Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F142 I0 R1
|
859 |
274.6 |
8723680 |
96.4% |
8409627 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
4,268,967 |
A→T |
28.7% |
S187S (TCA→TCT) |
yjcD → |
inner membrane putative guanine permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 4,268,967 | 0 | A | T | 28.7%
| 586.8
/ 310.7
| 334 | S187S (TCA→TCT) | yjcD | inner membrane putative guanine permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (123/115); new base T (42/54); total (165/169) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.27e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.14e-01 |
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
CCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCGTTTTCGCCATGCCTTCATTGAGCGA > CP009273/4268818‑4269116
|
ccTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCa > 1:3777393/1‑150 (MQ=255)
aCGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTgg > 2:2977936/1‑150 (MQ=255)
cGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGt > 1:3836698/1‑150 (MQ=255)
gtgtGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAg < 1:2732624/150‑1 (MQ=255)
tgtgGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAgg < 1:2566650/150‑1 (MQ=255)
tgGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTc < 2:1897367/150‑1 (MQ=255)
tgGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTc > 2:3085681/1‑150 (MQ=255)
ggCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTCt < 1:575259/150‑1 (MQ=255)
gcgcACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTg < 1:1622973/150‑1 (MQ=255)
gcgcACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTg < 2:1597811/150‑1 (MQ=255)
cacggcacggGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCg > 2:2542584/1‑150 (MQ=255)
ggcacggGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTg > 1:4074808/1‑150 (MQ=255)
ggcacggGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTg < 1:2889056/150‑1 (MQ=255)
gcacggGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGa < 2:2110199/150‑1 (MQ=255)
cacggGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGat < 1:3056006/150‑1 (MQ=255)
ggggATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGatcat > 2:2647083/1‑150 (MQ=255)
ggATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCg < 2:2422798/150‑1 (MQ=255)
ggATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCg < 2:3048217/150‑1 (MQ=255)
gATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCgg > 1:3155558/1‑150 (MQ=255)
gATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCgg > 1:4064533/1‑150 (MQ=255)
ttGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGcc > 2:1194781/1‑150 (MQ=255)
aTCGGTATGTTCCTGCTGCTCATGGTGGCTAACGGTGTCGGTCTGTTGATTTAATACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGAGTTCGCGACCTTCCCGGTGATTAGGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGTCCTGGaa < 2:729885/150‑1 (MQ=255)
cGGTCTGTTCCTGCTGCTCATGGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGaaaa < 2:3134507/150‑1 (MQ=255)
ggTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGaaaaa > 1:1881929/1‑150 (MQ=255)
ttCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGaaa > 1:2981202/1‑150 (MQ=255)
tgctgcTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTCGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGaaatacc > 2:4219850/1‑146 (MQ=255)
tgctgcTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTcc > 2:2051128/1‑150 (MQ=255)
ctgctCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCt > 2:2236713/1‑150 (MQ=255)
tgctCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCtg < 1:2160377/150‑1 (MQ=255)
tgctCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCtg > 1:1791251/1‑150 (MQ=255)
gctCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCtgg > 1:2469418/1‑150 (MQ=255)
ctCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCtggt < 1:973358/150‑1 (MQ=255)
tCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCtggtg < 2:4150766/150‑1 (MQ=255)
ttGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCa > 1:3266483/1‑150 (MQ=255)
gCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCAtt < 1:1956650/150‑1 (MQ=255)
ccGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTc < 2:2357775/150‑1 (MQ=255)
cGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTct > 2:1211503/1‑150 (MQ=255)
gCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTctg > 2:2245969/1‑150 (MQ=255)
aCGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGa > 1:2677771/1‑150 (MQ=255)
aCGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGa < 1:2770419/150‑1 (MQ=255)
gtgtCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCa > 2:1148014/1‑150 (MQ=255)
tCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTa > 2:1655177/1‑150 (MQ=255)
tCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTa < 1:1009429/150‑1 (MQ=255)
tCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTa < 1:2296202/150‑1 (MQ=255)
gTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCg < 2:1021739/150‑1 (MQ=255)
ggTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTAt > 1:1079754/1‑150 (MQ=255)
gTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTAtc > 2:2883604/1‑150 (MQ=255)
tAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAAt < 2:920485/150‑1 (MQ=255)
tAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAAt < 1:4139617/150‑1 (MQ=255)
aaaaaCCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAAtt > 1:3671678/1‑150 (MQ=255)
aaaaaCCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAAtt < 1:1264669/150‑1 (MQ=255)
aaaaCCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTg < 2:3526514/150‑1 (MQ=255)
aaaCCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGt > 2:3501232/1‑150 (MQ=255)
aaCCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTc < 1:1537019/150‑1 (MQ=255)
aaCCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTc < 2:2445157/150‑1 (MQ=255)
aaCCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCGTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTc < 1:2796064/150‑1 (MQ=255)
aCCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGtag < 1:3114909/150‑3 (MQ=255)
ccGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGt > 2:3639638/1‑150 (MQ=255)
cGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGtt > 2:3814474/1‑150 (MQ=255)
gCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGttt > 2:3562321/1‑150 (MQ=255)
cTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTg < 1:1308157/150‑1 (MQ=255)
tGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGAt > 2:3451680/1‑150 (MQ=255)
tGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTAGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGAt < 2:2058862/150‑1 (MQ=255)
tCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGa < 1:3968208/150‑1 (MQ=255)
cTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGAt > 2:2747964/1‑150 (MQ=255)
cTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGAt > 1:3511629/1‑150 (MQ=255)
tGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATc < 1:1697370/150‑1 (MQ=255)
gCCGGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCAGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGTTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATcg < 2:200326/150‑2 (MQ=255)
gCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATcc < 1:920680/150‑1 (MQ=255)
tttGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCTGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATATTCGATCCTAAc < 2:4310912/149‑1 (MQ=255)
ttGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACg < 1:1598520/150‑1 (MQ=255)
tGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGt > 2:3901365/1‑150 (MQ=255)
gcTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCa < 1:1195061/150‑1 (MQ=255)
cTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCAt > 1:2859214/1‑150 (MQ=255)
cTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCAt < 1:2364572/150‑1 (MQ=255)
cTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCAt > 1:2636222/1‑150 (MQ=255)
gggTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCAttt < 2:1308737/150‑1 (MQ=255)
aTTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCg > 2:3751147/1‑150 (MQ=255)
tCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCg < 1:1499397/150‑1 (MQ=255)
cgcgACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCGt > 1:874330/1‑150 (MQ=255)
gcgACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCGtt < 2:3963925/150‑1 (MQ=255)
gACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACTTCCATTTATCCGGCGtttt > 1:2228249/1‑150 (MQ=255)
gACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCGtttt > 2:950266/1‑150 (MQ=255)
aCCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCGTTTTc < 2:1425542/150‑1 (MQ=255)
aCCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCGTTTTc > 1:2119364/1‑150 (MQ=255)
ccTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCGTTTTCg < 2:1705736/150‑1 (MQ=255)
cTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCGTTTTCGc > 2:256464/1‑150 (MQ=255)
tCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATACTAACGTCCATTTATCCGGCGTTTTCGCCa > 1:1188647/1‑150 (MQ=255)
cccGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCGTTTTCGCCAt < 2:3361334/150‑1 (MQ=255)
cGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCGTTTTCGCCATGc > 2:3243980/1‑150 (MQ=255)
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gTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCGTTTTCGCCATGCCt < 2:519962/150‑1 (MQ=255)
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tGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCGTTTTCGCCATGCCTTCATTGa > 1:495598/1‑150 (MQ=255)
gTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCGTTTTCGCCATGCCTTCATTGAg < 1:850755/150‑1 (MQ=255)
aCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCGTTTTCGCCATGCCTTCATTGAGCGa > 2:3042201/1‑150 (MQ=255)
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CCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCGTTTTCGCCATGCCTTCATTGAGCGA > CP009273/4268818‑4269116
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
