Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F181 I0 R1
|
1262 |
323.1 |
10297870 |
97.5% |
10040423 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
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position |
mutation |
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description |
| RA |
CP009273 |
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5.7% |
V98V (GTT→GTA) |
yohJ → |
UPF0299 family inner membrane protein |
|
| |
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ref |
new |
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reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,224,396 | 0 | T | A | 5.7%
| 1069.5
/ 41.2
| 317 | V98V (GTT→GTA) | yohJ | UPF0299 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (158/141); new base A (8/10); total (166/151) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.28e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.67e-01 |
Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
CTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTT > CP009273/2224247‑2224545
|
ctgctgGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGtt < 2:2799881/150‑1 (MQ=255)
tgGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCt < 2:3097614/150‑1 (MQ=255)
gCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCtgt < 2:4590301/150‑1 (MQ=255)
gCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCtgt > 1:4149948/1‑150 (MQ=255)
ccTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCtgtg > 1:3937412/1‑150 (MQ=255)
ccTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCtgtg > 2:4007417/1‑150 (MQ=255)
cTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGc > 2:3126890/1‑150 (MQ=255)
ttGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGca < 1:10318/150‑1 (MQ=255)
ttGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGca > 1:3603473/1‑150 (MQ=255)
aaaTTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGcagtca > 1:2447342/1‑150 (MQ=255)
aaTTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGcagtcag > 2:535294/1‑150 (MQ=255)
ttcttcCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTa > 1:2705224/1‑150 (MQ=255)
cGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCtgg < 2:4972503/150‑1 (MQ=255)
gCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCtggtg < 1:440186/150‑1 (MQ=255)
gCAAAATGGGTCAAGCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCtggtg < 2:3287705/150‑1 (MQ=255)
aaaaTGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTggtgg‑t > 1:4710922/1‑150 (MQ=255)
aaaTGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑tt > 1:1965013/1‑150 (MQ=255)
aaTGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑ttt > 2:156216/1‑150 (MQ=255)
tGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑ttttt < 1:4532463/150‑1 (MQ=255)
ggTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCt < 1:3916009/150‑1 (MQ=255)
gTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTATCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCtg > 1:3835142/1‑150 (MQ=255)
tCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCtgg < 1:2211544/150‑1 (MQ=255)
aTCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCtggtgg > 1:1459660/1‑150 (MQ=255)
aTCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCtggtgg < 1:4915428/150‑1 (MQ=255)
ggggTGCTACGTTGTGTTTCGCTATATGGCGCTGTTGTTTGTGCCGTTTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGGACAGTTTGGGCGGGTAGTGGTTTCCTGTGGAGTCTGTACGCTGGTGG‑TTTTTGTGGTGGTGAg > 1:705778/1‑150 (MQ=255)
ggggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAg > 1:3688717/1‑150 (MQ=255)
ggggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAg > 2:657402/1‑150 (MQ=255)
ggggTGATACGTACTGAATCGCTATATGGAGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGAAGGAGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCTCGCACCGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCATGAGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAg > 2:3448630/1‑150 (MQ=255)
gggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTTCTGGTGGTGAg > 1:3369864/1‑150 (MQ=255)
gggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGc < 2:4638015/150‑1 (MQ=255)
ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCt > 1:2602670/1‑150 (MQ=255)
tACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGt > 1:2757549/1‑150 (MQ=255)
aCGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGtt < 1:1550221/150‑1 (MQ=255)
tACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGc < 1:2818189/150‑1 (MQ=255)
aCTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCa < 2:2526748/150‑1 (MQ=255)
aCTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCa > 1:1183569/1‑150 (MQ=255)
cTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTaca > 2:4898896/1‑150 (MQ=255)
tataTGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTacac > 2:3742058/1‑150 (MQ=255)
tataTGGCGCTATTGTTTGTGCAGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTacac < 2:1367945/150‑1 (MQ=255)
tatGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACgg < 2:1742764/150‑1 (MQ=255)
atGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTATCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGt > 1:2048287/1‑150 (MQ=255)
agggCGCTATTGTTTGTGCCGCTTGGCGTAGGCGTCATGCAAGATTTTGCTTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACggn < 2:4712104/148‑2 (MQ=255)
tGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTg > 2:3994678/1‑150 (MQ=255)
gccgcTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGa < 1:3819740/148‑1 (MQ=255)
tATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTa > 1:340035/1‑150 (MQ=255)
aTTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTaa < 1:1337292/150‑1 (MQ=255)
aTTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTaa < 2:1668647/150‑1 (MQ=255)
ttgtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTaaa > 2:1261690/1‑150 (MQ=255)
ttgtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTaaa < 2:2488996/150‑1 (MQ=255)
tgtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAg < 1:4239329/150‑1 (MQ=255)
tgtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAg < 1:752460/150‑1 (MQ=255)
gtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTACAGt > 1:3503803/1‑150 (MQ=255)
gtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTATCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGt > 1:1912813/1‑150 (MQ=255)
tttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTATCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTc < 1:4856905/150‑1 (MQ=255)
tgtgCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGt < 2:5127115/150‑1 (MQ=255)
cGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTc > 2:4229654/1‑150 (MQ=255)
cGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATGTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTc < 2:3677263/150‑1 (MQ=255)
ggCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGaaa > 1:3747652/1‑150 (MQ=255)
cGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAgg > 1:3692361/1‑150 (MQ=255)
tAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGAt < 1:919177/150‑1 (MQ=255)
aGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATc < 1:1118035/150‑1 (MQ=255)
aGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATc < 1:3691473/150‑1 (MQ=255)
aGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATc > 1:4093803/1‑150 (MQ=255)
cGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCaga > 2:1352333/1‑150 (MQ=255)
gTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTATCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCagaa > 1:1644136/1‑150 (MQ=255)
cATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCagaaga > 2:2963312/1‑150 (MQ=255)
gCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAatg > 1:4491852/1‑150 (MQ=255)
cAATATTTTGATTTGCTCCGCACACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAatga > 1:78921/1‑150 (MQ=255)
ttttGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCg < 2:2075282/150‑1 (MQ=255)
ttGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGaa < 1:3884293/150‑1 (MQ=255)
tGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAat < 1:4185856/150‑1 (MQ=255)
aTTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAatat > 2:1867103/1‑150 (MQ=255)
aTTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAatat > 1:3298904/1‑150 (MQ=255)
tGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCtg > 2:793068/1‑150 (MQ=255)
gCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCtgg > 1:1413722/1‑150 (MQ=255)
gCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCtgg > 1:3003939/1‑150 (MQ=255)
cTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCtggt > 1:2591581/1‑150 (MQ=255)
cTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTATCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCtggt < 1:2842933/150‑1 (MQ=255)
cgcgCTCTGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTGTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAATTCGTTGTTCAGAAATGATCAGAAGTATGATGGCGAATATCTggtggt < 1:3448630/150‑1 (MQ=255)
gcgcACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGAAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTc > 2:439083/1‑150 (MQ=255)
gcACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCAt < 2:214925/150‑1 (MQ=255)
gcACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCAt > 2:4538035/1‑150 (MQ=255)
caGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTAc > 1:3128414/1‑150 (MQ=255)
aGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTAcc > 2:3238547/1‑150 (MQ=255)
aGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGGACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTAcc < 2:2184009/150‑1 (MQ=255)
ttGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCt > 1:4336464/1‑150 (MQ=255)
tGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTg > 1:5023680/1‑150 (MQ=255)
tGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTg < 1:62851/150‑1 (MQ=255)
ggCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGa > 1:23057/1‑150 (MQ=255)
cccGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACa > 2:3214007/1‑150 (MQ=255)
ccGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACat < 1:461852/150‑1 (MQ=255)
cGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACatt > 2:4132817/1‑150 (MQ=255)
cGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACatt > 2:3964475/1‑150 (MQ=255)
gTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACattgattg < 2:2269228/150‑1 (MQ=255)
gTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACattgattg < 1:2775378/150‑1 (MQ=255)
gTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCt > 2:580108/1‑150 (MQ=255)
tttCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCtt < 2:11866/150‑1 (MQ=255)
tttCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCtt > 2:748530/1‑150 (MQ=255)
tttCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCtt < 2:107272/150‑1 (MQ=255)
tttCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATGGATTGTCtt > 1:4041088/1‑150 (MQ=255)
|
CTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGG‑TTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTT > CP009273/2224247‑2224545
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
