Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F224 I0 R1
|
1457 |
284.0 |
9290224 |
95.7% |
8890744 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,799,737 |
C→A |
12.2% |
V123V (GTC→GTA) |
proW → |
glycine betaine transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,799,737 | 0 | C | A | 12.2%
| 1112.9
/ 80.1
| 312 | V123V (GTC→GTA) | proW | glycine betaine transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (130/143); new base A (26/13); total (156/156) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.89e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
TGGGTCGTTACCCATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAA > CP009273/2799588‑2799885
|
gggTCGTTACCCATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCg < 2:3783754/150‑1 (MQ=255)
tCGTTACCCATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGaa < 2:1671338/150‑1 (MQ=255)
ttACCCATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATgg < 2:2952585/150‑1 (MQ=255)
cccATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGgtg > 2:1076238/1‑150 (MQ=255)
cATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGtgtg < 2:4186421/150‑1 (MQ=255)
cATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTACAGAAATTTCTTCTGGGTATGGCCGCACCGGTGGAGATTTTCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGTGTCGGAATGGGtgtg < 2:794211/150‑1 (MQ=255)
aTTTCCGTCCCGTCGTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATACTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTgg < 1:1275523/150‑1 (MQ=255)
tttCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAAGTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGc < 2:1840056/150‑1 (MQ=255)
cgtcccgtcTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACg > 1:2811269/1‑150 (MQ=255)
gtcccgtcTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGc > 1:1038894/1‑150 (MQ=255)
gtcccgtcTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGc < 1:3755338/150‑1 (MQ=255)
tcccgtcTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCt < 2:4468491/150‑1 (MQ=255)
tcccgtcTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCt > 1:3328286/1‑150 (MQ=255)
gtcTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATAACCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGACGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGtt > 2:2308924/1‑150 (MQ=255)
tcTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGttt < 2:722999/150‑1 (MQ=255)
tcTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGttt < 1:898263/150‑1 (MQ=255)
ccAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCt > 1:2527853/1‑150 (MQ=255)
cAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTg < 2:4320943/150‑1 (MQ=255)
cAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTg > 2:2659934/1‑150 (MQ=255)
ggCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGAtt < 2:3103352/150‑1 (MQ=255)
gTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGcc > 2:4523444/1‑150 (MQ=255)
gTGCGCGTTCCGGTTGATTATAACCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGAACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGcc > 1:828528/1‑150 (MQ=255)
tGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCa < 2:405311/150‑1 (MQ=255)
cgTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCgg > 1:2454421/1‑150 (MQ=255)
gTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGgc < 2:2554673/150‑1 (MQ=255)
tCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGgcgc > 1:1857947/1‑150 (MQ=255)
cGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCaa > 1:2905057/1‑150 (MQ=255)
gTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATc < 2:3684786/150‑1 (MQ=255)
gTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATc > 1:2643614/1‑150 (MQ=255)
ttGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCg > 1:2031162/1‑150 (MQ=255)
gATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGt > 1:3465535/1‑150 (MQ=255)
gATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGt < 1:4187196/150‑1 (MQ=255)
ttATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGc > 1:1768083/1‑150 (MQ=255)
tataTCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGcc < 2:1848912/150‑1 (MQ=255)
atatCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCt > 2:4033944/1‑150 (MQ=255)
atCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTgg > 2:122806/1‑150 (MQ=255)
ccTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTc > 1:3678457/1‑150 (MQ=255)
cTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCg > 1:506091/1‑150 (MQ=255)
cTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGACTGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCg > 1:3374083/1‑150 (MQ=255)
aCGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAgg < 1:1215690/150‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAgg < 1:227523/150‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAgg < 1:227377/150‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAgg < 1:160705/150‑1 (MQ=255)
gTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGACTGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCaa > 1:2147554/1‑150 (MQ=255)
tttCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAAt < 2:1462579/150‑1 (MQ=255)
tCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATgg < 2:3194038/150‑1 (MQ=255)
tCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATgg < 2:3918691/150‑1 (MQ=255)
ccAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGt < 2:2965743/150‑1 (MQ=255)
ccAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGt < 2:3413860/150‑1 (MQ=255)
aGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGa < 1:971222/150‑1 (MQ=255)
cAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGACTGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGAct > 2:1150366/1‑150 (MQ=255)
aTTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGActct < 1:2721049/150‑1 (MQ=255)
ttGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTg > 2:2393017/1‑150 (MQ=255)
gctgctGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGgc < 1:2801080/150‑1 (MQ=255)
gctgGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCt < 2:742357/150‑1 (MQ=255)
ctgGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTg > 2:949756/1‑150 (MQ=255)
tgGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTgg > 2:452949/1‑150 (MQ=255)
tgGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTgg < 2:2024278/150‑1 (MQ=255)
tgGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTgg > 1:701804/1‑150 (MQ=255)
tgGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTgg > 1:559417/1‑150 (MQ=255)
tgGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTgg > 2:2769971/1‑150 (MQ=255)
ggTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGgtg > 1:4030909/1‑150 (MQ=255)
tATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGtt > 2:3030729/1‑150 (MQ=255)
aTGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTa < 2:2731813/150‑1 (MQ=255)
gCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAAc < 2:3376554/150‑1 (MQ=255)
cccGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAAcc < 1:1070086/150‑1 (MQ=255)
cACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGccc > 1:138237/1‑150 (MQ=255)
aCCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCct > 2:1330849/1‑150 (MQ=255)
aCCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCct < 1:164123/150‑1 (MQ=255)
ggTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCctgct > 1:2368731/1‑150 (MQ=255)
gTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCctgctg > 2:2625077/1‑150 (MQ=255)
gCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTc > 2:1800436/1‑150 (MQ=255)
cGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCt < 1:4244987/150‑1 (MQ=255)
gATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTg > 2:3850887/1‑150 (MQ=255)
gATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTg < 1:3058528/150‑1 (MQ=255)
tATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTAt > 1:2021167/1‑150 (MQ=255)
tATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTAt < 2:488501/150‑1 (MQ=255)
aTCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATc > 1:4105213/1‑150 (MQ=255)
aTCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATc < 1:269041/150‑1 (MQ=255)
tCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCg < 1:864021/150‑1 (MQ=255)
ttttCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCa < 1:2659934/150‑1 (MQ=255)
ttttCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCa < 1:1809109/150‑1 (MQ=255)
ttttCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCa < 1:4429158/150‑1 (MQ=255)
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gCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGat < 1:2076663/150‑1 (MQ=255)
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gggTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCga < 1:3609529/150‑1 (MQ=255)
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ggTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCgag > 2:540594/1‑150 (MQ=255)
|
TGGGTCGTTACCCATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAA > CP009273/2799588‑2799885
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
