Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F368 I0 R1
|
1472 |
214.4 |
7116750 |
95.9% |
6824963 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
469,232 |
G→T |
9.3% |
E271* (GAA→TAA) |
amtB → |
ammonium transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 469,232 | 0 | G | T | 9.3%
| 497.0
/ 20.4
| 140 | E271* (GAA→TAA) | amtB | ammonium transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (73/54); new base T (7/6); total (80/60) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
ATGGTCTTCACCGGGACTGCCATTCTCTATATCGGTTGGTTTGGCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCGGGCTTGTG > CP009273/469085‑469377
|
aTGGTCTTCACCGGGACTGCCATTCTCTATATCGGTTGGTTTGGCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTg > 1:1831632/1‑148 (MQ=255)
tGGTCTTCACCGGGACTGCCATTCTCTATATCGGTTGGTTTGGCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGa > 2:564159/1‑148 (MQ=255)
tGGTCTTCACCGGGACTGCCATTCTCTATATCGGTTGGTTTGGCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGa > 2:1642484/1‑148 (MQ=255)
tGGTCTTCACCGGGACTGCCATTCTCTATATCGGTTGGTTTGGCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGa > 1:926694/1‑148 (MQ=255)
cTTCACCGGGACTGCCATTCTCTATATCGGTTGGTTTGGCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATgg > 1:2811325/1‑148 (MQ=255)
cTTCACCGGGACTGCCATTCTCTATATCGGTTGGTTTGGCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATgg > 1:779718/1‑148 (MQ=255)
gACTGCCATTCTCTATATCGGTTGGTTTGGCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGt < 2:1389004/148‑1 (MQ=255)
aCTGCCATTCTCTATATCGGTTGGTTTGGCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTg > 1:3405282/1‑148 (MQ=255)
gCCATTCTCTATATCGGTTGGTTTGGCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTa > 2:159286/1‑148 (MQ=255)
cATTCTCTATATCGGTTGGTTTGGCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAg < 1:1540701/148‑1 (MQ=255)
aTTCTCTATATCGGTTGGTTTGGCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGc < 1:306376/148‑1 (MQ=255)
aTTCTCTATATCGGTTGGTTTGGCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGc < 1:2099419/148‑1 (MQ=255)
ttCTCTATATCGGTTGGTTTGGCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTTAATGGGCGCTGCGTGGTAAGcc > 2:1234321/1‑148 (MQ=255)
ttCTCTATATCGGTTGGTTTGGCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGcc < 1:1214075/148‑1 (MQ=255)
ttCTCTATATCGGTTGGTTTGGCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGcc < 1:1213608/148‑1 (MQ=255)
tctcTATATCGGTTGGTTTGGCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTTAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCt < 2:2135360/148‑1 (MQ=255)
tctcTATATCGGTTGGTTTGGCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCt < 1:486771/148‑1 (MQ=255)
tctcTATATCGGTTGGTTTGGCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCt < 1:486702/148‑1 (MQ=255)
ctctATATCGGTTGGTTTGGCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTTAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCtt > 1:392753/1‑148 (MQ=255)
ctATATCGGTTGGTTTGGCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCa < 2:2972461/148‑1 (MQ=255)
ctATATCGGTTGGTTTGGCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCa < 2:481792/148‑1 (MQ=255)
ctATATCGGTTGGTTTGGCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATGTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCa < 2:481847/148‑1 (MQ=255)
atCGGTTGGTTTGGCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCActgc > 1:3238794/1‑148 (MQ=255)
cGGTTGGTTTGGCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGACTGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCActgctg > 2:698762/1‑148 (MQ=255)
gttggttTGGCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTggg > 2:3538624/1‑148 (MQ=255)
tttGGCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCgt < 1:2035954/148‑1 (MQ=255)
tGGCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTTAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCgtgt < 1:1670039/148‑1 (MQ=255)
gCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTc < 2:404629/148‑1 (MQ=255)
gCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTc > 2:1313671/1‑148 (MQ=255)
gCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTc < 2:1138457/148‑1 (MQ=255)
cTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTTAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCt > 2:14054/1‑148 (MQ=255)
cTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCt < 2:3004814/148‑1 (MQ=255)
cTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCt > 2:2547335/1‑148 (MQ=255)
cTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCt > 2:2302655/1‑148 (MQ=255)
cGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGcgcg > 2:2208169/1‑148 (MQ=255)
gCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGa < 1:2778265/148‑1 (MQ=255)
gCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGa < 1:1572994/148‑1 (MQ=255)
ccGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGAt < 1:394911/148‑1 (MQ=255)
ccGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGAt < 2:1077313/148‑1 (MQ=255)
ccGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGAt < 2:1076256/148‑1 (MQ=255)
ccGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGAt > 2:3328922/1‑148 (MQ=255)
gggTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTTAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTg < 2:3307239/148‑1 (MQ=255)
tCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCg < 2:2334959/148‑1 (MQ=255)
cACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTc > 1:3263301/1‑148 (MQ=255)
cGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCgg > 1:686838/1‑148 (MQ=255)
cGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCgg > 1:686865/1‑148 (MQ=255)
aaTGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGa < 1:1908097/148‑1 (MQ=255)
tGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGGCTGGTCGGCGTGACg > 1:2797263/1‑148 (MQ=255)
gAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGc < 1:1348691/148‑1 (MQ=255)
aTCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAg > 1:784405/1‑148 (MQ=255)
aTCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAg > 1:783901/1‑148 (MQ=255)
tCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGc < 2:163276/148‑1 (MQ=255)
cgcgGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGcc > 1:1460848/1‑148 (MQ=255)
cgcgGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGcc > 2:1175042/1‑148 (MQ=255)
cgcgGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGcc < 2:3377283/148‑1 (MQ=255)
cgGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTg < 1:2899099/148‑1 (MQ=255)
gCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCg < 1:2260594/148‑1 (MQ=255)
aCTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGc < 2:2048095/148‑1 (MQ=255)
aCTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGc < 2:185331/148‑1 (MQ=255)
ggCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTAc > 1:2359054/1‑148 (MQ=255)
ggCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTAc > 1:1468467/1‑148 (MQ=255)
gCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTCCa > 1:166461/1‑148 (MQ=255)
gCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACa > 1:1080085/1‑148 (MQ=255)
cATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACAt > 1:1253845/1‑148 (MQ=255)
aTTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACAtt > 2:1907035/1‑148 (MQ=255)
tttGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTg < 1:362478/148‑1 (MQ=255)
tttGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTg < 1:362517/148‑1 (MQ=255)
tgAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTCCATTGGGGt > 2:2824380/1‑148 (MQ=255)
tgAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGt > 2:2824374/1‑148 (MQ=255)
aTACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTTAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTgg < 1:2534605/148‑1 (MQ=255)
aCTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTggcg > 1:1404369/1‑148 (MQ=255)
cTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTggcgg > 1:2841596/1‑148 (MQ=255)
gtgGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGAACTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGgcggcg < 2:1493576/148‑1 (MQ=255)
tgGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTAGATTGGGGTTGGCGgcgc > 2:308115/1‑148 (MQ=255)
tgGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGgcgc > 2:1520488/1‑148 (MQ=255)
gTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTTAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGt < 2:392753/148‑1 (MQ=255)
gTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACAGGGGGGTTGGCGGCGCGt > 2:3246756/1‑148 (MQ=255)
gCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGa < 1:827143/148‑1 (MQ=255)
aCGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTa < 2:2359054/148‑1 (MQ=255)
cggcggcAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCgg > 2:1074187/1‑148 (MQ=255)
gcggcAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTTAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCg > 1:2739445/1‑148 (MQ=255)
gcggcAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTTAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCg > 1:2739458/1‑148 (MQ=255)
ggcAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGAGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGTg < 1:2069052/148‑1 (MQ=255)
ggcAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGAGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGTg < 1:3078090/148‑1 (MQ=255)
gcAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGTgg > 2:2635255/1‑148 (MQ=255)
cAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGTGGt > 2:1464951/1‑148 (MQ=255)
aTTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGTGGTAg < 1:200623/148‑1 (MQ=255)
cTTTGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGTGGTAGCTg > 2:253352/1‑148 (MQ=255)
tGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGTGGTAGCTGGt < 1:2367349/148‑1 (MQ=255)
tGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGTGGTAGCTGGt < 1:2436000/148‑1 (MQ=255)
ggCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGTGGTAGCTGGTc < 1:2302655/148‑1 (MQ=255)
gCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGTGGTAGCTGGTCt < 1:2804475/148‑1 (MQ=255)
cTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGTGGTAGCTGGTCTg > 2:2009400/1‑148 (MQ=255)
aTCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCgg > 1:477133/1‑148 (MQ=255)
aTCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACAGTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATAGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCgg > 1:1662950/1‑148 (MQ=255)
tCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCggg > 1:1785427/1‑148 (MQ=255)
cTTCGGTTAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCGGGc > 2:2504460/1‑148 (MQ=255)
cGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCGGGCTtg < 1:2629935/148‑1 (MQ=255)
cGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTGCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGTTTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGGTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGGGGTAGCTGGTCTGGCGGGCGtg > 2:2511375/1‑148 (MQ=255)
gTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGGCGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCGGGCTtgtg < 2:1693136/148‑1 (MQ=255)
|
ATGGTCTTCACCGGGACTGCCATTCTCTATATCGGTTGGTTTGGCTTTAACGCCGGGTCAGCGGGCACGGCGAATGAAATCGCGGCACTGGCATTTGTGAATACTGTGGTCGCAACGGCGGCGGCAATTCTTGGCTGGATCTTCGGTGAATGGGCGCTGCGTGGTAAGCCTTCACTGCTGGGGGCGTGTTCTGGCGCGATTGCCGGTCTGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCGGGCTTGTG > CP009273/469085‑469377
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
