Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F52 I0 R1
|
779 |
320.1 |
10410758 |
96.6% |
10056792 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,767,939 |
C→T |
5.3% |
Y421Y (TAC→TAT) |
yfjW → |
CP4‑57 prophage; putative inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,767,939 | 0 | C | T | 5.3%
| 955.4
/ 27.1
| 263 | Y421Y (TAC→TAT) | yfjW | CP4‑57 prophage; putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (130/118); new base T (7/7); total (138/125) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01 |
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
ATGTTGCACCTCTATCTAGGCTTGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACAGGTATCTCCCAGTTTAGTATCAACGGGA > CP009273/2767791‑2768087
|
aTGTTGCACCTCTATCTAGGCTTGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTac < 1:1187428/149‑1 (MQ=255)
aTGTTGCACCTCTATCTAGGCTTGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTac > 1:33900/1‑149 (MQ=255)
gCACCTCTATCTAGGCTTGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTAcaacaa > 1:625833/1‑149 (MQ=255)
gCACCTCTATCTAGGCTTGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTAcaacaa > 1:1089947/1‑149 (MQ=255)
ccTCTATCTATGCTTGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAg < 1:700139/149‑1 (MQ=255)
ccTCTATCTAGGCTTGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAg < 1:699946/149‑1 (MQ=255)
ccTCTATCTAGGCTTGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAg > 1:5118306/1‑149 (MQ=255)
ccTCTATCTAGGCTTGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAg < 1:2779342/149‑1 (MQ=255)
ccTCTATCTAGGCTTGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAg > 2:4306091/1‑149 (MQ=255)
ctatctaGGCTTGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGccc < 2:2997985/149‑1 (MQ=255)
tatctaGGCTTGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCt < 1:3261562/149‑1 (MQ=255)
tatctaGGCTTGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCt > 1:3458536/1‑149 (MQ=255)
atctaGGCTTGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCtt < 2:3108322/149‑1 (MQ=255)
aGGCTTGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGt < 1:2017766/149‑1 (MQ=255)
ggCTTGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGta > 1:4262264/1‑149 (MQ=255)
cTTGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGtact > 1:1859613/1‑149 (MQ=255)
ttGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGtacta > 2:4624089/1‑149 (MQ=255)
tGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGtactac < 2:3173359/149‑1 (MQ=255)
tAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCa > 2:2879017/1‑149 (MQ=255)
aaTAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGAc > 2:358534/1‑149 (MQ=255)
aaTAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGAc < 1:457791/149‑1 (MQ=255)
aTAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACt < 1:3458110/149‑1 (MQ=255)
aTAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACt > 2:2116828/1‑149 (MQ=255)
tAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTg > 2:576802/1‑149 (MQ=255)
aagaagATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGa > 2:2752191/1‑149 (MQ=255)
agaagaTGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAATTTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGAt < 2:1144296/149‑1 (MQ=255)
agaagaTGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGAt < 1:366998/149‑1 (MQ=255)
agaagaTGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGAt > 2:3336115/1‑149 (MQ=255)
gaagaTGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGAtt > 1:1360464/1‑149 (MQ=255)
gaagaTGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGAtt < 2:121864/149‑1 (MQ=255)
gaTGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTATAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTg > 2:4096125/1‑149 (MQ=255)
gaTGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTATAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTg > 2:5114768/1‑149 (MQ=255)
aGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTc > 1:3918619/1‑149 (MQ=255)
gtgAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCtat < 1:1662522/149‑1 (MQ=255)
tgAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCtata > 1:2155537/1‑149 (MQ=255)
tgAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCtata > 1:2655852/1‑149 (MQ=255)
tgAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCtata > 1:1324795/1‑149 (MQ=255)
gAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATaa > 2:2857078/1‑149 (MQ=255)
gAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATaa > 2:256337/1‑149 (MQ=255)
ccAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATaaaaaaa > 2:2291257/1‑149 (MQ=255)
ccAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATaaaaaaa > 2:4508314/1‑149 (MQ=255)
aGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACa > 1:1942296/1‑149 (MQ=255)
aaTATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATAcc > 2:1943876/1‑149 (MQ=255)
atatCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCa > 2:88792/1‑149 (MQ=255)
tCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGaa < 2:1989347/149‑1 (MQ=255)
tCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGaa < 1:2985967/149‑1 (MQ=255)
tCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGaa < 1:2800575/149‑1 (MQ=255)
cGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTATAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAg < 1:4878625/149‑1 (MQ=255)
cGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTATAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAg < 1:2275126/149‑1 (MQ=255)
gATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCt > 1:4369968/1‑149 (MQ=255)
gATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCt > 2:356268/1‑149 (MQ=255)
gATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCt < 2:4177959/149‑1 (MQ=255)
aTTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCtt > 2:3316705/1‑149 (MQ=255)
aTTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAAAATACCAGAAGCtt > 2:2968293/1‑149 (MQ=255)
aaCAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATa > 2:2542486/1‑149 (MQ=255)
aaCAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATa > 2:4137688/1‑149 (MQ=255)
aCAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATaa > 1:928832/1‑149 (MQ=255)
aaTACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAat > 2:2070089/1‑149 (MQ=255)
aaTACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAat > 1:821565/1‑149 (MQ=255)
aTACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAata > 1:4799631/1‑149 (MQ=255)
aCGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAatata > 2:4904216/1‑149 (MQ=255)
cGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAatatat > 1:3591794/1‑149 (MQ=255)
taACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATatgatg > 1:4170925/1‑149 (MQ=255)
taACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATatgatg > 2:3449935/1‑149 (MQ=255)
aCATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAGAATATATGATGAc > 1:3891377/1‑149 (MQ=255)
aCATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGAc < 2:1572432/149‑1 (MQ=255)
aCATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGAc > 1:3702650/1‑149 (MQ=255)
tAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATaa < 1:1130212/149‑1 (MQ=255)
tAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATaa < 1:1714421/149‑1 (MQ=255)
aTGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGc > 1:2533657/1‑149 (MQ=255)
aTGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGc < 1:3177205/149‑1 (MQ=255)
aaTTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATgg > 1:3832329/1‑149 (MQ=255)
ttACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGaa < 2:149780/149‑1 (MQ=255)
aCTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGaaaa < 2:3565834/149‑1 (MQ=255)
cTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGaaatt > 2:4976371/1‑147 (MQ=255)
cTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAAt < 1:2879017/149‑1 (MQ=255)
ttAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAAtt < 2:1367671/149‑1 (MQ=255)
aCGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAGTTATc > 2:1191820/1‑149 (MQ=255)
aCGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATc > 2:3780286/1‑149 (MQ=255)
gggTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCtt > 2:4042829/1‑149 (MQ=255)
tttACTTGTCCTAAAAACAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTga < 1:32524/149‑1 (MQ=255)
tACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTGCAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTgaga < 2:1109099/149‑1 (MQ=255)
tACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTgaga < 2:961366/149‑1 (MQ=255)
ttGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCa < 1:4997447/149‑1 (MQ=255)
tGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCaa > 2:3698857/1‑149 (MQ=255)
tGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCaa > 2:825392/1‑149 (MQ=255)
tGTACTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCaa < 2:3902422/149‑1 (MQ=255)
gTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAAc > 2:3953227/1‑149 (MQ=255)
gTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAAc < 2:4349241/149‑1 (MQ=255)
tcgtataaCCATATGATATTATTAATTACTACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGATAATTATCTTCACTGAGAGCAAct < 2:3786932/143‑2 (MQ=255)
aCCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACAGGTAtct > 1:2469335/1‑149 (MQ=255)
attattAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACAGGTATCTCCCAGTTTAg < 1:4624089/149‑1 (MQ=255)
attattAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACAGGTATCTCCCAGTTTAg < 2:5050787/149‑1 (MQ=255)
ttattaATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACAGGTATCTCCCAGTTTAGt < 2:4480953/149‑1 (MQ=255)
ttaattaCAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGAATTATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACAGGTATCTCCCAGTTTAGTATc < 2:559091/149‑1 (MQ=255)
aattaCAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACAGGTATCTCCCAGTTTAGTATCaa < 2:4262264/149‑1 (MQ=255)
attaCAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACAGGTATCTCCCAGTTTAGTATCAAc < 2:1980421/149‑1 (MQ=255)
taCAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACAGGTATCTCCCAGTTTAGTATCAACgg > 2:3811894/1‑149 (MQ=255)
acaacaATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACAGGTATCTCCCAGTTTAGTATCAACggg < 2:625833/149‑1 (MQ=255)
caacaaTAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACAGGTATCTCCCAGTTTAGTATCAACGGGa > 2:1411972/1‑149 (MQ=255)
|
ATGTTGCACCTCTATCTAGGCTTGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACAGGTATCTCCCAGTTTAGTATCAACGGGA > CP009273/2767791‑2768087
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
