > SRR3722078.1500295/1‑100 (MQ=60)
GAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTACTA > SRR3722078.884062/1‑100 (MQ=60)
AGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTTCCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTACTAATAAG < SRR3722078.794084/100‑1 (MQ=60)
AGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTACTAATAAG < SRR3722078.906528/100‑1 (MQ=60)
CTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTACTAATAAGAC < SRR3722078.140397/100‑1 (MQ=60)
TTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTACTAATAAGACCATTAA < SRR3722078.405114/100‑1 (MQ=60)
TTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTACTAATAAGACCATTAA < SRR3722078.1315331/100‑1 (MQ=60)
ACCCTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTACTAATAAGACCATTAATATAAAAAA < SRR3722078.747809/100‑1 (MQ=60)
CTTTATTAGCAGTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTACTAATAAGACCATTAATATAAAAAAAGA > SRR3722078.451527/1‑100 (MQ=60)
GTCCAACCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTACTAATAAGACCATTAATATAAAAAAAGAATTATATCATA > SRR3722078.1401993/1‑100 (MQ=60)
|
CATCTCATTTTCAAGTGCGGCCAGACGCTCAAAGTAACTAAAATAAACATCAACTGAACGAGCTAGTTTTTCACGGAACCCTTTATTAGCAGTCCAATCCCCTCTACCAATGTCAAAATATGCAGTGATAATTGTGGTGGATGATTTCATTACTAATAAGACCATTAATATAAAAAAAGAATTATATCATA > NZ_CP009273/3786894‑3787084
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
