Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F86 I0 R1
|
593 |
297.4 |
9515568 |
94.4% |
8982696 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,168,487 |
A→T |
30.8% |
D14E (GAT→GAA) |
gatA ← |
galactitol‑specific enzyme IIA component of PTS |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,168,487 | 0 | A | T | 30.8%
| 357.7
/ 231.6
| 221 | D14E (GAT→GAA) | gatA | galactitol‑specific enzyme IIA component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (78/75); new base T (34/34); total (112/109) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 |
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
TCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAATTCCCCGGACTGAATGC > CP009273/2168338‑2168635
|
tCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGa > 1:2243281/1‑150 (MQ=255)
acaATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTc < 1:2950932/150‑1 (MQ=255)
acaATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATc < 1:4130849/150‑1 (MQ=255)
acaATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTCAAAACTTAGCTACGATc > 1:4671821/1‑150 (MQ=255)
aaTGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGa > 2:162500/1‑150 (MQ=255)
aaTGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGa > 2:2538321/1‑150 (MQ=255)
aaTGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGa < 2:1980967/150‑1 (MQ=255)
cGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACaaa < 1:4396029/150‑1 (MQ=255)
ggTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACaaaa > 1:3056961/1‑150 (MQ=255)
gTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAg > 1:999899/1‑150 (MQ=255)
aTTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGaa > 1:2655546/1‑150 (MQ=255)
ttGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGaaa < 2:4583840/150‑1 (MQ=255)
gCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAAtt > 2:1186123/1‑150 (MQ=255)
aaTAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTcc < 1:2208427/150‑1 (MQ=255)
aaTAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTcc < 2:11561/150‑1 (MQ=255)
tAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGc > 2:2362631/1‑150 (MQ=255)
tAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGc > 2:576947/1‑150 (MQ=255)
gCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGTCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTa < 1:1020125/150‑1 (MQ=255)
gCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGTCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTa < 1:2441650/150‑1 (MQ=255)
cGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTAc > 1:1242489/1‑150 (MQ=255)
cGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTAc > 1:3635488/1‑150 (MQ=255)
cGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTAc > 1:340329/1‑150 (MQ=255)
gTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACg < 1:4042406/150‑1 (MQ=255)
tgctgcTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGa > 2:3902011/1‑150 (MQ=255)
gctgctCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGaa > 1:4399669/1‑150 (MQ=255)
ctgctCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGaac > 1:488082/1‑150 (MQ=255)
tgctCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGaaca < 2:3639468/150‑1 (MQ=255)
tCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGaacaaac > 1:1739669/1‑150 (MQ=255)
tCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGaacaaac > 1:1265261/1‑150 (MQ=255)
aaGCATTATCCCGGTAGGGTATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAg < 2:986890/150‑1 (MQ=255)
cATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGtt < 1:1639554/150‑1 (MQ=255)
cATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGtt < 1:147731/150‑1 (MQ=255)
aTTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTa < 2:450096/150‑1 (MQ=255)
ttATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAg > 2:4221962/1‑150 (MQ=255)
ttATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAg > 2:929393/1‑150 (MQ=255)
tCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCa < 1:3017051/150‑1 (MQ=255)
ggTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCAtata > 1:4514651/1‑150 (MQ=255)
gTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATAc > 1:1585507/1‑150 (MQ=255)
gggAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGt > 2:3933487/1‑150 (MQ=255)
gggAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGt > 2:3348818/1‑150 (MQ=255)
aaTTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCt > 1:3034266/1‑150 (MQ=255)
aaTTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCt > 1:56196/1‑150 (MQ=255)
aTTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCtt < 2:475041/150‑1 (MQ=255)
aTTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCtt < 2:441060/150‑1 (MQ=255)
aTTCTGCTTCTCTGGCAATTAAGGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCtt < 2:2037551/150‑1 (MQ=255)
cTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTAtt > 2:2092591/1‑150 (MQ=255)
tGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTc < 1:2073187/150‑1 (MQ=255)
gCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTcc > 2:694813/1‑150 (MQ=255)
cTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCg < 2:2652252/150‑1 (MQ=255)
tctcTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGca > 2:2216340/1‑150 (MQ=255)
tctGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACATTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGTTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATAACGTCCTTATTCCGcaca > 1:4373624/1‑150 (MQ=255)
ctGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAg > 2:200192/1‑150 (MQ=255)
cAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGt > 2:3587479/1‑150 (MQ=255)
aTTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAg > 2:3657229/1‑150 (MQ=255)
tAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCg > 2:2571664/1‑150 (MQ=255)
tAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCg < 2:755747/150‑1 (MQ=255)
gCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAg < 2:4645310/150‑1 (MQ=255)
cTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGgc < 2:2761638/150‑1 (MQ=255)
gCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCa < 1:1423066/150‑1 (MQ=255)
tCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAAcatca > 2:2284837/1‑150 (MQ=255)
tGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATCGGCGCGCAAAACATCATaa > 1:3803852/1‑150 (MQ=255)
tGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATaa > 1:3255773/1‑150 (MQ=255)
gAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATaaa > 2:1767486/1‑150 (MQ=255)
gAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATaaa < 1:2414187/150‑1 (MQ=255)
ccACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATTGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACTTCATAAAttt < 1:3118257/150‑1 (MQ=255)
cacaCCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAAtttt < 2:3338415/150‑1 (MQ=255)
cacaCCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAATCAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAAtttt < 1:2502251/150‑1 (MQ=255)
cTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCa < 2:1799185/150‑1 (MQ=255)
tttGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCAt < 1:916725/150‑1 (MQ=255)
ttGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATa > 1:3684188/1‑150 (MQ=255)
tGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATaa > 2:1408242/1‑150 (MQ=255)
ggCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAAt < 2:1100672/150‑1 (MQ=255)
ggCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAAt > 2:4384327/1‑150 (MQ=255)
gCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATc > 1:2812118/1‑150 (MQ=255)
gCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATc < 1:4277007/150‑1 (MQ=255)
tgAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCa > 2:1901193/2‑150 (MQ=255)
cGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCa > 2:4060870/1‑150 (MQ=255)
cGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCa > 2:4061097/1‑150 (MQ=255)
gAGCATCTCATGACCGATATGGGTTAAAACGTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAg < 1:2890217/150‑1 (MQ=255)
gCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCt > 1:2698592/1‑150 (MQ=255)
cATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTg < 2:390580/150‑1 (MQ=255)
tcATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGc < 2:1660992/150‑1 (MQ=255)
cATTACCGTTATGGGTTAAATCTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAAAAAACATGTTAGTCTTATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCATAACATCATTAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCg < 1:1079207/150‑1 (MQ=255)
cATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCg < 1:3467749/150‑1 (MQ=255)
tgaCCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGt < 1:929730/148‑1 (MQ=255)
cGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTg < 1:3509321/150‑1 (MQ=255)
cGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTg < 2:1816068/150‑1 (MQ=255)
atatGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCt > 2:3142012/1‑150 (MQ=255)
atGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGa < 1:4645578/150‑1 (MQ=255)
gggTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATa < 2:945661/150‑1 (MQ=255)
ttAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAAtt > 2:3273589/1‑150 (MQ=255)
tAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACACACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCCTAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAATTc < 2:2243281/150‑1 (MQ=255)
tAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAATTc < 2:3056961/150‑1 (MQ=255)
aaaaCTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAATTcc > 2:4629901/1‑150 (MQ=255)
aaaaCTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAATTcc > 1:4462140/1‑150 (MQ=255)
aaaCTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAATTccc < 2:1763702/150‑1 (MQ=255)
aaaCTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAATTccc < 2:836413/150‑1 (MQ=255)
cTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAATTCCCCgg > 1:1201168/1‑150 (MQ=255)
ttCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAATTCCCCGGa > 1:3000695/1‑150 (MQ=255)
gATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAATTCCCCGGACTGAATGc > 1:1773151/1‑150 (MQ=255)
|
TCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAATTCCCCGGACTGAATGC > CP009273/2168338‑2168635
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
