Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I199 R1
|
220 |
57.5 |
3163680 |
97.0% |
3068769 |
86.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
3,791,182 |
A→C |
Y292S (TAC→TCC) |
waaL → |
O‑antigen ligase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 3,791,182 | 0 | A | C | 98.5%
| 224.6
/ ‑3.9
| 68 | Y292S (TAC→TCC) | waaL | O‑antigen ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base C (54/13); total (55/13) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.66e-01 |
AGAATCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTACGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGTTAGTT > NZ_CP009273/3791095‑3791267
|
aGAATCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCg > 1:110601/1‑90 (MQ=255)
gAATCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGa > 1:386807/1‑90 (MQ=255)
aaTCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGaa > 1:140966/1‑90 (MQ=255)
aTCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGaaa > 1:981025/1‑90 (MQ=255)
tCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAAt < 1:928785/90‑1 (MQ=255)
gCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTg > 1:449631/1‑90 (MQ=255)
gCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTg > 1:1511257/1‑90 (MQ=255)
gCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTg > 2:103277/1‑90 (MQ=255)
tGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATATCAATGCTAGTAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTaaa < 2:863970/90‑1 (MQ=255)
aaGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAata > 1:837764/1‑90 (MQ=255)
aaGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAata > 1:1333114/1‑90 (MQ=255)
gCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAatata > 1:29241/1‑90 (MQ=255)
gCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAatata > 1:226314/1‑90 (MQ=255)
gCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAatata > 2:1565575/1‑90 (MQ=255)
gCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAatata > 2:2843/1‑90 (MQ=255)
aCTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGt > 1:1416748/1‑90 (MQ=255)
gTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCttttt < 2:1098385/90‑1 (MQ=255)
gTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCttttt > 2:983160/1‑90 (MQ=255)
tataCCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCa > 2:520920/1‑90 (MQ=255)
ataCCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCAt < 1:1304348/90‑1 (MQ=255)
aaTGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGa > 2:1357054/1‑90 (MQ=255)
aaTGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGa > 1:74422/1‑90 (MQ=255)
aaTGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGa > 2:166301/1‑90 (MQ=255)
aaTGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGa > 1:903022/1‑90 (MQ=255)
aaTGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGa > 1:1304862/1‑90 (MQ=255)
aaTGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGa > 1:1194897/1‑90 (MQ=255)
tGCTAATAGTGTTACTTCCTTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATc > 2:1000239/1‑90 (MQ=255)
tGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAGTGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATc > 2:361818/1‑90 (MQ=255)
tGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATc > 2:1021339/1‑90 (MQ=255)
tGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATc > 1:1324844/1‑90 (MQ=255)
aaTAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATcagca > 1:1549429/1‑90 (MQ=255)
aTAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATcagcag < 2:903022/90‑1 (MQ=255)
aTAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATcagcag < 2:1352920/90‑1 (MQ=255)
aTAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATcagcag < 2:968311/90‑1 (MQ=255)
tgtTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGAt > 2:1330451/1‑80 (MQ=255)
tgtTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGAt < 1:1330451/80‑1 (MQ=255)
tgtTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTc > 2:307808/1‑90 (MQ=255)
gtTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCa > 1:1103468/1‑90 (MQ=255)
gtTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCa > 1:1022634/1‑90 (MQ=255)
gtTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCa > 2:893603/1‑90 (MQ=255)
gtTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCa > 2:662845/1‑90 (MQ=255)
gtTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCa > 2:55645/1‑90 (MQ=255)
gtTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCa > 1:1387156/1‑90 (MQ=255)
gtTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCa > 1:793057/1‑90 (MQ=255)
gtTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCa > 1:1476620/1‑90 (MQ=255)
gtTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATT‑GTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCAc > 1:965363/1‑90 (MQ=255)
ttACTTCCTTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCAc < 1:1000239/90‑1 (MQ=255)
ttACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCAc > 1:998681/1‑90 (MQ=255)
ttACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCAc < 1:927658/90‑1 (MQ=255)
ttACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCAc > 1:1470883/1‑90 (MQ=255)
ttACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCAc < 1:1021339/90‑1 (MQ=255)
tACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCAcg > 1:531753/1‑90 (MQ=255)
ttCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACgcgc < 2:1103468/90‑1 (MQ=255)
tCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCAcgcgat > 2:1308026/1‑88 (MQ=255)
ccTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGa > 2:1093911/1‑90 (MQ=255)
ccTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGa > 1:1094963/1‑90 (MQ=255)
ccTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGa > 2:896975/1‑90 (MQ=255)
ccTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGa > 2:841713/1‑90 (MQ=255)
ccTAGGTGCAAGACTGGCAATGTACGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGa > 1:277393/1‑90 (MQ=255)
aGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAg < 2:1124906/90‑1 (MQ=255)
gTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTa > 1:131396/1‑90 (MQ=255)
gTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTa > 1:386726/1‑90 (MQ=255)
ggCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGtt > 2:471004/1‑90 (MQ=255)
ggCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGtt > 2:725391/1‑90 (MQ=255)
ggCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGtt > 1:1328510/1‑90 (MQ=255)
ggCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGtt > 1:623327/1‑90 (MQ=255)
ggCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGtt > 1:399198/1‑90 (MQ=255)
aTGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGTTAGtt > 1:598195/1‑90 (MQ=255)
|
AGAATCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTACGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGTTAGTT > NZ_CP009273/3791095‑3791267
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AAACCAATACAGAATCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTACGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGTTAGTTGCAGAACACAATAG > NZ_CP009273/3791085‑3791281
|
AAACCAATACAGAATCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCG > SRR3722078.111907/1‑100 (MQ=60)
AACCAATACAGAATCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGA > SRR3722078.391516/1‑100 (MQ=60)
ACCAATACAGAATCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAA > SRR3722078.142608/1‑100 (MQ=60)
CCAATACAGAATCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAA > SRR3722078.995168/1‑100 (MQ=60)
CCAATACAGAATCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAA < SRR3722078.43758/100‑1 (MQ=60)
ATACAGAATCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTG > SRR3722078.1535905/1‑100 (MQ=60)
ATACAGAATCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTG > SRR3722078.455006/1‑100 (MQ=60)
TCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAAT < SRR3722078.941558/100‑1 (MQ=60)
CGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATA > SRR3722078.848913/1‑100 (MQ=60)
CGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATA > SRR3722078.1354472/1‑100 (MQ=60)
CTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATA > SRR3722078.229064/1‑100 (MQ=60)
CTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATA > SRR3722078.29604/1‑100 (MQ=60)
GCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGT > SRR3722078.1439760/1‑100 (MQ=60)
CAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGA > SRR3722078.1213629/1‑100 (MQ=60)
CAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGA > SRR3722078.1325668/1‑100 (MQ=60)
CAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGA > SRR3722078.915135/1‑100 (MQ=60)
CAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGA > SRR3722078.75304/1‑100 (MQ=60)
GTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATC > SRR3722078.1346022/1‑100 (MQ=60)
ATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGC < SRR3722078.1325148/100‑1 (MQ=60)
TACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCA > SRR3722078.1574677/1‑100 (MQ=60)
ATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTC < SRR3722078.1351746/100‑1 (MQ=60)
TGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCA > SRR3722078.1037779/1‑100 (MQ=60)
TGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCA > SRR3722078.803449/1‑100 (MQ=60)
TGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCA > SRR3722078.1120281/1‑100 (MQ=60)
TGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCA > SRR3722078.1500708/1‑100 (MQ=60)
TGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCA > SRR3722078.1409560/1‑100 (MQ=60)
TGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATT‑GTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCAC > SRR3722078.979105/1‑100 (MQ=60)
GCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCAC > SRR3722078.1013251/1‑100 (MQ=60)
GCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCAC > SRR3722078.1494877/1‑100 (MQ=60)
CTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACG > SRR3722078.538037/1‑100 (MQ=60)
GTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGA > SRR3722078.1111607/1‑100 (MQ=60)
GTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTACGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGA > SRR3722078.280775/1‑100 (MQ=60)
TTACTTCCTTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAG < SRR3722078.1014846/100‑1 (MQ=60)
TTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAG < SRR3722078.1036452/100‑1 (MQ=60)
TTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAG < SRR3722078.940408/100‑1 (MQ=60)
ACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTA > SRR3722078.132915/1‑100 (MQ=60)
ACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTA > SRR3722078.391435/1‑100 (MQ=60)
GTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGTT > SRR3722078.630509/1‑100 (MQ=60)
GTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGTT > SRR3722078.404036/1‑100 (MQ=60)
GTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGTT > SRR3722078.1349767/1‑100 (MQ=60)
AAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGTTAGTT > SRR3722078.605124/1‑100 (MQ=60)
GTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGTTAGTTGCAGAACACAAT > SRR3722078.1082459/1‑100 (MQ=60)
GTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGTTAGTTGCAGAACACAAT < SRR3722078.1560697/100‑1 (MQ=60)
CCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGTTAGTTGCAGAACACAATAG < SRR3722078.104500/100‑1 (MQ=60)
|
AAACCAATACAGAATCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTACGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGTTAGTTGCAGAACACAATAG > NZ_CP009273/3791085‑3791281
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
