Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F534 I1 R1
|
1235 |
230.2 |
7611948 |
95.1% |
7238962 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,631,894 |
C→T |
S49N (AGC→AAC) |
gnsB ← |
Qin prophage; multicopy suppressor of secG(Cs) and fabA6(Ts) |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,631,894 | 0 | C | T | 100.0%
| 791.4
/ NA
| 235 | S49N (AGC→AAC) | gnsB | Qin prophage; multicopy suppressor of secG(Cs) and fabA6(Ts) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (119/116); total (119/116) |
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
CGGACTGCATTGGTTTAATAAAAACCATCAACAATTGTGATTTAGATATTCGGAACCATTCAAATATAACAAAACCCCGTAAAAACGAGGTTTATGGATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGCTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCTTTTTCTTAAGTTCAATAATTTTTTTTGTTATATATTCAGAAATATCTGCTTCTGCTTTTGTTTTTAAGTTTTCAATATTCATC > CP009273/1631747‑1632040
|
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aacaaTTGTGATTTAGATATTCGGAACCATTCAAATATAACAAAACCCCGTAAAAACGAGGTTTATGGATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGt > 1:1042540/1‑150 (MQ=255)
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aaTTGTGATTTAGATATTCGGAACCATTCAAATATAACAAAACCCCGTAAAAACGAGGTTTATGGATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTaaa < 1:2434208/150‑1 (MQ=255)
ttGTGATTTAGATATTCGGAACCATTCAAATATAACAAAACCCCGTAAAAACGAGGTTTATGGATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACt < 1:1624897/150‑1 (MQ=255)
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aTTTAGATATTCGGAACCATTCAAATATAACAAAACCCCGTAAAAACGAGGTTTATGGATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATa < 1:2325388/150‑1 (MQ=255)
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tCGGAACCATTCAAATATAACAAAACCCCGTAAAAACGAGGTTTATGGATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAActt < 2:3532916/150‑1 (MQ=255)
tCGGAACCATTCAAATATAACAAAACCCCGTAAAAACGAGGTTTATGGATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAActt > 2:481480/1‑150 (MQ=255)
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gAACCATTCAAATATAACAAAACCCCGTAAAAACGAGGTTTATGGATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAActtctt > 2:3063819/1‑150 (MQ=255)
aaCCATTCAAATATAACAAAACCCCGTAAAAACGAGGTTTATGGATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCttt < 1:1922484/150‑1 (MQ=255)
aCCATTCAAATATAACAAAACCCCGTAAAAACGAGGTTTATGGATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTc > 1:1002574/1‑150 (MQ=255)
aCCATTCAAATATAACAAAACCCCGTAAAAACGAGGTTTATGGATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTc > 2:675989/1‑150 (MQ=255)
aCCATTCAAATATAACAAAACCCCGTAAAAACGAGGTTTATGGATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTc > 1:2903666/1‑150 (MQ=255)
cATTCAAATATAACAAAACCCCGTAAAAACGAGGTTTATGGATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTccc < 2:588871/150‑1 (MQ=255)
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aaTATAACAAAACCCCGTAAAAACGAGGTTTATGGATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCtt < 2:2638637/150‑1 (MQ=255)
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aaTATAAAAAAACCCCGTAAAAACGAGGTTTATGGATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCtt < 1:733869/150‑1 (MQ=255)
atatAACAAAACCCCGTAAAAACGAGGTTTATGGATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCttt > 1:1474379/1‑150 (MQ=255)
tataACAAAACCCCGTAAAAACGAGGTTTATGGATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCtttt > 1:1772219/1‑150 (MQ=255)
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taACAAAACCCCGTAAAAACGAGGTTTATGGATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCTTTTTc > 1:229809/1‑150 (MQ=255)
aaaaCCCCGTAAAAACGAGGTTTATGGATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCTTTTTCTTaa < 2:3292782/150‑1 (MQ=255)
aCCCCGTAAAAACGAGGTTTATGGATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCTTTTTCTTAAGtt < 2:1118233/150‑1 (MQ=255)
aCCCCGTAAAAACGAGGTTTATGGATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCTTTTTCTTAAGtt < 1:146919/150‑1 (MQ=255)
ccccGTAAAAACGAGGTTTATGGATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCTTTTTCTTAAGTTc < 1:3098098/150‑1 (MQ=255)
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ccGTAAAAACGAGGTTTATGGATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTAAATACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTACCGGTCTTTTTCTTAAGTTCaa > 2:1388893/1‑150 (MQ=255)
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aaaaCGAGGTTTATGGATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCTTTTTCTTAAGTTCAATAAtt > 2:2785919/1‑150 (MQ=255)
aaaCGAGGTTTATGGATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCTTTTTCTTAAGTTCAATAAttt < 1:2199156/150‑1 (MQ=255)
ggTTTATGGATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTCACTTCTTTCCCGGTCTTTTTCTTAAGTTCAATAATTTTTTTTg > 1:1180154/1‑150 (MQ=255)
gTTTATGGATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCTTTTTCTTAAGTTCAATAATTTTTTTTGt > 1:3696033/1‑150 (MQ=255)
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tATGGATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCTTTTTCTTAAGTTCAATAATTTTTTTTGTtat < 1:1219471/150‑1 (MQ=255)
gATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCTTTTTCTTAAGTTCAATAATTTTTTTTGTTatatat > 1:2893394/1‑150 (MQ=255)
tAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCTTTTTCTTAAGTTCAATAATTTTTTTTGTTATATATTc < 1:2637781/150‑1 (MQ=255)
aaTTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCTTTTTCTTAAGTTCAATAATTTTTTTTGTTATATATTCAg < 2:3383278/150‑1 (MQ=255)
ttttATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCTTTTTCTTAAGTTCAATAATTTTTTTTGTTATATATTCAGaa < 2:440192/150‑1 (MQ=255)
tttATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCTTTTTCTTAAGTTCAATAATTTTTTTTGTTATATATTCAGaaa > 1:1112928/1‑150 (MQ=255)
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tattGAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCTTTTTATTAAGTTCAATAATTTTTTTTGTTATATATTCAGAAATAtct > 1:1395981/1‑150 (MQ=255)
gAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCTTTTTCTTAAGTTCAATAATTTTTTTTGTTATATATTCAGAAATAtctgctt > 2:1826148/1‑150 (MQ=255)
gAATACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCTTTTTCTTAAGTTCAATAATTTTTTTTGTTATATATTCAGAAATAtctgctt < 2:2562933/150‑1 (MQ=255)
aTACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCTTTTTCTTAAGTTCAATAATTTTTTTTGTTATATATTCAGAAATAtctgcttct > 2:2193589/1‑150 (MQ=255)
tACATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCTTTTTCTTAAGTTCAATAATTTTTTTTGTTATATATTCAGAAATAtctgcttctg < 2:951598/150‑1 (MQ=255)
cATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCTTTTTCTTAAGTTCAATAATTTTTTTTGTTATATATTCAGAAATAtctgcttctgct < 2:2942831/150‑1 (MQ=255)
cATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCTTTTTCTTAAGTTCAATAATTTTTTTTGTTATATATTCAGAAATAtctgcttctgct > 1:410300/1‑150 (MQ=255)
cATCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCTTTTTCTTAAGTTAAATAATTTTTTTTGTTATATATTCAGAAATAtctgcttctgct > 1:409684/1‑150 (MQ=255)
aTCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCTTTTTCTTAAGTTCAATAATTTTTTTTGTTATATATTCAGAAATATctgcttctgctt < 2:151384/150‑1 (MQ=255)
aTCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCTTTTTCTTAAGTTCAATAATTTTTTTTGTTATATATTCAGAAATATctgcttctgctt < 1:996071/150‑1 (MQ=255)
tCAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCTTTTTCTTAAGTTCAATAATTTTTTTTGTTATATATTCAGAAATATCTGCTTCTGCttt > 2:1451610/1‑150 (MQ=255)
cAGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCTTTTTCTTAAGTTCAATAATTTTTTTTGTTATATATTCAGAAATATCTGCTTCTGCtttt < 1:3361436/150‑1 (MQ=255)
aGATTAAATTAATCTTGACATCATAGTTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCCCGGTCTTTTTCTTAAGTTCAATAATTTTTTTTGTTATATATTCAGAAATATCTGCTTCTGCTTTTg > 2:1695435/1‑150 (MQ=255)
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |